BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330B10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 3,722,533 - 3,852,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnkib1, Krit1, 4932412H11Rik
Upstream geneLOC171266, LOC100040892, LOC667565, LOC624254, LOC100040940, LOC667585, LOC100034726, Cdk6, 5830415L20Rik, 1700109H08Rik, C030048B08Rik, Pex1, Gatad1, 4930511M11Rik
Downstream geneLOC100041009, LOC667617, Mterf, Akap9, Cyp51, ENSMUSG00000053178, LOC100041073, Fzd1, LOC667678, Pftk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330B10.bB6Ng01-330B10.g
ACCGA116864GA116865
length1,0921,170
definitionB6Ng01-330B10.b B6Ng01-330B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,851,742 - 3,852,860)(3,722,533 - 3,723,707)
sequence
gaattctaaaaattatcagatattttgagatcattaattcttctacacgg
cattactacatgaaagcatgtcttcatattgattcttcagggaatctgcc
caataggcaggaattcctgatgcccaggaatagttaggcaatgtaatagt
ggcagcaaagtcatatcagcaaccagaggaaatcctgggataacatctct
ggggacgttgcctctagagcacatccatcaaagccatgtaaaatagtggg
ccatctccagaaaattcacttgcttgccatagcctttcttagatggcttc
tgacatggcttcatactgagaccttgcctaatcaacggcaacagcaccag
caccagcagcagcaccagcagcagcagcaccagcagcagcagcagcagca
gcagcagcagcagcagcagcaggagcagcagcatcaccaccaccaccagc
agcagcactaccaacagcagcagcaaaaaatggagcacaactgaggacac
atgtagcttgtatattcctatacccatgtgtacccatatgctcctacatg
catccatacatacagccacaggaacgcatacatatacaacacatgcatac
aatttgaaaaatctccgagtgaattaaataggaagtaatctacaaaattt
ttctttgtttcacattgcatttatatgaaataccctgtaaagcatttgtg
tagagtgtctctaagccatgtttttttaaacgtaggaaatgtcacctgtt
taaaatacacgtataagcagttgcatgttgttagtcagggttactattgc
tgtgattcaacactacgaccaaaagcaacttgggaaggaaagggtttgct
tcattcacagttccatataatagctcatcttcaaaagcattaagtgtaga
aattcaagcaggcagaacctggaggcaggtgcagaggccatgcaaagatg
ctgctactggctgcacctatggtgtgctcagcctgtttctatagaccaga
caccgccagattgaaactcactccactcaatgggctgactccccatcatc
actactgaccatacccatagcttgtctaaagccatcttatgg
gaattccactcacgttcttctggcttcatttcggttatcttttgtaacca
gtttttccatgtttggcagtcacaaggctcatgtgcttcaccaaggcact
ccctaagagacaaaacagagaagtcactgaaaaatactcctcatcactat
gtggataaaaaaatggatggtaaacacgcatccaattgaaaaaattttaa
aaattaaggtacaaatttgatatgaagcatttcaaaagagattttgaaaa
tgagagtccaaagagaacttaaaaactggaatctttgggcactactgatg
gaaatgttaatgttgatgcagctgtctgaagagcaggttggtggtttttt
ataaagtgaaagagaattatcatccaacaataatttcacgttaggtacag
tattactacttatttcttcactgtaacaaagcaacaccaggacagaagca
cctcagtgaagggtaggtttaaccctggcatatggtttaagcagatatgc
atcatcacagtggggaaggtatggaggctgggccccaccagttacacaga
aacaacctacttcctcaagctgggcccacttcatagaggctctacaatgt
ccctaaacagtgttatcagcttggggacaagtgctctaacaagtgacctt
cattctcttaaggaaaataagccagataaaaaaaagataaaaactgcagg
atttcactgccactaaatgtagcgtaggccaattcacagagaagtaaaac
aaagcaacagttatgaatgttgctggggagacaaagagcgaggagagttg
tgtcagagtcatagagtctttaggggtcacaaaagttttgaaaaaaggta
agatttagtgagactgggtgtgtgatgcaccctttagtcccattactgag
gcagaggcaggggcaggggcaggcagatgtctgtgagttcaaggccagcc
tgtctatagagtgagatccaggacagccaggctacactgataaactcctc
tctaaaaacaaacaggtgagagtgtagctgcagttagtgcacttaaagac
actcaaattgctgggtcatgtaaaacaaagtgcatgtgttacgagtgctc
acgtgcatacctagatctgtgacaactgccaaacctttcactacttctag
cacaggactctaacctctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_3851742_3852860
seq2: B6Ng01-330B10.b_49_1140 (reverse)

seq1  CCATAAGATTGGGCTTTAGACAAGCCTATTGGGTATTGTGTCAGTTAGTG  50
      |||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||   ||||| |||||
seq2  CCATAAGAT--GGCTTTAGACAAG-CTA-TGGGTAT--GGTCAG-TAGTG  43

seq1  ATTGATGGGGGAAGGTCCAGCCCATTGAGTGGAGTTGGAGTTTCCATCTG  100
      | ||||||||  ||   ||||||||||||||||||  ||||||| |||| 
seq2  A-TGATGGGG--AG--TCAGCCCATTGAGTGGAGT--GAGTTTCAATCT-  85

seq1  GGCGGTTGTCCTTGGTTCTATAAGAAAACAGGCTGAGCACACCATAAGGT  150
      ||||| ||||  ||| ||||||   |||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCGG-TGTC--TGG-TCTATA--GAAACAGGCTGAGCACACCAT-AGGT  128

seq1  GCAAGCCAGTAAGCAGCATCTTTGCATGGCCTCTGCACCCTGCCTCCAGG  200
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GC-AGCCAGT-AGCAGCATCTTTGCATGGCCTCTGCA-CCTGCCTCCAGG  175

seq1  TTCCTGCCCTGCTTGAATTTCTACACTTAATGCTTTTGAAGATGAGCTAT  250
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-CTG-CCTGCTTGAATTTCTACACTTAATGCTTTTGAAGATGAGCTAT  223

seq1  TATATGGAACTGTGAATGAAGCAAACCCTTTCCTTCCCAAGTTGCTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGAACTGTGAATGAAGCAAACCCTTTCCTTCCCAAGTTGCTTTTG  273

seq1  GTCGTAGTGTTGAATCACAGCAATAGTAACCCTGACTAACAACATGCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTAGTGTTGAATCACAGCAATAGTAACCCTGACTAACAACATGCAAC  323

seq1  TGCTTATACGTGTATTTTAAACAGGTGACATTTCCTACGTTTAAAAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATACGTGTATTTTAAACAGGTGACATTTCCTACGTTTAAAAAAAC  373

seq1  ATGGCTTAGAGACACTCTACACAAATGCTTTACAGGGTATTTCATATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTAGAGACACTCTACACAAATGCTTTACAGGGTATTTCATATAAA  423

seq1  TGCAATGTGAAACAAAGAAAAATTTTGTAGATTACTTCCTATTTAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTGAAACAAAGAAAAATTTTGTAGATTACTTCCTATTTAATTCA  473

seq1  CTCGGAGATTTTTCAAATTGTATGCATGTGTTGTATATGTATGCGTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAGATTTTTCAAATTGTATGCATGTGTTGTATATGTATGCGTTCCT  523

seq1  GTGGCTGTATGTATGGATGCATGTAGGAGCATATGGGTACACATGGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTATGTATGGATGCATGTAGGAGCATATGGGTACACATGGGTAT  573

seq1  AGGAATATACAAGCTACATGTGTCCTCAGTTGTGCTCCATTTTTTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATACAAGCTACATGTGTCCTCAGTTGTGCTCCATTTTTTGCTGC  623

seq1  TGCTGTTGGTAGTGCTGCTGCTGGTGGTGGTGGTGATGCTGCTGCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGGTAGTGCTGCTGCTGGTGGTGGTGGTGATGCTGCTGCTCCTG  673

seq1  CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGGTGCTGCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGGTGCTGCTGCT  723

seq1  GCTGGTGCTGCTGCTGGTGCTGGTGCTGTTGCCGTTGATTAGGCAAGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGCTGCTGCTGGTGCTGGTGCTGTTGCCGTTGATTAGGCAAGGTC  773

seq1  TCAGTATGAAGCCATGTCAGAAGCCATCTAAGAAAGGCTATGGCAAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATGAAGCCATGTCAGAAGCCATCTAAGAAAGGCTATGGCAAGCAA  823

seq1  GTGAATTTTCTGGAGATGGCCCACTATTTTACATGGCTTTGATGGATGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTTTCTGGAGATGGCCCACTATTTTACATGGCTTTGATGGATGTG  873

seq1  CTCTAGAGGCAACGTCCCCAGAGATGTTATCCCAGGATTTCCTCTGGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGGCAACGTCCCCAGAGATGTTATCCCAGGATTTCCTCTGGTTG  923

seq1  CTGATATGACTTTGCTGCCACTATTACATTGCCTAACTATTCCTGGGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATGACTTTGCTGCCACTATTACATTGCCTAACTATTCCTGGGCAT  973

seq1  CAGGAATTCCTGCCTATTGGGCAGATTCCCTGAAGAATCAATATGAAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTCCTGCCTATTGGGCAGATTCCCTGAAGAATCAATATGAAGAC  1023

seq1  ATGCTTTCATGTAGTAATGCCGTGTAGAAGAATTAATGATCTCAAAATAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCATGTAGTAATGCCGTGTAGAAGAATTAATGATCTCAAAATAT  1073

seq1  CTGATAATTTTTAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  CTGATAATTTTTAGAATTC  1092

seq1: chr5_3722533_3723707
seq2: B6Ng01-330B10.g_70_1239

seq1  GAATTCCACTCACGTTCTTCTGGCTTCATTTCGGTTATCTTTTGTAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCACGTTCTTCTGGCTTCATTTCGGTTATCTTTTGTAACCA  50

seq1  GTTTTTCCATGTTTGGCAGTCACAAGGCTCATGTGCTTCACCAAGGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCATGTTTGGCAGTCACAAGGCTCATGTGCTTCACCAAGGCACT  100

seq1  CCCTAAGAGACAAAACAGAGAAGTCACTGAAAAATACTCCTCATCACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGAGACAAAACAGAGAAGTCACTGAAAAATACTCCTCATCACTAT  150

seq1  GTGGATAAAAAAATGGATGGTAAACACGCATCCAATTGAAAAAATTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAAAAAAATGGATGGTAAACACGCATCCAATTGAAAAAATTTTAA  200

seq1  AAATTAAGGTACAAATTTGATATGAAGCATTTCAAAAGAGATTTTGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGGTACAAATTTGATATGAAGCATTTCAAAAGAGATTTTGAAAA  250

seq1  TGAGAGTCCAAAGAGAACTTAAAAACTGGAATCTTTGGGCACTACTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCCAAAGAGAACTTAAAAACTGGAATCTTTGGGCACTACTGATG  300

seq1  GAAATGTTAATGTTGATGCAGCTGTCTGAAGAGCAGGTTGGTGGTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTAATGTTGATGCAGCTGTCTGAAGAGCAGGTTGGTGGTTTTTT  350

seq1  ATAAAGTGAAAGAGAATTATCATCCAACAATAATTTCACGTTAGGTACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTGAAAGAGAATTATCATCCAACAATAATTTCACGTTAGGTACAG  400

seq1  TATTACTACTTATTTCTTCACTGTAACAAAGCAACACCAGGACAGAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTACTTATTTCTTCACTGTAACAAAGCAACACCAGGACAGAAGCA  450

seq1  CCTCAGTGAAGGGTAGGTTTAACCCTGGCATATGGTTTAAGCAGATATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGAAGGGTAGGTTTAACCCTGGCATATGGTTTAAGCAGATATGC  500

seq1  ATCATCACAGTGGGGAAGGTATGGAGGCTGGGCCCCACCAGTTACACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCACAGTGGGGAAGGTATGGAGGCTGGGCCCCACCAGTTACACAGA  550

seq1  AACAACCTACTTCCTCAAGCTGGGCCCACTTCATAGAGGCTCTACAATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCTACTTCCTCAAGCTGGGCCCACTTCATAGAGGCTCTACAATGT  600

seq1  CCCTAAACAGTGTTATCAGCTTGGGGACAAGTGCTCTAACAAGTGACCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAACAGTGTTATCAGCTTGGGGACAAGTGCTCTAACAAGTGACCTT  650

seq1  CATTCTCTTAAGGAAAATAAGCCAGATAAAAAAAAGATAAAAACTGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTTAAGGAAAATAAGCCAGATAAAAAAAAGATAAAAACTGCAGG  700

seq1  ATTTCACTGCCACTAAATGTAGCGTAGGCCAATTCACAGAGAAGTAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTGCCACTAAATGTAGCGTAGGCCAATTCACAGAGAAGTAAAAC  750

seq1  AAAGCAACAGTTATGAATGTTGCTGGGGAGACAAAGAGCGAGGAGAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACAGTTATGAATGTTGCTGGGGAGACAAAGAGCGAGGAGAGTTG  800

seq1  TGTCAGAGTCATAGAGTCTTTAGGGGTCACAAAAGTTTTGAAAAAAGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAGTCATAGAGTCTTTAGGGGTCACAAAAGTTTTGAAAAAAGGTA  850

seq1  AGATTTAGTGAGACTGGGTGTGTGATGCACCCTTTAGTCCCATTACTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAGTGAGACTGGGTGTGTGATGCACCCTTTAGTCCCATTACTGAG  900

seq1  GCAGAGGCAGGGGCAGGGGCAGGCAGATGTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGGGCAGGGGCAGGCAGATGTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCC  950

seq1  TGTTCTATAGAGTGAGATCCAGGACAGCCAGGCTACACTGATAAACTCTC  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TG-TCTATAGAGTGAGATCCAGGACAGCCAGGCTACACTGATAAACTC-C  998

seq1  TCT-TAAAAACAAACAGGTGAGAGGTGTTAGCTGCAGTTAGTGCAACTTA  1049
      ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCTAAAAACAAACAGGTGAGA-GTG-TAGCTGCAGTTAGTGC-ACTTA  1045

seq1  AAGACACTCAAAATTGCTGGGTCATGTAAAACAGAAGTGCATGTGTTACG  1099
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGACACTC-AAATTGCTGGGTCATGTAAAACA-AAGTGCATGTGTTACG  1093

seq1  AGTGCTCACGTGCATACTCAGATCTGTGACAACTGC--AAACTTTCACTA  1147
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || |||||||||
seq2  AGTGCTCACGTGCATACCTAGATCTGTGACAACTGCCAAACCTTTCACTA  1143

seq1  CTCCTAGCACACAGACTCTCACCTCTAT  1175
      || ||||||||  |||||| ||||||||
seq2  CTTCTAGCACA-GGACTCTAACCTCTAT  1170