Query= MSMg01no400_a06.b1 MSMg01no400_a06.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no400_a06.b1 PHD_FILE: MSMg01no400_a06.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Wed May 18 18:13:10 2005
(534 letters)
>mm_chr5_81293343_81294275
Length = 933
Score = 967 bits (500), Expect = 0.0
Identities = 522/530 (98%), Gaps = 3/530 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5 gaattccaggttaattgagagccctttctttaaaaatggtaagcaatgctgcctgaagaa 64
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct: 878 gaattccaggttaattgagagccctttctttaacaatgacaagcaatgctgcctgaagaa 819
Query: 65 taaaacctgagactgttctctacttacacacacacacacacacacacacacacacacaca 124
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 818 taaaacctgagactgttctctactt--acacacacacatacacacacacacacacacaca 761
Query: 125 cacacacacacacacacacacacacacctcctaaaataaataagccaaatgatacccagt 184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 760 cacacacacacacacacacacacacacctcctaaaataaataagccaaatgatacccagt 701
Query: 185 gttctcttatacttcatcttctctgctaccttcatccttatttccctagtaaattggaac 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 700 gttctcttatacttcatcttctctgctaccttcatccttatttccctagtaaattggaac 641
Query: 245 atttctcttttaagaaccaaatagctatgtttagcatataaatgtacaattataactttt 304
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 640 atttctcttttaagaaccaaacagctatgtttagcatataaatgtacaattataactttt 581
Query: 305 ttcatttcttctgtgcaaaaaaatatctagtgaccactggtgatattctaccttcatatt 364
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 580 ttcatttcttctgtgcaaaaaaa-atctagtgaccactggtgatattctaccttcatatt 522
Query: 365 tatttgtattttagtgttctgttttattttagagcttttataggagtcacaaaactttat 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 521 tatttgtattttagtgttctgttttattttagagcttttataggagtcacaaaactttat 462
Query: 425 agactaaatatatatcgtaaagcaagaaatttctaacttaatttgtgtgtaattaaactt 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 461 agactaaatatatatcgtaaagcaagaaatttctaacttaatttgtgtgtaattaaactt 402
Query: 485 ttcttgttctatgaattttgtaagaagggctctattaagtcaagtctggt 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 401 ttcttgttctatgaattttgtaagaagggctctattaagtcaagtctggt 352
Score = 99.3 bits (51), Expect = 6e-25
Identities = 51/51 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 88 ttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 177 ttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 92 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 94 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 96 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 98 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 100 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 95.5 bits (49), Expect = 9e-24
Identities = 49/49 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 102 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 150
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca 227
Score = 93.5 bits (48), Expect = 3e-23
Identities = 48/48 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 104 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac 151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 179 acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac 226
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 135
Number of extensions: 58
Number of successful extensions: 57
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 36
Number of HSP's successfully gapped: 15
Length of query: 534
Length of database: 933
Length adjustment: 10
Effective length of query: 524
Effective length of database: 923
Effective search space: 483652
Effective search space used: 483652
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| |