BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-343M24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,512,308 - 83,636,739
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG433912, LOC100039434
Downstream geneSrd5a2l2, LOC100039608, LOC231368, Epha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343M24.bB6Ng01-343M24.g
ACCGA126489GA126490
length1,1821,206
definitionB6Ng01-343M24.b B6Ng01-343M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,635,571 - 83,636,739)(83,512,308 - 83,513,513)
sequence
gaattcttttttcccctctgcctccttatatttctttcttttctttcttc
tttttattcacattcatataaaatttaatttaaaaatataataaattaga
tgtaatgtggcttcaagagattacgaaagaaatggggataaacaggagtg
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cagagtcattctcaattcctcatctcattccacattcttgcctcactggg
aaactttcttggatattatcatagatctgggaatattttacctgaaatgc
atttggacgattggctggactcaattggctattcttttaacatgaaaaac
ctcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83635571_83636739
seq2: B6Ng01-343M24.b_45_1226 (reverse)

seq1  CCAGAGGGATGCC-TGA--CAG--CCCCAAGAAAGCAGCTTATGAG--TA  43
      ||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||||||| ||||||  ||
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      ||||   | |||||||  | |||||||| ||| |||||||||||||| ||
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       ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGATATTATTTATAATACTGCATAGATGTTATATTCTAAAATCAACTGTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTATTTATAATACTGCATAGATGTTATATTCTAAAATCAACTGTG  547

seq1  GAATGATAAGTTTATAATATTTTTTGAAATATTTTCTGAGAAGTATATTG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATAAGTTTATAATATTTTTTGAAATATTTTCTGAGAAGTATATTG  597

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAATACAATTATAAGCAATCCTCATGTTTTCTGTAAGAATATATC  647

seq1  TTATGATTTATTTCAGAATAGCAAATTTTCTTGTCTGAGATGATTTGAAA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTTATTTCAGAATAGCAAATTTTCTTGTCTGAGATGATTTGAAA  697

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAAATAACAAAGACCAGTAGCAAAAGTAACTCAATACAGTTTGA  747

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGAATAACACTTTTACGCTGAGTGAACACTGGGGAATTAGTTACG  797

seq1  GATTGTAAGTGAATAGGTAGCTAACATCACTTATCATGGCCCTCCTACAT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAAGTGAATAGGTAGCTAACATCACTTATCATGGCCCTCCTACAT  847

seq1  ATGCAGGCTTGTTTTTATTTCTATATCCCCTTCCATGAGTTTACAAAGTA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGCTTGTTTTTATTTCTATATCCCCTTCCATGAGTTTACAAAGTA  897

seq1  AGTGAAGTTGTCTATTTTTCAGGTTTAAACACATAAACCAGATATGAGAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTTGTCTATTTTTCAGGTTTAAACACATAAACCAGATATGAGAC  947

seq1  AAAGGAGAATATCAAAGAAAATCAAGTAAAACAAAGAAAATGTTACCCTA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAATATCAAAGAAAATCAAGTAAAACAAAGAAAATGTTACCCTA  997

seq1  ATAAGTATCTGTTTGTGGGGGACTGTATTTTACTGCACTCCTGTTTATCC  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATCTGTTTGTGGGGGACTGTATTTTACTGCACTCCTGTTTATCC  1047

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTTTCGTAATCTCTTGAAGCCACATTACATCTAATTTATTATAT  1097

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTAAATTTTATATGAATGTGAATAAAAAGAAGAAAGAAAAGAA  1147

seq1  AGAAATATAAGGAGGCAGAGGGGAAAAAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATAAGGAGGCAGAGGGGAAAAAAGAATTC  1182


seq1: chr5_83512308_83513513
seq2: B6Ng01-343M24.g_64_1269

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCATAATGACCTGGAGATAAACTGTCTTGGTATACATTTGATAA  100

seq1  TACTTTAGAAAATATCTTCAGAAGATATGTTAATGATTTTAAAGAGCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAGAAAATATCTTCAGAAGATATGTTAATGATTTTAAAGAGCTTC  150

seq1  TAACAAACTTAAAGAAAATCATGGATATTTTACTATAATATACACTTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAAATAACCAGGTGATTTGATTTCCAATATGATTGCCATCAACAAAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACCAGGTGATTTGATTTCCAATATGATTGCCATCAACAAAGGAG  250

seq1  AATTTACAAATAAATGTACTATTCATCATGGCTTAATATATCTGCTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACAAATAAATGTACTATTCATCATGGCTTAATATATCTGCTTTTT  300

seq1  GAATGAATATTAATTAGTATTTTATAGTTAAATGAAGCAAAATTCAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATATTAATTAGTATTTTATAGTTAAATGAAGCAAAATTCAATTT  350

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAATAATAGAAAATCTACTAACAAAAATTGTGATAATCATTCTTA  400

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAATTTGATACTTTTGAAAGATGAATAGAAGGTTAATAACGCTAA  450

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGCTATGCCTGCTAGAGAGTTTCTGGAGATAATTTACAGGAAAGA  500

seq1  AACTAAGGGTGATAAACATTCCCTGAAGGGAGGCATCCAATGGAATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTAGTGGGCCTGTTGTTTCTGCCCTTACCAGTGGATATCTGTGTCATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAATAATATAATCCACTTATTCAATCACTTCATATAACTCTATACAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATTGATGAGTCATTG-CAGTTTTGTTCTTTAGAAATTGTCAAGAT  1049

seq1  TCAGAGTCATCTCAAAATTCCTCATCTCATT-CACATCCTTTGCCTCACT  1098
      |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||
seq2  TCAGAGTCAT-TCTCAATTCCTCATCTCATTCCACATTC-TTGCCTCACT  1097

seq1  GGGAAAACTTTCTTGGAAATTATCATAGATCTGGGGATATTTTA-CTGAA  1147
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GGG-AAACTTTCTTGGATATTATCATAGATCTGGGAATATTTTACCTGAA  1146

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       |||||||||   ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  -ATGCATTTGGACGATTGGCTGGACTCAAT-TGGCTATTCTTTTAACATG  1194

seq1  AAAA--CTCAAG  1206
      ||||  ||||||
seq2  AAAAACCTCAAG  1206


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