BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331D17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 98,651,755 - 98,828,842
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgf5, 1700007G11Rik
Upstream geneEG433923, EG666293, C80008, Gk2, Antxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8
Downstream geneBmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b, A930011G23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331D17.bB6Ng01-331D17.g
ACCGA117661GA117662
length5121,128
definitionB6Ng01-331D17.b B6Ng01-331D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,651,755 - 98,652,271)(98,827,721 - 98,828,842)
sequence
tcaataaccaacaaggtgtttagagactcgaacttgagaaagtacttttc
ttctacctacagactgaagggacaactaccaattatgtcaggaaggtcca
gtgagttacagatgtgtgcttgtgaaggggacagctgggcttgtgaagct
ctgtagcattgtgaggggggtggctttagagactgcacacacagaatacc
ataaatgaggctcagaccatgggagctctgtgggaagacttagctaaggt
cctaagttactccaaccttgctccacatttggataagaagatggaagaca
agaatgactttctcaatactttgtaaatctggcataatgaagactatgag
aaacaaactcagtcattaattatatatgtaattatatgtatataatatat
attagttagatgtagtatatgtatatataacatacataatttatgttgat
agtgtatgtcatatatgtacatcataatacacataatatattatatatgg
aatatttaacac
gaattctcacccgaggaataccgaatggctgagaagcacctgaaaaaaat
gttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgaga
ttccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacag
cagatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcttcaattgttggt
gggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctgatggttcctc
agaaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctggg
catatatccagaagatgtcccaaccggtaagaaggacacatgctccacta
tgttcataggtagtcagttcttaattaggctccagttttgtagaggaatg
aagaaaaggaaggaagatatttagcaagccagagccttctattatttcaa
cttcaatcatgtagagcattactagaaggccaaagaagaagctgagtggt
tccagtggttaggagtgagtagtgctcctgcataggaaggaccctaatat
ggttcctcacacccataccaggcagcccacaactaatgtcaggactagct
ccaagggtccaacatatccttctagcctctgggtgcacataaactcactt
gggcatattcaggcacatacacatacatatacatatatccatacacatac
ccatacacatatccatacacatacatatacacatacatgtgactaaaagt
aaaaatttaaatctttaaaatgtggaaaaattaatctatgttgtcaaacg
attaaaagcaaatcttaaatcaaaactttaatttcaacaaaaatgttttc
agtagatgatatcatctaaactgtgtatcagacaggatgatcagtactgg
gttcatcagtactaagtattgtaaaaatcatttttccattggagaaagaa
taactaaatatttaatgcattgatgcttgaatgtactaatagacccctac
tattatgctgacttgtgtcaaaaatatgctaagctctttctttaccccag
aactgactatgccttagaaacaagaacattgaaacagttagcggcactac
tttgaatccatgtgcctaggaggaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_98651755_98652271
seq2: B6Ng01-331D17.b_47_564

seq1  GAATTCTCAATAACCAACAAGGTGTTTAGAGACTCGAACTTGAGAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATAACCAACAAGGTGTTTAGAGACTCGAACTTGAGAAAGTA  50

seq1  CTTTTCTTCTACCTACAGACTGAAGGGACAACTACCAATTATGTCAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTCTACCTACAGACTGAAGGGACAACTACCAATTATGTCAGGAA  100

seq1  GGTCCAGTGAGTTACAGATGTGTGCTTGTGAAGGGGACAGCTGGGCTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTGAGTTACAGATGTGTGCTTGTGAAGGGGACAGCTGGGCTTGT  150

seq1  GAAGCTCTGTAGCATTGTGAGGGGGGTGGCTTTAGAGACTGCACACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTGTAGCATTGTGAGGGGGGTGGCTTTAGAGACTGCACACACAG  200

seq1  AATACCATAAATGAGGCTCAGACCATGGGAGCTCTGTGGGAAGACTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCATAAATGAGGCTCAGACCATGGGAGCTCTGTGGGAAGACTTAGC  250

seq1  TAAGGTCCTAAGTTACTCCAACCTTGCTCCACATTTGGATAAGAAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCCTAAGTTACTCCAACCTTGCTCCACATTTGGATAAGAAGATGG  300

seq1  AAGACAAGAATGACTTTCTCAATACTTTGTAAATCTGGCATAATGAAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGAATGACTTTCTCAATACTTTGTAAATCTGGCATAATGAAGAC  350

seq1  TATGAGAAACAAACTCAGTCATTAATTATATATGTAATTATATGTATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAACAAACTCAGTCATTAATTATATATGTAATTATATGTATATA  400

seq1  ATATATATTAGTTAGATGTAGTATATGTATATATAACATACATAATTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATTAGTTAGATGTAGTATATGTATATATAACATACATAATTTAT  450

seq1  GTTTATATTGTATGTTATATATGTACATCATAATACACATAATATATTAT  500
      ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAGTGTATGTCATATATGTACATCATAATACACATAATATATTAT  500

seq1  ATATGG-ATATATAACAC  517
      |||||| |||| ||||||
seq2  ATATGGAATATTTAACAC  518

seq1: chr5_98827721_98828842
seq2: B6Ng01-331D17.g_68_1195 (reverse)

seq1  TGTTTCCTCCTA-GCACATGGA-TCAAGTTAGTGCCGCTAACCTGTTTCA  48
      |||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTTCCTCCTAGGCACATGGATTCAAAGTAGTGCCGCTAA-CTGTTTCA  49

seq1  ATGT--CTGTTTCTAA-GCATAGTCAGTTTCTGGGGTAAAG-AAGAGCTT  94
      ||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTTCTTGTTTCTAAGGCATAGTCAG-TTCTGGGGTAAAGAAAGAGCTT  98

seq1  AGCATA-TTTTGACACAAGTCAGCAT-ATAGTAGGGGTCTATTAGTACAA  142
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCATATTTTTGACACAAGTCAGCATAATAGTAGGGGTCTATTAGTACAT  148

seq1  TCAAGCATCAATGCATTAAATATTTAGTTATTCTTTCTCCAATGGAAAAA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCATCAATGCATTAAATATTTAGTTATTCTTTCTCCAATGGAAAAA  198

seq1  TGATTTTTACAATACTTAGTACTGATGAACCCAGTACTGATCATCCTGTC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTACAATACTTAGTACTGATGAACCCAGTACTGATCATCCTGTC  248

seq1  TGATACACAGTTTAGATGATATCATCTACTGAAAACATTTTTGTTGAAAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACACAGTTTAGATGATATCATCTACTGAAAACATTTTTGTTGAAAT  298

seq1  TAAAGTTTTGATTTAAGATTTGCTTTTAATCGTTTGACAACATAGATTAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTTGATTTAAGATTTGCTTTTAATCGTTTGACAACATAGATTAA  348

seq1  TTTTTCCACATTTTAAAGATTTAAATTTTTACTTTTAGTCACATGTATGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCACATTTTAAAGATTTAAATTTTTACTTTTAGTCACATGTATGT  398

seq1  GTATATGTATGTGTATGGATATGTGTATGGGTATGTGTATGGATATATGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTATGTGTATGGATATGTGTATGGGTATGTGTATGGATATATGT  448

seq1  ATATGTATGTGTATGTGCCTGAATATGCCCAAGTGAGTTTATGTGCACCC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTGTATGTGCCTGAATATGCCCAAGTGAGTTTATGTGCACCC  498

seq1  AGAGGCTAGAAGGATATGTTGGACCCTTGGAGCTAGTCCTGACATTAGTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTAGAAGGATATGTTGGACCCTTGGAGCTAGTCCTGACATTAGTT  548

seq1  GTGGGCTGCCTGGTATGGGTGTGAGGAACCATATTAGGGTCCTTCCTATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGCCTGGTATGGGTGTGAGGAACCATATTAGGGTCCTTCCTATG  598

seq1  CAGGAGCACTACTCACTCCTAACCACTGGAACCACTCAGCTTCTTCTTTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCACTACTCACTCCTAACCACTGGAACCACTCAGCTTCTTCTTTG  648

seq1  GCCTTCTAGTAATGCTCTACATGATTGAAGTTGAAATAATAGAAGGCTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTAGTAATGCTCTACATGATTGAAGTTGAAATAATAGAAGGCTCT  698

seq1  GGCTTGCTAAATATCTTCCTTCCTTTTCTTCATTCCTCTACAAAACTGGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCTAAATATCTTCCTTCCTTTTCTTCATTCCTCTACAAAACTGGA  748

seq1  GCCTAATTAAGAACTGACTACCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATTAAGAACTGACTACCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTC  798

seq1  TTACCGGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCGGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGG  848

seq1  ATCCTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGAACCATCAGACTGATT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGAACCATCAGACTGATT  898

seq1  TCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATTGAAGAGTGTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATTGAAGAGTGTT  948

seq1  CCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGAT  998

seq1  CTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTT  1048

seq1  GCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTCTC  1098

seq1  AGCCATTCGGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTCGGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1128