BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348L19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,005,743 - 83,090,059
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLphn3, EG433912
Downstream geneLOC100039434, Srd5a2l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348L19.bB6Ng01-348L19.g
ACCGA129942GA129943
length1,0501,114
definitionB6Ng01-348L19.b B6Ng01-348L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,005,743 - 83,006,797)(83,088,931 - 83,090,059)
sequence
gaattcaggtcttctagatatagcagggctactataatcatgaacgcata
acaactccattaagcagcacaatactttcacaagatcaaaccactcaata
cctgacttatgtaaagatgtgctcacaataccccacctctagaggaagag
ctagagtcagatgctggttgtaggtgaagatggggcgctttcttcagtgg
tgtggctcaaagttgattatcgatatgctagtaggtttttacctatacac
agacaaatatggaactagtaatttgataattgacattattttaaataaag
gaaagaattaagaaaatgatatgaatttcagggaggaacattgtacaggg
tgggttctgagagaagtttaagagtaggtgaagattggtagatatgatta
aaataaattgtattaaagtttaaaattaaaacaacaaattatgaagaacc
tatagtgcttacaggttgtggtaaacccagttaagatcatatcacataat
agtaagcgagagaaataaaagccacaaaagaaatggcccttgctacttgc
tgtagtgtaggccctggggtcaaagaatgggtgagctggctctgaccttt
gatggttacaggacttgggaaatcatccacacatctcaacagggcatcac
actagtactggtggagtgggacaggcaaaccagcaccgagggctagagaa
tggaagagctggcccagccactactctgctatgaggtgatatgagcacag
cagtgttgcctttccatgcccccttgccacctgctgtagttaggagagct
agtcctaagagcctcagagcaagagagctacccgctccaccattggccat
agcactcaggagagctggcccaacacatggcaggggcaacacagtggagc
tgaccctgatggctaacacattagagagtcagccccgagggtgtgagatc
aaggagatgacccagattttcctatgggcttgggaaatgtcttgactgac
agcacagtagagctggcactgaggcatgggtgcaagtgactggccctggg


gaattctgaaactcaaattgcaaggattccagtcttatacaaataaaaat
cgaagagaaaattactctaaatgtctttaaatatataaaaatattttatg
acttgcttgtttaacagaaggaacttacataaagcatcagctgtttattt
aaaagttgcttgcaaaaaatcaacatactgagagaaatatcagaagagca
gcttgttataattgaaagcaaatgatagagcagatcgtcctctttcttat
attaatgaatttgagtcattttaaagtttcccccaatgattatttgatga
aatctacatgaacagaaagctcataactaaaaccctttgcttctacttgc
atttgttatttgataacccagtgaatcttcaaaccctgacttacatattt
agagctgaagttaagatattagctgacgaacacaatttgaggcccacagg
ttagagataagaagaatttggtgaccatactacaaacaatgatccacaga
tcctgctcctgaataaacagtgacttctctagtacattacataggccgtt
ataatagattgtttccatttaataatgcttctgtacatttttatttatac
ttaccattatttgtatcttcttattttaaaaagaaccttgcaactgtgtg
ttttatgctttcaaatttccaattaaaaaattatttgctttcatcatcat
taatgattaatttatagagcttagcaattctctttaatacatggagatat
ttggttatggaggggaaggttcagtaggaattacagaatattttgttatt
tgtagccaatatatacaaacttcaaaggtgtggttgtctttcaagacatg
tattttactgatgtagtgtcaacttttttttttttgatgtccagttttat
ttttttttttcatttttttattatgtatttagctcatttacatttccaat
gctatatcaaaagttccccatacgcaccaccccaatccctacactactcc
ccttttgcactgtgtccctgtactgagcatataaggtggctagtccattg
gacctctctttccagtgaatggcgactaggcatctttggatcaatatgca
ctaggtcagagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83005743_83006797
seq2: B6Ng01-348L19.b_46_1095

seq1  GAATTCAGGTCTTCTAGATATAGCAGGGCTACTATAATCATGAACGCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCTTCTAGATATAGCAGGGCTACTATAATCATGAACGCATA  50

seq1  ACAACTCCATTAAGCAGCACAATACTTTCACAAGATCAAACCACTCAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCCATTAAGCAGCACAATACTTTCACAAGATCAAACCACTCAATA  100

seq1  CCTGACTTATGTAAAGATGTGCTCACAATACCCCACCTCTAGAGGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTATGTAAAGATGTGCTCACAATACCCCACCTCTAGAGGAAGAG  150

seq1  CTAGAGTCAGATGCTGGTTGTAGGTGAAGATGGGGCGCTTTCTTCAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTCAGATGCTGGTTGTAGGTGAAGATGGGGCGCTTTCTTCAGTGG  200

seq1  TGTGGCTCAAAGTTGATTATCGATATGCTAGTAGGTTTTTACCTATACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTCAAAGTTGATTATCGATATGCTAGTAGGTTTTTACCTATACAC  250

seq1  AGACAAATATGGAACTAGTAATTTGATAATTGACATTATTTTAAATAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATATGGAACTAGTAATTTGATAATTGACATTATTTTAAATAAAG  300

seq1  GAAAGAATTAAGAAAATGATATGAATTTCAGGGAGGAACATTGTACAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTAAGAAAATGATATGAATTTCAGGGAGGAACATTGTACAGGG  350

seq1  TGGGTTCTGAGAGAAGTTTAAGAGTAGGTGAAGATTGGTAGATATGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTGAGAGAAGTTTAAGAGTAGGTGAAGATTGGTAGATATGATTA  400

seq1  AAATAAATTGTATTAAAGTTTAAAATTAAAACAACAAATTATGAAGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTGTATTAAAGTTTAAAATTAAAACAACAAATTATGAAGAACC  450

seq1  TATAGTGCTTACAGGTTGTGGTAAACCCAGTTAAGATCATATCACATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGCTTACAGGTTGTGGTAAACCCAGTTAAGATCATATCACATAAT  500

seq1  AGTAAGCGAGAGAAATAAAAGCCACAAAAGAAATGGCCCTTGCTACTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCGAGAGAAATAAAAGCCACAAAAGAAATGGCCCTTGCTACTTGC  550

seq1  TGTAGTGTAGGCCCTGGGGTCAAAGAATGGGTGAGCTGGCTCTGACCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGTAGGCCCTGGGGTCAAAGAATGGGTGAGCTGGCTCTGACCTTT  600

seq1  GATGGTTACAGGACTTGGGAAATCATCCACACATCTCAACAGGGCATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTACAGGACTTGGGAAATCATCCACACATCTCAACAGGGCATCAC  650

seq1  ACTAGTACTGGTGGAGTGGGACAGGCAAACCAGCACCGAGGGCTAGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTACTGGTGGAGTGGGACAGGCAAACCAGCACCGAGGGCTAGAGAA  700

seq1  TGGAAGAGCTGGCCCAGCCACTACTCTGCTATGAGGTGATATGAGCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGCTGGCCCAGCCACTACTCTGCTATGAGGTGATATGAGCACAG  750

seq1  CAGTGTTGCCTTTCCATGCCCCCTTGCCACCTGCTGTAGTTAGGAGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGCCTTTCCATGCCCCCTTGCCACCTGCTGTAGTTAGGAGAGCT  800

seq1  AGTCCTAAGAGCCTCAGAGCAAGAGAGCTACCCGCTCCACCATTGGCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAAGAGCCTCAGAGCAAGAGAGCTACCCGCTCCACCATTGGCCAT  850

seq1  AGCACTCAGGAGAGCTGGCCCAACACATGGCAGGGGCAACACAGTGGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCAGGAGAGCTGGCCCAACACATGGCAGGGGCAACACAGTGGAGC  900

seq1  TGACCCTGATGGCTAACACATTAGAGAGTCAGCCCCGAGGGTGTGAGATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGATGGCTAACACATTAGAGAGTCAGCCCCGAGGGTGTGAGATC  950

seq1  AAAGGAGATGACCCAGATTTTCCTTATGGGCTTGGGAAATGTCTTGACTG  1000
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -AAGGAGATGACCCAGATTTTCC-TATGGGCTTGGGAAATGTCTTGACT-  997

seq1  GACAGCACAGTAGAGCTGGCACTGAGGGCATGGGTGCAAGTGAACTGGCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GACAGCACAGTAGAGCTGGCACTGA-GGCATGGGTGCAAGTG-ACTGGCC  1045

seq1  CTGGG  1055
      |||||
seq2  CTGGG  1050


seq1: chr5_83088931_83090059
seq2: B6Ng01-348L19.g_67_1180 (reverse)

seq1  GAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCA  50
      |||||| |||| |||| |||||||  ||| |||||| ||||||||| |  
seq2  GAGCTC-TGAC-CTAG-TGCATATTGATCCAAAGAT-GCCTAGTCGCCAT  46

seq1  TCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACAAGCAAACTTTATATGCCCCAGTA  100
      |||||||||||||||| ||| ||||| |||  || ||||||| | |||||
seq2  TCACTGGAAAGAGAGGTCCAATGGACTAGC-CACCTTATATG-CTCAGTA  94

seq1  CAGGGGAACACCAGTGCCAAAAAGGGGGAGTAGGTGGTTAGGGGATTGGG  150
      |||||  ||| ||||||   ||| |||||||| |||  || |||||||||
seq2  CAGGG--ACA-CAGTGC---AAAAGGGGAGTA-GTG--TA-GGGATTGGG  134

seq1  GGTGGGTGCGTATGGGGGACTTTTGATATAGCATTGGAAATGTAAATGAG  200
      |   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G--TGGTGCGTATGGGGAACTTTTGATATAGCATTGGAAATGTAAATGAG  182

seq1  CTAAATACATAAT-AAAAAATG-AAAAAAAAAATAAAACTGGACATC-AA  247
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTAAATACATAATAAAAAAATGAAAAAAAAAAATAAAACTGGACATCAAA  232

seq1  AAAAAAAAAGTTGACACTACATCAGTAAAATACATGTCTTGAAAGACAAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGTTGACACTACATCAGTAAAATACATGTCTTGAAAGACAAC  282

seq1  CACACCTTTGAAGTTTGTATATATTGGCTACAAATAACAAAATATTCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTTGAAGTTTGTATATATTGGCTACAAATAACAAAATATTCTGT  332

seq1  AATTCCTACTGAACCTTCCCCTCCATAACCAAATATCTCCATGTATTAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTACTGAACCTTCCCCTCCATAACCAAATATCTCCATGTATTAAA  382

seq1  GAGAATTGCTAAGCTCTATAAATTAATCATTAATGATGATGAAAGCAAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTGCTAAGCTCTATAAATTAATCATTAATGATGATGAAAGCAAAT  432

seq1  AATTTTTTAATTGGAAATTTGAAAGCATAAAACACACAGTTGCAAGGTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTAATTGGAAATTTGAAAGCATAAAACACACAGTTGCAAGGTTC  482

seq1  TTTTTAAAATAAGAAGATACAAATAATGGTAAGTATAAATAAAAATGTAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAATAAGAAGATACAAATAATGGTAAGTATAAATAAAAATGTAC  532

seq1  AGAAGCATTATTAAATGGAAACAATCTATTATAACGGCCTATGTAATGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCATTATTAAATGGAAACAATCTATTATAACGGCCTATGTAATGTA  582

seq1  CTAGAGAAGTCACTGTTTATTCAGGAGCAGGATCTGTGGATCATTGTTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAGTCACTGTTTATTCAGGAGCAGGATCTGTGGATCATTGTTTG  632

seq1  TAGTATGGTCACCAAATTCTTCTTATCTCTAACCTGTGGGCCTCAAATTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGGTCACCAAATTCTTCTTATCTCTAACCTGTGGGCCTCAAATTG  682

seq1  TGTTCGTCAGCTAATATCTTAACTTCAGCTCTAAATATGTAAGTCAGGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGTCAGCTAATATCTTAACTTCAGCTCTAAATATGTAAGTCAGGGT  732

seq1  TTGAAGATTCACTGGGTTATCAAATAACAAATGCAAGTAGAAGCAAAGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGATTCACTGGGTTATCAAATAACAAATGCAAGTAGAAGCAAAGGG  782

seq1  TTTTAGTTATGAGCTTTCTGTTCATGTAGATTTCATCAAATAATCATTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTATGAGCTTTCTGTTCATGTAGATTTCATCAAATAATCATTGG  832

seq1  GGGAAACTTTAAAATGACTCAAATTCATTAATATAAGAAAGAGGACGATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACTTTAAAATGACTCAAATTCATTAATATAAGAAAGAGGACGATC  882

seq1  TGCTCTATCATTTGCTTTCAATTATAACAAGCTGCTCTTCTGATATTTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTATCATTTGCTTTCAATTATAACAAGCTGCTCTTCTGATATTTCT  932

seq1  CTCAGTATGTTGATTTTTTGCAAGCAACTTTTAAATAAACAGCTGATGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTATGTTGATTTTTTGCAAGCAACTTTTAAATAAACAGCTGATGCT  982

seq1  TTATGTAAGTTCCTTCTGTTAAACAAGCAAGTCATAAAATATTTTTATAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAGTTCCTTCTGTTAAACAAGCAAGTCATAAAATATTTTTATAT  1032

seq1  ATTTAAAGACATTTAGAGTAATTTTCTCTTCGATTTTTATTTGTATAAGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGACATTTAGAGTAATTTTCTCTTCGATTTTTATTTGTATAAGA  1082

seq1  CTGGAATCCTTGCAATTTGAGTTTCAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCCTTGCAATTTGAGTTTCAGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |