BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343M03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 96,270,279 - 96,319,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433921
Upstream geneLOC100041179, LOC624655, LOC100041166, LOC665469, LOC622894, EG666121, LOC666125, EG666133, LOC100041296, LOC100041253, LOC100041264, EG624049, EG666159, LOC666164, EG666169, D5Ertd577e, LOC100041354, LOC100040503, LOC666187, EG622731, LOC100041380, EG666203, EG666209, LOC665943
Downstream geneCxcl13, EG666231, Cnot6l, LOC100040559, Mrpl1, Fras1, Anxa3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343M03.bB6Ng01-343M03.g
ACCGA126455GA126456
length1,1671,008
definitionB6Ng01-343M03.b B6Ng01-343M03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,318,512 - 96,319,671)(96,270,279 - 96,271,226)
sequence
gaattcttacatcctctaaggtacctagttccacactaatgtactctgtg
cattgcattgatttattgaattcttttgcttttataatagtttcagatca
gtggtggagtgtgtcatgacgaacagcaagaatacattgtctcagtccac
gggcacccaaatttggttaagaataaattatttcctatctgcccttctca
aaaaaatgtatttagaggtttgttgaggtacataatttataaaaaataag
ggggttgtggtttgaaaagacatttggccaccttacacattacataatat
cttgttcaactctagggatcgctggaacaaatattgcagttcctgattgt
ccaggaatggccaggcagatcctagtaattcaaatatatagaaaatgcct
gaatatccagttgatgttctaagtgcagagacaacctattagctaattgc
tttctctgtttattcttcaaaggggatctgagcagcatttctctgtggct
gccacagagtgataatttgcaaaggaaatcttccatagcttctaaaccag
agtttatatctcctgagctcttcataagcttagatataatgaggagagaa
cagttataggaggaacaaagaaaaacactaagctgtacagttatttaaaa
acaaaaaaaaaccaaacaaacaaaaccttaggaaacaatacagggctgga
aaatggctctggggttaaagtgctcagtgtgtaagtggaaggagagaagt
ttggattcccagaacccatgtagctgtcaggatgaatggtgacccacctg
tgagtccagggattagaaagagagacagagggaagttgccggagcatctg
ctgaagacatcttggttcccggactccaccaagacttgtctgcacaggtg
agagtgtggactacagaagctaacagcttctgggacaggtcctgtttcag
ccttcatcttctgcaagaggcaagtctgaacgccagatatctgtgcacct
tccctgaaagaggagagtcttgcctgcagaaagtggctctgatcactgaa
cttcaggaaagagctagtctccccaggtcttgctggtagagaatatcaga
atccccagaggaacagctctaccagagacactataacaactgactcgaga
ttacgaatggtgcaaag
gaattctctatgttgttggccatgtggctctgggtaaggtagaaaagtca
gatcattatttctaacatgttccctcatgttttctttcactgaaatcata
gtattaatttgttttttatgagcccctgcttctactgtagacctatacac
catgtatctttgatctcattcaactcccaatagatggaatgacacttgtg
agttactcatatgtattgccttggactatgctttgcatcatttatgcaaa
gtttgggggtgttggatatgatctgcttttgggacccaggaacacctgaa
aattttagaaacccattgtcatcatcctgcttagtaggaattcagtactg
agccacaacagaagggtttttgtttgtttaattgtttgttagcttgtttg
tttttgttttattggttttgttagttgcttgctttgttttctcttttttc
aatttttctttttatttattaataaatttaatatttcttttttatatttt
ttattaggtattttcctcatttacatttccaatgctatcccaaaagtccc
ccataccctccccccacactcccctacccacttccactttttggccctgg
cattcccctgtactggggcatataaagtttgcaagaccaatgggcctctc
tttccagtgatggccaactagaccgatcttttgatacatatgcagctaga
gtcaagagctccggggaactggttagttaataatgttgttccacctatag
tgttgcagatccctttagctcctatggtactttctctagctcctccattg
ggggccctgtgatccatccaatagctgactatgagcatccacttatgtgt
ttgctaggccccagcctagtctcacaagagacagctatatcacggtcctt
tcagcaaaatcttgctagtgcatgcaatgatgtcagcatttggaggctga
ttatgggatggatccctggatatggcagtctatagatgtcatccttttgt
ctcagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_96318512_96319671
seq2: B6Ng01-343M03.b_54_1210 (reverse)

seq1  CTTT-CACCATCTGGTAATCTCTGGAGTCAGTTGTTATAGTTGTCTCTTG  49
      |||| |||||| | ||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||
seq2  CTTTGCACCAT-TCGTAATCTC--GAGTCAGTTGTTATAG-TGTCTC-TG  45

seq1  TTAGAGCTTGTTCCTCTGGTGATTCTGTTATTCTCTACCAGC-AGACCT-  97
       |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| 
seq2  GTAGAGC-TGTTCCTCTGGGGATTCTGATATTCTCTACCAGCAAGACCTG  94

seq1  GGGAGACTAGCTCTTTCCTGAGTTTCAGTGATCAGAG-CACTTTCTGCAG  146
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGAGACTAGCTCTTTCCTGAAGTTCAGTGATCAGAGCCACTTTCTGCAG  144

seq1  GC-AGACTCTCCTCTTTCAGGGAAGGTGCACAGATATCTGGCGTTCAGAC  195
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACTCTCCTCTTTCAGGGAAGGTGCACAGATATCTGGCGTTCAGAC  194

seq1  TTGCCTCCTGGCAGAAGATGAAGGCCTGAAACAGGACCTGTCCCAGAAGC  245
      |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCT-CTTGCAGAAGATGAAGG-CTGAAACAGGACCTGTCCCAGAAGC  242

seq1  TGTTAGCTTCTGTAGTCCACACTCTCACCTGTGCAGACAAGTCTTGGTGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCTTCTGTAGTCCACACTCTCACCTGTGCAGACAAGTCTTGGTGG  292

seq1  AGTCCGGGAACCAAGATGTCTTCAGCAGATGCTCCGGCAACTTCCCTCTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGGGAACCAAGATGTCTTCAGCAGATGCTCCGGCAACTTCCCTCTG  342

seq1  TCTCTCTTTCTAATCCCTGGACTCACAGGTGGGTCACCATTCATCCTGAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTCTAATCCCTGGACTCACAGGTGGGTCACCATTCATCCTGAC  392

seq1  AGCTACATGGGTTCTGGGAATCCAAACTTCTCTCCTTCCACTTACACACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACATGGGTTCTGGGAATCCAAACTTCTCTCCTTCCACTTACACACT  442

seq1  GAGCACTTTAACCCCAGAGCCATTTTCCAGCCCTGTATTGTTTCCTAAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTTTAACCCCAGAGCCATTTTCCAGCCCTGTATTGTTTCCTAAGG  492

seq1  TTTTGTTTGTTTGGTTTTTTTTTGTTTTTAAATAACTGTACAGCTTAGTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGGTTTTTTTTTGTTTTTAAATAACTGTACAGCTTAGTG  542

seq1  TTTTTCTTTGTTCCTCCTATAACTGTTCTCTCCTCATTATATCTAAGCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTGTTCCTCCTATAACTGTTCTCTCCTCATTATATCTAAGCTT  592

seq1  ATGAAGAGCTCAGGAGATATAAACTCTGGTTTAGAAGCTATGGAAGATTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGCTCAGGAGATATAAACTCTGGTTTAGAAGCTATGGAAGATTT  642

seq1  CCTTTGCAAATTATCACTCTGTGGCAGCCACAGAGAAATGCTGCTCAGAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCAAATTATCACTCTGTGGCAGCCACAGAGAAATGCTGCTCAGAT  692

seq1  CCCCTTTGAAGAATAAACAGAGAAAGCAATTAGCTAATAGGTTGTCTCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGAAGAATAAACAGAGAAAGCAATTAGCTAATAGGTTGTCTCTG  742

seq1  CACTTAGAACATCAACTGGATATTCAGGCATTTTCTATATATTTGAATTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGAACATCAACTGGATATTCAGGCATTTTCTATATATTTGAATTA  792

seq1  CTAGGATCTGCCTGGCCATTCCTGGACAATCAGGAACTGCAATATTTGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATCTGCCTGGCCATTCCTGGACAATCAGGAACTGCAATATTTGTT  842

seq1  CCAGCGATCCCTAGAGTTGAACAAGATATTATGTAATGTGTAAGGTGGCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGATCCCTAGAGTTGAACAAGATATTATGTAATGTGTAAGGTGGCC  892

seq1  AAATGTCTTTTCAAACCACAACCCCCTTATTTTTTATAAATTATGTACCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTTTCAAACCACAACCCCCTTATTTTTTATAAATTATGTACCT  942

seq1  CAACAAACCTCTAAATACATTTTTTTGAGAAGGGCAGATAGGAAATAATT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAACCTCTAAATACATTTTTTTGAGAAGGGCAGATAGGAAATAATT  992

seq1  TATTCTTAACCAAATTTGGGTGCCCGTGGACTGAGACAATGTATTCTTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTAACCAAATTTGGGTGCCCGTGGACTGAGACAATGTATTCTTGC  1042

seq1  TGTTCGTCATGACACACTCCACCACTGATCTGAAACTATTATAAAAGCAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGTCATGACACACTCCACCACTGATCTGAAACTATTATAAAAGCAA  1092

seq1  AAGAATTCAATAAATCAATGCAATGCACAGAGTACATTAGTGTGGAACTA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCAATAAATCAATGCAATGCACAGAGTACATTAGTGTGGAACTA  1142

seq1  GGTACCTTAGAGGAT  1160
      |||||||||||||||
seq2  GGTACCTTAGAGGAT  1157

seq1: chr5_96270279_96271226
seq2: B6Ng01-343M03.g_68_1015

seq1  GAATTCTCTATGTTGTTGGCCATGTGGCTCTGGGTAAGGTAGAAAAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTTGTTGGCCATGTGGCTCTGGGTAAGGTAGAAAAGTCA  50

seq1  GATCATTATTTCTAACATGTTCCCTCATGTTTTCTTTCACTGAAATCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATTATTTCTAACATGTTCCCTCATGTTTTCTTTCACTGAAATCATA  100

seq1  GTATTAATTTGTTTTTTATGAGCCCCTGCTTCTACTGTAGACCTATACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATTTGTTTTTTATGAGCCCCTGCTTCTACTGTAGACCTATACAC  150

seq1  CATGTATCTTTGATCTCATTCAACTCCCAATAGATGGAATGACACTTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATCTTTGATCTCATTCAACTCCCAATAGATGGAATGACACTTGTG  200

seq1  AGTTACTCATATGTATTGCCTTGGACTATGCTTTGCATCATTTATGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTCATATGTATTGCCTTGGACTATGCTTTGCATCATTTATGCAAA  250

seq1  GTTTGGGGGTGTTGGATATGATCTGCTTTTGGGACCCAGGAACACCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGGTGTTGGATATGATCTGCTTTTGGGACCCAGGAACACCTGAA  300

seq1  AATTTTAGAAACCCATTGTCATCATCCTGCTTAGTAGGAATTCAGTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGAAACCCATTGTCATCATCCTGCTTAGTAGGAATTCAGTACTG  350

seq1  AGCCACAACAGAAGGGTTTTTGTTTGTTTAATTGTTTGTTAGCTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAACAGAAGGGTTTTTGTTTGTTTAATTGTTTGTTAGCTTGTTTG  400

seq1  TTTTTGTTTTATTGGTTTTGTTAGTTGCTTGCTTTGTTTTCTCTTTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTTATTGGTTTTGTTAGTTGCTTGCTTTGTTTTCTCTTTTTTC  450

seq1  AATTTTTCTTTTTATTTATTAATAAATTTAATATTTCTTTTTTATATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTTTTTATTTATTAATAAATTTAATATTTCTTTTTTATATTTT  500

seq1  TTATTAGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCC  550

seq1  CCATACCCTCCCCCCACACTCCCCTACCCACTTCCACTTTTTGGCCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCCTCCCCCCACACTCCCCTACCCACTTCCACTTTTTGGCCCTGG  600

seq1  CATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGGGCCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGGGCCTCTC  650

seq1  TTTCCAGTGATGGCCAACTAGACCGATCTTTTGATACATATGCAGCTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTGATGGCCAACTAGACCGATCTTTTGATACATATGCAGCTAGA  700

seq1  GTCAAGAGCTCCGGGGAACTGGTTAGTTAATAATGTTGTTCCACCTATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGAGCTCCGGGGAACTGGTTAGTTAATAATGTTGTTCCACCTATAG  750

seq1  TGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTATGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTATGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTG  800

seq1  GGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTATGAGCATCCACTTATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTATGAGCATCCACTTATGTGT  850

seq1  TTGCTAGGCCCCAGCCTAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGCTAGGCCCCAGCCTAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCACGGTCCTT  900

seq1  TCAGCAAAATCTTGCTAGTGCATGCAATGATGTCAGCATTTGGAGGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAAATCTTGCTAGTGCATGCAATGATGTCAGCATTTGGAGGCT  948