BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334H22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,451,601 - 27,586,792
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6
Upstream geneLOC664837, 4930584F24Rik, B930011P16Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334H22.bB6Ng01-334H22.g
ACCGA119985GA119986
length1,1491,139
definitionB6Ng01-334H22.b B6Ng01-334H22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,585,639 - 27,586,792)(27,451,601 - 27,452,741)
sequence
gaattcattggtcccctctgaggctgtgagctgctatccacagacaagaa
caacagcatagcagagagctagccattgtccttagggaccacagtccaat
gggaagtgatccccaggggtgctgagttccgcaccatgggcatataggaa
actccttcaggctcttcccacttctcagtgaagagctcaagagagtctgg
tgcatctaagttgaagacggtcatcatatacaatctgctgacatttgaaa
gatgatagacaacatctcaacggaattttctgctgctggacaggccatgc
ccccaggttcctcaattccctcatccatcagatcagttctcaggagtcat
tatgtggaaaagtgagaattggtggtggtagaactctgtgggtttctctc
tggtgctggttccccagataccagattcgttgtacacttgaccttgactg
tcttatgggtgaaaaagcagggatttctgccttatgagacactgcaggtg
aagctatgcaaattcagggtaaatcttacatccctgggagttctcaaaaa
tattctcagagaaacccacagtgcttgaggagaggggcgaggggcttgct
aatgagcagacataatgactcacttttgcaagatgaatacattctaatat
ctgcggtatagcactgagcctggagtccacaatgccatgccacacagtta
aaaacctattagtggggtagatcccaggagtgtttttgctacagcaagat
gaaatgggctatatgttgctgatatttttcaattaatcacaacccccttg
taggagaaatgctgttcatcttctggagtccaggcctttgcagattacta
tataggtagagaacctctggccaagtcaaaactaagtcatctcatgtgta
caggcactttctccaagtcttccttcagaaatgttaacagatagcaagaa
catgtgtgccctgcaaggcaggaaggctgtgcagaccaagatgagaactt
atcccactcgctgggccttttaaaagcatctcccaagtgtctggaccgaa
gataagctcagatctccaaacaagaattggcttcttgatcaagattgctc
agctgctaggcagccagccagctagagtggctggcctaaaacctatttg

gaattctacctaaacacagtttatgatttctcgaaagtctgacatgctgt
tgaagctaatgacactagtgcatactacagagcttcagaaaggtgggcag
gccatgaggaggagagagcagttttcttgtgttctgacagcaggcacact
catacacattgctcaagagtttcctaaaatgattcaaaatgctcccacaa
gcccttggatatagcacctcttccttgagactgggacaccttgagcctaa
cacttagctttcaaaagcttgttcatatttcctcaaagacagcttcctgc
agaaagtatttttttaaagcagtaaaatgttaacactggaaccacgagac
cttgtgaaaaggcatctctatcagactaataatttaagctgaaggctctg
gaaaacattagaaaataaatgcgcttagccacagattttgaacagtggct
gcaaaattaggttattcttgctcgtgaattaaatctataataatttaccc
cctagaatatcctacatagtccacctgcatcactgtgtggaaatgcctat
ggagcctctccctaccctcctgcctagaccttcagagattcttgcaactg
cctaaattgtctgcaagcaaaatgagcagaaaactattgtcatgcctctg
atgaccttctcttgggtcttcttttatgctgccctcaagggttctgcctc
tggcctgtccattttgaagtgacctctccctgtctccctacataattctt
tcacatatgaagttcctgcagaaaaatcaggataaatgtatccctacctc
aactcttcttacatgccttcctctctcaaatataattagactatcaatgt
ctattgctccagcattacagtaaatgcagaggcagagaaatagaaatgct
tgggtgatgagggaacctggtgctgcaagcccggttactgatttctacat
acatcctacccacctaggtgggaaaacaaatgtaatttctgtgaaatact
gaatctgcaaagggatatgttacatggcaaaacacacatactacccgtag
cgggagcaggctgctatgagtttttctgccaagtttgtgctgtgtcttga
cacctgagagcgatgcttaggaagggaagggcagcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27585639_27586792
seq2: B6Ng01-334H22.b_51_1199 (reverse)

seq1  CAAATAGGTTTTA-GCAAGGCACTCTAAGCTGCCT-GCTGCCTAGCAAGC  48
      ||||||||||||| || || |||||| ||||| || |||||||||| |||
seq2  CAAATAGGTTTTAGGCCAGCCACTCT-AGCTGGCTGGCTGCCTAGC-AGC  48

seq1  TGGAGCAATCTTGATCAAGGAGCCAATTCTTGTTTGGAGATCTTGGAGCT  98
      | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  T-GAGCAATCTTGATCAAGAAGCCAATTCTTGTTTGGAGATCT--GAGCT  95

seq1  TATCTTCGGTCCAGACACTTGGGAGATGCTTTTAAAAGGCCCAGCGAGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCGGTCCAGACACTTGGGAGATGCTTTTAAAAGGCCCAGCGAGTG  145

seq1  GGATAAGTTCTCATCTTTGGTCTGCACAGCCTTCCTGCCTTGCAGGGCAC  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGTTCTCATC-TTGGTCTGCACAGCCTTCCTGCCTTGCAGGGCAC  194

seq1  ACATGTTCTTTGCTATCTGTTAACATTTCTGAAGGAAGACTTGGAGAAAG  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTC-TTGCTATCTGTTAACATTTCTGAAGGAAGACTTGGAGAAAG  243

seq1  TGCCTGTACACATGAGATGACTTAGTTTTGACTTGGCCAGAGGTTCTCTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTACACATGAGATGACTTAGTTTTGACTTGGCCAGAGGTTCTCTA  293

seq1  CCTATATAGTAATCTGCAAAGGCCTGGACTCCAGAAGATGAACAGCATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATAGTAATCTGCAAAGGCCTGGACTCCAGAAGATGAACAGCATTT  343

seq1  CTCCTACAAGGGGGTTGTGATTAATTGAAAAATATCAGCAACATATAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACAAGGGGGTTGTGATTAATTGAAAAATATCAGCAACATATAGCC  393

seq1  CATTTCATCTTGCTGTAGCAAAAACACTCCTGGGATCTACCCCACTAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATCTTGCTGTAGCAAAAACACTCCTGGGATCTACCCCACTAATA  443

seq1  GGTTTTTAACTGTGTGGCATGGCATTGTGGACTCCAGGCTCAGTGCTATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTAACTGTGTGGCATGGCATTGTGGACTCCAGGCTCAGTGCTATA  493

seq1  CCGCAGATATTAGAATGTATTCATCTTGCAAAAGTGAGTCATTATGTCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGATATTAGAATGTATTCATCTTGCAAAAGTGAGTCATTATGTCTG  543

seq1  CTCATTAGCAAGCCCCTCGCCCCTCTCCTCAAGCACTGTGGGTTTCTCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGCAAGCCCCTCGCCCCTCTCCTCAAGCACTGTGGGTTTCTCTG  593

seq1  AGAATATTTTTGAGAACTCCCAGGGATGTAAGATTTACCCTGAATTTGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTTTTGAGAACTCCCAGGGATGTAAGATTTACCCTGAATTTGCA  643

seq1  TAGCTTCACCTGCAGTGTCTCATAAGGCAGAAATCCCTGCTTTTTCACCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCACCTGCAGTGTCTCATAAGGCAGAAATCCCTGCTTTTTCACCC  693

seq1  ATAAGACAGTCAAGGTCAAGTGTACAACGAATCTGGTATCTGGGGAACCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACAGTCAAGGTCAAGTGTACAACGAATCTGGTATCTGGGGAACCA  743

seq1  GCACCAGAGAGAAACCCACAGAGTTCTACCACCACCAATTCTCACTTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGAGAGAAACCCACAGAGTTCTACCACCACCAATTCTCACTTTTC  793

seq1  CACATAATGACTCCTGAGAACTGATCTGATGGATGAGGGAATTGAGGAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAATGACTCCTGAGAACTGATCTGATGGATGAGGGAATTGAGGAAC  843

seq1  CTGGGGGCATGGCCTGTCCAGCAGCAGAAAATTCCGTTGAGATGTTGTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGCATGGCCTGTCCAGCAGCAGAAAATTCCGTTGAGATGTTGTCT  893

seq1  ATCATCTTTCAAATGTCAGCAGATTGTATATGATGACCGTCTTCAACTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTTCAAATGTCAGCAGATTGTATATGATGACCGTCTTCAACTTA  943

seq1  GATGCACCAGACTCTCTTGAGCTCTTCACTGAGAAGTGGGAAGAGCCTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACCAGACTCTCTTGAGCTCTTCACTGAGAAGTGGGAAGAGCCTGA  993

seq1  AGGAGTTTCCTATATGCCCATGGTGCGGAACTCAGCACCCCTGGGGATCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTTCCTATATGCCCATGGTGCGGAACTCAGCACCCCTGGGGATCA  1043

seq1  CTTCCCATTGGACTGTGGTCCCTAAGGACAATGGCTAGCTCTCTGCTATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCATTGGACTGTGGTCCCTAAGGACAATGGCTAGCTCTCTGCTATG  1093

seq1  CTGTTGTTCTTGTCTGTGGATAGCAGCTCACAGCCTCAGAGGGGACCAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTCTTGTCTGTGGATAGCAGCTCACAGCCTCAGAGGGGACCAAT  1143

seq1  GAATTC  1154
      ||||||
seq2  GAATTC  1149


seq1: chr5_27451601_27452741
seq2: B6Ng01-334H22.g_67_1205

seq1  GAATTCTACCTAAACACAGTTTATGATTTCTCGAAAGTCTGACATGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCTAAACACAGTTTATGATTTCTCGAAAGTCTGACATGCTGT  50

seq1  TGAAGCTAATGACACTAGTGCATACTACAGAGCTTCAGAAAGGTGGGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTAATGACACTAGTGCATACTACAGAGCTTCAGAAAGGTGGGCAG  100

seq1  GCCATGAGGAGGAGAGAGCAGTTTTCTTGTGTTCTGACAGCAGGCACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGGAGGAGAGAGCAGTTTTCTTGTGTTCTGACAGCAGGCACACT  150

seq1  CATACACATTGCTCAAGAGTTTCCTAAAATGATTCAAAATGCTCCCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATTGCTCAAGAGTTTCCTAAAATGATTCAAAATGCTCCCACAA  200

seq1  GCCCTTGGATATAGCACCTCTTCCTTGAGACTGGGACACCTTGAGCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGGATATAGCACCTCTTCCTTGAGACTGGGACACCTTGAGCCTAA  250

seq1  CACTTAGCTTTCAAAAGCTTGTTCATATTTCCTCAAAGACAGCTTCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCTTTCAAAAGCTTGTTCATATTTCCTCAAAGACAGCTTCCTGC  300

seq1  AGAAAGTATTTTTTTAAAGCAGTAAAATGTTAACACTGGAACCACGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTATTTTTTTAAAGCAGTAAAATGTTAACACTGGAACCACGAGAC  350

seq1  CTTGTGAAAAGGCATCTCTATCAGACTAATAATTTAAGCTGAAGGCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAAAGGCATCTCTATCAGACTAATAATTTAAGCTGAAGGCTCTG  400

seq1  GAAAACATTAGAAAATAAATGCGCTTAGCCACAGATTTTGAACAGTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATTAGAAAATAAATGCGCTTAGCCACAGATTTTGAACAGTGGCT  450

seq1  GCAAAATTAGGTTATTCTTGCTCGTGAATTAAATCTATAATAATTTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAGGTTATTCTTGCTCGTGAATTAAATCTATAATAATTTACCC  500

seq1  CCTAGAATATCCTACATAGTCCACCTGCATCACTGTGTGGAAATGCCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATATCCTACATAGTCCACCTGCATCACTGTGTGGAAATGCCTAT  550

seq1  GGAGCCTCTCCCTACCCTCCTGCCTAGACCTTCAGAGATTCTTGCAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCTCCCTACCCTCCTGCCTAGACCTTCAGAGATTCTTGCAACTG  600

seq1  CCTAAATTGTCTGCAAGCAAAATGAGCAGAAAACTATTGTCATGCCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATTGTCTGCAAGCAAAATGAGCAGAAAACTATTGTCATGCCTCTG  650

seq1  ATGACCTTCTCTTGGGTCTTCTTTTATGCTGCCCTCAAGGGTTCTGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTCTCTTGGGTCTTCTTTTATGCTGCCCTCAAGGGTTCTGCCTC  700

seq1  TGGCCTGTCCATTTTGAAGTGACCTCTCCCTGTCTCCCTACATAATTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGTCCATTTTGAAGTGACCTCTCCCTGTCTCCCTACATAATTCTT  750

seq1  TCACATATGAAGTTCCTGCAGAAAAATCAGGATAAATGTATCCCTACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATGAAGTTCCTGCAGAAAAATCAGGATAAATGTATCCCTACCTC  800

seq1  AACTCTTCTTACATGCCTTCCTCTCTCAAATATAATTAGACTATCAATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCTTACATGCCTTCCTCTCTCAAATATAATTAGACTATCAATGT  850

seq1  CTATTGCTCCAGCATTACAGTAAATGCAGAGGCAGAGAAATAGAAATGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTCCAGCATTACAGTAAATGCAGAGGCAGAGAAATAGAAATGCT  900

seq1  TGGGTGATGAGGGAACCTGGTGCTGCAAGCCCGGTTACTGATTTCTACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATGAGGGAACCTGGTGCTGCAAGCCCGGTTACTGATTTCTACAT  950

seq1  ACATCCTACCCACCTAGGTGGGAAAACAAATGTAATTTCTGTGAAATACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTACCCACCTAGGTGGGAAAACAAATGTAATTTCTGTGAAATACT  1000

seq1  GAAATCTGCAAAGGATAAGGTTACATGGCAAAACACACATACTACCCCGT  1050
      | ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  G-AATCTGCAAAGGGATATGTTACATGGCAAAACACACATACTA-CCCGT  1048

seq1  AGCGGGAGCAGGCTGCTATGAGTTTTTCTGCCAAAAGTTTGTGCTGTGTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  AGCGGGAGCAGGCTGCTATGAGTTTTTCTGCC--AAGTTTGTGCTGTGTC  1096

seq1  -TGACACTGAAGAGCGATGCTGAGGAA-GGAGAGGCAGCAGGA  1141
       ||||||   ||||||||||| ||||| |||  ||||||||||
seq2  TTGACACCTGAGAGCGATGCTTAGGAAGGGAAGGGCAGCAGGA  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |