BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340K24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 102,528,254 - 102,615,539
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041888, LOC100040902, Cycs-ps2, LOC100040920, Nkx6-1, Cds1, Wdfy3, EG666515, EG666527
Downstream geneLOC625780, Arhgap24, Mapk10, LOC666563
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340K24.bB6Ng01-340K24.g
ACCGA124311GA124312
length1,1871,077
definitionB6Ng01-340K24.b B6Ng01-340K24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,614,347 - 102,615,539)(102,528,254 - 102,529,324)
sequence
gaattcattaaggatagtctatgtctaaaaatgttcaccagtaaatgaga
cacctgttccaaggctgactccccaaggttcaggaaacatcacacacagg
aggtaagactgcacccaccgtaggatggagagaagttgctggaatgttct
ctgttatcttctggacatggtggttgtatgtatgaacccacaaaagctgc
ccgtgtccacaccagatcaagccaggttaaaataccaacttgagtggaga
ggaactaccaataccccattcttagctaagtatctgctggcagttgatga
ccactggtggaaggagagtcacttttctttatgaaggtggccactgataa
gctgttcctgccccagtggatgattgcacagccatatactcatgcacata
agagcagtgcttattggactcagtattattattggacaataataatagta
ataataattataaagaggtcataaacttaggagggacatctgttgggata
ttggaacctcccagggagattggaagagagaattcatgtatcataaacat
aggtatgaagttttcaaagaacagataactattattaaaaacatttaaag
gaaactaagtcatttccctactgtaacagagaatcagatatagcattgct
aaaattttaccacttaactaatttagattttgtaaatagtacaacaatat
gctgaggaccttcagtacaatattggtgtggatgggtgttatcacatgca
tagaacttggtctgtattagaacagagccccagctgtgacccttgggact
gctctttcagttgtaaacccaggctagaacttttgtgcagatgtgaacag
gggaattggaatttgtttttgtttttgttttatttagttttgagatcgat
gctacattgctccctaggaggtctgtgtgcttcttgagattcattaactt
ggagagaaaattgtgtgaggaacttaagtgatgtttaagttacaggatag
gacaaggcctctccccatatagctcactgaaatcatggaggtatttaata
tgcttatttattactatagcttccacagtgtgtatcactaactagagaat
ttgaggacacctgtcaagtaaatcagctcataccattacgatgcgtcttt
ggagaatgcaattgccacatcgggacaatatgctctg

gaattcaattatgtctttcaagtggttggcatttgtgttgtgaattgagc
tcttagcttctcatcttcatcatgttggggaaggaagagggggacccaca
tcttgcctgtgatcctactacggtgggatcagtggtaagatgatgaggtg
cctggtattggtgtatatttcacagaatgctgggccatactgattcactc
cattctttttactgtggtgataactcttgcagtgctgggaacagaactcc
gtgtctgggatatgcccttgagtactctaccgccgcgttatgtccccagc
catgtacattagttctaaaataccacttaaaagtcacctcttgacagtcc
ctggataatatacaaagagaacttagctatgacatgtttcttggtcattc
taattcgagggaaccactgctacccagcagccattgcatttctcatggct
tcctcaggattctagagctcagtgtggcctgcaggactcaccaccaatca
cagatgatcttctcccgagggctgaacatggtgcctgcacctgggcaggc
tcgccctgtctagagttgctcaagtgagaagctttgagacgatgcatcca
cgtggtcattttagaacctctgtccttgttgtgacttttaaccagaactc
gcattagacatcctgtcctcttgctgtgtggctgtttctagccagcactt
ttgaaataaacatagcttacctcccccagttcttgaaaagtgctctctgg
ttttatgtcagactcaagttactgcacagggaaatctgtcttcaaggttc
cctcttaagatctctaagcaaatttcatgctttctgttagactttcctga
atagagccatttgtcaggaacaaaaaacaggacaagcaagcaagcaagca
ggcaggcaaacaaatatttccaacactgtggctggtagaatccacagaca
gagctgtaggacgtgagtcttcacttctgctctcttcttccactgaggtc
ttctttcgtccagaagttccactctctttcctttctttaagccttatcct
agaagctaagggagtcccactgccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_102614347_102615539
seq2: B6Ng01-340K24.b_47_1233 (reverse)

seq1  CAGA-CATATTGTCCCGATGTGCAAAATGCATCTTCAAGAGCAGCATCTG  49
      |||| |||||||||||||||||  || |||||  || | ||  ||||| |
seq2  CAGAGCATATTGTCCCGATGTGGCAATTGCATTCTCCAAAGACGCATC-G  49

seq1  TAATTGGTATGAGCTGATTTTACTTGACA-GTGTCCTC-AATTCTCTTAG  97
      ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||
seq2  TAA-TGGTATGAGCTGA-TTTACTTGACAGGTGTCCTCAAATTCTC-TAG  96

seq1  TTAAGTTGGATACACACTGTGG-AGCTATAGTAATAAATAAGCATTATTA  146
      || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TT-AGT--GATACACACTGTGGAAGCTATAGTAATAAATAAGCA-TATTA  142

seq1  AATACCTCCATGATTTTCAGTGAGCTATATGGGGAGAGG-CTTGTCCTAT  195
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATACCTCCATGA-TTTCAGTGAGCTATATGGGGAGAGGCCTTGTCCTAT  191

seq1  CCTGTAACTTAAACATCACTTAAGTTCCTCACACAATTTTTCTCTCCAAG  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGTAACTTAAACATCACTTAAGTTCCTCACACAA-TTTTCTCTCCAAG  240

seq1  TTTAATGAATCTCAAGAAGCACACAGACCTCCTAGGGAGCAATGTAGCAT  295
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAATGAATCTCAAGAAGCACACAGACCTCCTAGGGAGCAATGTAGCAT  289

seq1  CGATCTCAAAACTAAATAAAACAAAAACAAAAACAAATTCCAATTCCCCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTCAAAACTAAATAAAACAAAAACAAAAACAAATTCCAATTCCCCT  339

seq1  GTTCACATCTGCACAAAAGTTCTAGCCTGGGTTTACAACTGAAAGAGCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACATCTGCACAAAAGTTCTAGCCTGGGTTTACAACTGAAAGAGCAG  389

seq1  TCCCAAGGGTCACAGCTGGGGCTCTGTTCTAATACAGACCAAGTTCTATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGGGTCACAGCTGGGGCTCTGTTCTAATACAGACCAAGTTCTATG  439

seq1  CATGTGATAACACCCATCCACACCAATATTGTACTGAAGGTCCTCAGCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATAACACCCATCCACACCAATATTGTACTGAAGGTCCTCAGCAT  489

seq1  ATTGTTGTACTATTTACAAAATCTAAATTAGTTAAGTGGTAAAATTTTAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGTACTATTTACAAAATCTAAATTAGTTAAGTGGTAAAATTTTAG  539

seq1  CAATGCTATATCTGATTCTCTGTTACAGTAGGGAAATGACTTAGTTTCCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTATATCTGATTCTCTGTTACAGTAGGGAAATGACTTAGTTTCCT  589

seq1  TTAAATGTTTTTAATAATAGTTATCTGTTCTTTGAAAACTTCATACCTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTTTTAATAATAGTTATCTGTTCTTTGAAAACTTCATACCTAT  639

seq1  GTTTATGATACATGAATTCTCTCTTCCAATCTCCCTGGGAGGTTCCAATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGATACATGAATTCTCTCTTCCAATCTCCCTGGGAGGTTCCAATA  689

seq1  TCCCAACAGATGTCCCTCCTAAGTTTATGACCTCTTTATAATTATTATTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACAGATGTCCCTCCTAAGTTTATGACCTCTTTATAATTATTATTA  739

seq1  CTATTATTATTGTCCAATAATAATACTGAGTCCAATAAGCACTGCTCTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATTATTGTCCAATAATAATACTGAGTCCAATAAGCACTGCTCTTA  789

seq1  TGTGCATGAGTATATGGCTGTGCAATCATCCACTGGGGCAGGAACAGCTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGAGTATATGGCTGTGCAATCATCCACTGGGGCAGGAACAGCTT  839

seq1  ATCAGTGGCCACCTTCATAAAGAAAAGTGACTCTCCTTCCACCAGTGGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGGCCACCTTCATAAAGAAAAGTGACTCTCCTTCCACCAGTGGTC  889

seq1  ATCAACTGCCAGCAGATACTTAGCTAAGAATGGGGTATTGGTAGTTCCTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTGCCAGCAGATACTTAGCTAAGAATGGGGTATTGGTAGTTCCTC  939

seq1  TCCACTCAAGTTGGTATTTTAACCTGGCTTGATCTGGTGTGGACACGGGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAAGTTGGTATTTTAACCTGGCTTGATCTGGTGTGGACACGGGC  989

seq1  AGCTTTTGTGGGTTCATACATACAACCACCATGTCCAGAAGATAACAGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGTGGGTTCATACATACAACCACCATGTCCAGAAGATAACAGAG  1039

seq1  AACATTCCAGCAACTTCTCTCCATCCTACGGTGGGTGCAGTCTTACCTCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCCAGCAACTTCTCTCCATCCTACGGTGGGTGCAGTCTTACCTCC  1089

seq1  TGTGTGTGATGTTTCCTGAACCTTGGGGAGTCAGCCTTGGAACAGGTGTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGATGTTTCCTGAACCTTGGGGAGTCAGCCTTGGAACAGGTGTC  1139

seq1  TCATTTACTGGTGAACATTTTTAGACATAGACTATCCTTAATGAATTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACTGGTGAACATTTTTAGACATAGACTATCCTTAATGAATTC  1187


seq1: chr5_102528254_102529324
seq2: B6Ng01-340K24.g_69_1145

seq1  GAATTCAATTATGTCTTTCAAGTGGTTGGCATTTGTGTTGTGAATTGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTATGTCTTTCAAGTGGTTGGCATTTGTGTTGTGAATTGAGC  50

seq1  TCTTAGCTTCTCATCTTCATCATGTTGGGGAAGGAAGAGGGGGACCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTTCTCATCTTCATCATGTTGGGGAAGGAAGAGGGGGACCCACA  100

seq1  TCTTGCCTGTGATCCTACTACGGTGGGATCAGTGGTAAGATGATGAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTGTGATCCTACTACGGTGGGATCAGTGGTAAGATGATGAGGTG  150

seq1  CCTGGTATTGGTGTATATTTCACAGAATGCTGGGCCATACTGATTCACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTATTGGTGTATATTTCACAGAATGCTGGGCCATACTGATTCACTC  200

seq1  CATTCTTTTTACTGTGGTGATAACTCTTGCAGTGCTGGGAACAGAACTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTTTACTGTGGTGATAACTCTTGCAGTGCTGGGAACAGAACTCC  250

seq1  GTGTCTGGGATATGCCCTTGAGTACTCTACCGCCGCGTTATGTCCCCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGGATATGCCCTTGAGTACTCTACCGCCGCGTTATGTCCCCAGC  300

seq1  CATGTACATTAGTTCTAAAATACCACTTAAAAGTCACCTCTTGACAGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACATTAGTTCTAAAATACCACTTAAAAGTCACCTCTTGACAGTCC  350

seq1  CTGGATAATATACAAAGAGAACTTAGCTATGACATGTTTCTTGGTCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATAATATACAAAGAGAACTTAGCTATGACATGTTTCTTGGTCATTC  400

seq1  TAATTCGAGGGAACCACTGCTACCCAGCAGCCATTGCATTTCTCATGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCGAGGGAACCACTGCTACCCAGCAGCCATTGCATTTCTCATGGCT  450

seq1  TCCTCAGGATTCTAGAGCTCAGTGTGGCCTGCAGGACTCACCACCAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGATTCTAGAGCTCAGTGTGGCCTGCAGGACTCACCACCAATCA  500

seq1  CAGATGATCTTCTCCCGAGGGCTGAACATGGTGCCTGCACCTGGGCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATCTTCTCCCGAGGGCTGAACATGGTGCCTGCACCTGGGCAGGC  550

seq1  TCGCCCTGTCTAGAGTTGCTCAAGTGAGAAGCTTTGAGACGATGCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCCTGTCTAGAGTTGCTCAAGTGAGAAGCTTTGAGACGATGCATCCA  600

seq1  CGTGGTCATTTTAGAACCTCTGTCCTTGTTGTGACTTTTAACCAGAACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTCATTTTAGAACCTCTGTCCTTGTTGTGACTTTTAACCAGAACTC  650

seq1  GCATTAGACATCCTGTCCTCTTGCTGTGTGGCTGTTTCTAGCCAGCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGACATCCTGTCCTCTTGCTGTGTGGCTGTTTCTAGCCAGCACTT  700

seq1  TTGAAATAAACATAGCTTACCTCCCCCAGTTCTTGAAAAGTGCTCTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATAAACATAGCTTACCTCCCCCAGTTCTTGAAAAGTGCTCTCTGG  750

seq1  TTTTATGTCAGACTCAAGTTACTGCACAGGGAAATCTGTCTTCAAGGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTCAGACTCAAGTTACTGCACAGGGAAATCTGTCTTCAAGGTTC  800

seq1  CCTCTTAAGATCTCTAAGCAAATTTCATGCTTTCTGTTAGACTTTCCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAAGATCTCTAAGCAAATTTCATGCTTTCTGTTAGACTTTCCTGA  850

seq1  ATAGAGCCATTTGTCA-GAACAAAAAACA-GACAAGCAAGCAAGCAAGCA  898
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCCATTTGTCAGGAACAAAAAACAGGACAAGCAAGCAAGCAAGCA  900

seq1  GGCAGGCAAACAAATATTTCCAACACTGTGGCTGGTAGAATCCACAGACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCAAACAAATATTTCCAACACTGTGGCTGGTAGAATCCACAGACA  950

seq1  GAGCTGTAAGACGTGAGTCCTCAC-TCTGCTCTCTTCTTCCACTGAGGTC  997
      |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTAGGACGTGAGTCTTCACTTCTGCTCTCTTCTTCCACTGAGGTC  1000

seq1  -TCTTTCGTCCCAGAAGGTCCACTCTCTTTCCTTTC-TTAAGCCCTAATC  1045
       |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||  |
seq2  TTCTTTCGT-CCAGAAGTTCCACTCTCTTTCCTTTCTTTAAGCCTTATCC  1049

seq1  TAG-AGCTAA-GGAGTCCCACTGCCTTT  1071
      ||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCTAAGGGAGTCCCACTGCCTTT  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |