BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002G07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 37,254,334 - 37,386,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCreb3l2
Upstream gene9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, Dgki, EG665024
Downstream geneAkr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26, D130059P03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002G07.bB6Ng01-002G07.g
ACCDH840433DH840434
length779900
definitionDH840433|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002G07, 5' end.DH840434|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002G07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,254,334 - 37,255,134)(37,385,415 - 37,386,314)
sequence
gaattcttcacgaagtctgtaaagccatgctagtttccctgatattgttc
ttcttctactccaccacctgggctctgttgctcacccaggcttagcctac
tcattatactatactatactatactatactatactatactatactatact
atactatactgtactgttctgtactgtactattctatactatactattct
atactatactactctacactacactacactacactacactacactacact
acactacactagtcagccctctataggaagaagccacaaaccttcacagt
tttctctaccaaggcttcttggtaattatttttcttgatacctctagtcc
aacactcataaagaatttaatgcatgtgttatttggcagctgggaaataa
aagtttaacaagcttttgtgtcttagctgtttaaaaaaataatacacata
aatttaaacaaaatgatatgtacatttcctttaaatatttatttgctttt
ttgtcttatgtacataggtgttttgtctgcatgtatgtctatacatcaca
tgtgtgcatgcctaagatgccagacagagtattagaaccctgaagatggt
gttacagatattgtgagccatcgtgttggtgctggaactgatccagtcct
aagagcaacgagtgctctaatcctgagcatctcttcagctcttacatact
tctaagtagctggcttatggaactagaagagcagacacttcttataccta
cctggtacttcctgatggcacacctcatt
gaattcactggactggggacaaccagaatttagggttcagaatttagcat
ttgaataaatagcagcaccactccaacccccaacagtgtaggattgaaaa
cattggcttagattaatcatttagggatgaaagagataccagagaccagg
tgtgattgttggtataatagtctgtcaaaagttttgtttgattaacaaag
gtgtgccccccccccccctgtctctcaaaggtgggacagcaactagaaaa
atgttttaaatggataattattagccacgcatgagaacaaaagaacaagc
ccggaatctatgccacttgcaaagtctaaggattgtttaggtgtgctgtg
agtatccaaggagggaccgttagaatggtaggaaaaaaaaaatcatggaa
tacttacaacgcttgattatggagctagggttagagatgtatagggaggg
agtgtcctggctcactgcctgggacatgcagaattaactacattatccag
acttccagcatcagagtccagtactggggctaggggtatctagcagggcc
agtgatcttgctcaccatggaaggcaagaaggcaagagtgactccttccg
ttccaaggccacagcaggctgagagctgaaggccgttttcaaaagctgtt
tttcctacttgcatgggactgtttgaaatattgacgaggcagcgtgtatc
tctccacaacaaggacttcccgccacagcctggctctctgctgacttgtg
tggggaatggccctgaggccttgctggtcatttgctggggttgagcctat
ggctgagggccccagtgaatgcctgtttcctgcctggagaataagaggaa
atgacaagacctgtcattaccatcgttgagttaccttgaacaattccctc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_37254334_37255134
seq2: B6Ng01-002G07.b_43_821

seq1  GAATTCTTCACGAAGTCTGTAAAGCCATGCTAGTTTCCCTGATATTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACGAAGTCTGTAAAGCCATGCTAGTTTCCCTGATATTGTTC  50

seq1  TTCTTCTACTCCACCACCTGGGCTCTGTTGCTCACCCAGGCTTAGCCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTACTCCACCACCTGGGCTCTGTTGCTCACCCAGGCTTAGCCTAC  100

seq1  TCATTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACTATACT  150

seq1  ATACTATACTGTACTGTTCTGTACTGTACTATTCTATACTATACTATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATACTGTACTGTTCTGTACTGTACTATTCTATACTATACTATTCT  200

seq1  ATACTATACTACTCTACACTACACTACACTACACTACACTACACTACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATACTACTCTACACTACACTACACTACACTACACTACACTACACT  250

seq1  ACACTACACTAGTCAGCCCTCTATAGGAAGAAGCCACAAACCTTCACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACACTAGTCAGCCCTCTATAGGAAGAAGCCACAAACCTTCACAGT  300

seq1  TTTCTCTACCAAGGCTTCTTGGTAATTATTTTTCTTGATACCTCTAGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTACCAAGGCTTCTTGGTAATTATTTTTCTTGATACCTCTAGTCC  350

seq1  AACACTCATAAAGAATTTAATGCATGTGTTATTTGGCAGCTGGGAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCATAAAGAATTTAATGCATGTGTTATTTGGCAGCTGGGAAATAA  400

seq1  AAGTTTAACAAGCTTTTGTGTCTTAGCTGTTTAAAAAAATAATACACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAACAAGCTTTTGTGTCTTAGCTGTTTAAAAAAATAATACACATA  450

seq1  AATTTAAACAAAATGATATGTACATTTCCTTTAAATATTTATTTGCTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAACAAAATGATATGTACATTTCCTTTAAATATTTATTTGCTTTT  500

seq1  TTGTCTTATGTACATAGGTGTTTTGTCTGCATGTATGTCTATACATCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTATGTACATAGGTGTTTTGTCTGCATGTATGTCTATACATCACA  550

seq1  TGTGTGCAATGCCTAAGAAGGCCAGAAAAGAGTATTAGAACCCCCTGAAG  600
      ||||||| ||||||||| | ||||| | ||||||||||||  ||||||||
seq2  TGTGTGC-ATGCCTAAG-ATGCCAG-ACAGAGTATTAGAA--CCCTGAAG  595

seq1  ATGGTGTTACAGATATTTGTGAGCCATCGTGTTGGTGCTGGGAACTGAAT  650
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  ATGGTGTTACAGATA-TTGTGAGCCATCGTGTTGGTGCT-GGAACTG-AT  642

seq1  CCAGGTCCCCTAAAAGAGCAACGAGTGCTCTTAAATCCTGAGCCATCTCT  700
      ||| ||||     ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||
seq2  CCA-GTCC----TAAGAGCAACGAGTGCTCT--AATCCTGAG-CATCTCT  684

seq1  TCAGCTCTTACATTACTTTCTAAGTAGCTGGCTTATGGAAACTAGAAGAG  750
      |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGCTCTTACA-TAC-TTCTAAGTAGCTGGCTTATGG-AACTAGAAGAG  731

seq1  CAGACACTTCTTATACCTACCTGGTACTCCCTGGATGGCACCACCCTCAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||   ||||||
seq2  CAGACACTTCTTATACCTACCTGGTACTTCCT-GATGGCAC--ACCTCAT  778

seq1  T  801
      |
seq2  T  779

seq1: chr6_37385415_37386314
seq2: B6Ng01-002G07.g_70_969 (reverse)

seq1  GAGGGATTGGTTCAAGGTTAACTCAACGATGGTAATGACAGGTCTTGTCA  50
      |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAATTGTTCAAGG-TAACTCAACGATGGTAATGACAGGTCTTGTCA  49

seq1  TTTCCTCTTAATTCTCCAGGCAGGAAACAGGCATTCACTGGGGCCCTACA  100
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTCCTCTT-ATTCTCCAGGCAGGAAACAGGCATTCACTGGGGCCCT-CA  97

seq1  GCCATAGGCTCAACCCCAGCAAATGACCAGCAAGGCCTCAGGGCCATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGGCTCAACCCCAGCAAATGACCAGCAAGGCCTCAGGGCCATTCC  147

seq1  CCACACAAGTCAGCAGAGAGCCAGGCTGTGGCGGGAAGTCCTTGTTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAAGTCAGCAGAGAGCCAGGCTGTGGCGGGAAGTCCTTGTTGTGG  197

seq1  AGAGATACACGCTGCCTCGTCAATATTTC-AACAGTCCCATGCAAGTAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATACACGCTGCCTCGTCAATATTTCAAACAGTCCCATGCAAGTAGG  247

seq1  -AAAACAGC-TTTGAAAACGGCCTTCAGCTCTCAGCCTGCTGTGGCCTTG  297
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGCTTTTGAAAACGGCCTTCAGCTCTCAGCCTGCTGTGGCCTTG  297

seq1  GAACGGAAGGAGTCACTCTTGCCTTCTTGCCTTCCATGGTGAGCAAGATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGAAGGAGTCACTCTTGCCTTCTTGCCTTCCATGGTGAGCAAGATC  347

seq1  ACTGGCCCTGCTAGATACCCCTAGCCCCAGTACTGGACTCTGATGCTGGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCCTGCTAGATACCCCTAGCCCCAGTACTGGACTCTGATGCTGGA  397

seq1  AGTCTGGATAATGTAGTTAATTCTGCATGTCCCAGGCAGTGAGCCAGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGATAATGTAGTTAATTCTGCATGTCCCAGGCAGTGAGCCAGGAC  447

seq1  ACTCCCTCCCTATACATCTCTAACCCTAGCTCCATAATCAAGCGTTGTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTCCCTATACATCTCTAACCCTAGCTCCATAATCAAGCGTTGTAA  497

seq1  GTATTCCATGATTTTTTTTTTCCTACCATTCTAACGGTCCCTCCTTGGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCATGATTTTTTTTTTCCTACCATTCTAACGGTCCCTCCTTGGAT  547

seq1  ACTCACAGCACACCTAAACAATCCTTAGACTTTGCAAGTGGCATAGATTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGCACACCTAAACAATCCTTAGACTTTGCAAGTGGCATAGATTC  597

seq1  CGGGCTTGTTCTTTTGTTCTCATGCGTGGCTAATAATTATCCATTTAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTTGTTCTTTTGTTCTCATGCGTGGCTAATAATTATCCATTTAAAA  647

seq1  CATTTTTCTAGTTGCTGTCCCACCTTTGAGAGACAGGGGGGGGGGGGGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTAGTTGCTGTCCCACCTTTGAGAGACAGGGGGGGGGGGGGCA  697

seq1  CACCTTTGTTAATCAAACAAAACTTTTGACAGACTATTATACCAACAATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGTTAATCAAACAAAACTTTTGACAGACTATTATACCAACAATC  747

seq1  ACACCTGGTCTCTGGTATCTCTTTCATCCCTAAATGATTAATCTAAGCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGGTCTCTGGTATCTCTTTCATCCCTAAATGATTAATCTAAGCCA  797

seq1  ATGTTTTCAATCCTACACTGTTGGGGGTTGGAGTGGTGCTGCTATTTATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCAATCCTACACTGTTGGGGGTTGGAGTGGTGCTGCTATTTATT  847

seq1  CAAATGCTAAATTCTGAACCCTAAATTCTGGTTGTCCCCAGACCAGTGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAATGCTAAATTCTGAACCCTAAATTCTGGTTGTCCCCAGTCCAGTGAA  897

seq1  TTC  900
      |||
seq2  TTC  900