BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330D05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,534,036 - 118,642,349
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxw8, Hrk, Tmem118
Upstream geneSuds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc
Downstream gene2410131K14Rik, LOC665162, Thrap2, LOC100039488
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330D05.bB6Ng01-330D05.g
ACCGA116946GA116947
length5091,066
definitionB6Ng01-330D05.b B6Ng01-330D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,641,835 - 118,642,349)(118,534,036 - 118,535,107)
sequence
tgcctgcctccactggctcctgactcggttctctcacagccggcatccgc
acaacaggctggcccaagccacgtttgagattagcaccaagggggttggg
ggagggagaaaggagcctctgtagattcagggtgctctctcctccccttt
gtaaatttaggacccatgccttgggcacccctgctgggacttcttcctct
gcttggtctccagggcactttcctggtaccagtaacacacccaccctttc
caggagaccagggcatccttcaagctttgttactatggcaatggccatga
tgctaagcaatcccactgcctggatgtcctaagagggaagggaggatggg
cccttctgtcctctctggtttgagggggtacccaggagagtggtgggact
gcctgcaactggtttttatcagagagattgctttgcctgagatgctgtca
gcattgtggaggggtgggagctgcaggaggtgcacggaagtgtagggtgg
gatggatca
gaattcacagatgagctcagatttaaaacaaaggatgaggaagatggaca
actggggagggcaaggaggctggggaaaaagtaaatcacatacaaaacag
ccgataaaaaataaaaaagcagttaatacacatgaataatggatgtctga
tttaaaagcagtttactctgatatgatgtaattttttgacaagcagccag
agagacgattttaagtccttgccagagataagtcatagcgtgaggcctgg
cgcagccatgtctgtgaacatgtggagaatgactttcaccaccggctccg
aggtgacttaactgttggcaaacagaagctgcctctcaggtgccccagca
gccccctgcctgaggcagcgcttgaagagatggctccctgacatgagcac
agccccctgaaaacagccccccaacagcttccatgacaggctctggcact
gtccgcactccctcacacaaaggagaagcagcctggctgctcttgggcct
aagttttaattggagtgacaaacccacaaggccaagatatttgagggaca
ggacggtgttgctgagtgtcgccaggcactgggtaggcaaggcctacaca
ctccctaccacgtgccaatgcacctgcaaccctggttgttccaggactgg
gctcttcctgggaaggcagtgccaatcacataggctgtgccaggatcagg
gctttgtgatgtgggcagatgtctacaaaggaccacaccgacacctactg
tgacccacacccgaaaggaaccgagtgagcgtatcctgaggggtcccgtg
tgtctccttagacatgcccagggtggtgatggcctccttagagcagtgag
cagtggcagcttttggcatagggaaggaaggtaaggacatgctccccgtg
agcacctgaagaaagcagattagtcaccatgcaaacatgcccaaagcctg
agagcttgcgtggtgggccctcatcaagaagcagcacagaaagtttctac
acatgcacagtataggacacagccacatgggcccatggaagaagcgcgtc
agtgcatgcactttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118641835_118642349
seq2: B6Ng01-330D05.b_50_564 (reverse)

seq1  TGATCCATCCCACCCTACACTTCCGTGCACCTCCTGCAGCTCCCACCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATCCCACCCTACACTTCCGTGCACCTCCTGCAGCTCCCACCCCT  50

seq1  CCACAATGCTGACAGCATCTCAGGCAAAGCAATCTCTCTGATAAAAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGCTGACAGCATCTCAGGCAAAGCAATCTCTCTGATAAAAACCA  100

seq1  GTTGCAGGCAGTCCCACCACTCTCCTGGGTACCCCCTCAAACCAGAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGGCAGTCCCACCACTCTCCTGGGTACCCCCTCAAACCAGAGAGG  150

seq1  ACAGAAGGGCCCATCCTCCCTTCCCTCTTAGGACATCCAGGCAGTGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGGGCCCATCCTCCCTTCCCTCTTAGGACATCCAGGCAGTGGGAT  200

seq1  TGCTTAGCATCATGGCCATTGCCATAGTAACAAAGCTTGAAGGATGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGCATCATGGCCATTGCCATAGTAACAAAGCTTGAAGGATGCCCT  250

seq1  GGTCTCCTGGAAAGGGTGGGTGTGTTACTGGTACCAGGAAAGTGCCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTGGAAAGGGTGGGTGTGTTACTGGTACCAGGAAAGTGCCCTGG  300

seq1  AGACCAAGCAGAGGAAGAAGTCCCAGCAGGGGTGCCCAAGGCATGGGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGCAGAGGAAGAAGTCCCAGCAGGGGTGCCCAAGGCATGGGTCC  350

seq1  TAAATTTACAAAGGGGAGGAGAGAGCACCCTGAATCTACAGAGGCTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTACAAAGGGGAGGAGAGAGCACCCTGAATCTACAGAGGCTCCTT  400

seq1  TCTCCCTCCCCCAACCCCCTTGGTGCTAATCTCAAACGTGGCTTGGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCCCCCAACCCCCTTGGTGCTAATCTCAAACGTGGCTTGGGCCA  450

seq1  GCCTGTTGTGCGGATGCCGGCTGTGAGAGAACCGAGTCAGGAGCCAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTGTGCGGATGCCGGCTGTGAGAGAACCGAGTCAGGAGCCAGTGG  500

seq1  AGGCAGGCAGAATTC  515
      |||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCAGAATTC  515

seq1: chr5_118534036_118535107
seq2: B6Ng01-330D05.g_67_1132

seq1  GAATTCACAGATGAGCTCAGATTTAAAACAAAGGATGAGGAAGATGGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATGAGCTCAGATTTAAAACAAAGGATGAGGAAGATGGACA  50

seq1  ACTGGGGAGGGCAAGGAGGCTGGGGAAAAAGTAAATCACATACAAAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGAGGGCAAGGAGGCTGGGGAAAAAGTAAATCACATACAAAACAG  100

seq1  CCGATAAAAAATAAAAAAGCAGTTAATACACATGAATAATGGATGTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATAAAAAATAAAAAAGCAGTTAATACACATGAATAATGGATGTCTGA  150

seq1  TTTAAAAGCAGTTTACTCTGATATGATGTAATTTTTTGACAAGCAGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGCAGTTTACTCTGATATGATGTAATTTTTTGACAAGCAGCCAG  200

seq1  AGAGACGATTTTAAGTCCTTGCCAGAGATAAGTCATAGCGTGAGGCCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACGATTTTAAGTCCTTGCCAGAGATAAGTCATAGCGTGAGGCCTGG  250

seq1  CGCAGCCATGTCTGTGAACATGTGGAGAATGACTTTCACCACCGGCTCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGCCATGTCTGTGAACATGTGGAGAATGACTTTCACCACCGGCTCCG  300

seq1  AGGTGACTTAACTGTTGGCAAACAGAAGCTGCCTCTCAGGTGCCCCAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACTTAACTGTTGGCAAACAGAAGCTGCCTCTCAGGTGCCCCAGCA  350

seq1  GCCCCCTGCCTGAGGCAGCGCTTGAAGAGATGGCTCCCTGACATGAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTGCCTGAGGCAGCGCTTGAAGAGATGGCTCCCTGACATGAGCAC  400

seq1  AGCCCCCTGAAAACAGCCCCCCAACAGCTTCCATGACAGGCTCTGGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCTGAAAACAGCCCCCCAACAGCTTCCATGACAGGCTCTGGCACT  450

seq1  GTCCGCACTCCCTCACACAAAGGAGAAGCAGCCTGGCTGCTCTTGGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCACTCCCTCACACAAAGGAGAAGCAGCCTGGCTGCTCTTGGGCCT  500

seq1  AAGTTTTAATTGGAGTGACAAACCCACAAGGCCAAGATATTTGAGGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTAATTGGAGTGACAAACCCACAAGGCCAAGATATTTGAGGGACA  550

seq1  GGACGGTGTTGCTGAGTGTCGCCAGGCACTGGGTAGGCAAGGCCTACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGTGTTGCTGAGTGTCGCCAGGCACTGGGTAGGCAAGGCCTACACA  600

seq1  CTCCCTACCACGTGCCAATGCACCTGCAACCCTGGTTGTTCCAGGACTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACCACGTGCCAATGCACCTGCAACCCTGGTTGTTCCAGGACTGG  650

seq1  GCTCTTCCTGGGAAGGCAGTGCCAATCACATAGGCTGTGCCAGGATCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCTGGGAAGGCAGTGCCAATCACATAGGCTGTGCCAGGATCAGG  700

seq1  GCTTTGTGATGTGGGCAGATGTCTACAAAGGACCACACCGACACCTACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGATGTGGGCAGATGTCTACAAAGGACCACACCGACACCTACTG  750

seq1  TGACCCACACCCGAAAGGAACCGAGTGAGCGTATCCTGAGGGGTCCCGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCACACCCGAAAGGAACCGAGTGAGCGTATCCTGAGGGGTCCCGTG  800

seq1  TGTCTCCTTAGACATGCCCAGGGTGGTGATGGCCTCCTTAGAGCAGTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTTAGACATGCCCAGGGTGGTGATGGCCTCCTTAGAGCAGTGAG  850

seq1  CAGTGGCAGC-TTTGGCATAGGGAAGGAAGGTAAGGACATGCTCACCGTG  899
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGTGGCAGCTTTTGGCATAGGGAAGGAAGGTAAGGACATGCTCCCCGTG  900

seq1  AGCA-CTGAAGAAAGCAGATTAGTCACCATGCAAACATGCCCAAAGCCTG  948
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGAAGAAAGCAGATTAGTCACCATGCAAACATGCCCAAAGCCTG  950

seq1  AGAGCCTGCGTGGTGCG-CCTCATCACAGAAAGCAGCACAGACAGTTTCT  997
      ||||| ||||||||| | |||||||| || |||||||||||| |||||||
seq2  AGAGCTTGCGTGGTGGGCCCTCATCA-AG-AAGCAGCACAGAAAGTTTCT  998

seq1  ACACATGCACAGGTATTAAGGACACAGGCCACATGGGCCCATGAGAGAGA  1047
      ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||  |||  
seq2  ACACATGCACA-GTAT--AGGACACA-GCCACATGGGCCCATGGAAGA--  1042

seq1  CAGGGCGTCAGTGCATGCACTTTGT  1072
       || |||||||||||||||||||||
seq2  -AGCGCGTCAGTGCATGCACTTTGT  1066