BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335H11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,166,235 - 17,270,555
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema3c
Upstream geneEG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927
Downstream geneCd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335H11.bB6Ng01-335H11.g
ACCGA120687GA120688
length1,1081,126
definitionB6Ng01-335H11.b B6Ng01-335H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,166,235 - 17,167,342)(17,269,417 - 17,270,555)
sequence
gaattccagagtgtctaaacttgagtgtgaaaaagataaccacatgtctc
tgctcacaaatcctacacagacatgtaatacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacaccacacttcagtgaggcagtttat
tccaggtattatgttatcattcttggttatatacttaacctccaggtacc
tctaaaagcaggggtcaagaaataacactgtgtatttaacatagcctact
actgtcttaactttaaaaataaagtgtatagtctgggttttaaggattaa
tttctttgacattagaattaaagatttattaataatttatagtagaaata
tttgcttagaattcccatgcacaaaaagaaatatatatttgctgacaagt
aaaaattaatataaaattggtggaatatagaagacaatataaatttttaa
tcaagtttagcttttattgtagcactttgttgtactgtgtagtaacataa
atactagctatatggtggacccagaaacagtgaaagagaagcacatatta
taaactatacagggagacaatgccattaaatttgatacatttatagcttt
tattacacaatactcacctcagatgataaaagtattttcaataatgttcc
tggagagaaaaatgactttgtagagggaatatcattctgtttcaggcttg
attaatttataatcagcaaaagtaatgagcttatcatctgtggagtttgg
agtgattaatttggccatggagaacttacagactcctgaaaggtcacaga
taatttagaagtacagcaatgacacccttgcccacttaaactggaaccaa
gtgagaaacatgaaattaaaagcttatttagtggggacactggatagaca
gaatgattccaccatccttcatagagagctgcagctatgcatgaatttct
aagatgactttcatgtattaactagaaaaggtggccatggttaccatggg
tgaactcatgataataccggaatacgaatgagcacaactccacttcaaac
atgtttatacatgtgcatgcactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgt
gtgtgtgt

gaattcagcactcatctgccttctataatttaacaattatgcaatcactc
tctcactttgttttttattagataagctacttctcccaactagcaccatg
tgaacgtatgcaggtcattttccacagggggcctatagtggctttagaat
atgtatgtggtttttgctatttccatccaggaagggatcctggttctccc
tctgtatgtgttggcttcaataattaatttaagagcatgtgctgaattga
taaccgctttatacaggtcaaatccgataatatagctttgtctttctgtt
aaaacatgacaatttggaccttgaggtcatcgtaagatcagcttggctac
attctgtgaaagacaacatagagagaggaaaatgactacagtttcataat
acctccattcccaactaagagatgagtcctccatcttcctcaatatgaag
gtgaaggggggctttttggatggttccagtctcagtcatcatcctgctgt
cacagagatttgaaatagtttgtactactgggtaacactattaaatatct
tagagggccattcttgcaaaactgcatttccaacctgaaggctggaggtc
tgagataaaggtgtagtaatagccacgttctgctgtaggctgtcttcctg
aattatagtaatcttctcatagtgacagtacatgacagctcataaacaga
aaatgcttggtattctttctataaatggagctatgcccatcaacccagct
tctaacccttatgcttttatcttatcttgattccctcaccaaggccccat
ttctatgtaccatccatcacattgggatttaaggttttaacataaaagtt
gcgatcacggtggggatagctgacctgcctgtaaacagctacgaaaggag
aggtgtaatgaatggccatgggttgtttggtttatgaattaactgtaaat
atttgagagctagtaggaaaccaaaccagtgactcttttcattttccata
tttctgtgttctgccctctcatttcttcagcagatgtagacagttatttc
tctatatcatatcccaagcctttcatttattattgcatgttaccacaaaa
aggtaactatttttatgctttcctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17166235_17167342
seq2: B6Ng01-335H11.b_49_1156

seq1  GAATTCCAGAGTGTCTAAACTTGAGTGTGAAAAAGATAACCACATGTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTGTCTAAACTTGAGTGTGAAAAAGATAACCACATGTCTC  50

seq1  TGCTCACAAATCCTACACAGACATGTAATACACACACACACACACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACAAATCCTACACAGACATGTAATACACACACACACACACACACA  100

seq1  CACACACACACACACACACACACACACCACACTTCAGTGAGGCAGTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACCACACTTCAGTGAGGCAGTTTAT  150

seq1  TCCAGGTATTATGTTATCATTCTTGGTTATATACTTAACCTCCAGGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTATTATGTTATCATTCTTGGTTATATACTTAACCTCCAGGTACC  200

seq1  TCTAAAAGCAGGGGTCAAGAAATAACACTGTGTATTTAACATAGCCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGCAGGGGTCAAGAAATAACACTGTGTATTTAACATAGCCTACT  250

seq1  ACTGTCTTAACTTTAAAAATAAAGTGTATAGTCTGGGTTTTAAGGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTAACTTTAAAAATAAAGTGTATAGTCTGGGTTTTAAGGATTAA  300

seq1  TTTCTTTGACATTAGAATTAAAGATTTATTAATAATTTATAGTAGAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGACATTAGAATTAAAGATTTATTAATAATTTATAGTAGAAATA  350

seq1  TTTGCTTAGAATTCCCATGCACAAAAAGAAATATATATTTGCTGACAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAGAATTCCCATGCACAAAAAGAAATATATATTTGCTGACAAGT  400

seq1  AAAAATTAATATAAAATTGGTGGAATATAGAAGACAATATAAATTTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAATATAAAATTGGTGGAATATAGAAGACAATATAAATTTTTAA  450

seq1  TCAAGTTTAGCTTTTATTGTAGCACTTTGTTGTACTGTGTAGTAACATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTAGCTTTTATTGTAGCACTTTGTTGTACTGTGTAGTAACATAA  500

seq1  ATACTAGCTATATGGTGGACCCAGAAACAGTGAAAGAGAAGCACATATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGCTATATGGTGGACCCAGAAACAGTGAAAGAGAAGCACATATTA  550

seq1  TAAACTATACAGGGAGACAATGCCATTAAATTTGATACATTTATAGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATACAGGGAGACAATGCCATTAAATTTGATACATTTATAGCTTT  600

seq1  TATTACACAATACTCACCTCAGATGATAAAAGTATTTTCAATAATGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACACAATACTCACCTCAGATGATAAAAGTATTTTCAATAATGTTCC  650

seq1  TGGAGAGAAAAATGACTTTGTAGAGGGAATATCATTCTGTTTCAGGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAAAAATGACTTTGTAGAGGGAATATCATTCTGTTTCAGGCTTG  700

seq1  ATTAATTTATAATCAGCAAAAGTAATGAGCTTATCATCTGTGGAGTTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTATAATCAGCAAAAGTAATGAGCTTATCATCTGTGGAGTTTGG  750

seq1  AGTGATTAATTTGGCCATGGAGAACTTACAGACTCCTGAAAGGTCACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTAATTTGGCCATGGAGAACTTACAGACTCCTGAAAGGTCACAGA  800

seq1  TAATTTAGAAGTACAGCAATGACACCCTTGCCCACTTAAACTGGAACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAGAAGTACAGCAATGACACCCTTGCCCACTTAAACTGGAACCAA  850

seq1  GTGAGAAACATGAAATTAAAAGCTTATTTAGTGGGGACACTGGATAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAACATGAAATTAAAAGCTTATTTAGTGGGGACACTGGATAGACA  900

seq1  GAATGATTCCACCATCCTTCATAGAGAGCTGCAGCTATGCATGAA-TTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAATGATTCCACCATCCTTCATAGAGAGCTGCAGCTATGCATGAATTTCT  950

seq1  AAGATGACTTTCATGTATTAACTAGAAAAGGTGGCCATGGTTACCAT-GG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGATGACTTTCATGTATTAACTAGAAAAGGTGGCCATGGTTACCATGGG  1000

seq1  TGAACTCATGATAATA-CGGAATACGAATGAGCACAACTCCACTTCAAAC  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCATGATAATACCGGAATACGAATGAGCACAACTCCACTTCAAAC  1050

seq1  ATGTTTATACATTGTGCATGCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1097
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGTTTATACA-TGTGCATGCAC-TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT-TGTG  1097

seq1  TGTGTGTGTGT  1108
      |||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGT  1108


seq1: chr5_17269417_17270555
seq2: B6Ng01-335H11.g_65_1190 (reverse)

seq1  CTAGAGAAAGCAT-AAAATAG-TACTTTTTTGTGGT-ACATGCATTAAAT  47
      |||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||  
seq2  CTAG-GAAAGCATAAAAATAGTTACCTTTTTGTGGTAACATGCAATAA--  47

seq1  AAAATGAAA-GCTTGGGAATAATGATATAGAAGAAATACCTGTCCTACAT  96
       |||||||| ||||||||   ||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  TAAATGAAAGGCTTGGGA--TATGATATAG-AGAAATAACTGT-CTACAT  93

seq1  CTGGCTGAAAGAAATGAAGAAGGGCAGAAACAACAGAAATATGGAAAATG  146
      || |||| |||||||||   |||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  CT-GCTG-AAGAAATGA--GAGGGCAGAA--CACAGAAATATGGAAAATG  137

seq1  AAAAGGAGTCAACTGGTTTGGTTTCCTACTAGCTCTCAAATTATTTACAG  196
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAA-GAGTC-ACTGGTTTGGTTTCCTACTAGCTCTCAAA-TATTTACAG  184

seq1  TTTAATTCATAAAACCAAACAA-CCATGGCCATTCATTACACCTCTCCTT  245
       ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAATTCAT-AAACCAAACAACCCATGGCCATTCATTACACCTCTCCTT  232

seq1  TCGTAGCTGTTTACAGGCAGGTCAGCTATCCCCACCGTGATCGCAACTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGCTGTTTACAGGCAGGTCAGCTATCCCCACCGTGATCGCAACTTT  282

seq1  TATGTTAAAACCTTAAATCCCAATGTGATGGATGGTACATAGAAATGGGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAAAACCTTAAATCCCAATGTGATGGATGGTACATAGAAATGGGG  332

seq1  CCTTGGTGAGGGAATCAAGATAAGATAAAAGCATAAGGGTTAGAAGCTGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGAGGGAATCAAGATAAGATAAAAGCATAAGGGTTAGAAGCTGG  382

seq1  GTTGATGGGCATAGCTCCATTTATAGAAAGAATACCAAGCATTTTCTGTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGGGCATAGCTCCATTTATAGAAAGAATACCAAGCATTTTCTGTT  432

seq1  TATGAGCTGTCATGTACTGTCACTATGAGAAGATTACTATAATTCAGGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCTGTCATGTACTGTCACTATGAGAAGATTACTATAATTCAGGAA  482

seq1  GACAGCCTACAGCAGAACGTGGCTATTACTACACCTTTATCTCAGACCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTACAGCAGAACGTGGCTATTACTACACCTTTATCTCAGACCTC  532

seq1  CAGCCTTCAGGTTGGAAATGCAGTTTTGCAAGAATGGCCCTCTAAGATAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCAGGTTGGAAATGCAGTTTTGCAAGAATGGCCCTCTAAGATAT  582

seq1  TTAATAGTGTTACCCAGTAGTACAAACTATTTCAAATCTCTGTGACAGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTGTTACCCAGTAGTACAAACTATTTCAAATCTCTGTGACAGCA  632

seq1  GGATGATGACTGAGACTGGAACCATCCAAAAAGCCCCCCTTCACCTTCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGACTGAGACTGGAACCATCCAAAAAGCCCCCCTTCACCTTCAT  682

seq1  ATTGAGGAAGATGGAGGACTCATCTCTTAGTTGGGAATGGAGGTATTATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGAAGATGGAGGACTCATCTCTTAGTTGGGAATGGAGGTATTATG  732

seq1  AAACTGTAGTCATTTTCCTCTCTCTATGTTGTCTTTCACAGAATGTAGCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTAGTCATTTTCCTCTCTCTATGTTGTCTTTCACAGAATGTAGCC  782

seq1  AAGCTGATCTTACGATGACCTCAAGGTCCAAATTGTCATGTTTTAACAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATCTTACGATGACCTCAAGGTCCAAATTGTCATGTTTTAACAGA  832

seq1  AAGACAAAGCTATATTATCGGATTTGACCTGTATAAAGCGGTTATCAATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAGCTATATTATCGGATTTGACCTGTATAAAGCGGTTATCAATT  882

seq1  CAGCACATGCTCTTAAATTAATTATTGAAGCCAACACATACAGAGGGAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACATGCTCTTAAATTAATTATTGAAGCCAACACATACAGAGGGAGA  932

seq1  ACCAGGATCCCTTCCTGGATGGAAATAGCAAAAACCACATACATATTCTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGATCCCTTCCTGGATGGAAATAGCAAAAACCACATACATATTCTA  982

seq1  AAGCCACTATAGGCCCCCTGTGGAAAATGACCTGCATACGTTCACATGGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTATAGGCCCCCTGTGGAAAATGACCTGCATACGTTCACATGGT  1032

seq1  GCTAGTTGGGAGAAGTAGCTTATCTAATAAAAAACAAAGTGAGAGAGTGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTTGGGAGAAGTAGCTTATCTAATAAAAAACAAAGTGAGAGAGTGA  1082

seq1  TTGCATAATTGTTAAATTATAGAAGGCAGATGAGTGCTGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAATTGTTAAATTATAGAAGGCAGATGAGTGCTGAATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |