BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332L07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 24,471,257 - 24,610,659
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkag2
Upstream geneDrctnnb1a, LOC627317, Klhl7, LOC100042211, Nupl2, LOC434047, LOC100042244, Kcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5, Slc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb
Downstream geneGalntl5, E130116L18Rik, Galnt11, Mll3, Gm443, Xrcc2, LOC435835, Actr3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332L07.bB6Ng01-332L07.g
ACCGA118728GA118729
length532805
definitionB6Ng01-332L07.b B6Ng01-332L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,471,257 - 24,471,794)(24,609,857 - 24,610,659)
sequence
acctgaacccctcaacacctccggtcctttgactcaggaccactttccct
ggtctaagtattccccagcttagaagaggctgtcctgcataatcatgaaa
ggtgtcacccctcagtccagctctcccctcaccatactagaaacacagca
tcttgaatttcaaagcccagggaagggaggtggtttgtaagtcaggggag
caagactggagaggcctctctttccaggtcaggtcaaaagggacaggctg
gagaggagctagcagaaggtggagcaccagtgctgggtcctcccagggtc
atcaggttggtgctctgcttgttttccctgtgcttgacttcaaagtctcc
tgctcacagcctagagagtgctgcctgcagactcagtctctctttccctg
ctcagtggtcccaatgtgttcatgggggagatgaggggatggacccagga
aggggcaggtggcctcaaaccctggcttactgacaggaaggccaggcagg
tggggaggatgaagacggtgtgggggtaaagt
gaattcacctttaccttaattcgagtcttctggatttcactgttgggatc
ctccggggctaactgactttatgatgaagggaagtctggtgtgcagagtg
gaggtggctggcacaggttccctggaaaataaagcaggctcaaaggcgca
taggccactcctaggcagagtttctactcctgggcccttccttcacatcc
atggaggctcacctcctcccttgtgagattactcctgtgcttacagtgaa
tagaggacacctccctcttggttgacattagatagtgacaccttggtagg
gtgagcagtaatttgccacagcgttcgcagaagccctgagttacttcagt
ctccaagggctgccttttgcacagagtcaaatcactgtgttctaaacaca
caggcaagtgtcctcaccaactgtgtcacaagccaggagaacatggcagc
tgagatgttaagcagtttgctcaaggtcaccctagagacatttcctagag
ttttgtaatctggtgtaaaggtggtttttgttttgtgtgtgtatgtataa
aggttttaaaagagggcaccttctttttctgttgtcccaaaggacacagc
aatgataaccaacagatgtcaaatgagcacaagacaggagccagcagcca
ggctttggccactgtggtctgcaaagtgtttcaaacagttctttcagaag
actttgacagacattagatcactaacatgaagtctaccacagtgcagggc
atgtccaccatgatctaaatgctggtttcctaagattgggggatgggtgt
aggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_24471257_24471794
seq2: B6Ng01-332L07.b_49_586

seq1  GAATTCACCTGAACCCCTCAACACCTCCGGTCCTTTGACTCAGGACCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGAACCCCTCAACACCTCCGGTCCTTTGACTCAGGACCACT  50

seq1  TTCCCTGGTCTAAGTATTCCCCAGCTTAGAAGAGGCTGTCCTGCATAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGGTCTAAGTATTCCCCAGCTTAGAAGAGGCTGTCCTGCATAATC  100

seq1  ATGAAAGGTGTCACCCCTCAGTCCAGCTCTCCCCTCACCATACTAGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGGTGTCACCCCTCAGTCCAGCTCTCCCCTCACCATACTAGAAAC  150

seq1  ACAGCATCTTGAATTTCAAAGCCCAGGGAAGGGAGGTGGTTTGTAAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATCTTGAATTTCAAAGCCCAGGGAAGGGAGGTGGTTTGTAAGTCA  200

seq1  GGGGAGCAAGACTGGAGAGGCCTCTCTTTCCAGGTCAGGTCAAAAGGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCAAGACTGGAGAGGCCTCTCTTTCCAGGTCAGGTCAAAAGGGAC  250

seq1  AGGCTGGAGAGGAGCTAGCAGAAGGTGGAGCACCAGTGCTGGGTCCTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGAGAGGAGCTAGCAGAAGGTGGAGCACCAGTGCTGGGTCCTCCC  300

seq1  AGGGTCATCAGGTTGGTGCTCTGCTTGTTTTCCCTGTGCTTGACTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCATCAGGTTGGTGCTCTGCTTGTTTTCCCTGTGCTTGACTTCAAA  350

seq1  GTCTCCTGCTCACAGCCTAGAGAGTGCTGCCTGCAGACTCAGTCTCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGCTCACAGCCTAGAGAGTGCTGCCTGCAGACTCAGTCTCTCTT  400

seq1  TCCCTGCTCAGTGGTCCCAATGTGTTCATGGGGGAGATGAGGGGATGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTCAGTGGTCCCAATGTGTTCATGGGGGAGATGAGGGGATGGAC  450

seq1  CCAGGAAGGGGCAGGTGGCCTCAAACCCTGGCTTACTGACAGGAAGGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGGGGCAGGTGGCCTCAAACCCTGGCTTACTGACAGGAAGGCCA  500

seq1  GGCAGGTGGGGAGGATGAAGACGGTGTGGGGGTAAAGT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGGGGAGGATGAAGACGGTGTGGGGGTAAAGT  538

seq1: chr5_24609857_24610659
seq2: B6Ng01-332L07.g_70_874 (reverse)

seq1  CACCTACA-CCATCCCCCAATCTTAGG-AACCAGCATTTAGATCATGGTG  48
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACACCCATCCCCCAATCTTAGGAAACCAGCATTTAGATCATGGTG  50

seq1  GACATGCCCTGCACTGTGGTAGACTTCATGTTAGTGATCTAATGTCTGTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCCCTGCACTGTGGTAGACTTCATGTTAGTGATCTAATGTCTGTC  100

seq1  AAAGTCTTCTGAAAGAACTGTTTGAAACACTTTGCAGACCACAGTGGCCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTCTGAAAGAACTGTTTGAAACACTTTGCAGACCACAGTGGCCA  150

seq1  AAGCCTGGCTGCTGGCTCCTGTCTTGTGCTCATTTGACATCTGTTGGTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGCTGCTGGCTCCTGTCTTGTGCTCATTTGACATCTGTTGGTTA  200

seq1  TCATTGCTGTGTCCTTTGGGACAACAGAAAAAGAAGGTGCCCTCTTTTAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCTGTGTCCTTTGGGACAACAGAAAAAGAAGGTGCCCTCTTTTAA  250

seq1  AACCTTTATACATACACACACAAAACAAAAACCACCTTTACACCAGATTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTATACATACACACACAAAACAAAAACCACCTTTACACCAGATTA  300

seq1  CAAAACTCTAGGAAATGTCTCTAGGGTGACCTTGAGCAAACTGCTTAACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTCTAGGAAATGTCTCTAGGGTGACCTTGAGCAAACTGCTTAACA  350

seq1  TCTCAGCTGCCATGTTCTCCTGGCTTGTGACACAGTTGGTGAGGACACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTGCCATGTTCTCCTGGCTTGTGACACAGTTGGTGAGGACACTT  400

seq1  GCCTGTGTGTTTAGAACACAGTGATTTGACTCTGTGCAAAAGGCAGCCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTGTTTAGAACACAGTGATTTGACTCTGTGCAAAAGGCAGCCCT  450

seq1  TGGAGACTGAAGTAACTCAGGGCTTCTGCGAACGCTGTGGCAAATTACTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACTGAAGTAACTCAGGGCTTCTGCGAACGCTGTGGCAAATTACTG  500

seq1  CTCACCCTACCAAGGTGTCACTATCTAATGTCAACCAAGAGGGAGGTGTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCTACCAAGGTGTCACTATCTAATGTCAACCAAGAGGGAGGTGTC  550

seq1  CTCTATTCACTGTAAGCACAGGAGTAATCTCACAAGGGAGGAGGTGAGCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCACTGTAAGCACAGGAGTAATCTCACAAGGGAGGAGGTGAGCC  600

seq1  TCCATGGATGTGAAGGAAGGGCCCAGGAGTAGAAACTCTGCCTAGGAGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGATGTGAAGGAAGGGCCCAGGAGTAGAAACTCTGCCTAGGAGTG  650

seq1  GCCTATGCGCCTTTGAGCCTGCTTTATTTTCCAGGGAACCTGTGCCAGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGCGCCTTTGAGCCTGCTTTATTTTCCAGGGAACCTGTGCCAGCC  700

seq1  ACCTCCACTCTGCACACCAGACTTCCCTTCATCATAAAGTCAGTTAGCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCACTCTGCACACCAGACTTCCCTTCATCATAAAGTCAGTTAGCCC  750

seq1  CGGAGGATCCCAACAGTGAAATCCAGAAGACTCGAATTAAGGTAAAGGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGATCCCAACAGTGAAATCCAGAAGACTCGAATTAAGGTAAAGGTG  800

seq1  AATTC  803
      |||||
seq2  AATTC  805