BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344J07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 138,156,664 - 138,309,954
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC624083, 6430598A04Rik, Tsc22d4, 2010007H12Rik, Bcdin3, Zcwpw1, Pilra, Pilrb1, Pilrb2
Upstream geneMylc2pl, Emid2, LOC677021, Rabl5, Fis1, Cldn15, Znhit1, Plod3, LOC639992, Vgf, Ap1s1, Serpine1, Trim56, Muc3, LOC100040941, Ache, 2700038N03Rik, Ars2, Trip6, Slc12a9, Ephb4, Zan, EG665591, Epo, Pop7, EG666372, Perq1, Gnb2, Actl6b, Trfr2, Mospd3, EG640050, Pcolce, Fbxo24, Lrch4, Sap25, Irs3, Hrbl
Downstream geneLOC100041016, LOC100041027, Cyp3a13, LOC666429, Gje1, Azgp1, EG243302, LOC100041050, Smok3a, Smok3b, Smok3c, Zkscan1, Zscan21, Zfp113, Cops6, Mcm7, Ap4m1, Taf6, 2610019P18Rik, BC038925, Gm454, BC055004, 0910001L09Rik, BC037034, Gal3st4, Gpc2, Stag3, Got2-ps1, 2610020C11Rik, LOC433955, EG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik, BC004044, EG384244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344J07.bB6Ng01-344J07.g
ACCGA127030GA127031
length8551,093
definitionB6Ng01-344J07.b B6Ng01-344J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,156,664 - 138,157,523)(138,308,853 - 138,309,954)
sequence
gaattctaggtagggcttctgtcactgagccacaaacccagtttttttac
catctgaaaaataagtcaattgtttctggttcaacctgatgtcaccagta
cctggtgctgtgctggttggagatggcgtctattgaagcataacagggtc
caccctgctgcacaaaaagtggatttggccttaagctactgggacaaagc
cctcagggatgtcaggaaccagaaagagcctggctgctgctctactggag
ccgaacatctgctatggactactaatgtctagagagttatacaaggaaga
agtaaccccctatttgtttaatcgctgtcatttgggtatgttttgaagta
gttaagctgatatcctcattaatcaagtacgtgaggtagaaaggaactcg
atattcctgtgtagagactttagctgtgggacgcatgcagatcccgatac
aattggttgagcaggacgtggtaggtggttgaagctccatgtcgagctca
agaacagatgtgctattttagggtgggcctagggcaaactgccctgttct
tctgcagctcaggcaagaggatgaagctaaaaatactggtttcagaatca
catatatgtatgcatacacagtattatttgtaaaggttatgtgagcctta
acttgggtgtttatgtttcctcagttgctttagttttggttttggtcctt
ttggttattgtcaccgctgccactccaccccaccccagagctgaggatga
aacccaggaccttgcacttgctaggcaagtgctctactactgagctaaag
ccccagcccctatggataattaggttagccttgtgtgttgggagggggag
gggga
gaattcaccacagctggcctggagcacacaagggacaagaggaatccttc
actgatgaacctgggagccatggtcacgatgctcctggctaaagttgtag
tcataatcctagtctatggatggatgatcttcctgaggtggaagcaaagg
taatgggtaaaggacaggcctcacccaggcttccccactgggagtgttct
cagctgtggaagatggagaagggcaggcttgtgtagggaacagtaaagag
aacagaaggagggaaatatgcctgaactccaaaaggactgcatccctgga
gcctgctgtccttccgaccagctggaaattagagaagcagaggcagatga
acacagagcctgctcctaaggagttcaagtaggcacacaagagcttcagg
ggctgagtgctcatttggacagagctgtggctgctaaagaagatctgaaa
gcaaaccagcattcagggacagcatgacacaggacatgggacctaggaaa
agaccaacattcagggacaacatgccacaggacatgggacctaggaagag
aggtgacactttgagttgggcatgtgtgatcaaaatggaaataaagatca
ggtgtgtaatagagggcatgtatgatcaaaatggaaattaagatcaggtg
tgtaatagacccgcagatgaaaagacaatgtataaaaagaacctaaaagc
tgacagaggtaaaggtttggacactaaaagcaaacactacagagcaaagt
tacaaacagcctatgaggtggctcagctgaaatgtttgctccacaagcac
tgggacatgagtttcatccccaggaagcacacaaagagctgtcagatgct
tggacaggctgactcactaggatccctgggacactgtgctgccagcctta
ctcaagacagagctgtctcaataacaatggtgcagtgctcctgagaacaa
agtccaaggctgttgttctaccattcacagtgtgtgcacacatccacatg
tatagatacacatgtatacatcatacatacatttaatatgagaaatagta
aaactgcaagatattcacagaatacaaattttataaataagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_138156664_138157523
seq2: B6Ng01-344J07.b_46_900

seq1  GAATTCTAGGTAGGGCTTCTGTCACTGAGCCACAAACCCAGTTTTTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTAGGGCTTCTGTCACTGAGCCACAAACCCAGTTTTTTTAC  50

seq1  CATCTGAAAAATAAGTCAATTGTTTCTGGTTCAACCTGATGTCACCAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAAAATAAGTCAATTGTTTCTGGTTCAACCTGATGTCACCAGTA  100

seq1  CCTGGTGCTGTGCTGGTTGGAGATGGCGTCTATTGAAGCATAACAGGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGCTGTGCTGGTTGGAGATGGCGTCTATTGAAGCATAACAGGGTC  150

seq1  CACCCTGCTGCACAAAAAGTGGATTTGGCCTTAAGCTACTGGGACAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGCTGCACAAAAAGTGGATTTGGCCTTAAGCTACTGGGACAAAGC  200

seq1  CCTCAGGGATGTCAGGAACCAGAAAGAGCCTGGCTGCTGCTCTACTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGGATGTCAGGAACCAGAAAGAGCCTGGCTGCTGCTCTACTGGAG  250

seq1  CCGAACATCTGCTATGGACTACTAATGTCTAGAGAGTTATACAAGGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAACATCTGCTATGGACTACTAATGTCTAGAGAGTTATACAAGGAAGA  300

seq1  AGTAACCCCCTATTTGTTTAATCGCTGTCATTTGGGTATGTTTTGAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACCCCCTATTTGTTTAATCGCTGTCATTTGGGTATGTTTTGAAGTA  350

seq1  GTTAAGCTGATATCCTCATTAATCAAGTACGTGAGGTAGAAAGGAACTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTGATATCCTCATTAATCAAGTACGTGAGGTAGAAAGGAACTCG  400

seq1  ATATTCCTGTGTAGAGACTTTAGCTGTGGGACGCATGCAGATCCCGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTGTGTAGAGACTTTAGCTGTGGGACGCATGCAGATCCCGATAC  450

seq1  AATTGGTTGAGCAGGACGTGGTAGGTGGTTGAAGCTCCATGTCGAGCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTGAGCAGGACGTGGTAGGTGGTTGAAGCTCCATGTCGAGCTCA  500

seq1  AGAACAGATGTGCTATTTTAGGGTGGGCCTAGGGCAAACTGCCCTGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGATGTGCTATTTTAGGGTGGGCCTAGGGCAAACTGCCCTGTTCT  550

seq1  TCTGCAGCTCAGGCAAGAGGATGAAGCTAAAAATACTGGTTTCAGAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGCTCAGGCAAGAGGATGAAGCTAAAAATACTGGTTTCAGAATCA  600

seq1  CATATATGTATGCATACACAGTATTATTTGTAAAGGTTATGTGAGCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTATGCATACACAGTATTATTTGTAAAGGTTATGTGAGCCTTA  650

seq1  ACTTGGGTGTTTATGTTTCCTCAGTTGCTTTAGTTTTGGTTTTGGTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGTGTTTATGTTTCCTCAGTTGCTTTAGTTTTGGTTTTGGTCCTT  700

seq1  TTGGTTATTGTCACCGCTGCCACTCCACCCCACCCCAGAGCTGAGGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTATTGTCACCGCTGCCACTCCACCCCACCCCAGAGCTGAGGATGA  750

seq1  AACCCAGGACCTTGCACTTGCTAGGCAAGTGCTCTACTACTGAGCTAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGGACCTTGCACTTGCTAGGCAAGTGCTCTACTACTGAGCTAAAG  800

seq1  CCCCAGCCCCTATGGATAATTAGGTTAGCCTTGTGTGTTGGAGGGGGAGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||
seq2  CCCCAGCCCCTATGGATAATTAGGTTAGCCTTGTGTGTT-----GGGAGG  845

seq1  GGGAGGGGGA  860
      ||||||||||
seq2  GGGAGGGGGA  855

seq1: chr5_138308853_138309954
seq2: B6Ng01-344J07.g_65_1157 (reverse)

seq1  GACTTATTTTATAAAATTTTGTATTCTGTGAATATCTTTGCAGTTTTTAC  50
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GACTTA-TTTATAAAA-TTTGTATTCTGTGAATATC-TTGCAG-TTTTAC  46

seq1  TATTTCCTTAATATTAAATGTATGTATGAATGTATACATGTGTATCTATA  100
      ||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATTTC--TCATATTAAATGTATGTATG-ATGTATACATGTGTATCTATA  93

seq1  CATGTGGATGTGTGCACACACTTGTGAATGGTAGAAC-ACAGCCTTGGAC  149
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATGTGGATGTGTGCACACAC-TGTGAATGGTAGAACAACAGCCTTGGAC  142

seq1  TTTGTTCTTCAGGAGCACTGCACCATTGTTATTGAGACAGCTCTGTCTTT  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTGTTC-TCAGGAGCACTGCACCATTGTTATTGAGACAGCTCTGTC-TT  190

seq1  GAGTAAGGCTGGCAGCACAGTGTCCCAGGGATCCTAGTGAGTCAGCCTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGGCTGGCAGCACAGTGTCCCAGGGATCCTAGTGAGTCAGCCTGT  240

seq1  CCAAGCATCTGACAGCTCTTTGTGTGCTTCCTGGGGATGAAACTCATGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCATCTGACAGCTCTTTGTGTGCTTCCTGGGGATGAAACTCATGTC  290

seq1  CCAGTGCTTGTGGAGCAAACATTTCAGCTGAGCCACCTCATAGGCTGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTTGTGGAGCAAACATTTCAGCTGAGCCACCTCATAGGCTGTTT  340

seq1  GTAACTTTGCTCTGTAGTGTTTGCTTTTAGTGTCCAAACCTTTACCTCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTTGCTCTGTAGTGTTTGCTTTTAGTGTCCAAACCTTTACCTCTG  390

seq1  TCAGCTTTTAGGTTCTTTTTATACATTGTCTTTTCATCTGCGGGTCTATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTTAGGTTCTTTTTATACATTGTCTTTTCATCTGCGGGTCTATT  440

seq1  ACACACCTGATCTTAATTTCCATTTTGATCATACATGCCCTCTATTACAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTGATCTTAATTTCCATTTTGATCATACATGCCCTCTATTACAC  490

seq1  ACCTGATCTTTATTTCCATTTTGATCACACATGCCCAACTCAAAGTGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATCTTTATTTCCATTTTGATCACACATGCCCAACTCAAAGTGTCA  540

seq1  CCTCTCTTCCTAGGTCCCATGTCCTGTGGCATGTTGTCCCTGAATGTTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTCCTAGGTCCCATGTCCTGTGGCATGTTGTCCCTGAATGTTGG  590

seq1  TCTTTTCCTAGGTCCCATGTCCTGTGTCATGCTGTCCCTGAATGCTGGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCTAGGTCCCATGTCCTGTGTCATGCTGTCCCTGAATGCTGGTT  640

seq1  TGCTTTCAGATCTTCTTTAGCAGCCACAGCTCTGTCCAAATGAGCACTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCAGATCTTCTTTAGCAGCCACAGCTCTGTCCAAATGAGCACTCA  690

seq1  GCCCCTGAAGCTCTTGTGTGCCTACTTGAACTCCTTAGGAGCAGGCTCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGAAGCTCTTGTGTGCCTACTTGAACTCCTTAGGAGCAGGCTCTG  740

seq1  TGTTCATCTGCCTCTGCTTCTCTAATTTCCAGCTGGTCGGAAGGACAGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATCTGCCTCTGCTTCTCTAATTTCCAGCTGGTCGGAAGGACAGCA  790

seq1  GGCTCCAGGGATGCAGTCCTTTTGGAGTTCAGGCATATTTCCCTCCTTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAGGGATGCAGTCCTTTTGGAGTTCAGGCATATTTCCCTCCTTCT  840

seq1  GTTCTCTTTACTGTTCCCTACACAAGCCTGCCCTTCTCCATCTTCCACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTTTACTGTTCCCTACACAAGCCTGCCCTTCTCCATCTTCCACAG  890

seq1  CTGAGAACACTCCCAGTGGGGAAGCCTGGGTGAGGCCTGTCCTTTACCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACACTCCCAGTGGGGAAGCCTGGGTGAGGCCTGTCCTTTACCCA  940

seq1  TTACCTTTGCTTCCACCTCAGGAAGATCATCCATCCATAGACTAGGATTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTGCTTCCACCTCAGGAAGATCATCCATCCATAGACTAGGATTA  990

seq1  TGACTACAACTTTAGCCAGGAGCATCGTGACCATGGCTCCCAGGTTCATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACAACTTTAGCCAGGAGCATCGTGACCATGGCTCCCAGGTTCATC  1040

seq1  AGTGAAGGATTCCTCTTGTCCCTTGTGTGCTCCAGGCCAGCTGTGGTGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGGATTCCTCTTGTCCCTTGTGTGCTCCAGGCCAGCTGTGGTGAA  1090

seq1  TTC  1102
      |||
seq2  TTC  1093