BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348C09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 69,485,912 - 69,676,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKctd8
Upstream geneAY616753, LOC666996
Downstream geneLOC545756, Yipf7, Guf1, Gnpda2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348C09.bB6Ng01-348C09.g
ACCGA129530GA129531
length992685
definitionB6Ng01-348C09.b B6Ng01-348C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,675,048 - 69,676,039)(69,485,912 - 69,486,596)
sequence
gaattctctccccacacttgaagatgaggaatgggatcagagaaggtcat
atttgtgcctgctggtggtctggcataagtcagcaaggcaaagagggtga
acttcgagaagactgggcctccctggtacaggcaaaggctttgggtttga
atctactttacataaaggacaaggcatttgctagagatgaatcatttcta
cataggaaagcgtccttctgtgttttgaacgaggtgctaaagcctaccac
gtggatttggcacagctgggattttattatagatttgccacagtagaatg
ataatgtggagttatttctctgtactaaggatacaacttgtaatcatgtc
tctctcggttttaagagaattgaaaaagtgtgtatgaaatctgagctgat
ttgcaggagcataaattaccgcacaagactttgcctgggagtgcatcctt
aaatcatctgctaaaatgttgctgaaaggctgatgcaatttcattaatgt
gaacttgttgcatcttggaatgggcttgtgcattaagtatccagatggga
acctaccactagcacttccacctaccaatggggagttctgtaggggctgt
tctgcagtacctttccctcctgtttcaggccagctgtttctgtggtacat
acatactcttctatgacctcctccatatgggtggatcctgttgtcttcct
atctgcctgcacaaagacagccagataggttaagcgccagcatagcatct
cttggttattccatgattttatttcacctagaccatgagctacttcaaag
tctgggtcatttctcattcagaattgctttttgaccaagaatgctatttc
aattagctaaaaggaaaaaaaaaaaaaacattgctgccaagaagactgaa
actgagatggtcaccaatatgcatacatatacatgtgtgtatgtggtatg
ctttgtatatgagagatagagagggaaaatgtgtgtgtgtgt

gaattcttcagaaaaatagaaatagtaaaatggtatcaatttcaaacaca
ctggtagagcatgaatagagagtacttccataagtcttctcatcttgttg
aaataattccaaacctgggcatggtctattttgtgggtgacatagatttt
cttattataacaataatactgcatgtttcttgggggcttaatgagagtgt
ccttagctatgactaacagcactggagatatggaacatgaagagtttacc
ttctgtagccaggcagaaatctcaatggagcagtagggaacacaagccac
ctacaaaacttttgaccccaaatttattctgtctacaagaaatgtaggga
tgggggatgaagcagagaattaaggaattgccaaccaacaaccagcccat
cttgagagccattccatgggcacaccaatccctgaaactattcatggtac
tctgttatgtttgcaaataggagtctagacaggttgtcctctgcaaggct
ccacccagcagttaactcagacagatgtacacatccatagccaaacagtg
gacagagcttggagaacagaaggaaggattatagcctctaatgagacaga
aactccacaggatgagcaacaaagtcaactaaactggatccttggggctc
ttagaggctgaaccgccaaagatgggctagaccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_69675048_69676039
seq2: B6Ng01-348C09.b_47_1038 (reverse)

seq1  ACACACACACACATTTTCCCTCTCTATCTCTCATATACAAAGCATACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACATTTTCCCTCTCTATCTCTCATATACAAAGCATACCAC  50

seq1  ATACACACATGTATATGTATGCATATTGGTGACCATCTCAGTTTCAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACATGTATATGTATGCATATTGGTGACCATCTCAGTTTCAGTCT  100

seq1  TCTTGGCAGCAATGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAGCTAATTGAAATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCAGCAATGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAGCTAATTGAAATAGC  150

seq1  ATTCTTGGTCAAAAAGCAATTCTGAATGAGAAATGACCCAGACTTTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGGTCAAAAAGCAATTCTGAATGAGAAATGACCCAGACTTTGAAG  200

seq1  TAGCTCATGGTCTAGGTGAAATAAAATCATGGAATAACCAAGAGATGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATGGTCTAGGTGAAATAAAATCATGGAATAACCAAGAGATGCTA  250

seq1  TGCTGGCGCTTAACCTATCTGGCTGTCTTTGTGCAGGCAGATAGGAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCGCTTAACCTATCTGGCTGTCTTTGTGCAGGCAGATAGGAAGAC  300

seq1  AACAGGATCCACCCATATGGAGGAGGTCATAGAAGAGTATGTATGTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGATCCACCCATATGGAGGAGGTCATAGAAGAGTATGTATGTACCA  350

seq1  CAGAAACAGCTGGCCTGAAACAGGAGGGAAAGGTACTGCAGAACAGCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAGCTGGCCTGAAACAGGAGGGAAAGGTACTGCAGAACAGCCCC  400

seq1  TACAGAACTCCCCATTGGTAGGTGGAAGTGCTAGTGGTAGGTTCCCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAACTCCCCATTGGTAGGTGGAAGTGCTAGTGGTAGGTTCCCATCT  450

seq1  GGATACTTAATGCACAAGCCCATTCCAAGATGCAACAAGTTCACATTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTTAATGCACAAGCCCATTCCAAGATGCAACAAGTTCACATTAAT  500

seq1  GAAATTGCATCAGCCTTTCAGCAACATTTTAGCAGATGATTTAAGGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGCATCAGCCTTTCAGCAACATTTTAGCAGATGATTTAAGGATGC  550

seq1  ACTCCCAGGCAAAGTCTTGTGCGGTAATTTATGCTCCTGCAAATCAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGCAAAGTCTTGTGCGGTAATTTATGCTCCTGCAAATCAGCTC  600

seq1  AGATTTCATACACACTTTTTCAATTCTCTTAAAACCGAGAGAGACATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCATACACACTTTTTCAATTCTCTTAAAACCGAGAGAGACATGAT  650

seq1  TACAAGTTGTATCCTTAGTACAGAGAAATAACTCCACATTATCATTCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTGTATCCTTAGTACAGAGAAATAACTCCACATTATCATTCTAC  700

seq1  TGTGGCAAATCTATAATAAAATCCCAGCTGTGCCAAATCCACGTGGTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAAATCTATAATAAAATCCCAGCTGTGCCAAATCCACGTGGTAGG  750

seq1  CTTTAGCACCTCGTTCAAAACACAGAAGGACGCTTTCCTATGTAGAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCACCTCGTTCAAAACACAGAAGGACGCTTTCCTATGTAGAAATG  800

seq1  ATTCATCTCTAGCAAATGCCTTGTCCTTTATGTAAAGTAGATTCAAACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTCTAGCAAATGCCTTGTCCTTTATGTAAAGTAGATTCAAACCC  850

seq1  AAAGCCTTTGCCTGTACCAGGGAGGCCCAGTCTTCTCGAAGTTCACCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTTGCCTGTACCAGGGAGGCCCAGTCTTCTCGAAGTTCACCCTC  900

seq1  TTTGCCTTGCTGACTTATGCCAGACCACCAGCAGGCACAAATATGACCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTGCTGACTTATGCCAGACCACCAGCAGGCACAAATATGACCTT  950

seq1  CTCTGATCCCATTCCTCATCTTCAAGTGTGGGGAGAGAATTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATCCCATTCCTCATCTTCAAGTGTGGGGAGAGAATTC  992


seq1: chr5_69485912_69486596
seq2: B6Ng01-348C09.g_67_751

seq1  GAATTCTTCAGAAAAATAGAAATAGTAAAATGGTATCAATTTCAAACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGAAAAATAGAAATAGTAAAATGGTATCAATTTCAAACACA  50

seq1  CTGGTAGAGCATGAATAGAGAGTACTTCCATAAGTCTTCTCATCTTGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGAGCATGAATAGAGAGTACTTCCATAAGTCTTCTCATCTTGTTG  100

seq1  AAATAATTCCAAACCTGGGCATGGTCTATTTTGTGGGTGACATAGATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTCCAAACCTGGGCATGGTCTATTTTGTGGGTGACATAGATTTT  150

seq1  CTTATTATAACAATAATACTGCATGTTTCTTGGGGGCTTAATGAGAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTATAACAATAATACTGCATGTTTCTTGGGGGCTTAATGAGAGTGT  200

seq1  CCTTAGCTATGACTAACAGCACTGGAGATATGGAACATGAAGAGTTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCTATGACTAACAGCACTGGAGATATGGAACATGAAGAGTTTACC  250

seq1  TTCTGTAGCCAGGCAGAAATCTCAATGGAGCAGTAGGGAACACAAGCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGCCAGGCAGAAATCTCAATGGAGCAGTAGGGAACACAAGCCAC  300

seq1  CTACAAAACTTTTGACCCCAAATTTATTCTGTCTACAAGAAATGTAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAACTTTTGACCCCAAATTTATTCTGTCTACAAGAAATGTAGGGA  350

seq1  TGGGGGATGAAGCAGAGAATTAAGGAATTGCCAACCAACAACCAGCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGATGAAGCAGAGAATTAAGGAATTGCCAACCAACAACCAGCCCAT  400

seq1  CTTGAGAGCCATTCCATGGGCACACCAATCCCTGAAACTATTCATGGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGCCATTCCATGGGCACACCAATCCCTGAAACTATTCATGGTAC  450

seq1  TCTGTTATGTTTGCAAATAGGAGTCTAGACAGGTTGTCCTCTGCAAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTATGTTTGCAAATAGGAGTCTAGACAGGTTGTCCTCTGCAAGGCT  500

seq1  CCACCCAGCAGTTAACTCAGACAGATGTACACATCCATAGCCAAACAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAGCAGTTAACTCAGACAGATGTACACATCCATAGCCAAACAGTG  550

seq1  GACAGAGCTTGGAGAACAGAAGGAAGGATTATAGCCTCTAATGAGACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGCTTGGAGAACAGAAGGAAGGATTATAGCCTCTAATGAGACAGA  600

seq1  AACTCCACAGGATGAGCAACAAAGTCAACTAAACTGGATCCTTGGGGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCACAGGATGAGCAACAAAGTCAACTAAACTGGATCCTTGGGGCTC  650

seq1  TTAGAGGCTGAACCGCCAAAGATGGGCTAGACCTA  685
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCTGAACCGCCAAAGATGGGCTAGACCTA  685


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |