BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346O14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,819,334 - 127,943,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem132c
Upstream geneLOC100040327
Downstream geneSlc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346O14.bB6Ng01-346O14.g
ACCGA128676GA128677
length1,0861,143
definitionB6Ng01-346O14.b B6Ng01-346O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,941,998 - 127,943,087)(127,819,334 - 127,820,467)
sequence
gaattctctaaatggcacaagaaatttgttttgttttgttttttcgagac
agggtttctccgtgtagtcctggctgtcctggaactcactctgtagacca
ggctggccttgaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccaagtgctgg
gattaaaggcatgagccaccactgcccagcacacaaaaaatttttatgtg
atcccaggcatgtatatctaccaagaaggtaaagaaaacatttactggta
atatgtttgtttgtttgtgggtaatacacatgagttcagtgtccatggag
gtcagaagggggcatcatatcccctggagctggtgttataggtgcttgtg
agtcaccatgtggatgctggaagctgaaccaactcagggtcctctacaag
agcagccaatgcttttaaccatggggccatgtctctagcccctaagaatg
gggcttaaagaaagacttgggtaagaagtaaaaaccaagggaatgaagac
atggcagggaataactcagaaagtgacatggaaatttaacagcgctgtgg
ggtagtattgtttatgaattaggtcaagaaacttctaaaagcaggtaatt
tcagactagaagtgactggaagattttatatacagtggatgataacaggc
catatgaccagtgcatatttaaacacaaggtatacagaggggagcctcag
caaaaagcattgtcctggttagctttaccggacaactcgatgtagtctgg
agtcatctaggagcctccgttgagaactggaaggatcagattgacccatg
gacatgtctgtgagggactatactgttagttgttgtagaagagtctagcc
cactgtgggaagcaccattccctacacagggctccagagtcacataagaa
agctggctgagcatgagcctgccagcccacagccagcatccccagggttc
ctgtcatgcttctttgtctgtgaagtgagcaccttggtcatgtggtggaa
tggcaagcagggctgctatcagtttcttgctgagttccttcaagtggact
gttgactgggattgtaggttacataaaccccttttc

gaattccccagcagtttcccatggtgcagagcctcccagttgactgcgaa
gaatccagtcagataaaggcaggtcagattaatgacacaaaggccccctg
tgcccacaatcaccttagcattcctcagttcaaaaggaatttctctctcc
agccacagggggtttctgttccccgccttgcttttgtggagtttagttag
tccctcccatgtgtgtatccttggcttgcttgaatgagtttttccaggag
gaaaaatcgcccataaagacataattaaggcaggaaggactcaggcgccc
agggagagagaaagctaagccatgttcccgtttttcaccatttgcatagt
tctgctgtgcttcaagcatccttggatttcagtcttcccctcactaagca
atgctccccacccccatagcgacatgtgtggattagctgaggggctgtat
ctcctgagccatgaagagtatcaaccggaatgcttgcttggttgacatgc
tctggccagactgtagaaccaaagcgtgatttcagctaagctgctcagtt
gaaaagaaacaaccaaaacaaacacaaacaggcattaccctacagaatga
gtggaggccggcagaggcacaaactcagctgccactcctaaagctcaaat
cggacttttttcctttttgaaggatagagagtgagtgtgttgtattttcc
tctctggtgctgtggcgaataccacacaaccaaaaacaacttagagaagg
cacaggtttattttagctcatatatcacagcccattacagtgggaagttc
agggcaggagcttaaggagcaacttgaggcagaaccttggtgggtacaga
gactctatgtccatctgcatcccagtgatgagctctgtattagtcactca
ctttgtgtgttgtccaaatctagcctcaggaccagttgaccccttcatca
tctaaagctgtatctatttcatgtgctcggcctgcattattctttttttg
aggctccaagtcctttcttccctgctcctggagggctggtgttaccttac
agtctgtatcacttcatgtaggctacattatgaacctcattttttactag
atgtcttctttatagcaagggttaagcaggcagggtgtctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127941998_127943087
seq2: B6Ng01-346O14.b_47_1132 (reverse)

seq1  GAAAAGGGGGTTTATGTAACTTACAATCCCAAGTC-ACAGTCCACCTTTG  49
      ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||
seq2  GAAAA-GGGGTTTATGTAACCTACAATCCC-AGTCAACAGTCCAC--TTG  46

seq1  AAGGAACTCAAGGCAGGAACTTGATAGCAGCCCTGCTTGCCATTCCA-CA  98
      ||||||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGGAACTCA--GCAAGAAACTGATAGCAGCCCTGCTTGCCATTCCACCA  94

seq1  CATGACCAAGGTGCTCACTTCACAGACAAAGAAGCATGACAGGAACCCTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCAAGGTGCTCACTTCACAGACAAAGAAGCATGACAGGAACCCTG  144

seq1  GGGATGCTGGCTGTGGGCTGGCAGGCTCATGCTCAGCCAGCTTTCTTATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTGGCTGTGGGCTGGCAGGCTCATGCTCAGCCAGCTTTCTTATG  194

seq1  TGACTCTGGAGCCCTGTGTAGGGAATGGTGCTTCCCACAGTGGGCTAGAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGGAGCCCTGTGTAGGGAATGGTGCTTCCCACAGTGGGCTAGAC  244

seq1  TCTTCTACAACAACTAACAGTATAGTCCCTCACAGACATGTCCATGGGTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTACAACAACTAACAGTATAGTCCCTCACAGACATGTCCATGGGTC  294

seq1  AATCTGATCCTTCCAGTTCTCAACGGAGGCTCCTAGATGACTCCAGACTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATCCTTCCAGTTCTCAACGGAGGCTCCTAGATGACTCCAGACTA  344

seq1  CATCGAGTTGTCCGGTAAAGCTAACCAGGACAATGCTTTTTGCTGAGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAGTTGTCCGGTAAAGCTAACCAGGACAATGCTTTTTGCTGAGGCT  394

seq1  CCCCTCTGTATACCTTGTGTTTAAATATGCACTGGTCATATGGCCTGTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTGTATACCTTGTGTTTAAATATGCACTGGTCATATGGCCTGTTA  444

seq1  TCATCCACTGTATATAAAATCTTCCAGTCACTTCTAGTCTGAAATTACCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCACTGTATATAAAATCTTCCAGTCACTTCTAGTCTGAAATTACCT  494

seq1  GCTTTTAGAAGTTTCTTGACCTAATTCATAAACAATACTACCCCACAGCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAGAAGTTTCTTGACCTAATTCATAAACAATACTACCCCACAGCG  544

seq1  CTGTTAAATTTCCATGTCACTTTCTGAGTTATTCCCTGCCATGTCTTCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAATTTCCATGTCACTTTCTGAGTTATTCCCTGCCATGTCTTCAT  594

seq1  TCCCTTGGTTTTTACTTCTTACCCAAGTCTTTCTTTAAGCCCCATTCTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGGTTTTTACTTCTTACCCAAGTCTTTCTTTAAGCCCCATTCTTA  644

seq1  GGGGCTAGAGACATGGCCCCATGGTTAAAAGCATTGGCTGCTCTTGTAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTAGAGACATGGCCCCATGGTTAAAAGCATTGGCTGCTCTTGTAGA  694

seq1  GGACCCTGAGTTGGTTCAGCTTCCAGCATCCACATGGTGACTCACAAGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGAGTTGGTTCAGCTTCCAGCATCCACATGGTGACTCACAAGCA  744

seq1  CCTATAACACCAGCTCCAGGGGATATGATGCCCCCTTCTGACCTCCATGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAACACCAGCTCCAGGGGATATGATGCCCCCTTCTGACCTCCATGG  794

seq1  ACACTGAACTCATGTGTATTACCCACAAACAAACAAACATATTACCAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAACTCATGTGTATTACCCACAAACAAACAAACATATTACCAGTA  844

seq1  AATGTTTTCTTTACCTTCTTGGTAGATATACATGCCTGGGATCACATAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTCTTTACCTTCTTGGTAGATATACATGCCTGGGATCACATAAA  894

seq1  AATTTTTTGTGTGCTGGGCAGTGGTGGCTCATGCCTTTAATCCCAGCACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTGTGTGCTGGGCAGTGGTGGCTCATGCCTTTAATCCCAGCACT  944

seq1  TGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTAC  994

seq1  AGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACGGAGAAACCCTGTCTCGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACACGGAGAAACCCTGTCTCGAA  1044

seq1  AAAACAAAACAAAACAAATTTCTTGTGCCATTTAGAGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAAAACAAATTTCTTGTGCCATTTAGAGAATTC  1086


seq1: chr5_127819334_127820467
seq2: B6Ng01-346O14.g_71_1213

seq1  GAATTCCCCAGCAGTTTCCCATGGTGCAGAGCCTCCCAGTTGACTGCGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGCAGTTTCCCATGGTGCAGAGCCTCCCAGTTGACTGCGAA  50

seq1  GAATCCAGTCAGATAAAGGCAGGTCAGATTAATGACACAAAGGCCCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAGTCAGATAAAGGCAGGTCAGATTAATGACACAAAGGCCCCCTG  100

seq1  TGCCCACAATCACCTTAGCATTCCTCAGTTCAAAAGGAATTTCTCTCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAATCACCTTAGCATTCCTCAGTTCAAAAGGAATTTCTCTCTCC  150

seq1  AGCCACAGGGGGTTTCTGTTCCCCGCCTTGCTTTTGTGGAGTTTAGTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGGGGGTTTCTGTTCCCCGCCTTGCTTTTGTGGAGTTTAGTTAG  200

seq1  TCCCTCCCATGTGTGTATCCTTGGCTTGCTTGAATGAGTTTTTCCAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCATGTGTGTATCCTTGGCTTGCTTGAATGAGTTTTTCCAGGAG  250

seq1  GAAAAATCGCCCATAAAGACATAATTAAGGCAGGAAGGACTCAGGCGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATCGCCCATAAAGACATAATTAAGGCAGGAAGGACTCAGGCGCCC  300

seq1  AGGGAGAGAGAAAGCTAAGCCATGTTCCCGTTTTTCACCATTTGCATAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGAGAAAGCTAAGCCATGTTCCCGTTTTTCACCATTTGCATAGT  350

seq1  TCTGCTGTGCTTCAAGCATCCTTGGATTTCAGTCTTCCCCTCACTAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTGCTTCAAGCATCCTTGGATTTCAGTCTTCCCCTCACTAAGCA  400

seq1  ATGCTCCCCACCCCCATAGCGACATGTGTGGATTAGCTGAGGGGCTGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCCACCCCCATAGCGACATGTGTGGATTAGCTGAGGGGCTGTAT  450

seq1  CTCCTGAGCCATGAAGAGTATCAACCGGAATGCTTGCTTGGTTGACATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGCCATGAAGAGTATCAACCGGAATGCTTGCTTGGTTGACATGC  500

seq1  TCTGGCCAGACTGTAGAACCAAAGCGTGATTTCAGCTAAGCTGCTCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGACTGTAGAACCAAAGCGTGATTTCAGCTAAGCTGCTCAGTT  550

seq1  GAAAAGAAACAACCAAAACAAACACAAACAGGCATTACCCTACAGAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAACAACCAAAACAAACACAAACAGGCATTACCCTACAGAATGA  600

seq1  GTGGAGGCCGGCAGAGGCACAAACTCAGCTGCCACTCCTAAAGCTCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGCCGGCAGAGGCACAAACTCAGCTGCCACTCCTAAAGCTCAAAT  650

seq1  CGGACTTTTTTCCTTTTTGAAGGATAGAGAGTGAGTGTGTTGTATTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACTTTTTTCCTTTTTGAAGGATAGAGAGTGAGTGTGTTGTATTTTCC  700

seq1  TCTCTGGTGCTGTGGCGAATACCACACAACCAAAAACAACTTAGAGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTGCTGTGGCGAATACCACACAACCAAAAACAACTTAGAGAAGG  750

seq1  CACAGGTTTATTTTAGCTCATATATCACAGCCCATTACAGTGGGAAG-TC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACAGGTTTATTTTAGCTCATATATCACAGCCCATTACAGTGGGAAGTTC  800

seq1  AGGGCAGGAGCTTAAGGAGCAACTTGAGGCAGGAACCTTGGTGGGTACAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGAGCTTAAGGAGCAACTTGAGGCA-GAACCTTGGTGGGTACAG  849

seq1  AGACTCTATGTCCATCTGCATTCCAGTGATGAGCTCTGTATTAGTCACTC  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTATGTCCATCTGCATCCCAGTGATGAGCTCTGTATTAGTCACTC  899

seq1  ACTTTGTGTG-TGTCCAAAATCTAGCCTCAGGACCAGTGGACCCC-TCAT  947
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ACTTTGTGTGTTGTCC-AAATCTAGCCTCAGGACCAGTTGACCCCTTCAT  948

seq1  CATCT-AAGCTGTATCTA-TTCATGTGCTCGGCCTGCATTATTC-TTTTT  994
      ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATCTAAAGCTGTATCTATTTCATGTGCTCGGCCTGCATTATTCTTTTTT  998

seq1  TGAGGCTCCAAGTCCCTTCTTCCCTGCTCCTGGAGGGCTGGTGTTTACCT  1044
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAGGCTCCAAGTCCTTTCTTCCCTGCTCCTGGAGGGCTGGTG-TTACCT  1047

seq1  TACAGTTCTGTATCAACTCATGTAGGCTACA-TATGA--CTCATTTTTTA  1091
      ||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||  |||||||||||
seq2  TACAG-TCTGTATCACTTCATGTAGGCTACATTATGAACCTCATTTTTTA  1096

seq1  CTAG-TGTCTTC-TTATAGCA--GGGTAAGCAAGGTAGGTGTCTTTT  1134
      |||| ||||||| ||||||||  || |||||| |   ||||||||||
seq2  CTAGATGTCTTCTTTATAGCAAGGGTTAAGCAGGCAGGGTGTCTTTT  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |