BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349D06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 23,307,428 - 23,497,795
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRint1, 4933427G23Rik, Tomm7, LOC671410, Drctnnb1a
Upstream geneLhfpl3, EG625219, LOC100042101, LOC100042082, 4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7
Downstream geneLOC627317, Klhl7, LOC100042211, Nupl2, LOC434047, LOC100042244, Kcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5, Slc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349D06.bB6Ng01-349D06.g
ACCGA130263GA130264
length1,1351,003
definitionB6Ng01-349D06.b B6Ng01-349D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,496,667 - 23,497,795)(23,307,428 - 23,308,439)
sequence
gaattctggaaactatgtcttttagtcagtctttctttgtttccttcctt
ctgtgttaatgaccaatatatactaattttcttttgtatgaatttgtctg
atttagaatttcataaaaataatttttttaatttgtttagacactcccag
aaacatctttgccaaattatgccacaaatttgaaagacaagagttcttta
gttacatctctctataaagttatccaggagccacagagtgaggtaagtac
attacagtttgtatgaataatattcagttgattatttttatttaaacata
aaatataacatacatgtgtaaggtaagaaaatgtatatatttgcaaaaca
agaataaaattaatttcagtgtatcattctccagaatgaaaactagaatc
cttactgtatccccaaatccatctttctccgtgttctccttctgtatgtc
tctgagtctccatagccttggaacgtctaagtcgtgcaaataatcttttt
tcttcagcaaatattgatgtgcctgctataagccattactatggtggaca
ttaggggctcaaagagcagtgatcttcatcataagagaaaggtgagagag
actgagtaaccatgcagaactgcgtctttctatggtttgcatggtcgtta
cctctaagagtcatctgggaatgtacttaccactgtagcaaatactaaga
aatgggcctggtggccggagagatggctcagcagttaagagtactcactg
ctcttccagaggtcctgagttcaattcccagcaactacatggtggctcac
aactatcggttaatgggatccaaagcactcttctagtgtgtgtctgaaga
cagctgcagtgtactcatataaataaaaaataaattaaatctttttaaaa
agagagaaagaaatgggcctgggatatggttcagtgggagagctcttgcc
tagcttacactaggtcctgggtttcagttgttagcataacgagcaggaga
aaacactgggacgatttggggttggtgctgttcgcaaggtgagtttggct
tccttagctttcttacctgtctgtcttttgttgtgaaggtgatgtttttg
gtcttaggctactccaatctggcaaagctgggaag
gaattcacacatctgtaacttcagttcagggtgctctgatgctgtcttct
cgtctccattggcattgcacacatgtggtacatgtacatgcaggccaagg
ccctgtacacataaaataaataagtagtgccatatacctttaatcccagc
acttggaggaagaggcaggtggatctctgtaagttagaggccagtctggt
ctacagagtgagtatcaggacagccagagctacacagagaaacccagtct
caaaaaataagtaaggaagtaagcaagcaagcaagtaaatgaatgaatgt
ttgaaaaagaactgtgagctggctgtgatggaacacacttgtaatcctga
cactttgaggactgaagcaggagggttgctttaggccagctttgtctaca
tattaagttccaggaaaacccaggctccatattgagacctggtctctaaa
acaacaacaacaaaaagaagagcacagttagaccagtgtgatggtgcaaa
gctgtagtcccaattattgggaggctgaggcaggaggatagcgagttcaa
gaccagcttatggctacatagccaaactgaaaacaaataaactatacatt
gctcctaggtgaataacagaattgatctatttttgagtcaggaaaaataa
gaaaattcttttgagtaaaaacaaaaataaagttcacatatttgcgaaca
cgacaggttgattatatctggtcttgcctattaagtcagagaaacatttt
tgcctcagtggggagattattctatttcatggtatggtcccctgtctcct
ccaaattgaacattggctgtctcctttatttctgagacagtctctcatta
atcccagagctctctgattgcctagttggctggcgagtgactcgcagtgt
ccctctgtgtccccttcctgtgctgggactgcagtgcatgaacatgcctc
actcttgatggtggtacaggtcagaccccaggcttcatgcttgccaggaa
tgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_23496667_23497795
seq2: B6Ng01-349D06.b_48_1182 (reverse)

seq1  CTTCCCAGCTCTG-CAGATT-GAGTAGCCTAAGACC-AAAACATCACC-T  46
      |||||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CTTCCCAGCTTTGCCAGATTGGAGTAGCCTAAGACCAAAAACATCACCTT  50

seq1  CACAACAAAAGACAGACAGGTAAGAAAGCTAAGGAAGCCAAACTCACCTT  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAAAAGACAGACAGGTAAGAAAGCTAAGGAAGCCAAACTCACCTT  100

seq1  GCGAACAGCACCAACCCCATATTCGTCCCAGTGTTTTCTCCTGCTCGTTA  146
      ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAACAGCACCAACCCCA-AATCGTCCCAGTGTTTTCTCCTGCTCGTTA  149

seq1  TGCTAACAACTG-AACCCAGGACCTAGTGTATGCTAGGCAAGAGCTCTCC  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACAACTGAAACCCAGGACCTAGTGTAAGCTAGGCAAGAGCTCTCC  199

seq1  CACTGAACCATATCCCAGGCCCATTTCTTTCTCTCTTTTTAAAAAGATTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAACCATATCCCAGGCCCATTTCTTTCTCTCTTTTTAAAAAGATTT  249

seq1  -ATTTATTTTTTATTTATATGAGTACACTGCAGCTGTCTTCAGACACACA  294
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTTTTTATTTATATGAGTACACTGCAGCTGTCTTCAGACACACA  299

seq1  CTAGAAGAGTGCTTTGGATCCCATT-ACCGATAGTTGTGAGCCACCATGT  343
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAGTGCTTTGGATCCCATTAACCGATAGTTGTGAGCCACCATGT  349

seq1  AGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTGAGTACTCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTGAGTACTCTT  399

seq1  AACTGCTGAGCCATCTCTCCGGCCACCAGGCCCATTTCTTAGTATTTGCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTGAGCCATCTCTCCGGCCACCAGGCCCATTTCTTAGTATTTGCT  449

seq1  ACAGTGGTAAGTACATTCCCAGATGACTCTTAGAGGTAACGACCATGCAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTAAGTACATTCCCAGATGACTCTTAGAGGTAACGACCATGCAA  499

seq1  ACCATAGAAAGACGCAGTTCTGCATGGTTACTCAGTCTCTCTCACCTTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGAAAGACGCAGTTCTGCATGGTTACTCAGTCTCTCTCACCTTTC  549

seq1  TCTTATGATGAAGATCACTGCTCTTTGAGCCCCTAATGTCCACCATAGTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGATGAAGATCACTGCTCTTTGAGCCCCTAATGTCCACCATAGTA  599

seq1  ATGGCTTATAGCAGGCACATCAATATTTGCTGAAGAAAAAAGATTATTTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTATAGCAGGCACATCAATATTTGCTGAAGAAAAAAGATTATTTG  649

seq1  CACGACTTAGACGTTCCAAGGCTATGGAGACTCAGAGACATACAGAAGGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACTTAGACGTTCCAAGGCTATGGAGACTCAGAGACATACAGAAGGA  699

seq1  GAACACGGAGAAAGATGGATTTGGGGATACAGTAAGGATTCTAGTTTTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACGGAGAAAGATGGATTTGGGGATACAGTAAGGATTCTAGTTTTCA  749

seq1  TTCTGGAGAATGATACACTGAAATTAATTTTATTCTTGTTTTGCAAATAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGAATGATACACTGAAATTAATTTTATTCTTGTTTTGCAAATAT  799

seq1  ATACATTTTCTTACCTTACACATGTATGTTATATTTTATGTTTAAATAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTTCTTACCTTACACATGTATGTTATATTTTATGTTTAAATAAA  849

seq1  AATAATCAACTGAATATTATTCATACAAACTGTAATGTACTTACCTCACT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCAACTGAATATTATTCATACAAACTGTAATGTACTTACCTCACT  899

seq1  CTGTGGCTCCTGGATAACTTTATAGAGAGATGTAACTAAAGAACTCTTGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTCCTGGATAACTTTATAGAGAGATGTAACTAAAGAACTCTTGT  949

seq1  CTTTCAAATTTGTGGCATAATTTGGCAAAGATGTTTCTGGGAGTGTCTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAATTTGTGGCATAATTTGGCAAAGATGTTTCTGGGAGTGTCTAA  999

seq1  ACAAATTAAAAAAATTATTTTTATGAAATTCTAAATCAGACAAATTCATA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTAAAAAAATTATTTTTATGAAATTCTAAATCAGACAAATTCATA  1049

seq1  CAAAAGAAAATTAGTATATATTGGTCATTAACACAGAAGGAAGGAAACAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAAATTAGTATATATTGGTCATTAACACAGAAGGAAGGAAACAA  1099

seq1  AGAAAGACTGACTAAAAGACATAGTTTCCAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACTGACTAAAAGACATAGTTTCCAGAATTC  1135

seq1: chr5_23307428_23308439
seq2: B6Ng01-349D06.g_69_1071

seq1  GAATTCACACATCTGTAACTTCAGTTCAGGGTGCTCTGATGCTGTCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACATCTGTAACTTCAGTTCAGGGTGCTCTGATGCTGTCTTCT  50

seq1  CGTCTCCATTGGCATTGCACACATGTGGTACATGTACATGCAGGCCAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCCATTGGCATTGCACACATGTGGTACATGTACATGCAGGCCAAGG  100

seq1  CCCTGTACACATAAAATAAATAAGTAGTGCCATATACCTTTAATCCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTACACATAAAATAAATAAGTAGTGCCATATACCTTTAATCCCAGC  150

seq1  ACTTGGAGGAAGAGGCAGGTGGATCTCTGTAAGTTAGAGGCCAGTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAGGAAGAGGCAGGTGGATCTCTGTAAGTTAGAGGCCAGTCTGGT  200

seq1  CTACAGAGTGAGTATCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGTGAGTATCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCAGTCT  250

seq1  CAAAAAATAAGTAAGGAAGTAAGCAAGCAAGCAAGTAAATGAATGAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATAAGTAAGGAAGTAAGCAAGCAAGCAAGTAAATGAATGAATGT  300

seq1  TTGAAAAAGAACTGTGAGCTGGCTGTGATGGAACACACTTGTAATCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAGAACTGTGAGCTGGCTGTGATGGAACACACTTGTAATCCTGA  350

seq1  CACTTTGAGGACTGAAGCAGGAGGGTTGCTTTAGGCCAGCTTTGTCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGAGGACTGAAGCAGGAGGGTTGCTTTAGGCCAGCTTTGTCTACA  400

seq1  TATTAAGTTCCAGGAAAACCCAGGCTCCATATTGAGACCTGGTCTCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTTCCAGGAAAACCCAGGCTCCATATTGAGACCTGGTCTCTAAA  450

seq1  ACAACAACAACAAAAAGAAGAGCACAGTTAGACCAGTGTGATGGTGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAAAAAGAAGAGCACAGTTAGACCAGTGTGATGGTGCAAA  500

seq1  GCTGTAGTCCCAATTATTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATAGCGAGTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGTCCCAATTATTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATAGCGAGTTCAA  550

seq1  GACCAGCTTATGGCTACATAGCCAAACTGAAAACAAATAAACTATACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTTATGGCTACATAGCCAAACTGAAAACAAATAAACTATACATT  600

seq1  GCTCCTAGGTGAATAACAGAATTGATCTATTTTTGAGTCAGGAAAAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAGGTGAATAACAGAATTGATCTATTTTTGAGTCAGGAAAAATAA  650

seq1  GAAAATTCTTTTGAGTAAAAACAAAAATAAAGTTCACATATTTGCGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCTTTTGAGTAAAAACAAAAATAAAGTTCACATATTTGCGAACA  700

seq1  CGACAGGTTGATTATATCTGGTCTTGCCTATTAAGTCAGAGAAACATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAGGTTGATTATATCTGGTCTTGCCTATTAAGTCAGAGAAACATTTT  750

seq1  TGCCTCAGTGGGGAGATTATTCTATTTCATGGTATGGTCCCCTGTCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAGTGGGGAGATTATTCTATTTCATGGTATGGTCCCCTGTCTCCT  800

seq1  CCAAATTGAACATTGGCTGTCTTCCTTTATTTTCTGAGACAGTCTCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTGAACATTGGCTGTC-TCCTTTA-TTTCTGAGACAGTCTCTCAT  848

seq1  TAATCCCAGAGCTCTCTGATTGCCTAGGTGGGCTGGCGAGTGACTCGCCA  900
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
seq2  TAATCCCAGAGCTCTCTGATTGCCTA-GTTGGCTGGCGAGTGACTCG-CA  896

seq1  GGGTCCCTCTGTGTCCCCTTCCTGTGCTGGGACTGCAGGTGCATGACCAT  950
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GTGTCCCTCTGTGTCCCCTTCCTGTGCTGGGACTGCA-GTGCATGAACAT  945

seq1  GCCTCACTTCTTGGATGGTGGTACAGGTCCAGACCCCAGGCTTCAGGCTT  1000
      ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GCCTCAC-TCTT-GATGGTGGTACAGGT-CAGACCCCAGGCTTCATGCTT  992

seq1  GCCCAGGAGTGC  1012
      | |||||| |||
seq2  G-CCAGGAATGC  1003