BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004A19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,590,625 - 48,742,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3
Upstream geneRn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746, LOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703
Downstream geneTmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004A19.bB6Ng01-004A19.g
ACCDH841568DH841569
length1,1911,144
definitionDH841568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A19, 5' end.DH841569|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,741,719 - 48,742,921)(48,590,625 - 48,591,780)
sequence
gaattcaggccttaaagggaccaaacctcacctgaatgaccaaaggaaat
gggcacagccatgatcctgacctggtctgtgacaggcattatctcatgtc
aatttcttttgctgaataaacaaaggcctcatttgtgactaagttcaggc
cttaaagggactaaacctcacctgaatgaccaaaggaaatggacacagcc
atgatcctgacctggtctgtgacaggcattatctcatgtcaatttctttt
gctgaataaacaaaggcctcatttgtgactaagttcaggtcttaaaggga
ctaaacctcacctgaatgaccaaaggaaatggacacagccatgatcctga
cctggtctgtgacaggcattatctcatgtcaatttcttttgctgaataaa
caaaggcctcatttgtgactaagttcaggccatggtcaccaagaaatttg
gactcccaaccattccttcacagatgactgacatcagatcataggttatg
aactctcctcagtgacaatctggaagctccctgtggtaccactatgcttt
gggtctacacatgtcattcttccaatagaggcaacactctcacatcaggt
gtgttaagaccacatcattgcttttaaatactcttggccaaacatgaaca
taacaaggtgacaccttgaactcaaaggtgtgggagccatacccagaaat
catctgtgtccaggtcttcctagatgaggcccttcagagatcaaggagaa
gctgacttcaagtgtaacctgagccatacccactactcaaggaaggttgg
acacagcttaaccacatggagagctggtctgatgagtgcaaagatggtga
aagccataaagtgacatcagtaggatcctggcagcttcctgactacaggg
taccccgagtccagctttattcaagggtgtgtgggccataccctctcttc
atatgactcaatactatgcttacagcaaaaggagcctgtctcacacacca
tggccttaaatgggaacagactactcatatgaccaacaaccgaaacatca
agaatatttgattaccttggccttatccatgactcaccttttcccccaca
gtagacttagttcataaaatctaaatgcagtaacaagcctcttagctgat
gactgaccgaccctcaatcctagcaatggagctgagggctc
gaattctatggacaaataatcaattttacagttataagaaacagacaact
ttctagaatatatgctgggtcacaattactcacaatagttgaattttcag
tagaaaaataagatctttatccccataaccccattaaatggctttcccgt
acagtcatagagaatgtgggaaacactttcaaagtcaggcaaggagactc
ccataacaagatagtactacggaagaaaactaggccagtctcactcagga
ctataattacaaactccccagcagaacattaccaaattacagccagaaat
atatttacaggtgagccctaactgcgtgtcctttcagtcacacaatgatg
attcaacctcaggatgtggcttaaagaaggctggcgagatacttcagtca
caaagtacttgacttgcaaacatgaggaatttagtttcatccctagagac
catataaaaataccaggagtgacacaggtaggccccagggcttgctgctc
agccagcctagcctagtgggtgagctttgggccaatgagagcttgtctca
aaatacataaatacatatatgcacccatacatacatgtacatacatacat
acatacatatattcatatattcatacattcatacaaaacaaaaaacccta
agaaccggtagttaccgcttttgaggaacaacacctgaggttgtccgctg
gcttccttaagagaatgagaaataaaccagacagaactggaacaggtgct
tccaggtcatttctgctgccctccaggtgcttccaggtcatttctgctgc
cctccaggtgcttccaggtcatttctgctgctctccaggtgcttccaggt
catttctgctgccctcccgtactccccagttcttcagtacacaaatgtcc
ctttcactcatgatgtggctctctcctgataaatccatcatcgtccgatg
aagcctgcagtccagcatgtttaacactacactatggtccctgaggagca
gcagggctggctgtgcgtgcttgatgctgctgctcagtatgagaggagat
tgtcatgtgtacctactcagaaagcctcaactcggacttcgagttgctac
tggaatcatattaccaccttcacccagtgtacatggaaacttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48741719_48742921
seq2: B6Ng01-004A19.b_46_1236 (reverse)

seq1  GAGCCCTCAGCTTCCATTGCTATGGATTGAGGGTCGGTCAGTCATCAGCT  50
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTCAGC-TCCATTGCTA-GGATTGAGGGTCGGTCAGTCATCAGCT  48

seq1  TAGGAAGCCTTGTTACTGCATCTAAGATTTTTAGTGAACTAAGTCTACTG  100
       ||  || ||||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||
seq2  AAG--AGGCTTGTTACTGCAT-TTAGATTTT--ATGAACTAAGTCTACTG  93

seq1  TGGGGGGAAAAGGTGAGTCAT-GATAAGGCCAAGTGTAATCAAAATATTC  149
      | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  T-GGGGGAAAAGGTGAGTCATGGATAAGGCCAAG-GTAATC-AAATATTC  140

seq1  TTGATGTTTCGGTTGTTTGGTCATTATGGGTAGTCCTTGTT-CCATTTAA  198
      ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||  |||| ||||||||
seq2  TTGATGTTTCGGTTG-TTGGTCA-TATGAGTAGTC--TGTTCCCATTTAA  186

seq1  GGCCATGGTGTGTGGGACAGGCTCC-TTTGCTGTAAGCATAGTATTGAGT  247
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGGTGTGTGAGACAGGCTCCTTTTGCTGTAAGCATAGTATTGAGT  236

seq1  CATATGAAGAGAGGGTATGGCCCACACACCCTTGAATTAAGGCTGGACTC  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  CATATGAAGAGAGGGTATGGCCCACACACCCTTGAA-TAAAGCTGGACTC  285

seq1  GGGGTACCCTGTAGTCAGGAAGCTGCCAGGATCCTACTGATGTCACTTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACCCTGTAGTCAGGAAGCTGCCAGGATCCTACTGATGTCACTTTA  335

seq1  TGGCTTTCACCATCTTTGCACTCATCAGACCAGCTCTCCATGTGGTTAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCACCATCTTTGCACTCATCAGACCAGCTCTCCATGTGGTTAAG  385

seq1  CTGTGTCCAACCTTCCTTGAGTAGTGGGTATGGCTCAGGTTACACTTGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCCAACCTTCCTTGAGTAGTGGGTATGGCTCAGGTTACACTTGAA  435

seq1  GTCAGCTTCTCCTTGATCTCTGAAGGGCCTCATCTAGGAAGACCTGGACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTTCTCCTTGATCTCTGAAGGGCCTCATCTAGGAAGACCTGGACA  485

seq1  CAGATGATTTCTGGGTATGGCTCCCACACCTTTGAGTTCAAGGTGTCACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATTTCTGGGTATGGCTCCCACACCTTTGAGTTCAAGGTGTCACC  535

seq1  TTGTTATGTTCATGTTTGGCCAAGAGTATTTAAAAGCAATGATGTGGTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATGTTCATGTTTGGCCAAGAGTATTTAAAAGCAATGATGTGGTCT  585

seq1  TAACACACCTGATGTGAGAGTGTTGCCTCTATTGGAAGAATGACATGTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACCTGATGTGAGAGTGTTGCCTCTATTGGAAGAATGACATGTGT  635

seq1  AGACCCAAAGCATAGTGGTACCACAGGGAGCTTCCAGATTGTCACTGAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAAAGCATAGTGGTACCACAGGGAGCTTCCAGATTGTCACTGAGG  685

seq1  AGAGTTCATAACCTATGATCTGATGTCAGTCATCTGTGAAGGAATGGTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCATAACCTATGATCTGATGTCAGTCATCTGTGAAGGAATGGTTG  735

seq1  GGAGTCCAAATTTCTTGGTGACCATGGCCTGAACTTAGTCACAAATGAGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCAAATTTCTTGGTGACCATGGCCTGAACTTAGTCACAAATGAGG  785

seq1  CCTTTGTTTATTCAGCAAAAGAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTTTATTCAGCAAAAGAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAG  835

seq1  ACCAGGTCAGGATCATGGCTGTGTCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTCAGGATCATGGCTGTGTCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAG  885

seq1  GTTTAGTCCCTTTAAGACCTGAACTTAGTCACAAATGAGGCCTTTGTTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTCCCTTTAAGACCTGAACTTAGTCACAAATGAGGCCTTTGTTTA  935

seq1  TTCAGCAAAAGAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAGACCAGGTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAAAGAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAGACCAGGTCAG  985

seq1  GATCATGGCTGTGTCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAGGTTTAGTCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGGCTGTGTCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAGGTTTAGTCCC  1035

seq1  TTTAAGGCCTGAACTTAGTCACAAATGAGGCCTTTGTTTATTCAGCAAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGCCTGAACTTAGTCACAAATGAGGCCTTTGTTTATTCAGCAAAA  1085

seq1  GAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAGACCAGGTCAGGATCATGGCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGACATGAGATAATGCCTGTCACAGACCAGGTCAGGATCATGGCT  1135

seq1  GTGCCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAGGTTTGGTCCCTTTAAGGCCT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCATTTCCTTTGGTCATTCAGGTGAGGTTTGGTCCCTTTAAGGCCT  1185

seq1  GAATTC  1203
      ||||||
seq2  GAATTC  1191

seq1: chr6_48590625_48591780
seq2: B6Ng01-004A19.g_67_1210

seq1  GAATTCTATGGACAAATAATCAATTTTACAGTTATAAGAAACAGACAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGGACAAATAATCAATTTTACAGTTATAAGAAACAGACAACT  50

seq1  TTCTAGAATATATGCTGGGTCACAATTACTCACAATAGTTGAATTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAATATATGCTGGGTCACAATTACTCACAATAGTTGAATTTTCAG  100

seq1  TAGAAAAATAAGATCTTTATCCCCATAACCCCATTAAATGGCTTTCCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATAAGATCTTTATCCCCATAACCCCATTAAATGGCTTTCCCGT  150

seq1  ACAGTCATAGAGAATGTGGGAAACACTTTCAAAGTCAGGCAAGGAGACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATAGAGAATGTGGGAAACACTTTCAAAGTCAGGCAAGGAGACTC  200

seq1  CCATAACAAGATAGTACTACGGAAGAAAACTAGGCCAGTCTCACTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACAAGATAGTACTACGGAAGAAAACTAGGCCAGTCTCACTCAGGA  250

seq1  CTATAATTACAAACTCCCCAGCAGAACATTACCAAATTACAGCCAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATTACAAACTCCCCAGCAGAACATTACCAAATTACAGCCAGAAAT  300

seq1  ATATTTACAGGTGAGCCCTAACTGCGTGTCCTTTCAGTCACACAATGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACAGGTGAGCCCTAACTGCGTGTCCTTTCAGTCACACAATGATG  350

seq1  ATTCAACCTCAGGATGTGGCTTAAAGAAGGCTGGCGAGATACTTCAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACCTCAGGATGTGGCTTAAAGAAGGCTGGCGAGATACTTCAGTCA  400

seq1  CAAAGTACTTGACTTGCAAACATGAGGAATTTAGTTTCATCCCTAGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTACTTGACTTGCAAACATGAGGAATTTAGTTTCATCCCTAGAGAC  450

seq1  CATATAAAAATACCAGGAGTGACACAGGTAGGCCCCAGGGCTTGCTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAAAATACCAGGAGTGACACAGGTAGGCCCCAGGGCTTGCTGCTC  500

seq1  AGCCAGCCTAGCCTAGTGGGTGAGCTTTGGGCCAATGAGAGCTTGTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCTAGCCTAGTGGGTGAGCTTTGGGCCAATGAGAGCTTGTCTCA  550

seq1  AAATACATAAATACATATATGCACCCATACATACATGTACATACATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATAAATACATATATGCACCCATACATACATGTACATACATACAT  600

seq1  ACATACATATATTCATATATTCATACATTCATACAAAACAAAAAACCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATTCATATATTCATACATTCATACAAAACAAAAAACCCTA  650

seq1  AGAACCGGTAGTTACCGCTTTTGAGGAACAACACCTGAGGTTGTCCGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCGGTAGTTACCGCTTTTGAGGAACAACACCTGAGGTTGTCCGCTG  700

seq1  GCTTCCTTAAGAGAATGAGAAATAAACCAGACAGAACTGGAACAGGTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTTAAGAGAATGAGAAATAAACCAGACAGAACTGGAACAGGTGCT  750

seq1  TCCAGGTCATTTCTGCTGCCCTCCAGGTGCTTCCAGGTCATTTCTGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCATTTCTGCTGCCCTCCAGGTGCTTCCAGGTCATTTCTGCTGC  800

seq1  CCTCCAGGTGCTTCCAGGTCATTTCTGCTGCCCTCCAGGTGCTTCCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGTGCTTCCAGGTCATTTCTGCTGCTCTCCAGGTGCTTCCAGGT  850

seq1  CATTTCTGCTGCCCTCCCGTACTCCCCAGTTCTTCAGTACACAAATGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGCTGCCCTCCCGTACTCCCCAGTTCTTCAGTACACAAATGTCC  900

seq1  C-TTCACTCATGATGTGGCTCTCTCCTGATAAATCCATCATCGTCCGATG  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACTCATGATGTGGCTCTCTCCTGATAAATCCATCATCGTCCGATG  950

seq1  AAGCCTGCAGGTCCAGCATGTTTAACACCTACACTATGGTCCCCTGAGGA  999
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AAGCCTGCA-GTCCAGCATGTTTAACA-CTACACTATGGT-CCCTGAGGA  997

seq1  GCAGCAGGGCTGGCTGTGGCCGTGGCTTGATGCTGCTGCCCAGTATGAGA  1049
      ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAGCAGGGCTGGCTGTG--CGT-GCTTGATGCTGCTGCTCAGTATGAGA  1044

seq1  GAGAATTTGTCATGTGTACCTTACTCCAGAAAAGCTCAAAACTCGGACTT  1099
      | ||  |||||||||||||| |||| ||||||  |||  |||||||||||
seq2  G-GAGATTGTCATGTGTACC-TACT-CAGAAAGCCTC--AACTCGGACTT  1089

seq1  CGAAGTTGCTACTGGATTCATATTAACCACTTCACCACAGTG-ACATTGA  1148
      || ||||||||||||| |||||||| |  ||||||| ||||| ||| || 
seq2  CG-AGTTGCTACTGGAATCATATTACCACCTTCACC-CAGTGTACA-TGG  1136

seq1  AAACTTAA  1156
      ||||||||
seq2  AAACTTAA  1144