BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331N23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,436,296 - 127,592,272
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039178, LOC665760, LOC100040327
Downstream geneTmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331N23.bB6Ng01-331N23.g
ACCGA118130GA118131
length1,077718
definitionB6Ng01-331N23.b B6Ng01-331N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,591,193 - 127,592,272)(127,436,296 - 127,437,013)
sequence
gaattcctctccccaagatggcttgccttaccttaactgataaaatgagg
cacatttgagggccctgtactggaagtgtcacggcccctactgtgacgat
tcctatcagcactaccctataggaattgttataggctgtcacatcagctt
cacagagggttttctctgacagagaagcagctcccacaaacaggttcata
ttcagggctgggctcagttttcctcagagaccttggtcttgggagacctg
cacatggactaattttaaagatgcctccagccacatcctgcaattgtagg
agcaaagggcatagtacttacagacctctctcaagggtgagcatgacctt
ttgtaagacagagggcagggtagaaaatgaagacatctgagctgggtagg
ggtcctgaggaactgttttctgccaagggtccccgcctactgtatgacga
gacaggggaagcgaggtgagaggaaaccaaggcagaaagtaaggcttcat
attttatgatcttttgctgctcaagctgagtcagaaatgatacctgcctt
ttctccatgacatctgggggtatgggtcatctgcttgccacctacatccc
ctttctactcacatatcagccttgacctccacttacatccctgtgaacag
taaaagcaacacagcaagctgcctcaacacccagttttcatagtcagcat
tatcaaacagacattgtgtgtgggctattcttgcttgtcaccttggctac
atgtgaaattagctaaacctaagtggttgggtacatctgtgaggtttttt
tttttttttttttgggtcaagtaaacaatttgaagtgtaagacccacctt
ccatctggatcttttgaggtgtagagatctcacctttcaatcttgggtaa
caccttctgctagcagctgaaataaaaggatgcagaagaaggatttcttg
ctctatgcctgcttgtctcactctccactgatgagttcattcttcactgg
catagacttcttctcatccaatgtgaacttgacgatgagcttagaaacac
agctattaacttgacaatctggatttt

gaattcttactgttctggtgagacatgattaaattgcacagacatgtccc
cattccttcagagtgatccagcttacatccatgtagacatcaccctgtaa
aaccagcacacatccatgtacactgtaaaacacatatggaaacagaacct
atccttaattccaactctgacttttggttgctcagtgataaaaaaaacct
tacattcatttatttacttattagttcattcgttttgtatggtgtggcac
gcacatcacggaacaacttgcttaagttggttctctccttctaacatcag
tcctggaggagggcctcttccctggctgagtccctcaagagtaaatccta
aagcttattccacccgtatatactcagaacgatttgtgtttctgaatatt
gctcattctgtttcctccacggttcagggaatgtcagttccatctcaacg
aggcaggtaatctgtcacctgttctttttattgcatggcagtgttctgga
gtctctgcagagaaggcactggacactgggacacagttaaccagaccttc
agagaactggacattgggacacacagctagccagaccttcagggacaaga
caagggccagccttctcagatttcaactgaagcaacggagatttttcaat
ctaatagtttgtgacatatgtgtttagaatgtacttctatttgtgggggg
tagggacaggagggttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127591193_127592272
seq2: B6Ng01-331N23.b_52_1128 (reverse)

seq1  AAAATCCAG-TTGTTCAGGTAATAAGGCTGTGTTTCTAAGCTCATCGTC-  48
      ||||||||| ||||  || |||||  ||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAATCCAGATTGTCAAGTTAATA--GCTGTGTTTCTAAGCTCATCGTCA  48

seq1  AGTTCACATTGGGATTGAGAAGAAGTCTTATGCCAGTGAAGGAATGAACT  98
      ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTCACATTGG--ATGAGAAGAAGTC-TATGCCAGTGAA-GAATGAACT  94

seq1  CATCAGT-GAGAGTGAAGACAAGCAGGCATAGAGCAAGAAATTCCTTCTT  147
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATCAGTGGAGAGTG-AGACAAGCAGGCATAGAGCAAGAAA-TCCTTCTT  142

seq1  CTGCATCC-TTTATTTCAGCTGCTAGCAGAAGGTGTTA-CCAAGATTG-A  194
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CTGCATCCTTTTATTTCAGCTGCTAGCAGAAGGTGTTACCCAAGATTGAA  192

seq1  AGGTG-GATCTCTACACCTCAAAAGATCCAGATGGAAGGTGGGTCTTACA  243
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGATCTCTACACCTCAAAAGATCCAGATGGAAGGTGGGTCTTACA  242

seq1  CTTCAAATTGTTTACTTGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCACA  293
      |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATTGTTTACTTGACC--CAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCACA  290

seq1  GATGTACCCAACCACTTAGGTTTAGCTAATTTCACATGTAGCCAAGGTGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACCCAACCACTTAGGTTTAGCTAATTTCACATGTAGCCAAGGTGA  340

seq1  CAAGCAAGAATAGCCCACACACAATGTCTGTTTGATAATGCTGACTATGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGAATAGCCCACACACAATGTCTGTTTGATAATGCTGACTATGA  390

seq1  AAACTGGGTGTTGAGGCAGCTTGCTGTGTTGCTTTTACTGTTCACAGGGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGTGTTGAGGCAGCTTGCTGTGTTGCTTTTACTGTTCACAGGGA  440

seq1  TGTAAGTGGAGGTCAAGGCTGATATGTGAGTAGAAAGGGGATGTAGGTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGGAGGTCAAGGCTGATATGTGAGTAGAAAGGGGATGTAGGTGG  490

seq1  CAAGCAGATGACCCATACCCCCAGATGTCATGGAGAAAAGGCAGGTATCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGATGACCCATACCCCCAGATGTCATGGAGAAAAGGCAGGTATCA  540

seq1  TTTCTGACTCAGCTTGAGCAGCAAAAGATCATAAAATATGAAGCCTTACT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACTCAGCTTGAGCAGCAAAAGATCATAAAATATGAAGCCTTACT  590

seq1  TTCTGCCTTGGTTTCCTCTCACCTCGCTTCCCCTGTCTCGTCATACAGTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTTGGTTTCCTCTCACCTCGCTTCCCCTGTCTCGTCATACAGTA  640

seq1  GGCGGGGACCCTTGGCAGAAAACAGTTCCTCAGGACCCCTACCCAGCTCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGGACCCTTGGCAGAAAACAGTTCCTCAGGACCCCTACCCAGCTCA  690

seq1  GATGTCTTCATTTTCTACCCTGCCCTCTGTCTTACAAAAGGTCATGCTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTTCATTTTCTACCCTGCCCTCTGTCTTACAAAAGGTCATGCTCA  740

seq1  CCCTTGAGAGAGGTCTGTAAGTACTATGCCCTTTGCTCCTACAATTGCAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAGAGAGGTCTGTAAGTACTATGCCCTTTGCTCCTACAATTGCAG  790

seq1  GATGTGGCTGGAGGCATCTTTAAAATTAGTCCATGTGCAGGTCTCCCAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCTGGAGGCATCTTTAAAATTAGTCCATGTGCAGGTCTCCCAAG  840

seq1  ACCAAGGTCTCTGAGGAAAACTGAGCCCAGCCCTGAATATGAACCTGTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGTCTCTGAGGAAAACTGAGCCCAGCCCTGAATATGAACCTGTTT  890

seq1  GTGGGAGCTGCTTCTCTGTCAGAGAAAACCCTCTGTGAAGCTGATGTGAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGCTGCTTCTCTGTCAGAGAAAACCCTCTGTGAAGCTGATGTGAC  940

seq1  AGCCTATAACAATTCCTATAGGGTAGTGCTGATAGGAATCGTCACAGTAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATAACAATTCCTATAGGGTAGTGCTGATAGGAATCGTCACAGTAG  990

seq1  GGGCCGTGACACTTCCAGTACAGGGCCCTCAAATGTGCCTCATTTTATCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGTGACACTTCCAGTACAGGGCCCTCAAATGTGCCTCATTTTATCA  1040

seq1  GTTAAGGTAAGGCAAGCCATCTTGGGGAGAGGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGGTAAGGCAAGCCATCTTGGGGAGAGGAATTC  1077


seq1: chr5_127436296_127437013
seq2: B6Ng01-331N23.g_67_784

seq1  GAATTCTTACTGTTCTGGTGAGACATGATTAAATTGCACAGACATGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTGTTCTGGTGAGACATGATTAAATTGCACAGACATGTCCC  50

seq1  CATTCCTTCAGAGTGATCCAGCTTACATCCATGTAGACATCACCCTGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTTCAGAGTGATCCAGCTTACATCCATGTAGACATCACCCTGTAA  100

seq1  AACCAGCACACATCCATGTACACTGTAAAACACATATGGAAACAGAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCACACATCCATGTACACTGTAAAACACATATGGAAACAGAACCT  150

seq1  ATCCTTAATTCCAACTCTGACTTTTGGTTGCTCAGTGATAAAAAAAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAATTCCAACTCTGACTTTTGGTTGCTCAGTGATAAAAAAAACCT  200

seq1  TACATTCATTTATTTACTTATTAGTTCATTCGTTTTGTATGGTGTGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCATTTATTTACTTATTAGTTCATTCGTTTTGTATGGTGTGGCAC  250

seq1  GCACATCACGGAACAACTTGCTTAAGTTGGTTCTCTCCTTCTAACATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCACGGAACAACTTGCTTAAGTTGGTTCTCTCCTTCTAACATCAG  300

seq1  TCCTGGAGGAGGGCCTCTTCCCTGGCTGAGTCCCTCAAGAGTAAATCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGGAGGGCCTCTTCCCTGGCTGAGTCCCTCAAGAGTAAATCCTA  350

seq1  AAGCTTATTCCACCCGTATATACTCAGAACGATTTGTGTTTCTGAATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTATTCCACCCGTATATACTCAGAACGATTTGTGTTTCTGAATATT  400

seq1  GCTCATTCTGTTTCCTCCACGGTTCAGGGAATGTCAGTTCCATCTCAACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTCTGTTTCCTCCACGGTTCAGGGAATGTCAGTTCCATCTCAACG  450

seq1  AGGCAGGTAATCTGTCACCTGTTCTTTTTATTGCATGGCAGTGTTCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTAATCTGTCACCTGTTCTTTTTATTGCATGGCAGTGTTCTGGA  500

seq1  GTCTCTGCAGAGAAGGCACTGGACACTGGGACACAGTTAACCAGACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCAGAGAAGGCACTGGACACTGGGACACAGTTAACCAGACCTTC  550

seq1  AGAGAACTGGACATTGGGACACACAGCTAGCCAGACCTTCAGGGACAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTGGACATTGGGACACACAGCTAGCCAGACCTTCAGGGACAAGA  600

seq1  CAAGGGCCAGCCTTCTCAGATTTCAACTGAAGCAACGGAGATTTTTCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCCAGCCTTCTCAGATTTCAACTGAAGCAACGGAGATTTTTCAAT  650

seq1  CTAATAGTTTGTGACATATGTGTTTAGAATGTACTTCTATTTGTGGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAGTTTGTGACATATGTGTTTAGAATGTACTTCTATTTGTGGGGGG  700

seq1  TAGGGACAGGAGGGTTGA  718
      ||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACAGGAGGGTTGA  718


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |