BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335J04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 26,823,123 - 26,944,455
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837, 4930584F24Rik
Downstream geneDpp6, B930011P16Rik, Speer4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335J04.bB6Ng01-335J04.g
ACCGA120755GA120756
length1,1001,138
definitionB6Ng01-335J04.b B6Ng01-335J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,823,123 - 26,824,225)(26,943,314 - 26,944,455)
sequence
gaattcctagttctccacaaaacaatggaaatgagcactctcttccctag
agcttgtctaggaaaaacttgaatctcataaagatcatgtttgagtcaga
accattaaccccagctccctgctggggaaaaagtgctcattggccctgaa
gaacacaaaatgccagatgaaatcagtctgtgtgagcccttaggcaaaac
ttggctgcagtcttttcagggtcaagcatccagctttggtagtatctata
ctccatgttgtgttggagagacccaggatctaccctggccttgtagatga
aaattagaaaaatcttgattagaagtgggattcctgaatcccaccagaga
actatctgagtctttctctctcaggtatgggacagtgctgtgggaccgag
ggtcaaatggagctagagtattcagtgttgtcctgaagatgaccagtatt
tacatgctagatcgaacctgcccagcttcctggatacaggttcatcaagt
gtcctatgatgctagtacagtaattttatgagtgagttcaacattgattt
aaggaggtcatgctgtcttggtacatcagctattagtactctgtatcctg
tgatgcaatgttcgtgtgagtcccacaaaaatcatgtcacaggccttcat
tggcacattcccaagtttacattttacccattgtccatcttatagataag
aaaacagaacatggagaagttaaacacttttggctgtgcatatgtatata
tacattcatgtgaatgtatgaacatgtgcatatgagtccatgtgcacgtg
tgtgagtatgtctggaggccagaaatcaatgttacacatctttctcaact
gctgtctgtcttatttttgagacagggtctcttactgagtgaggagctca
ctgatttggctcctcgtggctctgccttcccagcactaagtgttcatggt
ctcacttggtttgggggagctcaaattcaactcatgtttcatgcttttac
agtgagcactttatgatttagccaacttctcatccctcttaacatttatg
agctgcagagctataagagaataggttccaattaacattgaagcccacac

gaattcagactaccctggtgtcaacaatcacctgctccaaaattcatatt
taaaagatgaggcagttgagatgttgagaggttaaatgattaacccaacg
tcacacagtagccatctaggtctccataagagactccccacaatgcatct
catcaggccttgggataaaaacctctgtatttatcctggtgacccagggc
aggttatgtgcattattattgttgctactatatctgcacagggaagaaca
ctaacaccagatataaaatggagagacagagagtgatagagacacacaca
cagagttacacacagagcaacagagacagacacacagagagaggttaaaa
agggcaggggcctgctaacacctgggcacttagtcattacacacaaactg
ttcacatttgccctgaggacaggggccccctatggggttttagctgatgc
tgtcattccctgtcattcttcccctcctcatgccaactcaagcctagaaa
ggaggctgagaagtttgccatctatcacctatgccactatatgtcaatcg
ctttacatagcaaaggtttacctctgccagttgagcagacttggatatga
attagaagcttcctgaagcagttcacttccctggtaatatttcttcacac
caagcagaggatttcagaatggaaggatgtaggctcacaggggttagagt
taggtgttgcagtggattttcatttggacacttgaagggctcatgtggaa
tggatgtgtgctggaaagtcaagagactaagtctcatttagctcccagca
tagtgtgcatggactcacttaggagcccccatgatagctactatatattg
tgcttgttgtttgcactttgtggaaactgtgtgcaatttctctgcaatgc
aattagaagtgctggtgagtttgtttgataaacctttgctatggctatat
tcatgttgcctatgaaaactccagagatgattttagacaagtgatgacta
atgcacatcccatataatagagagttatttggttgggttttactgtccac
ttaaccacacctcagttcacctagaaaacagaccttatgacaatgttctg
atcatggtgacctctggacaatgttctggagggcatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_26823123_26824225
seq2: B6Ng01-335J04.b_45_1144

seq1  GAATTCCTAGTTCTCCACAAAACAATGGAAATGAGCACTCTCTTCCCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTTCTCCACAAAACAATGGAAATGAGCACTCTCTTCCCTAG  50

seq1  AGCTTGTCTAGGAAAAACTTGAATCTCATAAAGATCATGTTTGAGTCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCTAGGAAAAACTTGAATCTCATAAAGATCATGTTTGAGTCAGA  100

seq1  ACCATTAACCCCAGCTCCCTGCTGGGGAAAAAGTGCTCATTGGCCCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTAACCCCAGCTCCCTGCTGGGGAAAAAGTGCTCATTGGCCCTGAA  150

seq1  GAACACAAAATGCCAGATGAAATCAGTCTGTGTGAGCCCTTAGGCAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAAAATGCCAGATGAAATCAGTCTGTGTGAGCCCTTAGGCAAAAC  200

seq1  TTGGCTGCAGTCTTTTCAGGGTCAAGCATCCAGCTTTGGTAGTATCTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGCAGTCTTTTCAGGGTCAAGCATCCAGCTTTGGTAGTATCTATA  250

seq1  CTCCATGTTGTGTTGGAGAGACCCAGGATCTACCCTGGCCTTGTAGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTTGTGTTGGAGAGACCCAGGATCTACCCTGGCCTTGTAGATGA  300

seq1  AAATTAGAAAAATCTTGATTAGAAGTGGGATTCCTGAATCCCACCAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGAAAAATCTTGATTAGAAGTGGGATTCCTGAATCCCACCAGAGA  350

seq1  ACTATCTGAGTCTTTCTCTCTCAGGTATGGGACAGTGCTGTGGGACCGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGAGTCTTTCTCTCTCAGGTATGGGACAGTGCTGTGGGACCGAG  400

seq1  GGTCAAATGGAGCTAGAGTATTCAGTGTTGTCCTGAAGATGACCAGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAATGGAGCTAGAGTATTCAGTGTTGTCCTGAAGATGACCAGTATT  450

seq1  TACATGCTAGATCGAACCTGCCCAGCTTCCTGGATACAGGTTCATCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTAGATCGAACCTGCCCAGCTTCCTGGATACAGGTTCATCAAGT  500

seq1  GTCCTATGATGCTAGTACAGTAATTTTATGAGTGAGTTCAACATTGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATGATGCTAGTACAGTAATTTTATGAGTGAGTTCAACATTGATTT  550

seq1  AAGGAGGTCATGCTGTCTTGGTACATCAGCTATTAGTACTCTGTATCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGTCATGCTGTCTTGGTACATCAGCTATTAGTACTCTGTATCCTG  600

seq1  TGATGCAATGTTCGTGTGAGTCCCACAAAAATCATGTCACAGGCCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAATGTTCGTGTGAGTCCCACAAAAATCATGTCACAGGCCTTCAT  650

seq1  TGGCACATTCCCAAGTTTACATTTTACCCATTGTCCATCTTATAGATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACATTCCCAAGTTTACATTTTACCCATTGTCCATCTTATAGATAAG  700

seq1  AAAACAGAACATGGAGAAGTTAAACACTTTTGGCTGTGCATATGTATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAACATGGAGAAGTTAAACACTTTTGGCTGTGCATATGTATATA  750

seq1  TACATTCATGTGAATGTATGAACATGTGCATATGAGTCCATGTGCACGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCATGTGAATGTATGAACATGTGCATATGAGTCCATGTGCACGTG  800

seq1  TGTGAGTATGTCTGGAGGCCAGAAATCAATGTTACACATCTTTCTCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTATGTCTGGAGGCCAGAAATCAATGTTACACATCTTTCTCAACT  850

seq1  GCTGTCTGTCTTATTTTTGAGACAGGGTCTCTTACTGAGTGAGGAGCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTGTCTTATTTTTGAGACAGGGTCTCTTACTGAGTGAGGAGCTCA  900

seq1  CTGA-TTGGCTCCTCGTGGCTCTGCCTTCCCAGCACTAAGTGTTCATGGT  949
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTGGCTCCTCGTGGCTCTGCCTTCCCAGCACTAAGTGTTCATGGT  950

seq1  CTCACTTGGTTTGGGGGAGCTCAAAATTCAAACTCATGTTTCATGCTTTT  999
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGGTTTGGGGGAGCTC-AAATTC-AACTCATGTTTCATGCTTTT  998

seq1  ACAGTGAGCACTTTAATGATTTAGCCAACTCTTCAT-CCTCTTAAACAAT  1048
      |||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||   ||
seq2  ACAGTGAGCACTTT-ATGATTTAGCCAACTTCTCATCCCTCTTAA--CAT  1045

seq1  TTATGAAGCTGCAGAGCTATTAAGAG-ATA-GTTTCAAATAACATTGAAG  1096
      ||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||||
seq2  TTATG-AGCTGCAGAGCTA-TAAGAGAATAGGTTCCAATTAACATTGAAG  1093

seq1  CCCACAC  1103
      |||||||
seq2  CCCACAC  1100

seq1: chr5_26943314_26944455
seq2: B6Ng01-335J04.g_67_1204 (reverse)

seq1  CCTTGCCCTCCAG-ACA-TGTCCAGAGGTCAACCTGATACAGACAATTTG  48
      || |||||||||| ||| ||||||||||||| | |||| |||| |  |||
seq2  CCATGCCCTCCAGAACATTGTCCAGAGGTCACCATGAT-CAGA-ACATTG  48

seq1  TCATTAAAGCTGTTTTCTAGGTGACTTGAGGTTGTGTTAAGTTGACAGTT  98
      |||| |   |||||||||||||||  ||||||   ||||||| |||||| 
seq2  TCATAAGGTCTGTTTTCTAGGTGAACTGAGGTGTGGTTAAGTGGACAGTA  98

seq1  AAAACCAACCAATAAACTCTCTATTATATGGGATGTGCATTTAGTCATCA  148
      ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAACCCAACCAAATAACTCTCTATTATATGGGATGTGCA-TTAGTCATCA  147

seq1  CTTTGTCTAAAATTCATCTCTGGAGTTTTCATAGGCAACAATGAATATTA  198
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  C-TTGTCTAAAA-TCATCTCTGGAGTTTTCATAGGCAAC-ATGAATA-TA  193

seq1  GCCATAGCAAAGGTTTATCAAAC-AACTCACCAGCACTTCTAATTGCATT  247
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGCAAAGGTTTATCAAACAAACTCACCAGCACTTCTAATTGCATT  243

seq1  GCAGAGAATTTGCACACAGTTTCCACAAAGTGCAAACAACAAGCACAATA  297
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAATTGCACACAGTTTCCACAAAGTGCAAACAACAAGCACAATA  293

seq1  TATAGTAGCTATCATGGGGGCTCCTAAGTGAGTCCATGCACACTATGCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAGCTATCATGGGGGCTCCTAAGTGAGTCCATGCACACTATGCTG  343

seq1  GGAGCTAAATGAGACTTAGTCTCTTGACTTTCCAGCACACATCCATTCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAAATGAGACTTAGTCTCTTGACTTTCCAGCACACATCCATTCCA  393

seq1  CATGAGCCCTTCAAGTGTCCAAATGAAAATCCACTGCAACACCTAACTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCCCTTCAAGTGTCCAAATGAAAATCCACTGCAACACCTAACTCT  443

seq1  AACCCCTGTGAGCCTACATCCTTCCATTCTGAAATCCTCTGCTTGGTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTGTGAGCCTACATCCTTCCATTCTGAAATCCTCTGCTTGGTGTG  493

seq1  AAGAAATATTACCAGGGAAGTGAACTGCTTCAGGAAGCTTCTAATTCATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATATTACCAGGGAAGTGAACTGCTTCAGGAAGCTTCTAATTCATA  543

seq1  TCCAAGTCTGCTCAACTGGCAGAGGTAAACCTTTGCTATGTAAAGCGATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTCTGCTCAACTGGCAGAGGTAAACCTTTGCTATGTAAAGCGATT  593

seq1  GACATATAGTGGCATAGGTGATAGATGGCAAACTTCTCAGCCTCCTTTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATAGTGGCATAGGTGATAGATGGCAAACTTCTCAGCCTCCTTTCT  643

seq1  AGGCTTGAGTTGGCATGAGGAGGGGAAGAATGACAGGGAATGACAGCATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGAGTTGGCATGAGGAGGGGAAGAATGACAGGGAATGACAGCATC  693

seq1  AGCTAAAACCCCATAGGGGGCCCCTGTCCTCAGGGCAAATGTGAACAGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAACCCCATAGGGGGCCCCTGTCCTCAGGGCAAATGTGAACAGTT  743

seq1  TGTGTGTAATGACTAAGTGCCCAGGTGTTAGCAGGCCCCTGCCCTTTTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAATGACTAAGTGCCCAGGTGTTAGCAGGCCCCTGCCCTTTTTA  793

seq1  ACCTCTCTCTGTGTGTCTGTCTCTGTTGCTCTGTGTGTAACTCTGTGTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTCTGTGTGTCTGTCTCTGTTGCTCTGTGTGTAACTCTGTGTGT  843

seq1  GTGTCTCTATCACTCTCTGTCTCTCCATTTTATATCTGGTGTTAGTGTTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTATCACTCTCTGTCTCTCCATTTTATATCTGGTGTTAGTGTTC  893

seq1  TTCCCTGTGCAGATATAGTAGCAACAATAATAATGCACATAACCTGCCCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTGCAGATATAGTAGCAACAATAATAATGCACATAACCTGCCCT  943

seq1  GGGTCACCAGGATAAATACAGAGGTTTTTATCCCAAGGCCTGATGAGATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACCAGGATAAATACAGAGGTTTTTATCCCAAGGCCTGATGAGATG  993

seq1  CATTGTGGGGAGTCTCTTATGGAGACCTAGATGGCTACTGTGTGACGTTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGGGGAGTCTCTTATGGAGACCTAGATGGCTACTGTGTGACGTTG  1043

seq1  GGTTAATCATTTAACCTCTCAACATCTCAACTGCCTCATCTTTTAAATAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATCATTTAACCTCTCAACATCTCAACTGCCTCATCTTTTAAATAT  1093

seq1  GAATTTTGGAGCAGGTGATTGTTGACACCAGGGTAGTCTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGGAGCAGGTGATTGTTGACACCAGGGTAGTCTGAATTC  1138