BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331D20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,773,754 - 49,920,973
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041659, EG433885
Upstream gene4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
Downstream geneLOC666223, Gpr125, EG637307
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331D20.bB6Ng01-331D20.g
ACCGA117665GA117666
length1,1611,077
definitionB6Ng01-331D20.b B6Ng01-331D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,919,813 - 49,920,973)(49,773,754 - 49,774,825)
sequence
gaattctctgggtaaagtaaatccctcttccaaaggaaatcccctaatca
actctgccgccacagtagactgtagccagtgggtccgctcaagtccgcaa
ggcaggagaaatgccgttcagtgtgatgataactttacctttttaatatg
gacttaccctgcaaggcagagttgcaagccaagtctggatttcagtgctt
agagaattacagttcatttggcagcatgccaacttatataaacttggcga
gacttaccgaactgagcgctggaagatgtcgggtgatgaaagtttgtgac
ctggttgcatctccagtgcttcatgaaaactcaggaaagtcacttaatct
ctgtgggggtcagtctcctcatctacaaagtggtgctaataacatctcat
cgggctccatttcagagtcataaagaacaatcaggttatgcacatattat
tagcatggaagggtcagaattagccctggggcccttcagcgctttcttcc
tctttgtcccaaagtacattaatatttactttaatgtgagaatctcaaag
tagattgcctggttgtttgagtcctgaggaattatgggtaagtaagaatt
tgacaggtatagttatggctgtggatactgtgtgcctgaacactaatagg
cagtaaattgttcccttcatttgagtaacggaatgacacaaaaggtcaag
tccagtgaactgatttggattattataccaggctcctttccacccaatgg
gctctagagaaatcctagatgggccatgttgaaccactccatctccactg
tcgtctatgtacctggaaggacctgagggtattagtaagcagaatatgga
tacatattcagacagcacctgtcagtcccagactcggaattcctgacaag
ctcctagaagaagataaggcgcagtatcgtaggctgtgccgtttttgaaa
tgtggtacccttggctgcctaacaacatcaacagcagctgtgtggcttag
caacaagtggttgttctgctccagttcttgtagactgtaagctcaaatca
agctgtacaataagagttcggctgtgtcagaggaactttacccctactgc
tttttctcctaggaaatatatctctttccctattaagctcataatcctag
ataaacctatg

gaattcttttctttgaaacattgatttcacagtaaaactaattattaaat
tattgaaatctgtgcctctgatcagaggtaaagttccaagagactgaaga
caaaagtgcttcacttctaatactaaatatcttacctgaagatggtgaca
ccaagcacagactggcagttaaacacagcaattttgttctggcttcattg
caaagagggagagagcagctacaaaatgtggagggttccagaagttattc
agaagtcagatagatgtggtaatcaatttatgtgacttcagtgctctgaa
ctatcacatactgaactttacatttggtgtttaaaagcactagcaattct
atgactatgtatctgcatagttataaggaaaaaagggaagctaaagctgt
aatggatttaaatatgcaacagccatttattttacgtgtaaaaaaggcat
ggttgaatgccattgtatctcagacagtggcttcattctgtctgtattga
catgattttaaagtgccctgtttgtctcagtcaatcagacttgatgagct
tgggtgatgtgggagttctatgcaattgcttatattcaatagacaaacac
agtgccttcacttagctcttagagctagtctggaccctctgacacaatca
gagggcactctcattgttttttttttttttcttttaaaatttttcactcg
acatctattcataaaatttagatgtgtcagtcactcaacaaacaacttgt
gaaaaggaataagtcaaaatctgtcaaatattttacctgccaaaaaatta
gagcaaagggctactttataccctgctagttttaaaacctacaaacatta
gatgttttaaacttagtattatgctcacatagtattgtactatataatca
tgtgagtttcataaaaagagtctaaataaatagaatttctgggatttgta
agtaatccttttaaattgctccgcacctgcacttacttttcctaaacaat
acagtcatcctctgacacctctctcattctagcctgcagaataacataca
ggtgagctccataaagttaagatctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49919813_49920973
seq2: B6Ng01-331D20.b_48_1208 (reverse)

seq1  CATA-GTTTATCTAGGATTTATGAG-TTTATAGGGAAAGAG--ATATTTC  46
      |||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||  |||||||
seq2  CATAGGTTTATCTAGGA-TTATGAGCTTAATAGGGAAAGAGATATATTTC  49

seq1  TTA-GAGAAAAAGCCAGGTAGGGGTAAGGTTCCTCTG-CACAGGCCGAAC  94
       || ||||||||||   |||||||||| ||||||||| |||| |||||||
seq2  CTAGGAGAAAAAGC--AGTAGGGGTAAAGTTCCTCTGACACA-GCCGAAC  96

seq1  TC-TATTGTACAGCTTGATTTTGAGCTTACAGTCTAC-AGAACTGGAGCA  142
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTTATTGTACAGCTTGA-TTTGAGCTTACAGTCTACAAGAACTGGAGCA  145

seq1  GAACAACCCACTGTTGCTTAAGCCACACAGCCTGCTGTTGATGTTGTTAG  192
      ||||||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GAACAACCACTTGTTGC-TAAGCCACACAG-CTGCTGTTGATGTTGTTA-  192

seq1  GGCAGCCAAGGGTACCACATTTCAAAAACGGCACAGCCTACGATACTGCG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCAAGGGTACCACATTTCAAAAACGGCACAGCCTACGATACTGCG  242

seq1  CCTTATCTTCTTCTAGGAGCTTGTCAGGAATTCCGAGTCTGGGACTGACA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTTCTTCTAGGAGCTTGTCAGGAATTCCGAGTCTGGGACTGACA  292

seq1  GGTGCTGTCTGAATATGTATCCATATTCTGCTTACTAATACCCTCAGGTC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGTCTGAATATGTATCCATATTCTGCTTACTAATACCCTCAGGTC  342

seq1  CTTCCAGGTACATAGACGACAGTGGAGATGGAGTGGTTCAACATGGCCCA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGTACATAGACGACAGTGGAGATGGAGTGGTTCAACATGGCCCA  392

seq1  TCTAGGATTTCTCTAGAGCCCATTGGGTGGAAAGGAGCCTGGTATAATAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGATTTCTCTAGAGCCCATTGGGTGGAAAGGAGCCTGGTATAATAA  442

seq1  TCCAAATCAGTTCACTGGACTTGACCTTTTGTGTCATTCCGTTACTCAAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATCAGTTCACTGGACTTGACCTTTTGTGTCATTCCGTTACTCAAA  492

seq1  TGAAGGGAACAATTTACTGCCTATTAGTGTTCAGGCACACAGTATCCACA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGAACAATTTACTGCCTATTAGTGTTCAGGCACACAGTATCCACA  542

seq1  GCCATAACTATACCTGTCAAATTCTTACTTACCCATAATTCCTCAGGACT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAACTATACCTGTCAAATTCTTACTTACCCATAATTCCTCAGGACT  592

seq1  CAAACAACCAGGCAATCTACTTTGAGATTCTCACATTAAAGTAAATATTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACCAGGCAATCTACTTTGAGATTCTCACATTAAAGTAAATATTA  642

seq1  ATGTACTTTGGGACAAAGAGGAAGAAAGCGCTGAAGGGCCCCAGGGCTAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTTTGGGACAAAGAGGAAGAAAGCGCTGAAGGGCCCCAGGGCTAA  692

seq1  TTCTGACCCTTCCATGCTAATAATATGTGCATAACCTGATTGTTCTTTAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCCTTCCATGCTAATAATATGTGCATAACCTGATTGTTCTTTAT  742

seq1  GACTCTGAAATGGAGCCCGATGAGATGTTATTAGCACCACTTTGTAGATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGAAATGGAGCCCGATGAGATGTTATTAGCACCACTTTGTAGATG  792

seq1  AGGAGACTGACCCCCACAGAGATTAAGTGACTTTCCTGAGTTTTCATGAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACTGACCCCCACAGAGATTAAGTGACTTTCCTGAGTTTTCATGAA  842

seq1  GCACTGGAGATGCAACCAGGTCACAAACTTTCATCACCCGACATCTTCCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGAGATGCAACCAGGTCACAAACTTTCATCACCCGACATCTTCCA  892

seq1  GCGCTCAGTTCGGTAAGTCTCGCCAAGTTTATATAAGTTGGCATGCTGCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTCAGTTCGGTAAGTCTCGCCAAGTTTATATAAGTTGGCATGCTGCC  942

seq1  AAATGAACTGTAATTCTCTAAGCACTGAAATCCAGACTTGGCTTGCAACT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAACTGTAATTCTCTAAGCACTGAAATCCAGACTTGGCTTGCAACT  992

seq1  CTGCCTTGCAGGGTAAGTCCATATTAAAAAGGTAAAGTTATCATCACACT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGCAGGGTAAGTCCATATTAAAAAGGTAAAGTTATCATCACACT  1042

seq1  GAACGGCATTTCTCCTGCCTTGCGGACTTGAGCGGACCCACTGGCTACAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGCATTTCTCCTGCCTTGCGGACTTGAGCGGACCCACTGGCTACAG  1092

seq1  TCTACTGTGGCGGCAGAGTTGATTAGGGGATTTCCTTTGGAAGAGGGATT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGTGGCGGCAGAGTTGATTAGGGGATTTCCTTTGGAAGAGGGATT  1142

seq1  TACTTTACCCAGAGAATTC  1161
      |||||||||||||||||||
seq2  TACTTTACCCAGAGAATTC  1161


seq1: chr5_49773754_49774825
seq2: B6Ng01-331D20.g_67_1143

seq1  GAATTCTTTTCTTTGAAACATTGATTTCACAGTAAAACTAATTATTAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTTTGAAACATTGATTTCACAGTAAAACTAATTATTAAAT  50

seq1  TATTGAAATCTGTGCCTCTGATCAGAGGTAAAGTTCCAAGAGACTGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAATCTGTGCCTCTGATCAGAGGTAAAGTTCCAAGAGACTGAAGA  100

seq1  CAAAAGTGCTTCACTTCTAATACTAAATATCTTACCTGAAGATGGTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTGCTTCACTTCTAATACTAAATATCTTACCTGAAGATGGTGACA  150

seq1  CCAAGCACAGACTGGCAGTTAAACACAGCAATTTTGTTCTGGCTTCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCACAGACTGGCAGTTAAACACAGCAATTTTGTTCTGGCTTCATTG  200

seq1  CAAAGAGGGAGAGAGCAGCTACAAAATGTGGAGGGTTCCAGAAGTTATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGGAGAGAGCAGCTACAAAATGTGGAGGGTTCCAGAAGTTATTC  250

seq1  AGAAGTCAGATAGATGTGGTAATCAATTTATGTGACTTCAGTGCTCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAGATAGATGTGGTAATCAATTTATGTGACTTCAGTGCTCTGAA  300

seq1  CTATCACATACTGAACTTTACATTTGGTGTTTAAAAGCACTAGCAATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACATACTGAACTTTACATTTGGTGTTTAAAAGCACTAGCAATTCT  350

seq1  ATGACTATGTATCTGCATAGTTATAAGGAAAAAAGGGAAGCTAAAGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTATGTATCTGCATAGTTATAAGGAAAAAAGGGAAGCTAAAGCTGT  400

seq1  AATGGATTTAAATATGCAACAGCCATTTATTTTACGTGTAAAAAAGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTTAAATATGCAACAGCCATTTATTTTACGTGTAAAAAAGGCAT  450

seq1  GGTTGAATGCCATTGTATCTCAGACAGTGGCTTCATTCTGTCTGTATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAATGCCATTGTATCTCAGACAGTGGCTTCATTCTGTCTGTATTGA  500

seq1  CATGATTTTAAAGTGCCCTGTTTGTCTCAGTCAATCAGACTTGATGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTTTAAAGTGCCCTGTTTGTCTCAGTCAATCAGACTTGATGAGCT  550

seq1  TGGGTGATGTGGGAGTTCTATGCAATTGCTTATATTCAATAGACAAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATGTGGGAGTTCTATGCAATTGCTTATATTCAATAGACAAACAC  600

seq1  AGTGCCTTCACTTAGCTCTTAGAGCTAGTCTGGACCCTCTGACACAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTTCACTTAGCTCTTAGAGCTAGTCTGGACCCTCTGACACAATCA  650

seq1  GAGGGCACTCTCATTGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTAAAATTTTTCACTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACTCTCATTGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTAAAATTTTTCACTCG  700

seq1  ACATCTATTCATAAAATTTAGATGTGTCAGTCACTCAACAAACAACTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTATTCATAAAATTTAGATGTGTCAGTCACTCAACAAACAACTTGT  750

seq1  GAAAAGGAATAAGTCAAAATCTGTCAAATATTTTACCTGCCAAAAAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAATAAGTCAAAATCTGTCAAATATTTTACCTGCCAAAAAATTA  800

seq1  GAGCAAAGGGCTACTTTATA-CCTGCTAGTTTTAAAACCTACAAACATTA  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGGGCTACTTTATACCCTGCTAGTTTTAAAACCTACAAACATTA  850

seq1  GATGTTTTAAACTTAGTATTATGCTCACATAGTATTGTACTATATAATCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTTAAACTTAGTATTATGCTCACATAGTATTGTACTATATAATCA  900

seq1  TGTGAGTTTCAT-AAAAGAGTCTAAAT-AATAGAA-TTCTGGGATTTGTT  946
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |
seq2  TGTGAGTTTCATAAAAAGAGTCTAAATAAATAGAATTTCTGGGATTTG-T  949

seq1  AAGTAATC--TTTTAATTGCT-CGCACCTGCACTTAC-TTTCCTAAAC-A  991
      ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  AAGTAATCCTTTTAAATTGCTCCGCACCTGCACTTACTTTTCCTAAACAA  999

seq1  TACAAGTTCATTCCTTCTGACACCTCTCTCATTCTAG-CTGCAGATAAAC  1040
      ||||   ||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||  |||
seq2  TACA--GTCAT--CCTCTGACACCTCTCTCATTCTAGCCTGCAGAATAAC  1045

seq1  AATACA-GTGAGCTCCATAAAGTAGAGATCTGG  1072
       ||||| ||||||||||||||||  ||||||||
seq2  -ATACAGGTGAGCTCCATAAAGTTAAGATCTGG  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |