BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336L10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 69,505,155 - 69,586,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKctd8
Upstream geneAY616753, LOC666996
Downstream geneLOC545756, Yipf7, Guf1, Gnpda2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336L10.bB6Ng01-336L10.g
ACCGA121554GA121555
length1,2161,125
definitionB6Ng01-336L10.b B6Ng01-336L10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,505,155 - 69,506,382)(69,585,630 - 69,586,759)
sequence
gaattctatttgggatttcttatattgcaataaaaagaaagaaaatggta
accttctcagccatttgggaagagagtatagtataaaaattaaatgtcag
ttcttgtatcggtcaagatgcatgtaagctctgaaaagtaatgtggatag
tcttagtcacaagactacactacagttctttttaatacaggggtgtttat
aaatgacatctgtgtatagcttcatgccttacaaattgtattttaatctc
tttccacgcttaatgatgattgaaaatactggatatgtaaaatttctctg
cagcagatgtaattcccagaaggaaaattaccttttaaaggtgctaaatt
caattgtatgtgagtggttatgtggtgcttataagtattaagcagttgca
taaaagatgggaaaagcaaaggattgtgattccacaaaactttgttgaat
atccatatgtatggtggaataattatgtagaggaaaatcaaaaatgtacc
tgatacctgacaatggtcctattatcagttagtctgaacttttctgctag
atgaatacaaatgtaactgaagcttaaatactgcatgcacagatatgaaa
aaaaataatgttattgaatctgatgaagaaacagaaaatatctcttatgg
attacttaagttccaattctgcattgaagcttcacataggaaaggcattg
atcttcaaaaaaaagactatttaaatctagaaaaagtaatgtatattatg
ggaaatgaaagcgtttctgtatatttttgctattcttattggaattgcca
catttatggctgaagaagaattaagataaagaaacacctatattgtttga
taaagcctcagagttattgtatatttacctaaaattatatataatgttta
taatacttaatatattgtatataattttaagtaaagctatgattattcaa
gctgacaatttccccacatagtaacactttttcaggtagtccatgtgact
ggtaaaacaagatggagtattgataattgccctggatgcctcttagagat
taggataaatcttcttattgctgaagaaattgataactaagatgactagt
caatggaaatgtccatagcagctaattttaaatagcagaagctggaagaa
ccttgaatgccccttaataagaatggatcgaaaagttgtacatttacgca
tggagaactacatcag

gaattctaggtcagcccatgatgtgtacatacactgtctcaaaaatgaga
aacagcaaagtgaaaaacactcagctaggacttataaattctcaaacaca
ttgatggttgttcatatgcagatttgtaataatcatttgatgatggtaca
catttcagttatgcagtgtttctattctttgttttgtaagacgtgatacc
ctcctgggttttctgtctccatacaactgtttctacttattgactcctgg
tcctcctaatcctctcactactggtgttttgcagtttctaggtaacagac
ttcaaatctgagacatccttcactcattttattttaacaggaacaataat
atatattggaagataaaccagtggatgataattacaactagggcaatcag
catgaaaataaccacacataattatctctttttaaatagaacattataga
gccttggacatacaggtagcattcctaacaacatgtgtgaacctggagga
taatatgatagtcaagacatcagtggagccactttcatggtgttcatggt
ttggatccagagactagctacttctttactttagtcaatattacatttag
tcttatttcatggaaacctgcttttcaggggcgtctgatgttatcctctt
tagaacaaaatacatagactcttgttcatctccacctgacctttcaatac
ttagcaggaaatttaaactttagcatttgcattgaatgataatatcgatt
ctgagattaaattttaattataatattttgcacttatcttttctgtcgcc
aaatcctcccatatattcccgccctttccccatcaaattcatgatctctt
tttccatgaattgttactttgtcattcttaaatataacctgttgaatcca
tgtaatgttccttgcatgcttgtgttcaggatgaccagttggcactggac
aaatgatcatccagtttcagatttcctcagttgctcataactctgtatgt
aggggtgagctctcatggacttttttttttctgtcagtttggcatatttt
attgtatcaaactgtcagctcacatttggctgttatgttgatgggacttt
atggtgtgttagactagagcacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_69505155_69506382
seq2: B6Ng01-336L10.b_48_1263

seq1  GAATTCTATTTGGGATTTCTTATATTGCAATAAAAAGAAAGAAAATGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTGGGATTTCTTATATTGCAATAAAAAGAAAGAAAATGGTA  50

seq1  ACCTTCTCAGCCATTTGGGAAGAGAGTATAGTATAAAAATTAAATGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCAGCCATTTGGGAAGAGAGTATAGTATAAAAATTAAATGTCAG  100

seq1  TTCTTGTATCGGTCAAGATGCATGTAAGCTCTGAAAAGTAATGTGGATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTATCGGTCAAGATGCATGTAAGCTCTGAAAAGTAATGTGGATAG  150

seq1  TCTTAGTCACAAGACTACACTACAGTTCTTTTTAATACAGGGGTGTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTCACAAGACTACACTACAGTTCTTTTTAATACAGGGGTGTTTAT  200

seq1  AAATGACATCTGTGTATAGCTTCATGCCTTACAAATTGTATTTTAATCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACATCTGTGTATAGCTTCATGCCTTACAAATTGTATTTTAATCTC  250

seq1  TTTCCACGCTTAATGATGATTGAAAATACTGGATATGTAAAATTTCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACGCTTAATGATGATTGAAAATACTGGATATGTAAAATTTCTCTG  300

seq1  CAGCAGATGTAATTCCCAGAAGGAAAATTACCTTTTAAAGGTGCTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATGTAATTCCCAGAAGGAAAATTACCTTTTAAAGGTGCTAAATT  350

seq1  CAATTGTATGTGAGTGGTTATGTGGTGCTTATAAGTATTAAGCAGTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTATGTGAGTGGTTATGTGGTGCTTATAAGTATTAAGCAGTTGCA  400

seq1  TAAAAGATGGGAAAAGCAAAGGATTGTGATTCCACAAAACTTTGTTGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATGGGAAAAGCAAAGGATTGTGATTCCACAAAACTTTGTTGAAT  450

seq1  ATCCATATGTATGGTGGAATAATTATGTAGAGGAAAATCAAAAATGTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATATGTATGGTGGAATAATTATGTAGAGGAAAATCAAAAATGTACC  500

seq1  TGATACCTGACAATGGTCCTATTATCAGTTAGTCTGAACTTTTCTGCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCTGACAATGGTCCTATTATCAGTTAGTCTGAACTTTTCTGCTAG  550

seq1  ATGAATACAAATGTAACTGAAGCTTAAATACTGCATGCACAGATATGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATACAAATGTAACTGAAGCTTAAATACTGCATGCACAGATATGAAA  600

seq1  AAAAATAATGTTATTGAATCTGATGAAGAAACAGAAAATATCTCTTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATGTTATTGAATCTGATGAAGAAACAGAAAATATCTCTTATGG  650

seq1  ATTACTTAAGTTCCAATTCTGCATTGAAGCTTCACATAGGAAAGGCATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTAAGTTCCAATTCTGCATTGAAGCTTCACATAGGAAAGGCATTG  700

seq1  ATCTTCAAAAAAAAGACTATTTAAATCTAGAAAAAGTAATGTATATTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAAAAAAAAGACTATTTAAATCTAGAAAAAGTAATGTATATTATG  750

seq1  GGAAATGAAAGCGTTTCTGTATATTTTTGCTATTCTTATTGGAATTGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAAAGCGTTTCTGTATATTTTTGCTATTCTTATTGGAATTGCCA  800

seq1  CATTTATGGCTGAAGAAGAATTAAGATAAAGAAACACCTATATTGTTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGGCTGAAGAAGAATTAAGATAAAGAAACACCTATATTGTTTGA  850

seq1  TAAAGCCTCAGGAGTTATTGTATATTTACCTAAAATTATATATAATGTTT  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCTCA-GAGTTATTGTATATTTACCTAAAATTATATATAATGTTT  899

seq1  ATAATACTTAATATATTGTATATAATTTTAAGTAAAGCTATGA-TATTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATAATACTTAATATATTGTATATAATTTTAAGTAAAGCTATGATTATTCA  949

seq1  AGCTGACAATTTCCCCACAATAGTAACACTTTTTCAGGGTAGTCCATGTG  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTGACAATTTCCCCAC-ATAGTAACACTTTTTCA-GGTAGTCCATGTG  997

seq1  ACTGGTAAAACAAGATGGAGTATTGAT-ATTGCCCTGGGATGCCTCTTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  ACTGGTAAAACAAGATGGAGTATTGATAATTGCCCT-GGATGCCTCTTAG  1046

seq1  AGATTAAGGATAAATCT--CTATTGCTGAAGATATTGTATACTTAGGATG  1096
      ||||| |||||||||||   |||||||||||| |||| |||  || ||||
seq2  AGATT-AGGATAAATCTTCTTATTGCTGAAGAAATTG-ATAACTAAGATG  1094

seq1  AACTTAGTTCATTTGAAATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGA  1146
      |   ||| ||| | ||||||| |||||||| || ||||  ||||| ||||
seq2  A--CTAG-TCAATGGAAATGTCCATAGCAG-CTAATTTTAAATAG-CAGA  1139

seq1  AGCTGGAAAGAACCTAG-ATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAA  1195
      |||||| |||||||| | |||||||| |  | | ||||||||   |||||
seq2  AGCTGG-AAGAACCTTGAATGCCCCTTA--ATAAGAATGGAT--CGAAAA  1184

seq1  TGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTAC-TCAG  1228
       || |||||||||| | |||||| ||||| ||||
seq2  -GTTGTACATTTACGC-ATGGAGAACTACATCAG  1216


seq1: chr5_69585630_69586759
seq2: B6Ng01-336L10.g_65_1189 (reverse)

seq1  AAAGTGCCTCCTAGTCT-ACACA-CATAAAGTCCCATCAACATAACAGCC  48
      |||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGTGC--TCTAGTCTAACACACCATAAAGTCCCATCAACATAACAG-C  47

seq1  CAAATGTGAGCTGAACAAGTTTGATACCAATAAATATGCCAAACTGAACA  98
      ||||||||||||||   |||||||||| |  ||||||||||||||| |||
seq2  CAAATGTGAGCTGA--CAGTTTGATACAATAAAATATGCCAAACTG-ACA  94

seq1  GAAAAAAAAAAGTCCATGAGAGCTCACCCCTACATACAGAGTTATGAGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAGTCCATGAGAGCTCACCCCTACATACAGAGTTATGAGCA  144

seq1  ACTGAGGAAATCTGAAACTGGATGATCATTTGTCCAGTGCCAACTGGTCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGAAATCTGAAACTGGATGATCATTTGTCCAGTGCCAACTGGTCA  194

seq1  TCCCTGAACACAAGCATGCAAGGAACATTACATGGATTCAACAGGTTATA  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCTGAACACAAGCATGCAAGGAACATTACATGGATTCAACAGGTTATA  243

seq1  TTTAAGAATGACAAAGTAACAATTCATGGAAAAAGAGATCATGAATTTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAATGACAAAGTAACAATTCATGGAAAAAGAGATCATGAATTTGA  293

seq1  TGGGGAAAGGGCGGGAATATATGGGAGGATTTGGCGACAGAAAAGATAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAGGGCGGGAATATATGGGAGGATTTGGCGACAGAAAAGATAAG  343

seq1  TGCAAAATATTATAATTAAAATTTAATCTCAGAATCGATATTATCATTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAATATTATAATTAAAATTTAATCTCAGAATCGATATTATCATTCA  393

seq1  ATGCAAATGCTAAAGTTTAAATTTCCTGCTAAGTATTGAAAGGTCAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATGCTAAAGTTTAAATTTCCTGCTAAGTATTGAAAGGTCAGGTG  443

seq1  GAGATGAACAAGAGTCTATGTATTTTGTTCTAAAGAGGATAACATCAGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAACAAGAGTCTATGTATTTTGTTCTAAAGAGGATAACATCAGAC  493

seq1  GCCCCTGAAAAGCAGGTTTCCATGAAATAAGACTAAATGTAATATTGACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGAAAAGCAGGTTTCCATGAAATAAGACTAAATGTAATATTGACT  543

seq1  AAAGTAAAGAAGTAGCTAGTCTCTGGATCCAAACCATGAACACCATGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAGAAGTAGCTAGTCTCTGGATCCAAACCATGAACACCATGAAA  593

seq1  GTGGCTCCACTGATGTCTTGACTATCATATTATCCTCCAGGTTCACACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCCACTGATGTCTTGACTATCATATTATCCTCCAGGTTCACACAT  643

seq1  GTTGTTAGGAATGCTACCTGTATGTCCAAGGCTCTATAATGTTCTATTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGGAATGCTACCTGTATGTCCAAGGCTCTATAATGTTCTATTTA  693

seq1  AAAAGAGATAATTATGTGTGGTTATTTTCATGCTGATTGCCCTAGTTGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGATAATTATGTGTGGTTATTTTCATGCTGATTGCCCTAGTTGTA  743

seq1  ATTATCATCCACTGGTTTATCTTCCAATATATATTATTGTTCCTGTTAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATCCACTGGTTTATCTTCCAATATATATTATTGTTCCTGTTAAA  793

seq1  ATAAAATGAGTGAAGGATGTCTCAGATTTGAAGTCTGTTACCTAGAAACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGAGTGAAGGATGTCTCAGATTTGAAGTCTGTTACCTAGAAACT  843

seq1  GCAAAACACCAGTAGTGAGAGGATTAGGAGGACCAGGAGTCAATAAGTAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACACCAGTAGTGAGAGGATTAGGAGGACCAGGAGTCAATAAGTAG  893

seq1  AAACAGTTGTATGGAGACAGAAAACCCAGGAGGGTATCACGTCTTACAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGTATGGAGACAGAAAACCCAGGAGGGTATCACGTCTTACAAA  943

seq1  ACAAAGAATAGAAACACTGCATAACTGAAATGTGTACCATCATCAAATGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAATAGAAACACTGCATAACTGAAATGTGTACCATCATCAAATGA  993

seq1  TTATTACAAATCTGCATATGAACAACCATCAATGTGTTTGAGAATTTATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACAAATCTGCATATGAACAACCATCAATGTGTTTGAGAATTTATA  1043

seq1  AGTCCTAGCTGAGTGTTTTTCACTTTGCTGTTTCTCATTTTTGAGACAGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGCTGAGTGTTTTTCACTTTGCTGTTTCTCATTTTTGAGACAGT  1093

seq1  GTATGTACACATCATGGGCTGACCTAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTACACATCATGGGCTGACCTAGAATTC  1125


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |