BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336K05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,051,052 - 127,123,524
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneLOC100040327, Tmem132c, Slc15a4, Glt1d1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336K05.bB6Ng01-336K05.g
ACCGA121503GA121504
length6991,141
definitionB6Ng01-336K05.b B6Ng01-336K05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,051,052 - 127,051,750)(127,122,377 - 127,123,524)
sequence
gaattcttctggttatttgtatagcaaataatgtatcttttaagtctgta
tttttggtgctatagttgggaaactctgagttctattgctgcgttctgtt
ttgtgtaacagtcatcccctatattctgcaaaggaagagataggtaggcc
ctaagagggtcactgctaggcctctactgacatcagggggttcatttcag
tctcttgggggtattagaattctggctccccacctgtcattttctaacac
attgatacggtgacctcatcatcaccttcttttgcattagatggcttctg
acaccacccagcagaagaggggaggtatgtcacatcactactgatgaagg
cagatgtcacagcttgccacatggcttccactgaggctggaggaatgggt
agaaagaggtggctcataccatccagcagcagtgacagtttcaacaatat
acttgagctcttcggacaccagcatggcagggtgtccacatgcctcactg
gggctcaggaagagtagaactctgagctttctacattgccactgtgactc
aggtatgcacagttgtatttttctgttgcttggatggaacaagtgcttga
tggctaagtgtttaccttccaggctagccctgtcctggctgtaagaaatt
gccttttattattttataatgataattatgatgtaggtggtggtggtgg

gaattcatgacacaacttccctgtaggaagattgatgatatgcttacctt
caaggttgcataagctattcaggactccatgtcctactgatggcagctct
tggttcaagagtgaacacacagcccaagttgtccttacaatagataataa
ttaaaagtctttagaattttgatataggaaccattttcttctctttcccc
atcttatttctttgcaagtcaagacctagccctatgaaaatacttcaagg
aggatgatacttctgtgaacagagagatggaagaaacttgggagctaagt
aagggcacctgagctaactatactgggagccttttctgccttggataatg
tattgaaagagcctaattttctacattgttttaaacacatgtgaattggc
ctttccagcctctgacaatgtcaacccatctaataaaccctctcttgtaa
ctgtgtacattccacatcctgctggatctgttcttgcagagaaccttaat
cattttcataagtccatcatttctttctgactttgaattccatagaggac
agcaagacagatttctccttgaggccacaagatttatttaacgctggaaa
gactgtggcagggtttaaagagaagagaaaggattttttaaatcattcag
aagagcagagaagtctattttaaggctctttagggaaggggagtgggtgt
cctgcactgtggggaggaatcctgttgatgtaggacaaacatgtgggttc
aatatagttatacattggagtaggcatagcccctgatacttcaagctggc
aacctgaggtctgtcagcttccttggtgcttggaatccagacacctgaag
agtctgtttacagagttataggcaggcttttggtagggtgtttgtctctt
tctgtagcacaaggaatcctaagtcaaccatgaggatagagatggagaga
gccagagacagacataacctgagacactctggattggcatttggcatttc
tttcctggagcgtgcgagctgaaagacactcacaagacaaactcaggtca
ggtgctatagctgcagttatttgtagctgaattcatcttgctaatgtaac
attcccaccccttgaacctgaacagtccagcttgtcaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127051052_127051750
seq2: B6Ng01-336K05.b_47_745

seq1  GAATTCTTCTGGTTATTTGTATAGCAAATAATGTATCTTTTAAGTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGGTTATTTGTATAGCAAATAATGTATCTTTTAAGTCTGTA  50

seq1  TTTTTGGTGCTATAGTTGGGAAACTCTGAGTTCTATTGCTGCGTTCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTGCTATAGTTGGGAAACTCTGAGTTCTATTGCTGCGTTCTGTT  100

seq1  TTGTGTAACAGTCATCCCCTATATTCTGCAAAGGAAGAGATAGGTAGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAACAGTCATCCCCTATATTCTGCAAAGGAAGAGATAGGTAGGCC  150

seq1  CTAAGAGGGTCACTGCTAGGCCTCTACTGACATCAGGGGGTTCATTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGGGTCACTGCTAGGCCTCTACTGACATCAGGGGGTTCATTTCAG  200

seq1  TCTCTTGGGGGTATTAGAATTCTGGCTCCCCACCTGTCATTTTCTAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGGGGGTATTAGAATTCTGGCTCCCCACCTGTCATTTTCTAACAC  250

seq1  ATTGATACGGTGACCTCATCATCACCTTCTTTTGCATTAGATGGCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATACGGTGACCTCATCATCACCTTCTTTTGCATTAGATGGCTTCTG  300

seq1  ACACCACCCAGCAGAAGAGGGGAGGTATGTCACATCACTACTGATGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACCCAGCAGAAGAGGGGAGGTATGTCACATCACTACTGATGAAGG  350

seq1  CAGATGTCACAGCTTGCCACATGGCTTCCACTGAGGCTGGAGGAATGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTCACAGCTTGCCACATGGCTTCCACTGAGGCTGGAGGAATGGGT  400

seq1  AGAAAGAGGTGGCTCATACCATCCAGCAGCAGTGACAGTTTCAACAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGGTGGCTCATACCATCCAGCAGCAGTGACAGTTTCAACAATAT  450

seq1  ACTTGAGCTCTTCGGACACCAGCATGGCAGGGTGTCCACATGCCTCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGCTCTTCGGACACCAGCATGGCAGGGTGTCCACATGCCTCACTG  500

seq1  GGGCTCAGGAAGAGTAGAACTCTGAGCTTTCTACATTGCCACTGTGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGGAAGAGTAGAACTCTGAGCTTTCTACATTGCCACTGTGACTC  550

seq1  AGGTATGCACAGTTGTATTTTTCTGTTGCTTGGATGGAACAAGTGCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGCACAGTTGTATTTTTCTGTTGCTTGGATGGAACAAGTGCTTGA  600

seq1  TGGCTAAGTGTTTACCTTCCAGGCTAGCCCTGTCCTGGCTGTAAGAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGTGTTTACCTTCCAGGCTAGCCCTGTCCTGGCTGTAAGAAATT  650

seq1  GCCTTTTATTATTTTATAATGATAATTATGATGTAGGTGGTGGTGGTGG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTATTATTTTATAATGATAATTATGATGTAGGTGGTGGTGGTGG  699


seq1: chr5_127122377_127123524
seq2: B6Ng01-336K05.g_66_1206 (reverse)

seq1  TGATTGACCAAGCT-GACTGTTCAGGT--CAGGGGTGGGAATTGTTACAT  47
      ||||||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||| ||||||||
seq2  TGATTGA-CAAGCTGGACTGTTCAGGTTCAAGGGGTGGGAA-TGTTACAT  48

seq1  TTAAGCCAAGGATGAATCAGGCTACAATAACCTGCAGCCTTATAGGCACC  97
      |  |||  | |||||||   |||||||  | |||||||  |||| ||| |
seq2  T--AGC--AAGATGAATTCAGCTACAAATAACTGCAGC--TATA-GCA-C  90

seq1  CTGACCTGAGTTTGTC-TGTGAGTGTCTATCAGGCTCGCACGCTCCAGGA  146
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGAGTTTGTCTTGTGAGTGTCTTTCA-GCTCGCACGCTCCAGGA  139

seq1  AAGAAATGCCAAATGCCAATCCAGAGTGTCTCAGGTTATGTCTGTCTCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGCCAAATGCCAATCCAGAGTGTCTCAGGTTATGTCTGTCTCTG  189

seq1  GCTCTCTCCATCTCTATCCTCATGGTTGACTTAGGATTCCTTGTGCTACA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCCATCTCTATCCTCATGGTTGACTTAGGATTCCTTGTGCTACA  239

seq1  GAAAGAGACAAACACCCTACCAAAAGCCTGCCTATAACTCTGTAAACAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGACAAACACCCTACCAAAAGCCTGCCTATAACTCTGTAAACAGA  289

seq1  CTCTTCAGGTGTCTGGATTCCAAGCACCAAGGAAGCTGACAGACCTCAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGGTGTCTGGATTCCAAGCACCAAGGAAGCTGACAGACCTCAGG  339

seq1  TTGCCAGCTTGAAGTATCAGGGGCTATGCCTACTCCAATGTATAACTATA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGCTTGAAGTATCAGGGGCTATGCCTACTCCAATGTATAACTATA  389

seq1  TTGAACCCACATGTTTGTCCTACATCAACAGGATTCCTCCCCACAGTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCCACATGTTTGTCCTACATCAACAGGATTCCTCCCCACAGTGCA  439

seq1  GGACACCCACTCCCCTTCCCTAAAGAGCCTTAAAATAGACTTCTCTGCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCCACTCCCCTTCCCTAAAGAGCCTTAAAATAGACTTCTCTGCTC  489

seq1  TTCTGAATGATTTAAAAAATCCTTTCTCTTCTCTTTAAACCCTGCCACAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAATGATTTAAAAAATCCTTTCTCTTCTCTTTAAACCCTGCCACAG  539

seq1  TCTTTCCAGCGTTAAATAAATCTTGTGGCCTCAAGGAGAAATCTGTCTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAGCGTTAAATAAATCTTGTGGCCTCAAGGAGAAATCTGTCTTG  589

seq1  CTGTCCTCTATGGAATTCAAAGTCAGAAAGAAATGATGGACTTATGAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCTATGGAATTCAAAGTCAGAAAGAAATGATGGACTTATGAAAA  639

seq1  TGATTAAGGTTCTCTGCAAGAACAGATCCAGCAGGATGTGGAATGTACAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAAGGTTCTCTGCAAGAACAGATCCAGCAGGATGTGGAATGTACAC  689

seq1  AGTTACAAGAGAGGGTTTATTAGATGGGTTGACATTGTCAGAGGCTGGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAAGAGAGGGTTTATTAGATGGGTTGACATTGTCAGAGGCTGGAA  739

seq1  AGGCCAATTCACATGTGTTTAAAACAATGTAGAAAATTAGGCTCTTTCAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATTCACATGTGTTTAAAACAATGTAGAAAATTAGGCTCTTTCAA  789

seq1  TACATTATCCAAGGCAGAAAAGGCTCCCAGTATAGTTAGCTCAGGTGCCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATCCAAGGCAGAAAAGGCTCCCAGTATAGTTAGCTCAGGTGCCC  839

seq1  TTACTTAGCTCCCAAGTTTCTTCCATCTCTCTGTTCACAGAAGTATCATC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAGCTCCCAAGTTTCTTCCATCTCTCTGTTCACAGAAGTATCATC  889

seq1  CTCCTTGAAGTATTTTCATAGGGCTAGGTCTTGACTTGCAAAGAAATAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGAAGTATTTTCATAGGGCTAGGTCTTGACTTGCAAAGAAATAAG  939

seq1  ATGGGGAAAGAGAAGAAAATGGTTCCTATATCAAAATTCTAAAGACTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAAAGAGAAGAAAATGGTTCCTATATCAAAATTCTAAAGACTTTT  989

seq1  AATTATTATCTATTGTAAGGACAACTTGGGCTGTGTGTTCACTCTTGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTATCTATTGTAAGGACAACTTGGGCTGTGTGTTCACTCTTGAAC  1039

seq1  CAAGAGCTGCCATCAGTAGGACATGGAGTCCTGAATAGCTTATGCAACCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTGCCATCAGTAGGACATGGAGTCCTGAATAGCTTATGCAACCT  1089

seq1  TGAAGGTAAGCATATCATCAATCTTCCTACAGGGAAGTTGTGTCATGAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTAAGCATATCATCAATCTTCCTACAGGGAAGTTGTGTCATGAAT  1139

seq1  TC  1148
      ||
seq2  TC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |