BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335H12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 65,264,536 - 65,408,899
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTlr1, Tlr6, 9130005N14Rik
Upstream gene0610040J01Rik, AA536743, LOC100041636, LOC100041646, Pgm1, Tbc1d1, Ppia-ps22, LOC433894, LOC100042198, Klf3
Downstream geneTmem156, Klhl5, Wdr19, Rfc1, Klb, Rpl9, Lias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335H12.bB6Ng01-335H12.g
ACCGA120689GA120690
length1,0771,075
definitionB6Ng01-335H12.b B6Ng01-335H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,407,837 - 65,408,899)(65,264,536 - 65,265,611)
sequence
gaattccacattccccaccaaatgccacagaaatctcctggctggggaca
gaaatcaaagcttgtggaattgatgtacaaagagaagattcagacccctc
ttgaatggcccccaaaggtccctgtgtcaaaggcttagtttgcagcttgg
agctactagaagctggttggggccttgggggtggggcagggagaggtgtc
aggtcactggagacctgtctttgtgagaccttagtctagtcctcttcttc
tcttttgcttcctgggcttgagtgagtgctgtcttatcaatggccccaaa
gcacaatttatcatggatgggaccttctatagctcacacctgcgatcgca
gcacttgagaggctgaggcaggaagattttgtaagaaagctgagggttat
tttgtagttgagatctgtgatgcaactggtcagaatgcagtctctctata
ttatcagagtagggaccagccagtctcctgtctcctgtcataacaataac
aacaacagtaacagatatttacaacagaaaacacacagacaatacagtgt
catcagcagtatgctcacttacacacatggatgcacagagcagcagccag
cgttcactgagcacctttgcccaggcatgctgctatgagctcttacatgg
gcgatgtcactgaatccctgactggagagatggctcagtggttaagagcg
ccgactgctcttccaaaggtcccgagtttcaaatcccagcaaccacatgg
tggctcacaaccatccataacgaaacctgatgcccttttctggagtgtct
gaagacagctacagtgtactcacataataaataaataaattcttttaaaa
aaaaaaaataaactcctacagggctggctttattcatcactgtcatttcc
aagcagattgcagtaagaggaacccaaaaatcccacagtctcatacttat
gtacaatcacataaaggctgattccttgaactcagctttcatgggtagaa
gtttctgtgcattggtaggaaattgcttcgtcttcttttttttttccctt
gttttactggaattatagggaatctga
gaattcttacagacaacaagaactttttgagagacgggttggaagcacta
cactacatagttgatgggagatattcctgtcattaagtgtttcagcatgt
caggcacaattatagatagcctttggtatattttctttttgttttattaa
tgcagtggtccatgtttttaaatgaatggggagactgggtacagaagaat
tgagtaactgcttgtctagattatctgttagactgtggcagaaatggtcg
ctccattgcctcccgttttctattaaatatgtccatacactcagtgtaag
agtgggtggataactgtgtcaaagttacattattttggaatgaggctaca
taactgctccctcttgcttggaggctccgggttcttgggatgagcagttt
ctaaactgtgtgactctccagacattatgggaccgttaaccctcttattg
tgcaagcctatcaaatataatcctttgtatatgatctgtttctcaacaga
agtgctctttaggaaaacaggactaatggaatgtgtgtttatagatgatg
gaagacagacagcttacacaataggagctggtctttcgtctaccgtggaa
tcccaaaaagtaggctccaatgccagtgaagggatggatgtagcaagatg
aggaacatcaggcatagagcaaaagcttccttcttcatgtccttatatag
gcttccagcagaaggtgtggcccagattaaaggtgtgtcttcccacctca
agatccaaatcaaagatgcgcgtcttcctatctcaagatctggatcaaaa
ggcatgtgtcttcctaactcagagttctggactatacgtagatttgccca
cttcaaaccaagcaaaaatagtgtctcacaggtgtaccctccatttctgt
gttgtaattccttccagatgtggtcaagttgacacccaagagcagctttc
acagtcatgctgggagaagcttgggaaacagtagtgctagagcagtgtgg
gtccagcctagagtcttctgaggggtggatacagctgtgtagagaacttc
ttatgcgtggtattttggccaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_65407837_65408899
seq2: B6Ng01-335H12.b_44_1120 (reverse)

seq1  TCAGAATCCC-ATAA-TCCAGTAAAACAA-GGAAAAAAAAAAGAAGACGA  47
      ||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCCCTATAATTCCAGTAAAACAAGGGAAAAAAAAAAGAAGACGA  50

seq1  AGCAATTTCCTACCAAAGCACAGAA--CTCTACCCATGAAAGCTGAGT--  93
      |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||  
seq2  AGCAATTTCCTACCAATGCACAGAAACTTCTACCCATGAAAGCTGAGTTC  100

seq1  CAGGAATCAGCCTTTATGTGATTGTACATAAGTATGAGACTGTGGGA-TT  142
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGGAATCAGCCTTTATGTGATTGTACATAAGTATGAGACTGTGGGATTT  150

seq1  TTGGGTCCCTCTTACTGCAATCTGCTT-GAAATGACAGTGATG-ATAAAG  190
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGGGTTCCTCTTACTGCAATCTGCTTGGAAATGACAGTGATGAATAAAG  200

seq1  CCAGCCCTGTAGG-GTTTCTTTTTTTTTTTTAAA--GATTTATTTATTTA  237
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  CCAGCCCTGTAGGAGTTTATTTTTTTTTTTTAAAAGAATTTATTTATTTA  250

seq1  TTATGTGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAAAGGGCATCA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAAAGGGCATCA  300

seq1  GGTTTCGTTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG-A  336
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGTTTCGTTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAA  350

seq1  ACTCGGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCT  400

seq1  CTCCAGTCAGGGATTCAGTGACATCGCCCATGTAAGAGCTCATAGCAGCA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTCAGGGATTCAGTGACATCGCCCATGTAAGAGCTCATAGCAGCA  450

seq1  TGCCTGGGCAAAGGTGCTCAGTGAACGCTGGCTGCTGCTCTGTGCATCCA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGGCAAAGGTGCTCAGTGAACGCTGGCTGCTGCTCTGTGCATCCA  500

seq1  TGTGTGTAAGTGAGCATACTGCTGATGACACTGTATTGTCTGTGTGTTTT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAAGTGAGCATACTGCTGATGACACTGTATTGTCTGTGTGTTTT  550

seq1  CTGTTGTAAATATCTGTTACTGTTGTTGTTATTGTTATGACAGGAGACAG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTAAATATCTGTTACTGTTGTTGTTATTGTTATGACAGGAGACAG  600

seq1  GAGACTGGCTGGTCCCTACTCTGATAATATAGAGAGACTGCATTCTGACC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGCTGGTCCCTACTCTGATAATATAGAGAGACTGCATTCTGACC  650

seq1  AGTTGCATCACAGATCTCAACTACAAAATAACCCTCAGCTTTCTTACAAA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATCACAGATCTCAACTACAAAATAACCCTCAGCTTTCTTACAAA  700

seq1  ATCTTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTGCTGCGATCGCAGGTGTGAGCTATA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTGCTGCGATCGCAGGTGTGAGCTATA  750

seq1  GAAGGTCCCATCCATGATAAATTGTGCTTTGGGGCCATTGATAAGACAGC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCCCATCCATGATAAATTGTGCTTTGGGGCCATTGATAAGACAGC  800

seq1  ACTCACTCAAGCCCAGGAAGCAAAAGAGAAGAAGAGGACTAGACTAAGGT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCAAGCCCAGGAAGCAAAAGAGAAGAAGAGGACTAGACTAAGGT  850

seq1  CTCACAAAGACAGGTCTCCAGTGACCTGACACCTCTCCCTGCCCCACCCC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAAGACAGGTCTCCAGTGACCTGACACCTCTCCCTGCCCCACCCC  900

seq1  CAAGGCCCCAACCAGCTTCTAGTAGCTCCAAGCTGCAAACTAAGCCTTTG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCCCAACCAGCTTCTAGTAGCTCCAAGCTGCAAACTAAGCCTTTG  950

seq1  ACACAGGGACCTTTGGGGGCCATTCAAGAGGGGTCTGAATCTTCTCTTTG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGACCTTTGGGGGCCATTCAAGAGGGGTCTGAATCTTCTCTTTG  1000

seq1  TACATCAATTCCACAAGCTTTGATTTCTGTCCCCAGCCAGGAGATTTCTG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCAATTCCACAAGCTTTGATTTCTGTCCCCAGCCAGGAGATTTCTG  1050

seq1  TGGCATTTGGTGGGGAATGTGGAATTC  1063
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTTGGTGGGGAATGTGGAATTC  1077

seq1: chr5_65264536_65265611
seq2: B6Ng01-335H12.g_68_1142

seq1  GAATTCTTACAGACAACAAGAACTTTTTGAGAGACGGGTTGGAAGCACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAGACAACAAGAACTTTTTGAGAGACGGGTTGGAAGCACTA  50

seq1  CACTACATAGTTGATGGGAGATATTCCTGTCATTAAGTGTTTCAGCATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACATAGTTGATGGGAGATATTCCTGTCATTAAGTGTTTCAGCATGT  100

seq1  CAGGCACAATTATAGATAGCCTTTGGTATATTTTCTTTTTGTTTTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAATTATAGATAGCCTTTGGTATATTTTCTTTTTGTTTTATTAA  150

seq1  TGCAGTGGTCCATGTTTTTAAATGAATGGGGAGACTGGGTACAGAAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGTCCATGTTTTTAAATGAATGGGGAGACTGGGTACAGAAGAAT  200

seq1  TGAGTAACTGCTTGTCTAGATTATCTGTTAGACTGTGGCAGAAATGGTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAACTGCTTGTCTAGATTATCTGTTAGACTGTGGCAGAAATGGTCG  250

seq1  CTCCATTGCCTCCCGTTTTCTATTAAATATGTCCATACACTCAGTGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGCCTCCCGTTTTCTATTAAATATGTCCATACACTCAGTGTAAG  300

seq1  AGTGGGTGGATAACTGTGTCAAAGTTACATTATTTTGGAATGAGGCTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTGGATAACTGTGTCAAAGTTACATTATTTTGGAATGAGGCTACA  350

seq1  TAACTGCTCCCTCTTGCTTGGAGGCTCCGGGTTCTTGGGATGAGCAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTCCCTCTTGCTTGGAGGCTCCGGGTTCTTGGGATGAGCAGTTT  400

seq1  CTAAACTGTGTGACTCTCCAGACATTATGGGACCGTTAACCCTCTTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGTGTGACTCTCCAGACATTATGGGACCGTTAACCCTCTTATTG  450

seq1  TGCAAGCCTATCAAATATAATCCTTTGTATATGATCTGTTTCTCAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCCTATCAAATATAATCCTTTGTATATGATCTGTTTCTCAACAGA  500

seq1  AGTGCTCTTTAGGAAAACAGGACTAATGGAATGTGTGTTTATAGATGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTTTAGGAAAACAGGACTAATGGAATGTGTGTTTATAGATGATG  550

seq1  GAAGACAGACAGCTTACACAATAGGAGCTGGTCTTTCGTCTACCGTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGACAGCTTACACAATAGGAGCTGGTCTTTCGTCTACCGTGGAA  600

seq1  TCCCAAAAAGTAGGCTCCAATGCCAGTGAAGGGATGGATGTAGCAAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAAAGTAGGCTCCAATGCCAGTGAAGGGATGGATGTAGCAAGATG  650

seq1  AGGAACATCAGGCATAGAGCAAAAGCTTCCTTCTTCATGTCCTTATATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATCAGGCATAGAGCAAAAGCTTCCTTCTTCATGTCCTTATATAG  700

seq1  GCTTCCAGCAGAAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTCCCACCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGCAGAAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTCCCACCTCA  750

seq1  AGATCCAAATCAAAGATGCGCGTCTTCCTATCTCAAGATCTGGATCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCAAATCAAAGATGCGCGTCTTCCTATCTCAAGATCTGGATCAAAA  800

seq1  GGCATGTGTCTTCCTAACTCAGAGTTCTGGACTATACGTAGATTTGCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGTCTTCCTAACTCAGAGTTCTGGACTATACGTAGATTTGCCCA  850

seq1  CTTCAAACCAAGCAAAAATAGTGTCTCACAGGTGTACCCTCCATTTCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACCAAGCAAAAATAGTGTCTCACAGGTGTACCCTCCATTTCTGT  900

seq1  GTTGTAATTCCTTCCAGATGTGGTCAAGTTGACACCCAAGAGCAGCCTTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTGTAATTCCTTCCAGATGTGGTCAAGTTGACACCCAAGAGCAGCTTTC  950

seq1  ACAGTCATGCTGGGAGAAGCTTGGGAAACAGTAGTGCTAAGAGCAGTGTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGTCATGCTGGGAGAAGCTTGGGAAACAGTAGTGCT-AGAGCAGTGTG  999

seq1  GGTCCAGCCTAGAGTCTTCTGAGGGGTGGAATACAGCTGGTGTAGAGA--  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  
seq2  GGTCCAGCCTAGAGTCTTCTGAGGGGTGG-ATACAGCT-GTGTAGAGAAC  1047

seq1  CTCTATTGCGGTGGTATTTTGG-CAAAGA  1076
       |||  ||| |||||||||||| ||||||
seq2  TTCTTATGC-GTGGTATTTTGGCCAAAGA  1075