BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333O04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 60,377,791 - 60,471,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546866
Upstream geneLOC666499, EG625870, LOC100041425
Downstream geneCbfa2t2-ps1, LOC100041498, LOC666597
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333O04.bB6Ng01-333O04.g
ACCGA119535GA119536
length1,1841,138
definitionB6Ng01-333O04.b B6Ng01-333O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,377,791 - 60,378,971)(60,469,982 - 60,471,128)
sequence
gaattccaaaacaggcacaacaatcagagacccactcattctcacagtca
aggggctcataaaaacactaaactaatagctatgatatatagctattata
gctatatatgcaccaccaggtggtgcagacccatgtcagacctgtgcttg
ctgcttcagtctctgtgagctcatatatgcctcgtttagttgattcagag
tgccttgttctcctggtgccttctatcccctctggctcttacaatatttg
gcctcttcttccacagggtttcctgagctctaagaggaagaatttgatgg
agacttcctttttatactctccatgtaatatctggctgtgggtctttgta
tatgtttctatttgctgcttggtgaagcttctctaacaatggtggagtaa
gtcactgtgctatacgtattgcagaaaatcattgggattaatttaattct
tacctttttctaggccagtcgtgtatggttcagcttctccaatctttatc
atcatttactcattttgttttcaccagaaattcctttaaaataatatgac
attaaaagcttccactcctaactctgaataattttcacagaaaatgtgaa
agcatgatttctctgtaaaccaatccttattttatgcttctttaagtatg
gttcttaaactaagaatgtttcatttcatgatttttttttcattcttaca
taattaaacaattcccaggacaatatttaataaggtaaaaattacaagaa
atttcagtgtcaataaataaataaggttagaagctagattttaagttttt
gaacatttatttttaattatgagagttggtgagtatatgcacagaagtgc
aggtacccaaaatgttccagagctattggatccctctggagttagagtta
tacatagttatgtgctgtctggtagtgtgctctgggaaactgaaatcagg
atctttttttaaagtagtatgtgctcttaatcattaagtcatttctggct
ttttgtgtagtcgtttgtttatgatagtttgtctatcatttatttcaagt
atccaccctccaatatcctcccagttccaatatcccccaatcctcacctt
cctctttttctggagagcttccactaggtaaaataccccagtacttcccg
ttcagaataccctcaacactggctggcagactag

gaattcattagttactatgaggaaggcagggatttacaggttctttatgc
atgatgcataggtaaccacctcatattgtcttctcacactatagaattta
tatagatgttcaagaacaccaaggcatccaaccataacatataagcagag
gacctaggtcagagtcatacagatttcatgactgtcatgtaggtctctgt
gaaccccttcaagccctgcttaaagaagttttaagaactgtttatagtcc
ctattctcccgagtgattataaatattcttatattcaaagttacagaaaa
aagaatactagttttatatgcatcacttttagaaagaaaaatataaaaag
taagattatttttcctgttataaagacattaaaatgtcatgtggtccctg
ttgagtaattttatgttatgttcactcaaaaggtaggtaagacattttat
caaaaatatcagtgatatctaccttttgtcttattctttctattttaggt
gtttaacattaacaactcacctctgttttaataatataacatagtgagta
attacagtgtgttttaaacacacatatgcttgcatttacccagtatttct
gggatacatttaggttcaattgggtattctgtactcatttaattagcacg
ttagcattttaaaataatgtgttattaaagtaataaccacaataaaatgt
gaaaactagtgacaatgacaaaataaaaatcatatcttaaccaaatatgg
tagtgttaaggtgctagattaatatatgcgggctgatgtgtgttaggaaa
aaactatctcataaacaatcgcttgtatatacaaggacaggacaaggaag
actattattaatccctaaaagaattaaagacaggtcagaaatctggcctt
gggaagaggtatgaaacatgacactactcaaatatcatcaaaagaaaatt
acctaatactgcttccagaagtcctaagcctgtaaagattagagtgaaat
tatagtaaataacagttcagaccactgtcccctttttgtagcccttgatc
caatgctgtcatggacttggtagggcacaggtttcttaggagagctccac
caaagagttacacatcatgctcagcctcatgtacagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_60377791_60378971
seq2: B6Ng01-333O04.b_49_1232

seq1  GAATTCCAAAACAGGCACAACAATCAGAGACCCACTCATTCTCACAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAACAGGCACAACAATCAGAGACCCACTCATTCTCACAGTCA  50

seq1  AGGGGCTCATAAAAACACTAAACTAATAGCTATGATATATAGCTATTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTCATAAAAACACTAAACTAATAGCTATGATATATAGCTATTATA  100

seq1  GCTATATATGCACCACCAGGTGGTGCAGACCCATGTCAGACCTGTGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATATGCACCACCAGGTGGTGCAGACCCATGTCAGACCTGTGCTTG  150

seq1  CTGCTTCAGTCTCTGTGAGCTCATATATGCCTCGTTTAGTTGATTCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCAGTCTCTGTGAGCTCATATATGCCTCGTTTAGTTGATTCAGAG  200

seq1  TGCCTTGTTCTCCTGGTGCCTTCTATCCCCTCTGGCTCTTACAATATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGTTCTCCTGGTGCCTTCTATCCCCTCTGGCTCTTACAATATTTG  250

seq1  GCCTCTTCTTCCACAGGGTTTCCTGAGCTCTAAGAGGAAGAATTTGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTCTTCCACAGGGTTTCCTGAGCTCTAAGAGGAAGAATTTGATGG  300

seq1  AGACTTCCTTTTTATACTCTCCATGTAATATCTGGCTGTGGGTCTTTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCCTTTTTATACTCTCCATGTAATATCTGGCTGTGGGTCTTTGTA  350

seq1  TATGTTTCTATTTGCTGCTTGGTGAAGCTTCTCTAACAATGGTGGAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTCTATTTGCTGCTTGGTGAAGCTTCTCTAACAATGGTGGAGTAA  400

seq1  GTCACTGTGCTATACGTATTGCAGAAAATCATTGGGATTAATTTAATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTGCTATACGTATTGCAGAAAATCATTGGGATTAATTTAATTCT  450

seq1  TACCTTTTTCTAGGCCAGTCGTGTATGGTTCAGCTTCTCCAATCTTTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTTCTAGGCCAGTCGTGTATGGTTCAGCTTCTCCAATCTTTATC  500

seq1  ATCATTTACTCATTTTGTTTTCACCAGAAATTCCTTTAAAATAATATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTACTCATTTTGTTTTCACCAGAAATTCCTTTAAAATAATATGAC  550

seq1  ATTAAAAGCTTCCACTCCTAACTCTGAATAATTTTCACAGAAAATGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGCTTCCACTCCTAACTCTGAATAATTTTCACAGAAAATGTGAA  600

seq1  AGCATGATTTCTCTGTAAACCAATCCTTATTTTATGCTTCTTTAAGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATTTCTCTGTAAACCAATCCTTATTTTATGCTTCTTTAAGTATG  650

seq1  GTTCTTAAACTAAGAATGTTTCATTTCATGATTTTTTTTTCATTCTTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAAACTAAGAATGTTTCATTTCATGATTTTTTTTTCATTCTTACA  700

seq1  TAATTAAACAATTCCCAGGACAATATTTAATAAGGTAAAAATTACAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAACAATTCCCAGGACAATATTTAATAAGGTAAAAATTACAAGAA  750

seq1  ATTTCAGTGTCAATAAATAAATAAGGTTAGAAGCTAGATTTTAAGTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTGTCAATAAATAAATAAGGTTAGAAGCTAGATTTTAAGTTTTT  800

seq1  GAACATTTATTTTTAATTATGAGAGTTGGTGAGTATATGCACAGAAGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTTATTTTTAATTATGAGAGTTGGTGAGTATATGCACAGAAGTGC  850

seq1  AGGTACCCAAAATGTTCCAGAGCTATTGGATCCCTCTGGAGTTAGAGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCCAAAATGTTCCAGAGCTATTGGATCCCTCTGGAGTTAGAGTTA  900

seq1  TACATAGTTATGTGCTGTCTGGTAGTGTGCTCT-GGAAACTGAAATCAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACATAGTTATGTGCTGTCTGGTAGTGTGCTCTGGGAAACTGAAATCAGG  950

seq1  ATC-TTTTTTAAAGTAGTATGTGCTCTTAATCATTAAGTCATTTCTGGCT  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTTTAAAGTAGTATGTGCTCTTAATCATTAAGTCATTTCTGGCT  1000

seq1  TTTTGTTGTAGTTCGTTTGTTTATGATTAGTTTGTTCTATTCAATTTATT  1048
      ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||   |||||||
seq2  TTTTG-TGTAG-TCGTTTGTTTATGA-TAGTTTG-TCTAT--CATTTATT  1044

seq1  TCAAGTATC--ACCTCCAATATCCTCCCAGTTCCAATATCCCCCATTCCT  1096
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAAGTATCCACCCTCCAATATCCTCCCAGTTCCAATATCCCCCAATCCT  1094

seq1  CAC--TTCTC-TTTTCTTGAGAGCTTTCCACTAGGTAAAATACCCCAGTA  1143
      |||  | ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCCTCTTTTTCTGGAGAGC-TTCCACTAGGTAAAATACCCCAGTA  1143

seq1  CTTCCCCTTTCAGGATA-CCTC-ACACT-GCT-GCAGACTAG  1181
      ||| ||| ||||| ||| |||| ||||| ||| |||||||||
seq2  CTT-CCCGTTCAGAATACCCTCAACACTGGCTGGCAGACTAG  1184


seq1: chr5_60469982_60471128
seq2: B6Ng01-333O04.g_66_1203 (reverse)

seq1  CTCTGTTACATGAGGCTGGAGCCATGGTGTGT-ACTCTTTGGTGGAAGCT  49
      ||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||
seq2  CTCTG-TACATGAGGCT-GAG-CATGATGTGTAACTCTTTGGTGG-AGCT  46

seq1  CTTCTTAAGAAA-CTGTGCCCTACCAAGGTCCATGACAGGCCATTTTGGA  98
      | || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||
seq2  C-TCCTAAGAAACCTGTGCCCTACCAA-GTCCATGACAG--CA--TTGGA  90

seq1  TCAAGGGCTAC-AAAAGGGGACAGTGGTCTGAACTTGTTATTTACTATAA  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAAGGGCTACAAAAAGGGGACAGTGGTCTGAAC-TGTTATTTACTATAA  139

seq1  TTTCACTCTAATCTTTACAGGCTTAGGACTTCTGGAAGCAGTATTAGGTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCTAATCTTTACAGGCTTAGGACTTCTGGAAGCAGTATTAGGTA  189

seq1  ATTTTCTTTTGATGATATTTTGAGTAGTGTCATGTTTCATACCTCTTCCC  247
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTTGATGATA-TTTGAGTAGTGTCATGTTTCATACCTCTTCCC  238

seq1  AAGGCCAGATTTCTGACCTGTCTTTAATTCTTTTAGGGATTAATAATAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGATTTCTGACCTGTCTTTAATTCTTTTAGGGATTAATAATAGT  288

seq1  CTTCCTTGTCCTGTCCTTGTATATACAAGCGATTGTTTATGAGATAGTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGTCCTGTCCTTGTATATACAAGCGATTGTTTATGAGATAGTTT  338

seq1  TTTCCTAACACACATCAGCCCGCATATATTAATCTAGCACCTTAACACTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAACACACATCAGCCCGCATATATTAATCTAGCACCTTAACACTA  388

seq1  CCATATTTGGTTAAGATATGATTTTTATTTTGTCATTGTCACTAGTTTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTGGTTAAGATATGATTTTTATTTTGTCATTGTCACTAGTTTTC  438

seq1  ACATTTTATTGTGGTTATTACTTTAATAACACATTATTTTAAAATGCTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATTGTGGTTATTACTTTAATAACACATTATTTTAAAATGCTAA  488

seq1  CGTGCTAATTAAATGAGTACAGAATACCCAATTGAACCTAAATGTATCCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTAATTAAATGAGTACAGAATACCCAATTGAACCTAAATGTATCCC  538

seq1  AGAAATACTGGGTAAATGCAAGCATATGTGTGTTTAAAACACACTGTAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACTGGGTAAATGCAAGCATATGTGTGTTTAAAACACACTGTAAT  588

seq1  TACTCACTATGTTATATTATTAAAACAGAGGTGAGTTGTTAATGTTAAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACTATGTTATATTATTAAAACAGAGGTGAGTTGTTAATGTTAAAC  638

seq1  ACCTAAAATAGAAAGAATAAGACAAAAGGTAGATATCACTGATATTTTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAATAGAAAGAATAAGACAAAAGGTAGATATCACTGATATTTTTG  688

seq1  ATAAAATGTCTTACCTACCTTTTGAGTGAACATAACATAAAATTACTCAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTCTTACCTACCTTTTGAGTGAACATAACATAAAATTACTCAA  738

seq1  CAGGGACCACATGACATTTTAATGTCTTTATAACAGGAAAAATAATCTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACCACATGACATTTTAATGTCTTTATAACAGGAAAAATAATCTTA  788

seq1  CTTTTTATATTTTTCTTTCTAAAAGTGATGCATATAAAACTAGTATTCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATATTTTTCTTTCTAAAAGTGATGCATATAAAACTAGTATTCTT  838

seq1  TTTTCTGTAACTTTGAATATAAGAATATTTATAATCACTCGGGAGAATAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTAACTTTGAATATAAGAATATTTATAATCACTCGGGAGAATAG  888

seq1  GGACTATAAACAGTTCTTAAAACTTCTTTAAGCAGGGCTTGAAGGGGTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATAAACAGTTCTTAAAACTTCTTTAAGCAGGGCTTGAAGGGGTTC  938

seq1  ACAGAGACCTACATGACAGTCATGAAATCTGTATGACTCTGACCTAGGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACCTACATGACAGTCATGAAATCTGTATGACTCTGACCTAGGTC  988

seq1  CTCTGCTTATATGTTATGGTTGGATGCCTTGGTGTTCTTGAACATCTATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTATATGTTATGGTTGGATGCCTTGGTGTTCTTGAACATCTATA  1038

seq1  TAAATTCTATAGTGTGAGAAGACAATATGAGGTGGTTACCTATGCATCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTATAGTGTGAGAAGACAATATGAGGTGGTTACCTATGCATCAT  1088

seq1  GCATAAAGAACCTGTAAATCCCTGCCTTCCTCATAGTAACTAATGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAAGAACCTGTAAATCCCTGCCTTCCTCATAGTAACTAATGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |