BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332D18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,500,120 - 53,625,303
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310045A20Rik
Upstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2
Downstream gene1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19, Stim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332D18.bB6Ng01-332D18.g
ACCGA118391GA118392
length1,039918
definitionB6Ng01-332D18.b B6Ng01-332D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,624,263 - 53,625,303)(53,500,120 - 53,501,037)
sequence
gaattccagggcagccaggcctaaaaacctaagtagaataaagcaccatg
aattcctttgcatgcagtttcatttattgtttgagattcatctgtgatgc
tatctgtagtcacaggacactgagttccaactctatacagcattgcattg
catgagtacatccacgtttattcgtacataccattgctggtggacctctg
ggtagtatacagtggcttaggttgtatgctatggtcacgaatgttcttgg
gattcttccttggacatgagcatgaattcgggttttatacatgcaagaca
ctgtatgtaaagagtatacatataagacactagtatataagtggattgcc
aagtgatgaatatattttggacattttagctgagtttgtgtaactatgac
taaaatacctgacagaatgtctgaaagaggggaaaaattgcctatggctc
actgtttcagagttcagtctgttgcccctgcaccctgttcactttggaag
aacgtggcagtggtaatggtagccagagagcagagaaaggagagaaagga
taacgtaccccacctccacccccacccccagtgacctacatcctccaact
agactccacctcctaaagtttctagagcctccaaaaaaaaaaaaccacca
aaaaaaaaaaaaaaaaaacccactcagtgtcagagcacagaggccgttcc
atattgcaaatgtgggagtgtgcggaggccgttccatattgtaacagaac
agttgaggctagcagttttcaaggtggttcagttggccccgtgtccttac
ctggagggctcctgctccgcattttcaggagtttgctttattcttttctg
caggtcactcacatttatgtccttgttgaaaatttatagtttttcccaga
aaggagaataatctttgtaggagttctaagtttatcttgaaggcttcaac
ctgttcccagttaaagaaaggtaattgttggctagttgacctcttagggg
gtggtgtgtactctatttctctcctcctgccttggttgt
gaattccctgaaactagctacacatggttatgagcagccctggggggttt
tgggaacttaacccaggtcttctgcaagagcagctagtgctcttaaaaac
taaggcatctctccacctcccactccccccatgtcagtaattttcaaagg
gtagtggtgtttccttcccaaggacagagccactgtctggagacatttcc
acttgtcacacctgcccagtggggatgggatgatgacatctaccgagtgg
aaaccaaggatcatgttaagcctccagcaggactcatgacagccccacag
cagtgagtgaccagctctgaaggccacccatgctggaggtggcaaaacct
gcttaatgaatttaaacttagaagtgctgcaagtgacggtgggctctggc
ctttaacagcagtgtcacttgggtgaggtatcacatgctcccacctccaa
gagatggagaaaatgggaggctctgtggcacggaagcagtccacggctta
agtgagagaatgcactgagagcagtgcttggcaggtgaggtatgcgggaa
gtgttactggggaaacgtcctaagatttgttcatctcaggtacatggcac
tggggactgataaaagagctaaagcatttgtttgctggatgcctgcagcc
ccctgtttgaggctccaggataacaacaacatgagcttcaaagccaggaa
agactaagaattggccagtactgatgttttctcagctgggtaatcttgag
ccagctttcagctataagatgggggtagcagcatccagagctgtgtgatg
agtagtgaactcagtggccaaagtctgtggaggtgcagctagtttacctg
taagcggtgatcttaattaaacgcagtagtgttttagccctactgacttt
gtaaagagtgtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53624263_53625303
seq2: B6Ng01-332D18.b_46_1084 (reverse)

seq1  ACAACCAAAGGCAGGGAGGAAGAAGA-AAATAGAGTACACA-CACCCCCT  48
      |||||| ||||||||     || ||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  ACAACC-AAGGCAGG-----AGGAGAGAAATAGAGTACACACCACCCCCT  44

seq1  AAGAGGTCAACTAGCCAACAATTACCTTTCTTTAACTGGGAACAGG-TGA  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGAGGTCAACTAGCCAACAATTACCTTTCTTTAACTGGGAACAGGTTGA  94

seq1  AGCC-TCAAGATAAACTTAGAACTCCTACAAAGATTATTCTCCTTTCTGG  146
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCAAGATAAACTTAGAACTCCTACAAAGATTATTCTCCTTTCTGG  144

seq1  GAAAAACTATAAATTTTCAACAAGGACATAAATGTGAGTGACCTGCAGAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTATAAATTTTCAACAAGGACATAAATGTGAGTGACCTGCAGAA  194

seq1  AAGAATAAAGCAAACTCCTGAAAATGCGGAGCAGGAGCCCTCCAGGTAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAGCAAACTCCTGAAAATGCGGAGCAGGAGCCCTCCAGGTAAG  244

seq1  GACACGGGGCCAACTGAACCACCTTGAAAACTGCTAGCCTCAACTGTTCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGGGGCCAACTGAACCACCTTGAAAACTGCTAGCCTCAACTGTTCT  294

seq1  GTTACAATATGGAACGGCCTCCGCACACTCCCACATTTGCAATATGGAAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATATGGAACGGCCTCCGCACACTCCCACATTTGCAATATGGAAC  344

seq1  GGCCTCTGTGCTCTGACACTGAGTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGTGCTCTGACACTGAGTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTG  394

seq1  GTTTTTTTTTTTTGGAGGCTCTAGAAACTTTAGGAGGTGGAGTCTAGTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTTTTTTGGAGGCTCTAGAAACTTTAGGAGGTGGAGTCTAGTTG  444

seq1  GAGGATGTAGGTCACTGGGGGTGGGGGTGGAGGTGGGGTACGTTATCCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGTAGGTCACTGGGGGTGGGGGTGGAGGTGGGGTACGTTATCCTT  494

seq1  TCTCTCCTTTCTCTGCTCTCTGGCTACCATTACCACTGCCACGTTCTTCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTTTCTCTGCTCTCTGGCTACCATTACCACTGCCACGTTCTTCC  544

seq1  AAAGTGAACAGGGTGCAGGGGCAACAGACTGAACTCTGAAACAGTGAGCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAACAGGGTGCAGGGGCAACAGACTGAACTCTGAAACAGTGAGCC  594

seq1  ATAGGCAATTTTTCCCCTCTTTCAGACATTCTGTCAGGTATTTTAGTCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCAATTTTTCCCCTCTTTCAGACATTCTGTCAGGTATTTTAGTCAT  644

seq1  AGTTACACAAACTCAGCTAAAATGTCCAAAATATATTCATCACTTGGCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACACAAACTCAGCTAAAATGTCCAAAATATATTCATCACTTGGCAA  694

seq1  TCCACTTATATACTAGTGTCTTATATGTATACTCTTTACATACAGTGTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTATATACTAGTGTCTTATATGTATACTCTTTACATACAGTGTCT  744

seq1  TGCATGTATAAAACCCGAATTCATGCTCATGTCCAAGGAAGAATCCCAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATAAAACCCGAATTCATGCTCATGTCCAAGGAAGAATCCCAAG  794

seq1  AACATTCGTGACCATAGCATACAACCTAAGCCACTGTATACTACCCAGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCGTGACCATAGCATACAACCTAAGCCACTGTATACTACCCAGAG  844

seq1  GTCCACCAGCAATGGTATGTACGAATAAACGTGGATGTACTCATGCAATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCAGCAATGGTATGTACGAATAAACGTGGATGTACTCATGCAATG  894

seq1  CAATGCTGTATAGAGTTGGAACTCAGTGTCCTGTGACTACAGATAGCATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTGTATAGAGTTGGAACTCAGTGTCCTGTGACTACAGATAGCATC  944

seq1  ACAGATGAATCTCAAACAATAAATGAAACTGCATGCAAAGGAATTCATGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGAATCTCAAACAATAAATGAAACTGCATGCAAAGGAATTCATGG  994

seq1  TGCTTTATTCTACTTAGGTTTTTAGGCCTGGCTGCCCTGGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATTCTACTTAGGTTTTTAGGCCTGGCTGCCCTGGAATTC  1039

seq1: chr5_53500120_53501037
seq2: B6Ng01-332D18.g_65_982

seq1  GAATTCCCTGAAACTAGCTACACATGGTTATGAGCAGCCCTGGGGGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGAAACTAGCTACACATGGTTATGAGCAGCCCTGGGGGGTTT  50

seq1  TGGGAACTTAACCCAGGTCTTCTGCAAGAGCAGCTAGTGCTCTTAAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTTAACCCAGGTCTTCTGCAAGAGCAGCTAGTGCTCTTAAAAAC  100

seq1  TAAGGCATCTCTCCACCTCCCACTCCCCCCATGTCAGTAATTTTCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATCTCTCCACCTCCCACTCCCCCCATGTCAGTAATTTTCAAAGG  150

seq1  GTAGTGGTGTTTCCTTCCCAAGGACAGAGCCACTGTCTGGAGACATTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTGTTTCCTTCCCAAGGACAGAGCCACTGTCTGGAGACATTTCC  200

seq1  ACTTGTCACACCTGCCCAGTGGGGATGGGATGATGACATCTACCGAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCACACCTGCCCAGTGGGGATGGGATGATGACATCTACCGAGTGG  250

seq1  AAACCAAGGATCATGTTAAGCCTCCAGCAGGACTCATGACAGCCCCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGGATCATGTTAAGCCTCCAGCAGGACTCATGACAGCCCCACAG  300

seq1  CAGTGAGTGACCAGCTCTGAAGGCCACCCATGCTGGAGGTGGCAAAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTGACCAGCTCTGAAGGCCACCCATGCTGGAGGTGGCAAAACCT  350

seq1  GCTTAATGAATTTAAACTTAGAAGTGCTGCAAGTGACGGTGGGCTCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATGAATTTAAACTTAGAAGTGCTGCAAGTGACGGTGGGCTCTGGC  400

seq1  CTTTAACAGCAGTGTCACTTGGGTGAGGTATCACATGCTCCCACCTCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAGCAGTGTCACTTGGGTGAGGTATCACATGCTCCCACCTCCAA  450

seq1  GAGATGGAGAAAATGGGAGGCTCTGTGGCACGGAAGCAGTCCACGGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGAGAAAATGGGAGGCTCTGTGGCACGGAAGCAGTCCACGGCTTA  500

seq1  AGTGAGAGAATGCACTGAGAGCAGTGCTTGGCAGGTGAGGTATGCGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGAATGCACTGAGAGCAGTGCTTGGCAGGTGAGGTATGCGGGAA  550

seq1  GTGTTACTGGGGAAACGTCCTAAGATTTGTTCATCTCAGGTACATGGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTACTGGGGAAACGTCCTAAGATTTGTTCATCTCAGGTACATGGCAC  600

seq1  TGGGGACTGATAAAAGAGCTAAAGCATTTGTTTGCTGGATGCCTGCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTGATAAAAGAGCTAAAGCATTTGTTTGCTGGATGCCTGCAGCC  650

seq1  CCCTGTTTGAGGCTCCAGGATAACAACAACATGAGCTTCAAAGCCAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTTGAGGCTCCAGGATAACAACAACATGAGCTTCAAAGCCAGGAA  700

seq1  AGACTAAGAATTGGCCAGTACTGATGTTTTCTCAGCTGGGTAATCTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGAATTGGCCAGTACTGATGTTTTCTCAGCTGGGTAATCTTGAG  750

seq1  CCAGCTTTCAGCTATAAGATGGGGGTAGCAGCATCCAGAGCTGTGTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTCAGCTATAAGATGGGGGTAGCAGCATCCAGAGCTGTGTGATG  800

seq1  AGTAGTGAACTCAGTGGCCAAAGTCTGTGGAGGTGCAGCTAGTTTACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGAACTCAGTGGCCAAAGTCTGTGGAGGTGCAGCTAGTTTACCTG  850

seq1  TAAGCGGTGATCTTAATTAAACGCAGTAGTGTTTTAGCCCTACTGACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGGTGATCTTAATTAAACGCAGTAGTGTTTTAGCCCTACTGACTTT  900

seq1  GTAAAGAGTGTGGGGGGG  918
      ||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGTGTGGGGGGG  918