BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331K16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 121,426,770 - 121,564,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRph3a, LOC665299
Upstream geneRbm19, LOC100039609, Lhx5, Sdsl, Sds, 1300012G16Rik, Slc24a6, Tpcn1, Iqcd, 1110008J03Rik, Ddx54, LOC546886, Rasal1, Dtx1, Oas2, Oas3, Oas1e, Oas1c, Oas1b, Oas1f, Oas1h, Oas1g, Oas1a, Oas1d, Oas1i
Downstream genePtpn11, Rpl6, LOC100039686, EG545802, AU042671, Trafd1, C330023M02Rik, Erp29, Tmem116, Adam1b, Adam1a, Mapkapk5, Aldh2, 9330129D05Rik, Acad10, Brap, Atxn2, Sh2b3, A230106M15Rik, Cutl2, LOC100042693, Myl2, Ccdc63
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331K16.bB6Ng01-331K16.g
ACCGA117973GA117974
length1,1791,090
definitionB6Ng01-331K16.b B6Ng01-331K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,563,753 - 121,564,942)(121,426,770 - 121,427,855)
sequence
gaattccattaaatccccaagtccagggcttgtgacatacatagctcagt
tggtacagcccagcaggcacatagcctcccatttgttcccctgtaccacc
taaaaccaggtgaggtggcacatgcctaccatgccagcactcacaaggta
aaggcaggaggaccaagagttcagtgtcatctctggctacttagtgagtg
tgaggcccgtctgggctatggtaggccctgccacgtgcaattgagcagct
tcatgagaggccagggaggatggcttcagttttgctcctgataccaaagt
ttctcacctggttatatgtgtcctgaacacacacatacaggaccctgtgt
agttcagagccagtccgagcctggactgccattggctgaggaagcagtcg
tcagtacagtctgcccaggtggcagtgaggccggaatcctcctgcctcca
cctcccaatcgctgagattgcaggcacgaagcggtccttccgccttgatt
tgttgactccctccgtgactgatttagtttttctggcgtgaatcccaagc
gcttgccattcagttggtatttttaggctctgtttaagaagagaaaccag
aacaattttaaaaggccgaatgcaaagtgcttctctagcaggaagtgact
acgcccctccggaagccagctcacctgccaaggtggccagctggggcaat
tcaccgtggtcctctaagacagaaggcagtttctggtaatttcactgttg
gagtggattgtgcacacagccccgtgtggaatgttatccctagaggggcc
atctttcagcctgtcctttgtcctgagtcccctccaaaccacccgaggca
ggcataggcctcaggttgggaaaaaactgctacacatcacattaccttga
gctgagttccaaatgacatggtgccctcagggaatgtcacctgtaaatac
cattcccagcagaggactctggctcagcgctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctcttctcatctacccaatcatcctctctcccccaca
catcactgcatggctgaccactgacaccaggctgtgaggctcctgacact
tcatggattgcaggctagaggctggtctccccctctccatatacctgtac
gtatttccacttcatggagaacagggggg
gaattcctgaccctcctgagtgctgagttacagtgtggcctatcgtaccc
cgtgtatgaggtgctggggatcaaacctggggccacgtgtgtgccaggca
agcaccctaccagggatcttgctaaaagccaatgctggagacggaagcac
tgtcatccatgggacaagttacacacaggaccatgtcccatccaggaagt
gccctggagggcccgtctcacctctgccggctgcatccttggagaaagca
ggtttccaggtgacccagcctgagattaagtggcaagaacttgaggatag
agtgtttacttcagtgggttatttacaacttggagataacaggggtatct
gcaaatggggaccactgagtaagatgctgtaatatgttttgtcacatggc
agaagctagctgatacacacactagcaatgagagaaccggtcaagggacc
cacgggactccctccctccctttccagattagtggtatttgaagtcgtag
ctgtataaagttcactgtgaatactcttgaccatttgaggtctgtaccca
gctatcttcccagtgctctcaaatagttagctcttaaaatatttttcaaa
gaaaaccctgctgctaatggaagcagaaagatcatcactattgcatgttc
agttcctggatgtaggacgcttcgggagagggaccgaggatgtaagctag
agacagcatggtcgggaatccacataaatagctcctgccacatctgtcct
tgaaagtggaaggtcactgccaccaaagctcgcagcaggaggctctagac
aaccggagatgggtgaccctactgaaagtgccacccatgtctgtccctga
aacacacagaggacaccttcacctcggtccaacccacctgcattcatgtc
atgcccacactcgtcacgtggctgccagatgtctctactagtacttgatg
gctcccctaaaggtatgaaatgatggaagtgcagtctgggtgctggggtc
tttccctcctccatttccctgggggtgcccacactgagatgtctaagagg
gcattctttgtagtagttgggggggattttaacaaaggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_121563753_121564942
seq2: B6Ng01-331K16.b_49_1227 (reverse)

seq1  CCCCCCTGGTCCTCCACTGAAGTGGAAAATAAAGTACAGGTGATAGGGGA  50
      ||||||| || ||||| |||||||||||   | |||||||| |||  |||
seq2  CCCCCCT-GTTCTCCA-TGAAGTGGAAA--TACGTACAGGT-ATA-TGGA  44

seq1  GA-GGGGAGGCCAGCCTCTAAGCCTGCAA-CCATGGAGTGTCAGGAGGCC  98
      || |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||
seq2  GAGGGGGAGACCAGCCTCT-AGCCTGCAATCCATGAAGTGTCAGGA-GCC  92

seq1  TCACAGCCTGGTGGCCAGTGGTCAGCCATGCAGTGGTGGTGTGGGGGAGA  148
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||| 
seq2  TCACAGCCTGGT-GTCAGTGGTCAGCCATGCAGTGAT-GTGTGGGGGAG-  139

seq1  AGAGGATGA-TGGGTAGATGGAGAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  197
      ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGATTGGGTAGAT-GAGAA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  187

seq1  GAGAGAGAGAGAGCGCTGAGCCAGAGTCCTCTGCTGGGAATGGTAATTAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGCGCTGAGCCAGAGTCCTCTGCTGGGAATGGTATTTAC  237

seq1  AGGTGACATTCCCTGAGGGCACCATGTCATTTGGAACTCAGCTCAAGGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACATTCCCTGAGGGCACCATGTCATTTGGAACTCAGCTCAAGGTA  287

seq1  ATGTGATGTGTAGCAGTTTTTTCCCAACCTGAGGCCTATGCCCTGCCTCG  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGTGATGTGTAGCAGTTTTTTCCCAACCTGAGGCCTATG-CCTGCCTCG  336

seq1  GGTGGTTTGGAGGGGACTCAGGACAAAGGACAGGCTGAAAGATGGCCCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTTGGAGGGGACTCAGGACAAAGGACAGGCTGAAAGATGGCCCCT  386

seq1  CTAGGGATAACATTCCACACGGGGCTGTGTGCACAATCCACTCCAACAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGATAACATTCCACACGGGGCTGTGTGCACAATCCACTCCAACAGT  436

seq1  GAAATTACCAGAAACTGCCTTCTGTCTTAGAGGACCACGGTGAATTGCCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTACCAGAAACTGCCTTCTGTCTTAGAGGACCACGGTGAATTGCCC  486

seq1  CAGCTGGCCACCTTGGCAGGTGAGCTGGCTTCCGGAGGGGCGTAGTCACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCCACCTTGGCAGGTGAGCTGGCTTCCGGAGGGGCGTAGTCACT  536

seq1  TCCTGCTAGAGAAGCACTTTGCATTCGGCCTTTTAAAATTGTTCTGGTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTAGAGAAGCACTTTGCATTCGGCCTTTTAAAATTGTTCTGGTTT  586

seq1  CTCTTCTTAAACAGAGCCTAAAAATACCAACTGAATGGCAAGCGCTTGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTAAACAGAGCCTAAAAATACCAACTGAATGGCAAGCGCTTGGG  636

seq1  ATTCACGCCAGAAAAACTAAATCAGTCACGGAGGGAGTCAACAAATCAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACGCCAGAAAAACTAAATCAGTCACGGAGGGAGTCAACAAATCAAG  686

seq1  GCGGAAGGACCGCTTCGTGCCTGCAATCTCAGCGATTGGGAGGTGGAGGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAAGGACCGCTTCGTGCCTGCAATCTCAGCGATTGGGAGGTGGAGGC  736

seq1  AGGAGGATTCCGGCCTCACTGCCACCTGGGCAGACTGTACTGACGACTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATTCCGGCCTCACTGCCACCTGGGCAGACTGTACTGACGACTGC  786

seq1  TTCCTCAGCCAATGGCAGTCCAGGCTCGGACTGGCTCTGAACTACACAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGCCAATGGCAGTCCAGGCTCGGACTGGCTCTGAACTACACAGG  836

seq1  GTCCTGTATGTGTGTGTTCAGGACACATATAACCAGGTGAGAAACTTTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTATGTGTGTGTTCAGGACACATATAACCAGGTGAGAAACTTTGG  886

seq1  TATCAGGAGCAAAACTGAAGCCATCCTCCCTGGCCTCTCATGAAGCTGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGAGCAAAACTGAAGCCATCCTCCCTGGCCTCTCATGAAGCTGCT  936

seq1  CAATTGCACGTGGCAGGGCCTACCATAGCCCAGACGGGCCTCACACTCAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCACGTGGCAGGGCCTACCATAGCCCAGACGGGCCTCACACTCAC  986

seq1  TAAGTAGCCAGAGATGACACTGAACTCTTGGTCCTCCTGCCTTTACCTTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGCCAGAGATGACACTGAACTCTTGGTCCTCCTGCCTTTACCTTG  1036

seq1  TGAGTGCTGGCATGGTAGGCATGTGCCACCTCACCTGGTTTTAGGTGGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTGGCATGGTAGGCATGTGCCACCTCACCTGGTTTTAGGTGGTA  1086

seq1  CAGGGGAACAAATGGGAGGCTATGTGCCTGCTGGGCTGTACCAACTGAGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGAACAAATGGGAGGCTATGTGCCTGCTGGGCTGTACCAACTGAGC  1136

seq1  TATGTATGTCACAAGCCCTGGACTTGGGGATTTAATGGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTCACAAGCCCTGGACTTGGGGATTTAATGGAATTC  1179

seq1: chr5_121426770_121427855
seq2: B6Ng01-331K16.g_69_1158

seq1  GAATTCCTGACCCTCCTGAGTGCTGAGTTACAGTGTGGCCTATCGTACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCCTCCTGAGTGCTGAGTTACAGTGTGGCCTATCGTACCC  50

seq1  CGTGTATGAGGTGCTGGGGATCAAACCTGGGGCCACGTGTGTGCCAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATGAGGTGCTGGGGATCAAACCTGGGGCCACGTGTGTGCCAGGCA  100

seq1  AGCACCCTACCAGGGATCTTGCTAAAAGCCAATGCTGGAGACGGAAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCTACCAGGGATCTTGCTAAAAGCCAATGCTGGAGACGGAAGCAC  150

seq1  TGTCATCCATGGGACAAGTTACACACAGGACCATGTCCCATCCAGGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCCATGGGACAAGTTACACACAGGACCATGTCCCATCCAGGAAGT  200

seq1  GCCCTGGAGGGCCCGTCTCACCTCTGCCGGCTGCATCCTTGGAGAAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGAGGGCCCGTCTCACCTCTGCCGGCTGCATCCTTGGAGAAAGCA  250

seq1  GGTTTCCAGGTGACCCAGCCTGAGATTAAGTGGCAAGAACTTGAGGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCAGGTGACCCAGCCTGAGATTAAGTGGCAAGAACTTGAGGATAG  300

seq1  AGTGTTTACTTCAGTGGGTTATTTACAACTTGGAGATAACAGGGGTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTACTTCAGTGGGTTATTTACAACTTGGAGATAACAGGGGTATCT  350

seq1  GCAAATGGGGACCACTGAGTAAGATGCTGTAATATGTTTTGTCACATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGGGACCACTGAGTAAGATGCTGTAATATGTTTTGTCACATGGC  400

seq1  AGAAGCTAGCTGATACACACACTAGCAATGAGAGAACCGGTCAAGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTAGCTGATACACACACTAGCAATGAGAGAACCGGTCAAGGGACC  450

seq1  CACGGGACTCCCTCCCTCCCTTTCCAGATTAGTGGTATTTGAAGTCGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGACTCCCTCCCTCCCTTTCCAGATTAGTGGTATTTGAAGTCGTAG  500

seq1  CTGTATAAAGTTCACTGTGAATACTCTTGACCATTTGAGGTCTGTACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATAAAGTTCACTGTGAATACTCTTGACCATTTGAGGTCTGTACCCA  550

seq1  GCTATCTTCCCAGTGCTCTCAAATAGTTAGCTCTTAAAATATTTTTCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTTCCCAGTGCTCTCAAATAGTTAGCTCTTAAAATATTTTTCAAA  600

seq1  GAAAACCCTGCTGCTAATGGAAGCAGAAAGATCATCACTATTGCATGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCCTGCTGCTAATGGAAGCAGAAAGATCATCACTATTGCATGTTC  650

seq1  AGTTCCTGGATGTAGGACGCTTCGGGAGAGGGACCGAGGATGTAAGCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGGATGTAGGACGCTTCGGGAGAGGGACCGAGGATGTAAGCTAG  700

seq1  AGACAGCATGGTCGGGAATCCACATAAATAGCTCCTGCCACATCTGTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCATGGTCGGGAATCCACATAAATAGCTCCTGCCACATCTGTCCT  750

seq1  TGAAAGTGGAAGGTCACTGCCACCAAAGCTCGCAGCAGGAGGCTCTAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGGAAGGTCACTGCCACCAAAGCTCGCAGCAGGAGGCTCTAGAC  800

seq1  AACCGGAGATGGGTGACCCTACTGAAAGTGCCACCCATGTCTGTCCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGGAGATGGGTGACCCTACTGAAAGTGCCACCCATGTCTGTCCCTGA  850

seq1  AACACACAGAGGACACC-TCACCTCGGTCCAACCCACCTGCATTCATGTC  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACAGAGGACACCTTCACCTCGGTCCAACCCACCTGCATTCATGTC  900

seq1  ATGCCCACACTCGTCACGTGGCTGCCAGATGTCTCTACTAGTACTTGATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCACACTCGTCACGTGGCTGCCAGATGTCTCTACTAGTACTTGATG  950

seq1  GCTCCCCT-AAGGTATGAAATGATGGAAGTGCAGTCTGGGTGCTGGGGTC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCTAAAGGTATGAAATGATGGAAGTGCAGTCTGGGTGCTGGGGTC  1000

seq1  CTTCCCTCCCTCCA-TTCCCT-GGGGTGCCCACACTGAAGATGTCT-AGA  1045
       |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TTTCCCT-CCTCCATTTCCCTGGGGGTGCCCACACTG-AGATGTCTAAGA  1048

seq1  GGGCA-TCTTTGTAGGTAAGT-GGGGGGATTTTAACAAAGGTA  1086
      ||||| |||||||| |||  | |||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTCTTTGTA-GTAGTTGGGGGGGATTTTAACAAAGGTA  1090