BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346P01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 98,305,837 - 98,416,167
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAntxr2
Upstream geneEG666266, LOC670358, Bmp2k, Paqr3, LOC100040598, EG433923, EG666293, C80008, Gk2
Downstream geneEG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5, 1700007G11Rik, Bmp3, Prkg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346P01.bB6Ng01-346P01.g
ACCGA128696GA128697
length1,1681,170
definitionB6Ng01-346P01.b B6Ng01-346P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,415,021 - 98,416,167)(98,305,837 - 98,307,001)
sequence
gaattcctggaatggctggcctctgactcaggcctggttcctagttttca
gttctgtgccagctctgcttgcagagagcatgtctgccccttagtagcta
gtgaagaacccagcctgtattgaaagtctgcaacctgatggcgcaggaaa
cagaggacgtttaatcctaattaatttggaacatgcttgtcctattccag
acagatacttcattcaaattgggctgctgagaaggggcaatggtggcatc
tacttttatgtcctgccaaatgtccacacccccaaggaggccagcaggcg
gctttcacagctgcctcaccacactgcatctggccttgccaccaacccag
agcagagtcaacagccttacccgattcttccctttgacctcctcaaacag
acaaattccataaaattaatatttgcaagttcatgagtttttcctagcat
tctgacctttgaattgtatgagtaatatattaaatctttatgaaactagt
tagaattgacagaaaatcagcaattattatttgtaagagacattgtaacc
agtccaccagcaatttccacctgtttatatatagatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctggtttc
ttcagatagggcttatctgtgtagacctggaccagctattctggactctt
tgttctcagagatctgcctgcctctgcctcccaagtacttggatcaaagg
catacaccacacagacttgcaaatgtctctctagaatgtagacttagaga
ccttcatgtatacacacaagagtggtatggctgtgtcatgtgctatgttt
agtttgttttcttaagaaagcatttaaacatgtttatgtgtgagtctgta
tatgcacttatgtatgcattgtgtgcacatatgtatgtatttgcacatgc
atacgttgtggtatctatgaacatagagtccaaagaaagcttggctttta
tacagttgaggaacttattacagcagcagcattgacagcagcatgagcag
atgcactttgacagtcaagagtgaaggaacagccagcagcaggccatggt
ttctttcttttccatcctacctattctcgtgtgtttccccggtgtgtgct
ttggatgacaagctattc
gaattccacttatgtttgcataaaatcagaagattaagtcaaaacagtta
aaaagaaagatcttacatacagcacttgctaggtactcttttgaagaggg
actcctaacttctctgctttattcagaaaaagaaaaagaaccaggaaaat
gtgcacaaatagatttgcaaaagtttttaaaagcagtgaaaaaacttaaa
tgttgcataattctaagcacacagtgctttgtgtttgacttggatataga
ttgtgagtagtaggtgatcaagctacaaagacctcaggttcaaattacac
aagagaattccacgctatagcaaatactttgtcacatgtatgtttgaaca
tcatctgtaactcactcatgcttaggaattcaacctcactgtgaatctaa
ggggaaggtataggttagtgatttgtagcaatctgttcaccagagtggtc
ttgtagactgcgtgtagtgctaactccaaactaccttgcatctgtgacaa
cacccatctgccactttagaccttccatgtggagagttcatccatatctg
tggctttcttgtcctttcctcattcttccttacaaagccagttgcccggg
tctcaaaaccaaacaaaggaaactcatgatgtatgagttattcatatcct
ttattcttaatttaattaactattcctattccccatttctatgaatttga
cggacatacctgtcatgctaatttcttgaatttcctaacatactgggcaa
actggaattactaaaaggttaaaattcagaagttgtcaatatataaatgt
aaaatgctacagtagaagggctgtatataaatatccagtccctataaagt
taaacgcacagctgtcatcagtagctcctaaatattttgagcaagcagat
gcatgtggtttatggatgcattagacgtccaaatatctctatacaaataa
ttttagatacaatcatgattgcggaaagtcacccaaattcctatccacag
gtcaccaaatgattgtcctcttgtatgactgtaacattgaaattatgact
tggtaataaaaataaattgaccgcttgaatactatgctgcacgcataaac
agaaagtaccaaagctcatctcaaaagagatagaattgattgtgacacgc
aaggacattggcgtgtcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_98415021_98416167
seq2: B6Ng01-346P01.b_49_1216 (reverse)

seq1  GAATAGC-TGTCATC--AAGCACA---CGGGGAAACAC---AGAATAGTG  41
      ||||||| |||||||  |||||||   |||||||||||   |||||||  
seq2  GAATAGCTTGTCATCCAAAGCACACACCGGGGAAACACACGAGAATAGGT  50

seq1  AGGATGG-AAAGAAAG-AACCAATGCCTGCTGCCTGGCTGTTCCTTCACT  89
      ||||||| |||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGATGGAAAAGAAAGAAACCATGGCCTGCTG-CTGGCTGTTCCTTCACT  99

seq1  CTTG-CTGTC-AAGTGCATCTGCTC-TGCTGCTGTCATTGCTGCTGCTGT  136
      |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTGACTGTCAAAGTGCATCTGCTCATGCTGCTGTCAATGCTGCTGCTGT  149

seq1  A--TAGTTTCTC-ACTGTAT-AGAGCCCAGC-TTCTTTGGACTCTATG-T  180
      |   |||| ||| ||||||| | |||| ||| |||||||||||||||| |
seq2  AATAAGTTCCTCAACTGTATAAAAGCCAAGCTTTCTTTGGACTCTATGTT  199

seq1  CATAGATACCAC-ACGTATGCATGTGCAAATACATACATATGTGCACAC-  228
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATAGATACCACAACGTATGCATGTGCAAATACATACATATGTGCACACA  249

seq1  ATGCATACATAAGTGCATATACAGACTCACACATAAACATGTTTAAATGC  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATACATAAGTGCATATACAGACTCACACATAAACATGTTTAAATGC  299

seq1  TTTCTTAAGAAAACAAACTAAACATAGCACATGACACAGCCATACCACTC  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAGAAAACAAACTAAACATAGCACATGACACAGCCATACCACTC  349

seq1  TTGTGTGTATACATGAAGGTCTCTAAGTCTACATTCTAGAGAGACATTTG  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTATACATGAAGGTCTCTAAGTCTACATTCTAGAGAGACATTTG  399

seq1  CAAGTCTGTGTGGTGTATGCCTTTGATCCAAGTACTTGGGAGGCAGAGGC  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTGTGTGGTGTATGCCTTTGATCCAAGTACTTGGGAGGCAGAGGC  449

seq1  AGGCAGATCTCTGAGAACAAAGAGTCCAGAATAGCTGGTCCAGGTCTACA  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGATCTCTGAGAACAAAGAGTCCAGAATAGCTGGTCCAGGTCTACA  499

seq1  CAGATAAGCCCTATCTGAAGAAACCAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAGCCCTATCTGAAGAAACCAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  549

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCTATATATAAACAGG  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCTATATATAAACAGG  599

seq1  TGGAAATTGCTGGTGGACTGGTTACAATGTCTCTTACAAATAATAATTGC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATTGCTGGTGGACTGGTTACAATGTCTCTTACAAATAATAATTGC  649

seq1  TGATTTTCTGTCAATTCTAACTAGTTTCATAAAGATTTAATATATTACTC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCTGTCAATTCTAACTAGTTTCATAAAGATTTAATATATTACTC  699

seq1  ATACAATTCAAAGGTCAGAATGCTAGGAAAAACTCATGAACTTGCAAATA  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTCAAAGGTCAGAATGCTAGGAAAAACTCATGAACTTGCAAATA  749

seq1  TTAATTTTATGGAATTTGTCTGTTTGAGGAGGTCAAAGGGAAGAATCGGG  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTATGGAATTTGTCTGTTTGAGGAGGTCAAAGGGAAGAATCGGG  799

seq1  TAAGGCTGTTGACTCTGCTCTGGGTTGGTGGCAAGGCCAGATGCAGTGTG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTGTTGACTCTGCTCTGGGTTGGTGGCAAGGCCAGATGCAGTGTG  849

seq1  GTGAGGCAGCTGTGAAAGCCGCCTGCTGGCCTCCTTGGGGGTGTGGACAT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCAGCTGTGAAAGCCGCCTGCTGGCCTCCTTGGGGGTGTGGACAT  899

seq1  TTGGCAGGACATAAAAGTAGATGCCACCATTGCCCCTTCTCAGCAGCCCA  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGGACATAAAAGTAGATGCCACCATTGCCCCTTCTCAGCAGCCCA  949

seq1  ATTTGAATGAAGTATCTGTCTGGAATAGGACAAGCATGTTCCAAATTAAT  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATGAAGTATCTGTCTGGAATAGGACAAGCATGTTCCAAATTAAT  999

seq1  TAGGATTAAACGTCCTCTGTTTCCTGCGCCATCAGGTTGCAGACTTTCAA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTAAACGTCCTCTGTTTCCTGCGCCATCAGGTTGCAGACTTTCAA  1049

seq1  TACAGGCTGGGTTCTTCACTAGCTACTAAGGGGCAGACATGCTCTCTGCA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCTGGGTTCTTCACTAGCTACTAAGGGGCAGACATGCTCTCTGCA  1099

seq1  AGCAGAGCTGGCACAGAACTGAAAACTAGGAACCAGGCCTGAGTCAGAGG  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGCTGGCACAGAACTGAAAACTAGGAACCAGGCCTGAGTCAGAGG  1149

seq1  CCAGCCATTCCAGGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCATTCCAGGAATTC  1168

seq1: chr5_98305837_98307001
seq2: B6Ng01-346P01.g_68_1237

seq1  GAATTCCACTTATGTTTGCATAAAATCAGAAGATTAAGTCAAAACAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTATGTTTGCATAAAATCAGAAGATTAAGTCAAAACAGTTA  50

seq1  AAAAGAAAGATCTTACATACAGCACTTGCTAGGTACTCTTTTGAAGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGATCTTACATACAGCACTTGCTAGGTACTCTTTTGAAGAGGG  100

seq1  ACTCCTAACTTCTCTGCTTTATTCAGAAAAAGAAAAAGAACCAGGAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAACTTCTCTGCTTTATTCAGAAAAAGAAAAAGAACCAGGAAAAT  150

seq1  GTGCACAAATAGATTTGCAAAAGTTTTTAAAAGCAGTGAAAAAACTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAAATAGATTTGCAAAAGTTTTTAAAAGCAGTGAAAAAACTTAAA  200

seq1  TGTTGCATAATTCTAAGCACACAGTGCTTTGTGTTTGACTTGGATATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCATAATTCTAAGCACACAGTGCTTTGTGTTTGACTTGGATATAGA  250

seq1  TTGTGAGTAGTAGGTGATCAAGCTACAAAGACCTCAGGTTCAAATTACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGTAGTAGGTGATCAAGCTACAAAGACCTCAGGTTCAAATTACAC  300

seq1  AAGAGAATTCCACGCTATAGCAAATACTTTGTCACATGTATGTTTGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATTCCACGCTATAGCAAATACTTTGTCACATGTATGTTTGAACA  350

seq1  TCATCTGTAACTCACTCATGCTTAGGAATTCAACCTCACTGTGAATCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTAACTCACTCATGCTTAGGAATTCAACCTCACTGTGAATCTAA  400

seq1  GGGGAAGGTATAGGTTAGTGATTTGTAGCAATCTGTTCACCAGAGTGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGTATAGGTTAGTGATTTGTAGCAATCTGTTCACCAGAGTGGTC  450

seq1  TTGTAGACTGCGTGTAGTGCTAACTCCAAACTACCTTGCATCTGTGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACTGCGTGTAGTGCTAACTCCAAACTACCTTGCATCTGTGACAA  500

seq1  CACCCATCTGCCACTTTAGACCTTCCATGTGGAGAGTTCATCCATATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATCTGCCACTTTAGACCTTCCATGTGGAGAGTTCATCCATATCTG  550

seq1  TGGCTTTCTTGTCCTTTCCTCATTCTTCCTTACAAAGCCAGTTGCCCGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCTTGTCCTTTCCTCATTCTTCCTTACAAAGCCAGTTGCCCGGG  600

seq1  TCTCAAAACCAAACAAAGGAAACTCATGATGTATGAGTTATTCATATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACCAAACAAAGGAAACTCATGATGTATGAGTTATTCATATCCT  650

seq1  TTATTCTTAATTTAATTAACTATTCCTATTCCCCATTTCTATGAATTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTAATTTAATTAACTATTCCTATTCCCCATTTCTATGAATTTGA  700

seq1  CGGACATACCTGTCATGCTAATTTCTTGAATTTCCTAACATACTGGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACATACCTGTCATGCTAATTTCTTGAATTTCCTAACATACTGGGCAA  750

seq1  ACTGGAATTACTAAAAGGTTAAAATTCAGAAGTTGTCAATATATAAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAATTACTAAAAGGTTAAAATTCAGAAGTTGTCAATATATAAATGT  800

seq1  AAAATGCTACAGTAGAAGGGCTGTATATAAATATCCAGTCCCTATAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTACAGTAGAAGGGCTGTATATAAATATCCAGTCCCTATAAAGT  850

seq1  TAAACGCACAGCTGTCATCAGTAGCTCCTAAATA-TTTGAGCAAGCAAGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TAAACGCACAGCTGTCATCAGTAGCTCCTAAATATTTTGAGCAAGC-AGA  899

seq1  TGCATGTGGTTTATGGATGCA-TAGACGTCCAAATATCTCTATACAAATA  948
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGGTTTATGGATGCATTAGACGTCCAAATATCTCTATACAAATA  949

seq1  ATTTTAGATAC-ATCATGATTGCGGAAAGTCACCCAAATTCCTATCCACA  997
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGATACAATCATGATTGCGGAAAGTCACCCAAATTCCTATCCACA  999

seq1  GGTCACCAAATGAATTGT-CTCTTGTATGACTGT-ACAATGAAA-TATGA  1044
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||
seq2  GGTCACCAAATG-ATTGTCCTCTTGTATGACTGTAACATTGAAATTATGA  1048

seq1  CTTGGTAATAAAAATAAAATGAACCGCT--GATAC-ATGCTGCAACAGGC  1091
      |||||||||||||||||| || ||||||   |||| ||||||   || ||
seq2  CTTGGTAATAAAAATAAATTG-ACCGCTTGAATACTATGCTG---CACGC  1094

seq1  AT-AACAGAAAGAAACCAAAGCTCATCTCAAAAAAGAGATGA-TGATGGT  1139
      || |||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |  | |||| ||
seq2  ATAAACAGAAAG-TACCAAAGCTCATCTCAAAAGAGATAGAATTGATTGT  1143

seq1  GACA-GCAAGGAAACATGCGTGTCACA  1165
      |||| ||||||| |   ||||||||||
seq2  GACACGCAAGGACATTGGCGTGTCACA  1170