BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004N20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,069,498 - 72,196,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt3gal5, Atoh8
Upstream geneLOC619547, Thnsl2, Fabp1, Smyd1, Krcc1, Gm1070, Cd8b1, LOC100042853, Cd8a, Rmnd5a, LOC100042863, Rnf103, Vps24, Jmjd1a, Ppia-ps6_731.1, LOC668029, LOC668034, Reep1, Mrpl35, Immt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057
Downstream geneSftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3, Kcmf1, Tmsb10, Dnahc6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004N20.bB6Ng01-004N20.g
ACCDH842161DH842162
length7591,116
definitionDH842161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004N20, 5' end.DH842162|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004N20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,069,498 - 72,070,254)(72,194,882 - 72,196,012)
sequence
gaattcctgcctgcaaaggggaagagagaaagtaaaccaagtaatgggat
gcagcttgaggtctaggatgggtagctcagtagataaagcacacagtatg
agaagccctgggttcaatccccaagaagatgggtggggggaaggtgagta
tatttagcctttcagatagaaaagctaaatatggtaaatatattactaaa
tatgttaatttatcataatagccattgatgtccatataagctaggatata
attttgcttaattgatacctaacactcttaggtattactctgttgctgta
ataaacaccatgaccaatatcaacttaggaaggacaggatttatttaatc
tcactgcccatcatgaagggaagccaggtcaggagatgaaggcaggaact
gaagcagaaaccatggacggatgctgcttactgacttagttaaccctgtg
gctttctcagtttgtgtatacagcccaggcccacctacctaggaatggca
caattcacagtgcctgctccctccagcatcagctgacagttgagaccatg
gccacaggccagtctgttggagacaatgcttcatttgaggttcctcttcc
ccaatgactcttaagttttgtgtcatgttgacagctgaaataactgtgac
acacctcctatgagaaatgtggggacagccaacagtggcccaggaagcaa
tgggaacatggaaaacaattatgttaattttaaatagacactaaacaaag
aagctcatg
gaattccttaccctggacaaagagaaccatccaggctagccatctgagat
tcaccttctcaggagccagtcagatcaagttcgatccagctgatgagtgg
cagggagacacatctgatgacatcctaggtggccctgtcatggtctccct
ctgggcaacattggcttttctctttcattttctgcgagtgaatttctgtt
tcagcaaccctgtctgtcactactcagtccctactgtcagcctcttagaa
ctctgtcaagcccctcaccctgagacctcattcatcttgctagttctcca
tcaggtgcagggtcctctctgtggggagcttgcaccatagcaacagtcaa
agaagctacctgggtcccttggagtgtttactctcaaccctcccttacag
ttttccagctctctgaagcagctcagcttctctcgagtccctgatcccta
atgtctggcaaactttctggcttggatggaggggaggcaacctccacctg
agtgtctagctgctcccagcactccagttcctgaccataacacttttagc
cattctgctcatctgtgtgttgatggcatctaagtctgtccgtcctcatc
ctgctgcctgctgaccgcctctctctgctctctgtccttgtacagatagg
ggggtcatttagctccaaggccatcccctaaaccgatctaagcacaaagc
ccccagaccaagtccatcagtgaagctgtgaacccatctctttcctgagg
aaggacccccatggagcctgaccttcagaattctgtccccacacgccctg
gcccttggctaacaggccttggcgacactcccttgctctgacacctggcc
tttgcctgacctcatgagcaggcctgggcgccaggctcagccctccctgg
ctggcccatcccctggctgcccagtctggcttatgacatctttccactga
gcagcccttatctgagacagcaaacccactgcgtccacagcatgtacata
cgctagcacacgccgctccaccccccgttcgtctagggcatgacatgcac
gaactggcatcaatctgaatgaaggtttacttgttcttctgtattccttt
gaacaaacaccagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_72069498_72070254
seq2: B6Ng01-004N20.b_47_805

seq1  GAATTCCTGCCTGCAAAGGGGAAGAGAGAAAGTAAACCAAGTAATGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCTGCAAAGGGGAAGAGAGAAAGTAAACCAAGTAATGGGAT  50

seq1  GCAGCTTGAGGTCTAGGATGGGTAGCTCAGTAGATAAAGCACACAGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTGAGGTCTAGGATGGGTAGCTCAGTAGATAAAGCACACAGTATG  100

seq1  AGAAGCCCTGGGTTCAATCCCCAAGAAGATGGGTGGGGGGAAGGTGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCCTGGGTTCAATCCCCAAGAAGATGGGTGGGGGGAAGGTGAGTA  150

seq1  TATTTAGCCTTTCAGATAGAAAAGCTAAATATGGTAAATATATTACTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGCCTTTCAGATAGAAAAGCTAAATATGGTAAATATATTACTAAA  200

seq1  TATGTTAATTTATCATAATAGCCATTGATGTCCATATAAGCTAGGATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAATTTATCATAATAGCCATTGATGTCCATATAAGCTAGGATATA  250

seq1  ATTTTGCTTAATTGATACCTAACACTCTTAGGTATTACTCTGTTGCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTTAATTGATACCTAACACTCTTAGGTATTACTCTGTTGCTGTA  300

seq1  ATAAACACCATGACCAATATCAACTTAGGAAGGACAGGATTTATTTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACCATGACCAATATCAACTTAGGAAGGACAGGATTTATTTAATC  350

seq1  TCACTGCCCATCATGAAGGGAAGCCAGGTCAGGAGATGAAGGCAGGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCCCATCATGAAGGGAAGCCAGGTCAGGAGATGAAGGCAGGAACT  400

seq1  GAAGCAGAAACCATGGACGGATGCTGCTTACTGACTTAGTTAACCCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGAAACCATGGACGGATGCTGCTTACTGACTTAGTTAACCCTGTG  450

seq1  GCTTTCTCAGTTTGTGTATACAGCCCAGGCCCACCTACCTAGGAATGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCAGTTTGTGTATACAGCCCAGGCCCACCTACCTAGGAATGGCA  500

seq1  CAATTCACAGTGCCTGCTCCCTCCAGCATCAGCTGACAGTTGAGACCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCACAGTGCCTGCTCCCTCCAGCATCAGCTGACAGTTGAGACCATG  550

seq1  GCCACAGGCCAGTCTGTTGGAGACAATGCTTCAGTTGAGGTTCCTCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGCCAGTCTGTTGGAGACAATGCTTCATTTGAGGTTCCTCTTCC  600

seq1  CCAATGACTCTTAAG-TTTGTGTCATGTTGACAGCTGAAAGTAACTGTGA  649
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAATGACTCTTAAGTTTTGTGTCATGTTGACAGCTGAAA-TAACTGTGA  649

seq1  CACACCTCC-AAGAG-AATGT-GGGACAGCCAACAGTGGCCCAGGAAGCA  696
      ||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTCCTATGAGAAATGTGGGGACAGCCAACAGTGGCCCAGGAAGCA  699

seq1  ATGGGAACATGG-AAACAATTATGTGAATTTTTTAATAGACACAAAACAA  745
      |||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||| |||| |
seq2  ATGGGAACATGGAAAACAATTATGTTAA-TTTTAAATAGACACTAAAC-A  747

seq1  AAGAAGCTCATG  757
      ||||||||||||
seq2  AAGAAGCTCATG  759

seq1: chr6_72194882_72196012
seq2: B6Ng01-004N20.g_66_1181 (reverse)

seq1  ACACTGGTGTTTGTTCCAAAGGGGAAATTACAGGAAGAA-AAGTAAACAC  49
      ||||||||||||||| ||||||    | |||| |||||| ||||||  ||
seq2  ACACTGGTGTTTGTT-CAAAGG----AATACA-GAAGAACAAGTAA--AC  42

seq1  GGCCATCCAGATTTGAAGGCCAGTTCGTGCAGTGTCAGGGCGCTAGAGGG  99
         ||| ||||||   | ||||||||||||| |||||  || ||||| | 
seq2  CTTCATTCAGATT--GATGCCAGTTCGTGCA-TGTCA-TGCCCTAGACGA  88

seq1  ACGGGGTGTGTGAGC-GCGTGTGCTAGCGTGTGTACATGCCTGTGGGCGC  148
      |||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||
seq2  ACGGGGGGTG-GAGCGGCGTGTGCTAGCGTATGTACATG-CTGTGGACGC  136

seq1  CGTTGGGTTTGCTGTCTCAAAATAAGGGCTGCTCAGTGGAAAGATGTCAT  198
       | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TGGGTTTGCTGTCTC-AGATAAGGGCTGCTCAGTGGAAAGATGTCAT  184

seq1  AAGCCAGACTTGGGCAGCCAGGGGATGGGCCAGCCAGGGAGGGCTGAGCC  248
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGAC-TGGGCAGCCAGGGGATGGGCCAGCCAGGGAGGGCTGAGCC  233

seq1  TGGCGCCCAGGCCTGCTCATGAGGTCAGGCAAAGGCCAGGTGTCAGAGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGCCCAGGCCTGCTCATGAGGTCAGGCAAAGGCCAGGTGTCAGAGCA  283

seq1  AGGGAGTGTCGCCAAGGCCTGTTAGCCAAGGGCCAGGGCGTGTGGGGACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGTCGCCAAGGCCTGTTAGCCAAGGGCCAGGGCGTGTGGGGACA  333

seq1  GAATTCTGAAGGTCAGGCTCCATGGGGGTCCTTCCTCAGGAAAGAGATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAGGTCAGGCTCCATGGGGGTCCTTCCTCAGGAAAGAGATGG  383

seq1  GTTCACAGCTTCACTGATGGACTTGGTCTGGGGGCTTTGTGCTTAGATCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAGCTTCACTGATGGACTTGGTCTGGGGGCTTTGTGCTTAGATCG  433

seq1  GTTTAGGGGATGGCCTTGGAGCTAAATGACCCCCCTATCTGTACAAGGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGGGATGGCCTTGGAGCTAAATGACCCCCCTATCTGTACAAGGAC  483

seq1  AGAGAGCAGAGAGAGGCGGTCAGCAGGCAGCAGGATGAGGACGGACAGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAGAGAGAGGCGGTCAGCAGGCAGCAGGATGAGGACGGACAGAC  533

seq1  TTAGATGCCATCAACACACAGATGAGCAGAATGGCTAAAAGTGTTATGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGCCATCAACACACAGATGAGCAGAATGGCTAAAAGTGTTATGGT  583

seq1  CAGGAACTGGAGTGCTGGGAGCAGCTAGACACTCAGGTGGAGGTTGCCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACTGGAGTGCTGGGAGCAGCTAGACACTCAGGTGGAGGTTGCCTC  633

seq1  CCCTCCATCCAAGCCAGAAAGTTTGCCAGACATTAGGGATCAGGGACTCG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCATCCAAGCCAGAAAGTTTGCCAGACATTAGGGATCAGGGACTCG  683

seq1  AGAGAAGCTGAGCTGCTTCAGAGAGCTGGAAAACTGTAAGGGAGGGTTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTGAGCTGCTTCAGAGAGCTGGAAAACTGTAAGGGAGGGTTGA  733

seq1  GAGTAAACACTCCAAGGGACCCAGGTAGCTTCTTTGACTGTTGCTATGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAACACTCCAAGGGACCCAGGTAGCTTCTTTGACTGTTGCTATGGT  783

seq1  GCAAGCTCCCCACAGAGAGGACCCTGCACCTGATGGAGAACTAGCAAGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCCCCACAGAGAGGACCCTGCACCTGATGGAGAACTAGCAAGAT  833

seq1  GAATGAGGTCTCAGGGTGAGGGGCTTGACAGAGTTCTAAGAGGCTGACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGGTCTCAGGGTGAGGGGCTTGACAGAGTTCTAAGAGGCTGACAG  883

seq1  TAGGGACTGAGTAGTGACAGACAGGGTTGCTGAAACAGAAATTCACTCGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACTGAGTAGTGACAGACAGGGTTGCTGAAACAGAAATTCACTCGC  933

seq1  AGAAAATGAAAGAGAAAAGCCAATGTTGCCCAGAGGGAGACCATGACAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGAAAGAGAAAAGCCAATGTTGCCCAGAGGGAGACCATGACAGG  983

seq1  GCCACCTAGGATGTCATCAGATGTGTCTCCCTGCCACTCATCAGCTGGAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTAGGATGTCATCAGATGTGTCTCCCTGCCACTCATCAGCTGGAT  1033

seq1  CGAACTTGATCTGACTGGCTCCTGAGAAGGTGAATCTCAGATGGCTAGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTTGATCTGACTGGCTCCTGAGAAGGTGAATCTCAGATGGCTAGCC  1083

seq1  TGGATGGTTCTCTTTGTCCAGGGTAAGGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTTCTCTTTGTCCAGGGTAAGGAATTC  1116