BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345H08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 149,296,040 - 149,385,204
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041842, Ubl3
Upstream genePan3, Flt1, LOC100039825, Pomp, Slc46a3, C130038G02Rik, LOC100041819, Slc7a1
Downstream gene2210417A02Rik, LOC100041869, Katnal1, 8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1, 2310047D07Rik, Alox5ap, 6330406I15Rik, 4930588N13Rik, LOC100040037, LOC100040062, 4930434E21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345H08.bB6Ng01-345H08.g
ACCGA127645GA127646
length1,1081,119
definitionB6Ng01-345H08.b B6Ng01-345H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,383,878 - 149,385,204)(149,296,040 - 149,297,163)
sequence
gaattctctgtattattattattgtttgttacacatggttattatgtggc
gaatatgtgtgcacagagcatgcatgcatgcatcagtaagaggaccattt
gcaggagtggggcctctcctaccatggaggtcccaggatggaacttcagt
tgtcaggtttggcggcaagcaccttgcaagggctgagccatctggctacc
ccctaaggaaaccttaattcatcctttggttttggtttttgttttttgtt
tttccctccaaagggctgagttcaagaagtcctgtaggtattacacagaa
gtccccaggggctgctgtggtcacagcccaggttcacagagaatagagac
taaaaggctaacaagggaaaagtgacatgtctctgtgatgtttctgtcaa
cagcagactacacatacagtggcagcgcccttgcaacgtcactggcacca
ctgaacctgcttagttagtgcaatctatgatgttcccgcaatgactgcac
tgcctgacaatgcacatctcagaacatgtcccccagcatcacatgactga
acacggcacactgcatattgttaaatgactgttaaccactgaagattgca
ctttaataggaaataaaacttatttttaaaaaaaagattatattactgca
gggaaaagcagatggcttggccctggcaaacaacagcttaaaggggtgtg
cagacaggaaacagaagagacttccaaaatgttgcttaagtgtgatttcc
gtgggtacggagcagctgaggggaccctgttcttgagtcagggtcatcta
gcaggacctcagccagaatggaggcgagctcacgccccatgtaggaatgt
tgcttttctattggtgctagattaacaaagcctagaagagatgcaagaaa
gtcaagtttgccagagtctccttgaaatcagttcaaaaacagctctgtct
gtcagctgggtggtgggtggcacatgccctttagtctcagcactcaaggg
gcaaagactgttcttgaactcacagaggtctacaaagcaagtcggggaca
gccagggctacatagagaatccctgtcttgaaaaacaacaacgacaacaa
caacaaca
gaattccatctcacttttattttcaaatagaaagaaagctacatgtaagc
tcacttttgttttcaaatagaaagaaagctacatgtaagagaaatctttc
cgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtg
tgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgcacattgccagcag
catgaatgtggatatcttctgggagtgctccttgctgctccctgtaccag
gctagctgctaggtaaggttccaggcttttcctggctccaccttccatgt
aggaatgctgagattccagacaagtgctactctgcctggctccttgtgtg
gatcagaacccagctcctcctattttcagttcagggctggaactgagggc
tccgatgagctatgctcccagcaccttttaaaagatcttacaggaccttt
taaagttctacagagtggcaatccaaaacattcctagcagaataataatc
agagtattaatgaaatggaaagtgaaagctgccttggaattcttatctat
aactgagcaagcaaaagggataaagatatagcgcacattcttttaaaata
cacacgtgcacgtgcacacacatgcatacacaagtgtgcacacacaccac
atgcacaaaatttcgcttgccatcaaggccagcttgagagcagtcccgga
tccctcaaccaaagcccggggaagttctgtaaagagaatcttcagagtaa
aggcaggagatgggatgctttgaagatgaagctcggcgatgtctggggtg
aactcgttcctaacagcttctctatgagtgtaaaggtgttttccagccct
tccaatagttataactgtatgttcacgactgaaccataacatacttgagg
cacttcaggcttgacttggaaaaaagactacagttattcttctattttca
tttgtatgtaataagtgctttgcactctgtgccatattcctttatttttc
aaacatattcatagttatttgtattatctatattatagtggctttgctgc
tgcatgtacatatgtgtaccatgtgcacattgtaagttcagagagggtca
ttgaatctggaactggagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_149383878_149385204
seq2: B6Ng01-345H08.b_47_1154 (reverse)

seq1  TGTTGTTCATTTGTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTAAAGATTTATTATTT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATTTTATGTATATGAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAG  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGG  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATTGAACTTAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTAAG  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CCATCTCTCCAGGTCTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTT  250
                     |||||     |||||  | |  |||||   |||||
seq2  ---------------TGTTG-----TTGTTGTTGTCGTTGTT--GTTTTT  28

seq1  CAAGACAGGATTTCTCTATGTAGCCCTGGCTGTCCCCGACTTGCTTTGTA  300
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGGGATTCTCTATGTAGCCCTGGCTGTCCCCGACTTGCTTTGTA  78

seq1  GACCTCTGTGAGTTCAAGAACAGTCTTTGCCCCCTGAGTGCTGAGACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GACCTCTGTGAGTTCAAGAACAGTCTTTGCCCCTTGAGTGCTGAGACTAA  128

seq1  A-GGCATGTGCCA-CCACCACCCAGCTGACAGACAGAGCTG-TTTTGAAC  397
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGGCATGTGCCACCCACCACCCAGCTGACAGACAGAGCTGTTTTTGAAC  178

seq1  TGATTTCAAGGAGACTCTGGCAAACTTGACTTTCTTGCATCTCTTCTAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCAAGGAGACTCTGGCAAACTTGACTTTCTTGCATCTCTTCTAGG  228

seq1  CTTTGTTAATCTAGCACCAATAGAAAAGCAACATTCCTACATGGGGCGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTAATCTAGCACCAATAGAAAAGCAACATTCCTACATGGGGCGTG  278

seq1  AGCTCGCCTCCATTCTGGCTGAGGTCCTGCTAGATGACCCTGACTCAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGCCTCCATTCTGGCTGAGGTCCTGCTAGATGACCCTGACTCAAGA  328

seq1  ACAGGGTCCCCTCAGCTGCTCCGTACCCACGGAAATCACACTTAAGCAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCCCCTCAGCTGCTCCGTACCCACGGAAATCACACTTAAGCAAC  378

seq1  ATTTTGGAAGTCTCTTCTGTTTCCTGTCTGCACACCCCTTTAAGCTGTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAAGTCTCTTCTGTTTCCTGTCTGCACACCCCTTTAAGCTGTTG  428

seq1  TTTGCCAGGGCCAAGCCATCTGCTTTTCCCTGCAGTAATATAATCTTTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAGGGCCAAGCCATCTGCTTTTCCCTGCAGTAATATAATCTTTTT  478

seq1  TTTAAAAATAAGTTTTATTTCCTATTAAAGTGCAATCTTCAGTGGTTAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATAAGTTTTATTTCCTATTAAAGTGCAATCTTCAGTGGTTAAC  528

seq1  AGTCATTTAACAATATGCAGTGTGCCGTGTTCAGTCATGTGATGCTGGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTAACAATATGCAGTGTGCCGTGTTCAGTCATGTGATGCTGGGG  578

seq1  GACATGTTCTGAGATGTGCATTGTCAGGCAGTGCAGTCATTGCGGGAACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTTCTGAGATGTGCATTGTCAGGCAGTGCAGTCATTGCGGGAACA  628

seq1  TCATAGATTGCACTAACTAAGCAGGTTCAGTGGTGCCAGTGACGTTGCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGATTGCACTAACTAAGCAGGTTCAGTGGTGCCAGTGACGTTGCAA  678

seq1  GGGCGCTGCCACTGTATGTGTAGTCTGCTGTTGACAGAAACATCACAGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGCTGCCACTGTATGTGTAGTCTGCTGTTGACAGAAACATCACAGAG  728

seq1  ACATGTCACTTTTCCCTTGTTAGCCTTTTAGTCTCTATTCTCTGTGAACC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCACTTTTCCCTTGTTAGCCTTTTAGTCTCTATTCTCTGTGAACC  778

seq1  TGGGCTGTGACCACAGCAGCCCCTGGGGACTTCTGTGTAATACCTACAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGTGACCACAGCAGCCCCTGGGGACTTCTGTGTAATACCTACAGG  828

seq1  ACTTCTTGAACTCAGCCCTTTGGAGGGAAAAACAAAAAACAAAAACCAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGAACTCAGCCCTTTGGAGGGAAAAACAAAAAACAAAAACCAAA  878

seq1  ACCAAAGGATGAATTAAGGTTTCCTTAGGGGGTAGCCAGATGGCTCAGCC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGATGAATTAAGGTTTCCTTAGGGGGTAGCCAGATGGCTCAGCC  928

seq1  CTTGCAAGGTGCTTGCCGCCAAACCTGACAACTGAAGTTCCATCCTGGGA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAGGTGCTTGCCGCCAAACCTGACAACTGAAGTTCCATCCTGGGA  978

seq1  CCTCCATGGTAGGAGAGGCCCCACTCCTGCAAATGGTCCTCTTACTGATG  1247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGGTAGGAGAGGCCCCACTCCTGCAAATGGTCCTCTTACTGATG  1028

seq1  CATGCATGCATGCTCTGTGCACACATATTCGCCACATAATAACCATGTGT  1297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGCATGCTCTGTGCACACATATTCGCCACATAATAACCATGTGT  1078

seq1  AACAAACAATAATAATAATACAGAGAATTC  1327
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAATAATAATAATACAGAGAATTC  1108

seq1: chr5_149296040_149297163
seq2: B6Ng01-345H08.g_64_1182

seq1  GAATTCCATCTCACTTTTATTTTCAAATAGAAAGAAAGCTACATGTAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCACTTTTATTTTCAAATAGAAAGAAAGCTACATGTAAGC  50

seq1  TCACTTTTGTTTTCAAATAGAAAGAAAGCTACATGTAAGAGAAATCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTTGTTTTCAAATAGAAAGAAAGCTACATGTAAGAGAAATCTTTC  100

seq1  CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTG  150

seq1  TGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGCACATTGCCAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGCACATTGCCAGCAG  200

seq1  CATGAATGTGGATATCTTCTGGGAGTGCTCCTTGCTGCTCCCTGTACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGTGGATATCTTCTGGGAGTGCTCCTTGCTGCTCCCTGTACCAG  250

seq1  GCTAGCTGCTAGGTAAGGTTCCAGGCTTTTCCTGGCTCCACCTTCCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTGCTAGGTAAGGTTCCAGGCTTTTCCTGGCTCCACCTTCCATGT  300

seq1  AGGAATGCTGAGATTCCAGACAAGTGCTACTCTGCCTGGCTCCTTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCTGAGATTCCAGACAAGTGCTACTCTGCCTGGCTCCTTGTGTG  350

seq1  GATCAGAACCCAGCTCCTCCTATTTTCAGTTCAGGGCTGGAACTGAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAACCCAGCTCCTCCTATTTTCAGTTCAGGGCTGGAACTGAGGGC  400

seq1  TCCGATGAGCTATGCTCCCAGCACCTTTTAAAAGATCTTACAGGACCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGATGAGCTATGCTCCCAGCACCTTTTAAAAGATCTTACAGGACCTTT  450

seq1  TAAAGTTCTACAGAGTGGCAATCCAAAACATTCCTAGCAGAATAATAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTCTACAGAGTGGCAATCCAAAACATTCCTAGCAGAATAATAATC  500

seq1  AGAGTATTAATGAAATGGAAAGTGAAAGCTGCCTTGGAATTCTTATCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTAATGAAATGGAAAGTGAAAGCTGCCTTGGAATTCTTATCTAT  550

seq1  AACTGAGCAAGCAAAAGGGATAAAGATATAGCGCACATTCTTTTAAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGCAAGCAAAAGGGATAAAGATATAGCGCACATTCTTTTAAAATA  600

seq1  CACACGTGCACGTGCACACACATGCATACACAAGTGTGCACACACACCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGTGCACGTGCACACACATGCATACACAAGTGTGCACACACACCAC  650

seq1  ATGCACAAAATTTCGCTTGCCATCAAGGCCAGCTTGAGAGCAGTCCCGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAAAATTTCGCTTGCCATCAAGGCCAGCTTGAGAGCAGTCCCGGA  700

seq1  TCCCTCAACCAAAGCCCGGGGAAGTTCTGTAAAGAGAATCTTCAGAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAACCAAAGCCCGGGGAAGTTCTGTAAAGAGAATCTTCAGAGTAA  750

seq1  AGGCAGGAGATGGGATGCTTTGAAGATGAAGCTCGGCGATGTCTGGGGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGAGATGGGATGCTTTGAAGATGAAGCTCGGCGATGTCTGGGGTG  800

seq1  AACTCGTTCCTAACAGCTTCTCTATGAGTGT-AAGGTGTTTTCCAGCCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACTCGTTCCTAACAGCTTCTCTATGAGTGTAAAGGTGTTTTCCAGCCCT  850

seq1  TCCAATAGTTATAACTGTATGTTCACGACTGAACCATAACATACTTGAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAGTTATAACTGTATGTTCACGACTGAACCATAACATACTTGAGG  900

seq1  CACTTCAGGCTTGACTTGG-AAAAAGACTACAGTTATTCTTCTATTTTCA  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGGCTTGACTTGGAAAAAAGACTACAGTTATTCTTCTATTTTCA  950

seq1  TTTGTATGTAATTAAGTGCTTTGCACTCTGTGCCATATTCCTTTATTTTT  998
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATGTAA-TAAGTGCTTTGCACTCTGTGCCATATTCCTTTATTTTT  999

seq1  CAAACATATCATTAGTTTATTTTGTATTTATCTTATATTTATTAGTGG-T  1047
      |||||||||   |||||   |||||| ||||| ||||||   |||||| |
seq2  CAAACATATTCATAGTT--ATTTGTA-TTATC-TATATT--ATAGTGGCT  1043

seq1  TTGCTGCTGCATGTACATATGTGTACCATGTGCACATGG--AGGTCAGAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||| |
seq2  TTGCTGCTGCATGTACATATGTGTACCATGTGCACATTGTAAGTTCAG-A  1092

seq1  GAGGG-CATGAGATTCCCTGGAACTGGAGT  1124
      ||||| |||   ||   |||||||||||||
seq2  GAGGGTCATTGAAT---CTGGAACTGGAGT  1119