BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338O19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 98,860,185 - 98,976,164
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007G11Rik
Upstream geneGk2, Antxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5
Downstream geneBmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b, A930011G23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338O19.bB6Ng01-338O19.g
ACCGA123071GA123072
length1,1541,059
definitionB6Ng01-338O19.b B6Ng01-338O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,974,980 - 98,976,164)(98,860,185 - 98,861,248)
sequence
gaattcttatttaattttgactttaaacttgatcttttggttgcatgact
gaccactttattattacctggataggaaaaggtcccatcagtggggaatg
tcctaggtccacagaccaaagacaaatgctgccattgtggagcacggtat
aatttgtcaagggaatgcacagtcactgacagccatttctttccaaagta
agggcattttcagggggggaaaacacatgtccatcacttctccttttgac
tgtacattcaattacacccactacatcttgctgacaatggcatctccccc
tttctttctttgaggaacatttaggaggtatcatctgtttcagagacctt
tcatagcacccctttaccttttaatgaatatattacagcaggtcttagat
acccgatatttacagaacaaacaagtaatttataacatagacaactgcgc
tattggtggatgaccacactcttcattattgtttggagactcaagctact
ttttttttttttttggttagtgtactgaattttctacttttgtaatgtaa
tgcttatacttaactgcctatgcctattagacagtaggcatactttctca
ataaattaaataaataaataatatgtgtatgtataaagtttcctacacaa
atgaatggtttagcagatagtttctgcacaaatgaagagtaaggtgatat
ggtccagcaaccacaccttcctgcctgctgcattagggaatatctcaatc
catagatgatattatgcaatcataagcacagtatgccaggagctactgat
gttgagcaatctttcctactgaaccatttcatctcttaactgacttcaac
ctgtacaatagaaacaaggttgttctaagtgaatttggtcaaaccctgat
atttctacagccactagtgaatagcattcgcttacttacgagcaaatatg
aatcgtaatgctaaatctagacagatttttccagtaaaatttccatttgt
acctctttctgctttctttgacagtaaatctagccatcaaagattcagtc
atataatgaaattcttattgctcacagatgaactttatgtcgacggatgg
caagccagctcaccgcatctattagaagaccgaattcatgttgaggtcag
ggac
gaattcacagtggaaagaagtggctgtcctcacttaacctcagtgtccct
gaatggaatcagctgggagacacatatgtccggacacaatgctccatgct
tccctcctatgcattattcttgctaagaaggtaaatttgctttgagaggg
tcttgagttccagctacatctttcatgacttgtgatagagaaaagaaaaa
aaaatcaatgaggcagcaattagacaagtcatgatgtagtgtgttctctg
agagcaaacacaatgtccctgagtcaacagtctcacaaagtgggtggttt
agaagggcattgtgactgatgaaacgaaatgttgcacaaatcactcaatc
acaagaaggaatgtttcaggatgactgtgtaggaaagcgtcttagataat
gccttattattgtgaacagacaccatgacaagggcagctcttagaaagga
aaccacttacctggggctggcttgtagttcagaggtttagtgcagtatca
ccataatgagaagcatggcagcacaggcagatgtactgctggagagttaa
cgagacttctgcatctggatcagcaggcagtaggaagggagcgtgacact
ggggcctggcttgaacttctgaaccctcaaagcccacgcccagtgacaca
cttcctccaagaaggcaacacttccaataatgtcactccttatgagtcta
tgagggccaattttgttcagaccaccacagtaccaatacattgttatagt
attagatgatgtaactaagaggtttttgtcatatctctagaaatatctca
cgataaaaatggttttacttgaagaatgcatttaaaatggataaaaataa
aggaaaaagaaaaggaatatagaggcaaacttagtgaagtgaccaaaagt
tttagtctttgttgtaataagctttaattcatcagataaagaattttaaa
tgatatagtcccacgcccacctgctatcacaataatagcctgagctagct
cttaggtcacaatcatttgcatgagatctgagatacaagcatactcatgc
tgctgtaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_98974980_98976164
seq2: B6Ng01-338O19.b_43_1196 (reverse)

seq1  GTCCTTGACCTCAACATGGAAATCCGTCTCTCATTAGATGCCGT-AGCTG  49
      |||| |||||||||||| ||| || ||||   | ||||||| || |||| 
seq2  GTCCCTGACCTCAACAT-GAATTCGGTCTTCTAATAGATGCGGTGAGCT-  48

seq1  GGCTATCCCCCAAATTTCCCGTCTGACATTAAAGTTCTATCTGTGAGCAA  99
      ||||  ||     ||   ||||| |||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GGCTTGCC-----AT---CCGTC-GACA-TAAAGTTC-ATCTGTGAGCAA  87

seq1  ATAAAGAATTTCATTTATAATGACTTGGAAATCTTTTGATTGGCCTAAGA  149
         |||||||||| |||| ||||||    |||| ||||| ||||   |||
seq2  --TAAGAATTTCA-TTAT-ATGACT---GAATC-TTTGA-TGGC--TAGA  126

seq1  TTTACTTGTCAAAGGAAAGCAAGAAAAGAGGTACAAATGGAAAATTTTAC  199
      ||||| ||||||| |||||||   |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTAC-TGTCAAA-GAAAGCA--GAAAGAGGTACAAATGG-AAATTTTAC  171

seq1  TGGAAAAATCTGTTCCTAAGATTTAGCATTACGATTCATATTTGCTCGTA  249
      |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAATCTGT--CT-AGATTTAGCATTACGATTCATATTTGCTCGTA  218

seq1  AGTAAGCGAATGCTATTCACTAGTGGCTGTAGAAATATCAGGGTTTGACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCGAATGCTATTCACTAGTGGCTGTAGAAATATCAGGGTTTGACC  268

seq1  AAATTCACTTAGAACAACCTTGTTTCTATTGTACAGGTTGAAGTCAGTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACTTAGAACAACCTTGTTTCTATTGTACAGGTTGAAGTCAGTTA  318

seq1  AGAGATGAAATGGTTCAGTAGGAAAGATTGCTCAACATCAGTAGCTCCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGAAATGGTTCAGTAGGAAAGATTGCTCAACATCAGTAGCTCCTG  368

seq1  GCATACTGTGCTTATGATTGCATAATATCATCTATGGATTGAGATATTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTGTGCTTATGATTGCATAATATCATCTATGGATTGAGATATTCC  418

seq1  CTAATGCAGCAGGCAGGAAGGTGTGGTTGCTGGACCATATCACCTTACTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCAGCAGGCAGGAAGGTGTGGTTGCTGGACCATATCACCTTACTC  468

seq1  TTCATTTGTGCAGAAACTATCTGCTAAACCATTCATTTGTGTAGGAAACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGTGCAGAAACTATCTGCTAAACCATTCATTTGTGTAGGAAACT  518

seq1  TTATACATACACATATTATTTATTTATTTAATTTATTGAGAAAGTATGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATACACATATTATTTATTTATTTAATTTATTGAGAAAGTATGCC  568

seq1  TACTGTCTAATAGGCATAGGCAGTTAAGTATAAGCATTACATTACAAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCTAATAGGCATAGGCAGTTAAGTATAAGCATTACATTACAAAAG  618

seq1  TAGAAAATTCAGTACACTAACCAAAAAAAAAAAAAAAGTAGCTTGAGTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATTCAGTACACTAACCAAAAAAAAAAAAAAAGTAGCTTGAGTCT  668

seq1  CCAAACAATAATGAAGAGTGTGGTCATCCACCAATAGCGCAGTTGTCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAATAATGAAGAGTGTGGTCATCCACCAATAGCGCAGTTGTCTAT  718

seq1  GTTATAAATTACTTGTTTGTTCTGTAAATATCGGGTATCTAAGACCTGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAATTACTTGTTTGTTCTGTAAATATCGGGTATCTAAGACCTGCT  768

seq1  GTAATATATTCATTAAAAGGTAAAGGGGTGCTATGAAAGGTCTCTGAAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATATTCATTAAAAGGTAAAGGGGTGCTATGAAAGGTCTCTGAAAC  818

seq1  AGATGATACCTCCTAAATGTTCCTCAAAGAAAGAAAGGGGGAGATGCCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATACCTCCTAAATGTTCCTCAAAGAAAGAAAGGGGGAGATGCCAT  868

seq1  TGTCAGCAAGATGTAGTGGGTGTAATTGAATGTACAGTCAAAAGGAGAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCAAGATGTAGTGGGTGTAATTGAATGTACAGTCAAAAGGAGAAG  918

seq1  TGATGGACATGTGTTTTCCCCCCCTGAAAATGCCCTTACTTTGGAAAGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGACATGTGTTTTCCCCCCCTGAAAATGCCCTTACTTTGGAAAGAA  968

seq1  ATGGCTGTCAGTGACTGTGCATTCCCTTGACAAATTATACCGTGCTCCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTCAGTGACTGTGCATTCCCTTGACAAATTATACCGTGCTCCAC  1018

seq1  AATGGCAGCATTTGTCTTTGGTCTGTGGACCTAGGACATTCCCCACTGAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAGCATTTGTCTTTGGTCTGTGGACCTAGGACATTCCCCACTGAT  1068

seq1  GGGACCTTTTCCTATCCAGGTAATAATAAAGTGGTCAGTCATGCAACCAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTTTTCCTATCCAGGTAATAATAAAGTGGTCAGTCATGCAACCAA  1118

seq1  AAGATCAAGTTTAAAGTCAAAATTAAATAAGAATTC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAGTTTAAAGTCAAAATTAAATAAGAATTC  1154

seq1: chr5_98860185_98861248
seq2: B6Ng01-338O19.g_64_1122

seq1  GAATTCACAGTGGAAAGAAGTGGCTGTCCTCACTTAACCTCAGTGTCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGGAAAGAAGTGGCTGTCCTCACTTAACCTCAGTGTCCCT  50

seq1  GAATGGAATCAGCTGGGAGACACATATGTCCGGACACAATGCTCCATGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAATCAGCTGGGAGACACATATGTCCGGACACAATGCTCCATGCT  100

seq1  TCCCTCCTATGCATTATTCTTGCTAAGAAGGTAAATTTGCTTTGAGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTATGCATTATTCTTGCTAAGAAGGTAAATTTGCTTTGAGAGGG  150

seq1  TCTTGAGTTCCAGCTACATCTTTCATGACTTGTGATAGAGAAAAGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGTTCCAGCTACATCTTTCATGACTTGTGATAGAGAAAAGAAAAA  200

seq1  AAAATCAATGAGGCAGCAATTAGACAAGTCATGATGTAGTGTGTTCTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAATGAGGCAGCAATTAGACAAGTCATGATGTAGTGTGTTCTCTG  250

seq1  AGAGCAAACACAATGTCCCTGAGTCAACAGTCTCACAAAGTGGGTGGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAACACAATGTCCCTGAGTCAACAGTCTCACAAAGTGGGTGGTTT  300

seq1  AGAAGGGCATTGTGACTGATGAAACGAAATGTTGCACAAATCACTCAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCATTGTGACTGATGAAACGAAATGTTGCACAAATCACTCAATC  350

seq1  ACAAGAAGGAATGTTTCAGGATGACTGTGTAGGAAAGCGTCTTAGATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGGAATGTTTCAGGATGACTGTGTAGGAAAGCGTCTTAGATAAT  400

seq1  GCCTTATTATTGTGAACAGACACCATGACAAGGGCAGCTCTTAGAAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATTATTGTGAACAGACACCATGACAAGGGCAGCTCTTAGAAAGGA  450

seq1  AACCACTTACCTGGGGCTGGCTTGTAGTTCAGAGGTTTAGTGCAGTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTTACCTGGGGCTGGCTTGTAGTTCAGAGGTTTAGTGCAGTATCA  500

seq1  CCATAATGAGAAGCATGGCAGCACAGGCAGATGTACTGCTGGAGAGTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATGAGAAGCATGGCAGCACAGGCAGATGTACTGCTGGAGAGTTAA  550

seq1  CGAGACTTCTGCATCTGGATCAGCAGGCAGTAGGAAGGGAGCGTGACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACTTCTGCATCTGGATCAGCAGGCAGTAGGAAGGGAGCGTGACACT  600

seq1  GGGGCCTGGCTTGAACTTCTGAACCCTCAAAGCCCACGCCCAGTGACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTGGCTTGAACTTCTGAACCCTCAAAGCCCACGCCCAGTGACACA  650

seq1  CTTCCTCCAAGAAGGCAACACTTCCAATAATGTCACTCCTTATGAGTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCAAGAAGGCAACACTTCCAATAATGTCACTCCTTATGAGTCTA  700

seq1  TGAGGGCCAATTTTGTTCAGACCACCACAGTACCAATACATTGTTATAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGCCAATTTTGTTCAGACCACCACAGTACCAATACATTGTTATAGT  750

seq1  ATTAGATGATGTAACTAAGAGGTTTTTGTCATATCTCTAGAAATATCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATGATGTAACTAAGAGGTTTTTGTCATATCTCTAGAAATATCTCA  800

seq1  GGATAAAAATGGTTTTACTTGAAGAATGCATTTAAAATGGATAAAAATAA  850
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAAAATGGTTTTACTTGAAGAATGCATTTAAAATGGATAAAAATAA  850

seq1  AGGAAAAAGAAAAGGAATATAGAGGCAAACTTAGTGAAGTGACCAAAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGAAAAGGAATATAGAGGCAAACTTAGTGAAGTGACCAAAAGT  900

seq1  TTTAGTCTTTGTTGTAATAAGCTTTAATTCATCAAGATAAAGAATTTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  TTTAGTCTTTGTTGTAATAAGCTTTAATTCATC-AGATAAAGAA-TTTTA  948

seq1  AATGATATAGTCCCACGCCCACCTGCTATCACAAT-ATAGCCTGAGCTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATGATATAGTCCCACGCCCACCTGCTATCACAATAATAGCCTGAGCTAG  998

seq1  CTCTTAGTTCACAATCCATTTGCATGAGATCTGAGATTACAAGCATACTC  1049
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTTAGGTCACAAT-CATTTGCATGAGATCTGAGA-TACAAGCATACTC  1046

seq1  ATGCCTGGCTGTAAG  1064
      ||||   ||||||||
seq2  ATGC--TGCTGTAAG  1059