BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005P16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 21,750,150 - 21,898,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTspan12, LOC100041358
Upstream geneKcnd2, LOC100041343
Downstream geneIng3, A430107O13Rik, LOC667307, Wnt16, D6Wsu176e, LOC100040948, LOC100040959, LOC668018, LOC668022, Ptprz1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005P16.bB6Ng01-005P16.g
ACCDH842963DH842964
length1,1401,123
definitionDH842963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005P16, 5' end.DH842964|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,897,100 - 21,898,273)(21,750,150 - 21,751,278)
sequence
gaattcacttttccagggttataaatatagagaaatttcactgctggagt
taaaatcgagttttgctagagaatattagcatttgactctgcaactttgc
tgcaagacaccatcaaacttagggtcaaattaagttatgtagttgaggtt
tattctattgcaccgatagattgaattggaacctgtaatgaaaatacttc
attatatactctcaagggagactttttcttccttattggcctcttaagtc
caagacaagcatgttttcttagtggcctcttatatgaaaagagtttattg
ctcacctactcttacatagggactattcctcttgggatcctgtcttctat
tagactcctccttgagaactgatttttgacgttgtcttcttacagtggct
ggatgcatagctgttcaagcaggaattctacatggccaagatttgattga
tagtctctgaactaaagctgacttcgttcccagcttacctcaaacgtgct
catttcctttgctcattccttctgtatccattctgagaatttctatatgt
cctagtagaatatcagttcatttgaatccatttgtttatttgagatggga
tcctgggtagcccaagctgacctccaattcactattgtaatccaagctaa
tcttgaacttttaaccttcctgcttgcaccttcaaaatgttgactttgca
ggcttgcaccacctcacccgatttggctccatttgagcttgttaacccag
atttttagaaaattgtttttagcagatactgcattaagagtagttaatat
ggcatgctgtcaaaagtagaagttcaccgtgtctatgtaaaccaagtttc
ctcagagagtgttctgtagtgaggaaaatggaattttaagatgatttcaa
acatagtcagtgtacacacaccttctagagaagcctagatagacttacat
gctgtttcccttactgacacaccctgatgctgactacatagcactgcaga
agctgcattatctatgctattgattatgcatgatgatgtcggtgatgcca
ctgcacacacacccatattcttggcatgctctatgaatataagacttgtc
ctggttgagctacctcctgattagcgatattcatcacgga
gaattcagctcaggtgaataaacctgacactgaagaaactgatgtgggaa
tcaagagctagggtacagaaagggggtattgcatgtataagcctcaaaaa
ccgaagataagggtaattttgaaatctaattgaaaatagtaattatcagg
ctgggcagatggctcagtgtctacgaatatctgctgcacagtgtaaggac
ctgggctcagattcccatcaaaaggaaaaggctcgatatggcctataacc
ctagcactgcaggaggtaggaaaaagggcagagactcttgcgcgtgccct
gactcgccagcaagaaagacgttgcaacaggatccttctgcacactttat
tgggagagcttgattgcagaggtgaagagagaccccagcccagaactggt
gctgcttttataggcctaggagaggcgtgtctcacacccggattggttat
gcactatacctcatttgcatgttcctcatctgattggttattctctctca
ctacctcacaaaacctcattatcatacctcatttgcatgtctcacatttg
attggttattctctcagtacctcacagaacctcattatcatgcccaggcc
aggcagtatcttggcaaaaaactttactgcatatgtacacactggttgtt
tgcctaaacttatgcattgtggccagcagtagccagtgccactctgcaac
ggcacatgtggcttcccacaagagaccagagggtcactggtgcttaaggg
taccaacctagcagaaaatgccaatctccagcttcaatgagagatgctgt
ctcagaggaataaaggcagggatcaggataccagttctgctcagatctcc
acatctgagcatgtgtatatatatctgtagatgctgtgaacacatatgca
cacagcatacatagacaggaagttttgattaaaattaaatttaaaatagt
atagcagctgagagtaaaatacagtggatctgtggtaaattcaaggtcag
cctggtctacaaagcaagttcaggacagtcagaagctttcctcagggaaa
aaaaattacgttcagaagaagttagtttaaaaaattcctggaaatggcta
tctgctaaagacattctacagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_21897100_21898273
seq2: B6Ng01-005P16.b_49_1188 (reverse)

seq1  TCCGTGATGAATTAATACGCTATTATCAGGGAGTGTAGGGCTACAAACAC  50
      ||||||||||||  || |||||  |||| |||| ||||  | || |  ||
seq2  TCCGTGATGAAT--AT-CGCTA--ATCA-GGAG-GTAGCTCAACCAGGAC  43

seq1  AGAGACAGTCCTTTATATCATAGGAAGCACTGCCAAGAAATATGGTGTTG  100
      |     |||| | ||| ||||||  |||| ||||||| |||||||    |
seq2  A-----AGTCTTATAT-TCATAG--AGCA-TGCCAAG-AATATGG----G  79

seq1  GTTGTGTGCAGGTGGCATCACCGACAATCATCAATTGCATAATTCAATAG  150
        |||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||
seq2  TGTGTGTGCA-GTGGCATCACCGAC-ATCATCA--TGCATAA-TCAATAG  124

seq1  CATAGATAATGCAGCTTTCTGCAGGTGCTATGTAGTCCAGCAATCAGGGT  200
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||| 
seq2  CATAGATAATGCAGC-TTCTGCA-GTGCTATGTAGT-CAGC-ATCAGGG-  169

seq1  TGTGTTCAGTAAGGGAAACAGCATGTAAGTCTTATTCTAGGCTTCTCTAG  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  TGTG-TCAGTAAGGGAAACAGCATGTAAGTCT--ATCTAGGCTTCTCTAG  216

seq1  AAGGTGTGTGTACACTGACTATGTTTGAAATCATCTTAAAATTCCATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGTGTACACTGACTATGTTTGAAATCATCTTAAAATTCCATTTT  266

seq1  CCTCACTACAGAACACTCTCTGAGGAAACTTGGTTTACATAGACACGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTACAGAACACTCTCTGAGGAAACTTGGTTTACATAGACACGGTG  316

seq1  AACTTCTACTTTTGACAGCATGCCATATTAACTACTCTTAATGCAGTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTACTTTTGACAGCATGCCATATTAACTACTCTTAATGCAGTATC  366

seq1  TGCTAAAAACAATTTTCTAAAAATCTGGGTTAACAAGCTCAAATGGAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAAACAATTTTCTAAAAATCTGGGTTAACAAGCTCAAATGGAGCC  416

seq1  AAATCGGGTGAGGTGGTGCAAGCCTGCAAAGTCAACATTTTGAAGGTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGGGTGAGGTGGTGCAAGCCTGCAAAGTCAACATTTTGAAGGTGCA  466

seq1  AGCAGGAAGGTTAAAAGTTCAAGATTAGCTTGGATTACAATAGTGAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGGTTAAAAGTTCAAGATTAGCTTGGATTACAATAGTGAATTG  516

seq1  GAGGTCAGCTTGGGCTACCCAGGATCCCATCTCAAATAAACAAATGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGCTTGGGCTACCCAGGATCCCATCTCAAATAAACAAATGGATT  566

seq1  CAAATGAACTGATATTCTACTAGGACATATAGAAATTCTCAGAATGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAACTGATATTCTACTAGGACATATAGAAATTCTCAGAATGGATA  616

seq1  CAGAAGGAATGAGCAAAGGAAATGAGCACGTTTGAGGTAAGCTGGGAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGAATGAGCAAAGGAAATGAGCACGTTTGAGGTAAGCTGGGAACG  666

seq1  AAGTCAGCTTTAGTTCAGAGACTATCAATCAAATCTTGGCCATGTAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGCTTTAGTTCAGAGACTATCAATCAAATCTTGGCCATGTAGAAT  716

seq1  TCCTGCTTGAACAGCTATGCATCCAGCCACTGTAAGAAGACAACGTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTGAACAGCTATGCATCCAGCCACTGTAAGAAGACAACGTCAAA  766

seq1  AATCAGTTCTCAAGGAGGAGTCTAATAGAAGACAGGATCCCAAGAGGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTTCTCAAGGAGGAGTCTAATAGAAGACAGGATCCCAAGAGGAAT  816

seq1  AGTCCCTATGTAAGAGTAGGTGAGCAATAAACTCTTTTCATATAAGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTATGTAAGAGTAGGTGAGCAATAAACTCTTTTCATATAAGAGGC  866

seq1  CACTAAGAAAACATGCTTGTCTTGGACTTAAGAGGCCAATAAGGAAGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGAAAACATGCTTGTCTTGGACTTAAGAGGCCAATAAGGAAGAAA  916

seq1  AAGTCTCCCTTGAGAGTATATAATGAAGTATTTTCATTACAGGTTCCAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCCCTTGAGAGTATATAATGAAGTATTTTCATTACAGGTTCCAAT  966

seq1  TCAATCTATCGGTGCAATAGAATAAACCTCAACTACATAACTTAATTTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTATCGGTGCAATAGAATAAACCTCAACTACATAACTTAATTTGA  1016

seq1  CCCTAAGTTTGATGGTGTCTTGCAGCAAAGTTGCAGAGTCAAATGCTAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGTTTGATGGTGTCTTGCAGCAAAGTTGCAGAGTCAAATGCTAAT  1066

seq1  ATTCTCTAGCAAAACTCGATTTTAACTCCAGCAGTGAAATTTCTCTATAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTAGCAAAACTCGATTTTAACTCCAGCAGTGAAATTTCTCTATAT  1116

seq1  TTATAACCCTGGAAAAGTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACCCTGGAAAAGTGAATTC  1140

seq1: chr6_21750150_21751278
seq2: B6Ng01-005P16.g_69_1191

seq1  GAATTCAGCTCAGGTGAATAAACCTGACACTGAAGAAACTGATGTGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCAGGTGAATAAACCTGACACTGAAGAAACTGATGTGGGAA  50

seq1  TCAAGAGCTAGGGTACAGAAAGGGGGTATTGCATGTATAAGCCTCAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGCTAGGGTACAGAAAGGGGGTATTGCATGTATAAGCCTCAAAAA  100

seq1  CCGAAGATAAGGGTAATTTTGAAATCTAATTGAAAATAGTAATTATCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGATAAGGGTAATTTTGAAATCTAATTGAAAATAGTAATTATCAGG  150

seq1  CTGGGCAGATGGCTCAGTGTCTACGAATATCTGCTGCACAGTGTAAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGATGGCTCAGTGTCTACGAATATCTGCTGCACAGTGTAAGGAC  200

seq1  CTGGGCTCAGATTCCCATCAAAAGGAAAAGGCTCGATATGGCCTATAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTCAGATTCCCATCAAAAGGAAAAGGCTCGATATGGCCTATAACC  250

seq1  CTAGCACTGCAGGAGGTAGGAAAAAGGGCAGAGACTCTTGCGCGTGCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACTGCAGGAGGTAGGAAAAAGGGCAGAGACTCTTGCGCGTGCCCT  300

seq1  GACTCGCCAGCAAGAAAGACGTTGCAACAGGATCCTTCTGCACACTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGCCAGCAAGAAAGACGTTGCAACAGGATCCTTCTGCACACTTTAT  350

seq1  TGGGAGAGCTTGATTGCAGAGGTGAAGAGAGACCCCAGCCCAGAACTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGCTTGATTGCAGAGGTGAAGAGAGACCCCAGCCCAGAACTGGT  400

seq1  GCTGCTTTTATAGGCCTAGGAGAGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTTATAGGCCTAGGAGAGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTAT  450

seq1  GCACTATACCTCATTTGCATGTTCCTCATCTGATTGGTTATTCTCTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATACCTCATTTGCATGTTCCTCATCTGATTGGTTATTCTCTCTCA  500

seq1  CTACCTCACAAAACCTCATTATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCACAAAACCTCATTATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATTTG  550

seq1  ATTGGTTATTCTCTCAGTACCTCACAGAACCTCATTATCATGCCCAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTATTCTCTCAGTACCTCACAGAACCTCATTATCATGCCCAGGCC  600

seq1  AGGCAGTATCTTGGCAAAAAACTTTACTGCATATGTACACACTGGTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTATCTTGGCAAAAAACTTTACTGCATATGTACACACTGGTTGTT  650

seq1  TGCCTAAACTTATGCATTGTGGCCAGCAGTAGCCAGTGCCACTCTGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAACTTATGCATTGTGGCCAGCAGTAGCCAGTGCCACTCTGCAAC  700

seq1  GGCACATGTGGCTTCCCACAAGAGACCAGAGGGTCACTGGTGCTTAAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACATGTGGCTTCCCACAAGAGACCAGAGGGTCACTGGTGCTTAAGGG  750

seq1  TACCAACCTAGCAGAAAATGCCAATCTCCAGCTTCAATGAGAGATGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACCTAGCAGAAAATGCCAATCTCCAGCTTCAATGAGAGATGCTGT  800

seq1  CTCAGAGGAAT-AAGGCAGGGATCAGGATACCAGTTCTGCTCAGATCTCC  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGAATAAAGGCAGGGATCAGGATACCAGTTCTGCTCAGATCTCC  850

seq1  ACATCTGAGCATGTGTATATATATCTGTAGATGCTGTGAACACATATGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGAGCATGTGTATATATATCTGTAGATGCTGTGAACACATATGCA  900

seq1  CACAGCATACATAGACAAGGAAGTTTTGATTAAAAATTAAATTTAAAAAT  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  CACAGCATACATAGAC-AGGAAGTTTTGATT-AAAATTAAATTT-AAAAT  947

seq1  AGTAATAGCAGCTGAGAGTAAAATACAGGTGGATCTGT-GTAAATTCAAG  998
      ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AGT-ATAGCAGCTGAGAGTAAAATACA-GTGGATCTGTGGTAAATTCAAG  995

seq1  GTCAGCCTGGTCTACAAAGCAAGGTCCAGGACAGTCAG-AGCTGT-CTCA  1046
      |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| | ||||
seq2  GTCAGCCTGGTCTACAAAGCAA-GTTCAGGACAGTCAGAAGCTTTCCTCA  1044

seq1  GGGAAAAAAAAATTAAGGTCAGAAGAAGTAAGTTAAAAAAATTTCTTGGA  1096
      ||| ||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||| ||  | 
seq2  GGG-AAAAAAAATTACGTTCAGAAGAAGTTAGTTTAAAAAATTCCT--GG  1091

seq1  AAATGGCTATCTTGCCAAAAGCAATCTACAGAT  1129
      ||||||||||| ||| |||  || |||||||||
seq2  AAATGGCTATC-TGCTAAAGACATTCTACAGAT  1123