BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342K03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 35,303,375 - 35,406,640
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs12, Hgfac, Dok7
Upstream geneGm1673, LOC100040427, Nat8l, Poln, BC023882, Mxd4, Zfyve28, EG433874, A830049F12Rik, LOC100040061, Rnf4, BC037112, LOC100040480, Tnip2, Sh3bp2, Add1, 0610009O03Rik, Nol14, Gprk2l, Hdh, A930005I04Rik
Downstream geneLrpap1, Adra2c, Hmx1, Cpz, Plk-ps1, 2310079F23Rik, Acox3, Htra3, Sh3tc1, Ablim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342K03.bB6Ng01-342K03.g
ACCGA125657GA125658
length9761,219
definitionB6Ng01-342K03.b B6Ng01-342K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,303,375 - 35,304,353)(35,405,417 - 35,406,640)
sequence
gaattcactttgtagacagggctggtctcaaaagagctctgcctgctcta
cctctttagtgttgggattagaggcgtgtgccatccccactccggccttc
ccccaactatagcaagtttttaagagagagctcagagttggagcttggtg
ttcagttagtcgggagttgggtccttatagagaagaagcaaagattcttc
atcatgtgaagggctccctggctgagaatacctggagatgtctgtaccta
agagcctcattatctttgcctttggcagtagttcacaaagcagcaggtgt
cagaagccagtgtgtattttggtgcagaggccttgtggctccctggtctg
tggactgagagctctttacagaaagatgtttttttctcacctcgatgctc
tgtgccttgcttggtggcaaccatgaaatggcagacataacatgcagtat
atacttttcagtctaggagctgggacccagaaggcttcagacaagggatg
ctcactgcagatacttgctccctaagcagactctttgattggcagtcaga
tggtctagaagtggcatgtggcttaagaacctgctggatccttcctttgt
actatgtcctgataggtccagctccagctccgtcaggaaggtggataagg
ttaggggacaggcttgggactacacagggttcttaaggaagggcctagaa
gctgggattggtgtcaggctgctacagtagttggggggtcaagggttatc
agtgtgagcctgtggggtgttgtcaatgggacagctgttggtctttggtg
tgtgcctgaggtagatgttggtgagggtggtgccagttgtgtgtttgaca
gccacaggagttgctggttgggatatgatagctatgagggagggcaagag
gtctactggaggattgtccctgttgagaatgtggctttgtggtacctggc
tgatgaaccctggctctggaagggcc
gaattctaccccaagtgcatttctcatctgccacagcactgcaccccaga
ggtgctgctccccatgaggtaatcttcctggggaagctgggtaggttagt
gcaagccatgttcacacttctctgccctccacagtcaccatcagccttag
tcagaaggttccccaggagtcaggctgtcacctcagcagcacttggacct
aagggcctacctgtgggggatggtttaggctcatgtgcccaaagcaaaca
cctaaacacttttcatgcccggcaaccccaaatagcccgtggcgctaaat
gaatggatacgttgggcttcaccaaggagagactggaaaaaaaaaaccac
aaagagctcagagccaagccagacatccctgcaaacagcctcagcagacc
tacacagggacccaaatcccaaccctaactcccaaagcctctatggtttt
ccctccttccctaaccagagcctgagagccaggatcatggaggggcccgc
aagctttccatgaggggcagagctttcggggccacaaacgctcttcctct
ggggcccaactgggtgggcaagcagtcaggcagtaccagttcaccagtaa
gcccagctgtgtgccatgcacaaaaccaaggggaggtgagggcagaaggg
ccaggagctggggtccagcctcggctacactccaagtagctataggacgt
aagaccttatctcccaaagcagctaggctatatgcttcctgtttatggag
caaacttgagccctcagtcgctgctccggcaccacgcctgcttgcccgcc
tgcttgcccgcctgcctgccgtgctcctcagcctcatggtgatggactct
tacccccctggtacagtaagccccaaataaacccttccttgtacaaaaac
aaacagtgggggggggtctcccgcttcctgtttgagagcctgctcattgt
atacccatcagttaggggtgggggggagcacatgcaggatccacctgctg
cccgtcacctcggggattcttggctcagttcttccagaacactggtgaag
aagcctctgatgacaggtccactggcaaaagcagaaactggaccatgagc
tagtaaacgacagaataaacaaaaaacaaatgtgttccctcggaagcaat
ccaacatgtcagcaggtccacagaaccacttgggggctctgccaggaaat
cataaggggaccaacaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_35303375_35304353
seq2: B6Ng01-342K03.b_47_1022

seq1  GAATTCACTTTGTAGACAGGGCTGGTCTCAAAAGAGCTCTGCCTGCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACAGGGCTGGTCTCAAAAGAGCTCTGCCTGCTCTA  50

seq1  CCTCTTTAGTGTTGGGATTAGAGGCGTGTGCCATCCCCACTCCGGCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTAGTGTTGGGATTAGAGGCGTGTGCCATCCCCACTCCGGCCTTC  100

seq1  CCCCAACTATAGCAAGTTTTTAAGAGAGAGCTCAGAGTTGGAGCTTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTATAGCAAGTTTTTAAGAGAGAGCTCAGAGTTGGAGCTTGGTG  150

seq1  TTCAGTTAGTCGGGAGTTGGGTCCTTATAGAGAAGAAGCAAAGATTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTAGTCGGGAGTTGGGTCCTTATAGAGAAGAAGCAAAGATTCTTC  200

seq1  ATCATGTGAAGGGCTCCCTGGCTGAGAATACCTGGAGATGTCTGTACCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGAAGGGCTCCCTGGCTGAGAATACCTGGAGATGTCTGTACCTA  250

seq1  AGAGCCTCATTATCTTTGCCTTTGGCAGTAGTTCACAAAGCAGCAGGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTCATTATCTTTGCCTTTGGCAGTAGTTCACAAAGCAGCAGGTGT  300

seq1  CAGAAGCCAGTGTGTATTTTGGTGCAGAGGCCTTGTGGCTCCCTGGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCAGTGTGTATTTTGGTGCAGAGGCCTTGTGGCTCCCTGGTCTG  350

seq1  TGGACTGAGAGCTCTTTACAGAAAGATGTTTTTTTCTCACCTCGATGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGAGAGCTCTTTACAGAAAGATGTTTTTTTCTCACCTCGATGCTC  400

seq1  TGTGCCTTGCTTGGTGGCAACCATGAAATGGCAGACATAACATGCAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTTGCTTGGTGGCAACCATGAAATGGCAGACATAACATGCAGTAT  450

seq1  ATACTTTTCAGTCTAGGAGCTGGGACCCAGAAGGCTTCAGACAAGGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCAGTCTAGGAGCTGGGACCCAGAAGGCTTCAGACAAGGGATG  500

seq1  CTCACTGCAGATACTTGCTCCCTAAGCAGACTCTTTGATTGGCAGTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCAGATACTTGCTCCCTAAGCAGACTCTTTGATTGGCAGTCAGA  550

seq1  TGGTCTAGAAGTGGCATGTGGCTTAAGAACCTGCTGGATCCTTCCTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAGAAGTGGCATGTGGCTTAAGAACCTGCTGGATCCTTCCTTTGT  600

seq1  ACTATGTCCTGATAGGTCCAGCTCCAGCTCCGTCAGGAAGGTGGATAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCCTGATAGGTCCAGCTCCAGCTCCGTCAGGAAGGTGGATAAGG  650

seq1  TTAGGGGACAGGCTTGGGACTACACAGGGTTCTTAAGGAAGGGCCTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGACAGGCTTGGGACTACACAGGGTTCTTAAGGAAGGGCCTAGAA  700

seq1  GCTGGGATTGGTGTCAGGCTGCTACAGTAGTTGGGGGGTCAAGGGTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATTGGTGTCAGGCTGCTACAGTAGTTGGGGGGTCAAGGGTTATC  750

seq1  AGTGTGAGCCTGTGGGGTGTTGTCAATGGGACAGCTGTTGGTCTTTGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGCCTGTGGGGTGTTGTCAATGGGACAGCTGTTGGTCTTTGGTG  800

seq1  TGTGCCTGAGGTAGATGTTGGTGAGGGTGGTGCCAGGTGTGTGTTTGACA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTGCCTGAGGTAGATGTTGGTGAGGGTGGTGCCAGTTGTGTGTTTGACA  850

seq1  GCCACAGGAGTTGCTGGTTGGGATATGATAGCTATGAGGGAGGGCAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGAGTTGCTGGTTGGGATATGATAGCTATGAGGGAGGGCAAGAG  900

seq1  GTCTACTGGAGGTATGTCCCTGTTGGAGAATGTGGCTTGGTGGTACCTGT  950
      ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GTCTACTGGAGGATTGTCCCTGTT-GAGAATGTGGCTTTGTGGTACCTG-  948

seq1  GCTGATGAGCCTGGGCTCTGGAGAGGGCC  979
      |||||||| ||  ||||||||| ||||||
seq2  GCTGATGAACCCTGGCTCTGGA-AGGGCC  976

seq1: chr5_35405417_35406640
seq2: B6Ng01-342K03.g_68_1286 (reverse)

seq1  CCCTG-TGGTCCC--TATGATTTCCTTTGCAGAGCCCCCAAGTGTGTCTG  47
      ||||| |||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||
seq2  CCCTGTTGGTCCCCTTATGATTTCC-TGGCAGAGCCCCCAAGTGGTTCTG  49

seq1  TGGGGACCTCGGCTGACATGTTTGGGAATGCTTCCGAGGG-ACACATTTT  96
      |  ||||||  |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| |||
seq2  T--GGACCT--GCTGACATGTT--GGATTGCTTCCGAGGGAACACA-TTT  92

seq1  GTTTTTTG-TTATCTTGTCGTTTACTTGCTTCTGGGCCCAGTTTCTTGCT  145
      |||||||| ||||  ||||||||||| || ||  || |||||||| ||||
seq2  GTTTTTTGTTTATTCTGTCGTTTACTAGC-TCATGGTCCAGTTTC-TGCT  140

seq1  TTGTGCCAGTGGACCTGTCATTCAGAGCCTTC-TCACCAGTG-TCTGGGA  193
      || ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| |
seq2  TT-TGCCAGTGGACCTGTCA-TCAGAGGCTTCTTCACCAGTGTTCTGGAA  188

seq1  GAAACTGAGCC-AGAATCCCCGAGGTGACGGGCAGCAGGTGGATTCCTGC  242
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  G-AACTGAGCCAAGAATCCCCGAGGTGACGGGCAGCAGGTGGA-TCCTGC  236

seq1  ATGGTGCT-CCCCCCACCCCTAACTGATGGGTATAACAATGAGCAGGCTC  291
      || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AT-GTGCTCCCCCCCACCCCTAACTGATGGGTAT-ACAATGAGCAGGCTC  284

seq1  TCAAACAGGAAGC-GGAGA-CCCCCCCCACTGTTTGTTTTTGTACAAGGA  339
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAGGAAGCGGGAGACCCCCCCCCACTGTTTGTTTTTGTACAAGGA  334

seq1  AGGGTTTATTTGGGGCTTACTGTACCAGGGGGGTAAGAGTCCATCACCAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTATTTGGGGCTTACTGTACCAGGGGGGTAAGAGTCCATCACCAT  384

seq1  GAGGCTGAGGAGCACGGCAGGCAGGCGGGCAAGCAGGCGGGCAAGCAGGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGAGGAGCACGGCAGGCAGGCGGGCAAGCAGGCGGGCAAGCAGGC  434

seq1  GTGGTGCCGGAGCAGCGACTGAGGGCTCAAGTTTGCTCCATAAACAGGAA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCGGAGCAGCGACTGAGGGCTCAAGTTTGCTCCATAAACAGGAA  484

seq1  GCATATAGCCTAGCTGCTTTGGGAGATAAGGTCTTACGTCCTATAGCTAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAGCCTAGCTGCTTTGGGAGATAAGGTCTTACGTCCTATAGCTAC  534

seq1  TTGGAGTGTAGCCGAGGCTGGACCCCAGCTCCTGGCCCTTCTGCCCTCAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTGTAGCCGAGGCTGGACCCCAGCTCCTGGCCCTTCTGCCCTCAC  584

seq1  CTCCCCTTGGTTTTGTGCATGGCACACAGCTGGGCTTACTGGTGAACTGG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTTGGTTTTGTGCATGGCACACAGCTGGGCTTACTGGTGAACTGG  634

seq1  TACTGCCTGACTGCTTGCCCACCCAGTTGGGCCCCAGAGGAAGAGCGTTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCTGACTGCTTGCCCACCCAGTTGGGCCCCAGAGGAAGAGCGTTT  684

seq1  GTGGCCCCGAAAGCTCTGCCCCTCATGGAAAGCTTGCGGGCCCCTCCATG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCCGAAAGCTCTGCCCCTCATGGAAAGCTTGCGGGCCCCTCCATG  734

seq1  ATCCTGGCTCTCAGGCTCTGGTTAGGGAAGGAGGGAAAACCATAGAGGCT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCTCTCAGGCTCTGGTTAGGGAAGGAGGGAAAACCATAGAGGCT  784

seq1  TTGGGAGTTAGGGTTGGGATTTGGGTCCCTGTGTAGGTCTGCTGAGGCTG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGTTAGGGTTGGGATTTGGGTCCCTGTGTAGGTCTGCTGAGGCTG  834

seq1  TTTGCAGGGATGTCTGGCTTGGCTCTGAGCTCTTTGTGGTTTTTTTTTTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGGGATGTCTGGCTTGGCTCTGAGCTCTTTGTGGTTTTTTTTTTC  884

seq1  CAGTCTCTCCTTGGTGAAGCCCAACGTATCCATTCATTTAGCGCCACGGG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTCCTTGGTGAAGCCCAACGTATCCATTCATTTAGCGCCACGGG  934

seq1  CTATTTGGGGTTGCCGGGCATGAAAAGTGTTTAGGTGTTTGCTTTGGGCA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGGGGTTGCCGGGCATGAAAAGTGTTTAGGTGTTTGCTTTGGGCA  984

seq1  CATGAGCCTAAACCATCCCCCACAGGTAGGCCCTTAGGTCCAAGTGCTGC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCCTAAACCATCCCCCACAGGTAGGCCCTTAGGTCCAAGTGCTGC  1034

seq1  TGAGGTGACAGCCTGACTCCTGGGGAACCTTCTGACTAAGGCTGATGGTG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGACAGCCTGACTCCTGGGGAACCTTCTGACTAAGGCTGATGGTG  1084

seq1  ACTGTGGAGGGCAGAGAAGTGTGAACATGGCTTGCACTAACCTACCCAGC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGAGGGCAGAGAAGTGTGAACATGGCTTGCACTAACCTACCCAGC  1134

seq1  TTCCCCAGGAAGATTACCTCATGGGGAGCAGCACCTCTGGGGTGCAGTGC  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGGAAGATTACCTCATGGGGAGCAGCACCTCTGGGGTGCAGTGC  1184

seq1  TGTGGCAGATGAGAAATGCACTTGGGGTAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGATGAGAAATGCACTTGGGGTAGAATTC  1219