BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344F14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 19,920,318 - 20,029,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream genenone
Downstream geneLOC100041850, Phtf2, LOC622367, Tmem60, Rsbn1l, Ptpn12, EG626903, A530088I07Rik, Fgl2, AI847670, Fbxl13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344F14.bB6Ng01-344F14.g
ACCGA126861GA126862
length1,047989
definitionB6Ng01-344F14.b B6Ng01-344F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,920,318 - 19,921,286)(20,029,451 - 20,029,998)
sequence
gaattcactgtgttgaactaaggtagctctacttgcctccgcctctgctc
ctcaacagctgaaactaaaggtatatgccaccacccatggcagatcttta
aaaatgttccacacctatgatttccagcccttctactgcactaatcccat
ttaccacactgtgagtctgttatgctgttgtttaaagattaaatacatat
cagatcaatctattgttgattttaaatggggattttgatgcatgtctcca
gaggatctataactttaacttatatctcttagtctataactttcttcctg
tgatcctcttaggtcttaaatacaatgatttcctttttaaattttaattt
attatgatttttgagaatttcatgtgtgactactgtatttatatcatttc
cccctactactttctccacttcaaagtcattttaaggcacttagcttcat
gacttctttaattattactggtgagagagagagagagtgagaaagagaga
gagagaacaacctgctgagtgcatttattattattcatatgtatatgtgt
ttagtatcactctttagggctgactactggggttggataacctatccagg
gacttgtcgctagagaagactgtaactttttatctatgggtatagccttg
tgagatttcccacagccatgttgggtgtcaactggtcttgtttaggaagc
catattgttaaattttcataagtgccactccctgtctcataatagcagac
atactggtcctctggctcctacaacctttctcccacctctcttccctcat
gatttctaaaccttaaatatagagaattgtgctgtagatgtatcaattgg
taataggcacaccatgatctctgcatgttgtgggcttctgtaatggtccc
catctgctacaaaagaagcttagtccaatcagattgctgttgtttacccc
agataaagtgtcagtattgaacccttgggaatatcttgctgtgctgttca
ttactgtggttggtaggctttgcagctggctaggacttaattgcttt

gaattcttagggtggctcttttcagtacagatttctgacacttgatactt
caagtcaaaggagcatactgagagagaaatcagggaaacaattctattca
caacagcctcaagagttatctaaccaaaggcttatacaatgaaaatactt
taagacactaaggcaagaaattgaagaagacaccagaaggtgagaacacc
tccatgctcatggactggcaggattaatagtgtgaaagtggccatcctac
agaaagcacaaaaagactcaatgcaatcctcataaaaattccaatgcaat
ttttcacacaaaaggaaaaacattttaaatttcatatggaaacacaaaag
acacaggagaggcaaaacaatcctgaacaataaaagaatagctagaaata
tcactatcctggatttcaagttatactatagatctatagtaaaaccggca
tggtactggcataaaaacggacatattaatcagtggaatagaactgaaga
acccacataggtctacacatttacaaagaggccaacaatatatactggag
aaaaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacagcaacaa
gaagcactaccacccagcatcttcaataattggtgctggtcaaactggat
taccacatgaaaaaggagccaagttgctcttcaccttccatactgcgtga
aactcaactctaaatcaagcaggagcctggtcttctaagtctgaccaagg
agaaaggagggatgaccttgaactcgttggtgaaggaatggaccttctca
acagggccccaatgctcagacattaaggccaacaactgacaaatgggact
tcaagggcactgtcatgcaggcgaagacagcctgtacatcagccgggtta
gtatccagactatacaaggaactgaaaaactaaacatcaagaaaacaaca
ctcagcaataaattggggcatgacattaaatagagaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_19920318_19921286
seq2: B6Ng01-344F14.b_49_1014

seq1  GAATTCACTGTGTTGAACTAAGGTAGCTCTACTTGCCTCCGCCTCTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGTTGAACTAAGGTAGCTCTACTTGCCTCCGCCTCTGCTC  50

seq1  CTCAACAGCTGAAACTAAAGGTATATGCCACCACCCATGGCAGATCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGCTGAAACTAAAGGTATATGCCACCACCCATGGCAGATCTTTA  100

seq1  AAAATGTTCCACACCTATGATTTCCAGCCCTTCTACTGCACTAATCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTCCACACCTATGATTTCCAGCCCTTCTACTGCACTAATCCCAT  150

seq1  TTACCACACTGTGAGTCTGTTATGCTGTTGTTTAAAGATTAAATACATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACACTGTGAGTCTGTTATGCTGTTGTTTAAAGATTAAATACATAT  200

seq1  CAGATCAATCTATTGTTGATTTTAAATGGGGATTTTGATGCATGTCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAATCTATTGTTGATTTTAAATGGGGATTTTGATGCATGTCTCCA  250

seq1  GAGGATCTATAACTTTAACTTATATCTCTTAGTCTATAACTTTCTTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCTATAACTTTAACTTATATCTCTTAGTCTATAACTTTCTTCCTG  300

seq1  TGATCCTCTTAGGTCTTAAATACAATGATTTCCTTTTTAAATTTTAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTCTTAGGTCTTAAATACAATGATTTCCTTTTTAAATTTTAATTT  350

seq1  ATTATGATTTTTGAGAATTTCATGTGTGACTACTGTATTTATATCATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGATTTTTGAGAATTTCATGTGTGACTACTGTATTTATATCATTTC  400

seq1  CCCCTACTACTTTCTCCACTTCAAAGTCATTTTAAGGCACTTAGCTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACTACTTTCTCCACTTCAAAGTCATTTTAAGGCACTTAGCTTCAT  450

seq1  GACTTCTTTAATTATTACTGGTGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAAAGAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTTAATTATTACTGGTGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAAAGAGAGA  500

seq1  GAGAGAACAACCTGCTGAGTGCATTTATTATTATTCATATGTATATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAACAACCTGCTGAGTGCATTTATTATTATTCATATGTATATGTGT  550

seq1  TTAGTATCACTCTTTAGGGCTGACTACTGGGGTTGGATAACCTATCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCACTCTTTAGGGCTGACTACTGGGGTTGGATAACCTATCCAGG  600

seq1  GACTTGTCGCTAGAGAAGACTGTAACTTTTTATCTATGGGTATAGCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTCGCTAGAGAAGACTGTAACTTTTTATCTATGGGTATAGCCTTG  650

seq1  TGAGATTTCCCACAGCCATGTTGGGTGTCAACTGGTCTTGTTTAGGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTCCCACAGCCATGTTGGGTGTCAACTGGTCTTGTTTAGGAAGC  700

seq1  CATATTGTTAAATTTTCATAAGTGCCACTCCCTGTCTCATAATAGCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGTTAAATTTTCATAAGTGCCACTCCCTGTCTCATAATAGCAGAC  750

seq1  ATACTGGTCCTCTGGCTCCTACAACCTTTCTCCCACCTCTCTTCCCTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGTCCTCTGGCTCCTACAACCTTTCTCCCACCTCTCTTCCCTCAT  800

seq1  GATTTCTAAACCTTAAATATAGAGAATTGTGCTGTAGATGTATCAATTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTAAACCTTAAATATAGAGAATTGTGCTGTAGATGTATCAATTGG  850

seq1  TAATAGGCACACCATGATCTCTGCATGTTGTGGGCTTCTGTAATGGTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGCACACCATGATCTCTGCATGTTGTGGGCTTCTGTAATGGTCCC  900

seq1  CATCTGCTACAAAAAGAAGCTTAGTCCAATCAGATTGCTGTTGTTTACCC  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCTAC-AAAAGAAGCTTAGTCCAATCAGATTGCTGTTGTTTACCC  949

seq1  CAAGATAAAAGTGTCAGTA  969
      | |||| ||||||||||||
seq2  C-AGAT-AAAGTGTCAGTA  966


seq1: chr5_20029451_20029998
seq2: B6Ng01-344F14.g_68_615 (reverse)

seq1  CCAGTATATATTGTTGGCCTCTTTGTAAATGTGTAGACCTATGTGGGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATATATTGTTGGCCTCTTTGTAAATGTGTAGACCTATGTGGGTTC  50

seq1  TTCAGTTCTATTCCACTGATTAATATGTCCGTTTTTATGCCAGTACCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTATTCCACTGATTAATATGTCCGTTTTTATGCCAGTACCATG  100

seq1  CCGGTTTTACTATAGATCTATAGTATAACTTGAAATCCAGGATAGTGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTTTTACTATAGATCTATAGTATAACTTGAAATCCAGGATAGTGATA  150

seq1  TTTCTAGCTATTCTTTTATTGTTCAGGATTGTTTTGCCTCTCCTGTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCTATTCTTTTATTGTTCAGGATTGTTTTGCCTCTCCTGTGTCT  200

seq1  TTTGTGTTTCCATATGAAATTTAAAATGTTTTTCCTTTTGTGTGAAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTTCCATATGAAATTTAAAATGTTTTTCCTTTTGTGTGAAAAAT  250

seq1  TGCATTGGAATTTTTATGAGGATTGCATTGAGTCTTTTTGTGCTTTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGGAATTTTTATGAGGATTGCATTGAGTCTTTTTGTGCTTTCTGT  300

seq1  AGGATGGCCACTTTCACACTATTAATCCTGCCAGTCCATGAGCATGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGCCACTTTCACACTATTAATCCTGCCAGTCCATGAGCATGGAGG  350

seq1  TGTTCTCACCTTCTGGTGTCTTCTTCAATTTCTTGCCTTAGTGTCTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCACCTTCTGGTGTCTTCTTCAATTTCTTGCCTTAGTGTCTTAAA  400

seq1  GTATTTTCATTGTATAAGCCTTTGGTTAGATAACTCTTGAGGCTGTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTCATTGTATAAGCCTTTGGTTAGATAACTCTTGAGGCTGTTGTG  450

seq1  AATAGAATTGTTTCCCTGATTTCTCTCTCAGTATGCTCCTTTGACTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATTGTTTCCCTGATTTCTCTCTCAGTATGCTCCTTTGACTTGAA  500

seq1  GTATCAAGTGTCAGAAATCTGTACTGAAAAGAGCCACCCTAAGAATTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAGTGTCAGAAATCTGTACTGAAAAGAGCCACCCTAAGAATTC  548


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |