BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006A08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,277,883 - 99,385,623
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm765, LOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006A08.bB6Ng01-006A08.g
ACCDH842994DH842995
length1,148938
definitionDH842994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006A08, 5' end.DH842995|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,277,883 - 99,279,048)(99,384,685 - 99,385,623)
sequence
gaattccaagcgtggccactacgagagaagcctgtccagtgcaagccgtt
ctgtgcatcagccaagacaacagcaagaagccaagagccagtcaagggct
ccgagtcagcctcccatggcacttggcacgccccgagacaccggtactgt
tccctatgagcgttccttaacttgctccctatgatggaaacgttgcccca
aaatgcatccagcacaaacacattgtgcatcccagaataagttcacatta
ccattgactacactcttctttcttcagtgtctgatatgtgcacaatgttt
actcctgaacaatggagtttcctccacagtttgtctacactgtttttagc
aatgcctttcaataaaacaatctcacattctgtgtttgcctctcccgaca
cagtgaatatgcatctttcctgtggcctttcagctaaacattttccccca
agacagaactgtttggggcgcttccgctaacaacaatttctgttgttgag
tcatagacatgatcgtagtaatgttacaatctttttctttccatgtgatt
aatgttttttaaagcatgctaggaaaagtgtagcatatctgaaacgatag
acttgaaatgcagaagtttacattttaaaagtaaagcgtagacaacagaa
tgtcattttttccacatctgtataccatttgaactggtcaccatgtctaa
ggtgatttactgtctgtttcatctgctattgattcagaagtctgacacaa
gactctcaagttttttaacagcaaataattcctttcagtaaagccaagag
atcccaccaacacagatgagctgctaagttacagagaatctacctaccaa
ccccgccatgaaggactgactgatttgtagagcacatctcccaacctgcc
tatcagagctacagcttgaaatgtttatgacttagactcaaggaacgtga
catctggttaccccacagtctcatctgtgcaacaactgatgaacttcaga
cctttataaacataaaatagctcattaagcaacatgtgtgctggagctct
catgtcttcccacacaaccctttacaacagcaccagtgaagtgagagagt
gcaagactctggtatgcagtcttggtgcaacctctcactggctgtgtc
gaattccaggacagcgaaggttacatagagaaaccctgtctcaggaaaaa
acaaaaacaaaaacaagataaaaaaaaaataatgacctatgtaaagcttt
gaaagctttgaaagccagtttctaacccctgcttgtgagccttacgcttg
ctgtagccacaccgtcagaatggcgtttcctccatctctagaggggtgtc
tatgttgttgtttgcaagtttaaggaagtagtggttttagaagttacatc
ttagttatgtgtaaaaaatattcttgtgttgcagcgtcccaggagcttct
gctgactctcctggtttccgagggaaccctttcggccatggtgagggctg
cgctcccttctctgccttgcggtcaaccatgagcggatgggtgtgatgcc
tgctagcctaaagggtgagtgaaagttggtgactactctctggaaagtca
caagccgaaaagaaaagaaaaaagcaagcaagcaagcaagccagtgaaga
cagcagcccactgcggggagattcccacgttttgagagcagggacacacc
gttgtgttgatctcattgttaaaccctttgggataattcttagtgaactc
agaggaaagacgagggggagcttttctcgctcatccttttggttctaata
agacgctgaggtgtgggcacttgagatgttggcacgaatgcaccagtgtc
tgcatacttgctttttgagtcctatcataacttcacagtgacacgaggcc
tgctgcagtaaggctctggttacttcatcttgagtcccaggttcctcatg
gacagcatcccaatcctcaaccttcacataatgggcttcctgagaaagcc
aacgggttgtaaggtttgatttctcggcactttctaaaatatttggggac
ttttaccattgtcacagccctcatcaggtcatttggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99277883_99279048
seq2: B6Ng01-006A08.b_48_1195

seq1  GAATTCCAAGCGTGGCCACTACGAGAGAAGCCTGTCCAGTGCAAGCCGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCGTGGCCACTACGAGAGAAGCCTGTCCAGTGCAAGCCGTT  50

seq1  CTGTGCATCAGCCAAGACAACAGCAAGAAGCCAAGAGCCAGTCAAGGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATCAGCCAAGACAACAGCAAGAAGCCAAGAGCCAGTCAAGGGCT  100

seq1  CCGAGTCAGCCTCCCATGGCACTTGGCACGCCCCGAGACACCGGTACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGTCAGCCTCCCATGGCACTTGGCACGCCCCGAGACACCGGTACTGT  150

seq1  TCCCTATGAGCGTTCCTTAACTTGCTCCCTATGATGGAAACGTTGCCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATGAGCGTTCCTTAACTTGCTCCCTATGATGGAAACGTTGCCCCA  200

seq1  AAATGCATCCAGCACAAACACATTGTGCATCCCAGAATAAGTTCACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATCCAGCACAAACACATTGTGCATCCCAGAATAAGTTCACATTA  250

seq1  CCATTGACTACACTCTTCTTTCTTCAGTGTCTGATATGTGCACAATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGACTACACTCTTCTTTCTTCAGTGTCTGATATGTGCACAATGTTT  300

seq1  ACTCCTGAACAATGGAGTTTCCTCCACAGTTTGTCTACACTGTTTTTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGAACAATGGAGTTTCCTCCACAGTTTGTCTACACTGTTTTTAGC  350

seq1  AATGCCTTTCAATAAAACAATCTCACATTCTGTGTTTGCCTCTCCCGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTTTCAATAAAACAATCTCACATTCTGTGTTTGCCTCTCCCGACA  400

seq1  CAGTGAATATGCATCTTTCCTGTGGCCTTTCAGCTAAACATTTTCCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATATGCATCTTTCCTGTGGCCTTTCAGCTAAACATTTTCCCCCA  450

seq1  AGACAGAACTGTTTGGGGCGCTTCCGCTAACAACAATTTCTGTTGTTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAACTGTTTGGGGCGCTTCCGCTAACAACAATTTCTGTTGTTGAG  500

seq1  TCATAGACATGATCGTAGTAATGTTACAATCTTTTTCTTTCCATGTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGACATGATCGTAGTAATGTTACAATCTTTTTCTTTCCATGTGATT  550

seq1  AATGTTTTTTAAAGCATGCTAGGAAAAGTGTAGCATATCTGAAACGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTTTAAAGCATGCTAGGAAAAGTGTAGCATATCTGAAACGATAG  600

seq1  ACTTGAAATGCAGAAGTTTACATTTTAAAAGTAAAGCGTAGACAACAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAATGCAGAAGTTTACATTTTAAAAGTAAAGCGTAGACAACAGAA  650

seq1  TGTCATTTTTTCCACATCTGTATACCATTTGAACTGGTCACCATGTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTTTTCCACATCTGTATACCATTTGAACTGGTCACCATGTCTAA  700

seq1  GGTGATTTACTGTCTGTTTCATCTGCTATTGATTCAGAAGTCTGACACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTACTGTCTGTTTCATCTGCTATTGATTCAGAAGTCTGACACAA  750

seq1  GACTCTCAAGTTTTTTAACAGCAAATAATTCCTTTCAGTAAAGCCAAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCAAGTTTTTTAACAGCAAATAATTCCTTTCAGTAAAGCCAAGAG  800

seq1  ATCCCACCAACACAGATGAGCTGCTAAGTTACAGAGAATCTACCTACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACCAACACAGATGAGCTGCTAAGTTACAGAGAATCTACCTACCAA  850

seq1  CCCCGCCATGAAGGACTGACTGATTTGTAGAGCACATCTCCCAACCTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGCCATGAAGGACTGACTGATTTGTAGAGCACATCTCCCAACCTGCC  900

seq1  TATCAGAGCTAACAGCTTGAAATGTTTATGACTTAGACTCAAGGAACGTG  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAGCT-ACAGCTTGAAATGTTTATGACTTAGACTCAAGGAACGTG  949

seq1  ACATCTGGTTAACCCCACAAGTCTCATCTTGTGCAAACAACTGAATGAAC  1000
      |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||
seq2  ACATCTGGTT-ACCCCAC-AGTCTCATC-TGTGC-AACAACTG-ATGAAC  994

seq1  TTCAGACCTTTATAAACATAAAAATAGCTCAATTAAAGCAACATGTGTGC  1050
      ||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||
seq2  TTCAGACCTTTATAAACAT-AAAATAGCTCA--TTAAGCAACATGTGTGC  1041

seq1  TGGAGCCTCTCATGTCCTTTCCCACAC-ACCCTTTACAAACAGCACCAGT  1099
      ||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGAG-CTCTCATGTC--TTCCCACACAACCCTTTAC-AACAGCACCAGT  1087

seq1  TGAAAGTGAGAGAGTGGCAAGACTCTGGTACAGCAAGCCCTGGTGCCACC  1149
         |||||||||||| ||||||||||||||  || || | |||||| |||
seq2  --GAAGTGAGAGAGT-GCAAGACTCTGGTA-TGC-AGTCTTGGTGCAACC  1132

seq1  -CTCACTTTGGCTGTGTC  1166
       |||||  ||||||||||
seq2  TCTCAC--TGGCTGTGTC  1148

seq1: chr6_99384685_99385623
seq2: B6Ng01-006A08.g_69_1006 (reverse)

seq1  CACC-AATGACCTGATGAGGCTGGTGACAGTGGTAAAAGTCCCCAAATAT  49
      |||| |||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATGACCTGATGAGGGCTGTGACAATGGTAAAAGTCCCCAAATAT  50

seq1  TTTTAGGAAAGTTGCCGAGAAATCAAACCTTACAACCCGTTGGCTTTCTC  99
      |||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT--AGAAAG-TGCCGAGAAATCAAACCTTACAACCCGTTGGCTTTCTC  97

seq1  AGG-AGCCCATTATGTGAGGGTTGAGGATTGGGATGCTGTCCATGAGGAA  148
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCCATTATGTGAAGGTTGAGGATTGGGATGCTGTCCATGAGGAA  147

seq1  CCTGGGACTCAAGATGAAGTAACCAGAGCCTTACTGCAGCAGGCCTCGTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGACTCAAGATGAAGTAACCAGAGCCTTACTGCAGCAGGCCTCGTG  197

seq1  TCACTGTGAAGTTATGATAGGACTCAAAAAGCAAGTATGCAGACACTGGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGAAGTTATGATAGGACTCAAAAAGCAAGTATGCAGACACTGGT  247

seq1  GCATTCGTGCCAACATCTCAAGTGCCCACACCTCAGCGTCTTATTAGAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCGTGCCAACATCTCAAGTGCCCACACCTCAGCGTCTTATTAGAAC  297

seq1  CAAAAGGATGAGCGAGAAAAGCTCCCCCTCGTCTTTCCTCTGAGTTCACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGATGAGCGAGAAAAGCTCCCCCTCGTCTTTCCTCTGAGTTCACT  347

seq1  AAGAATTATCCCAAAGGGTTTAACAATGAGATCAACACAACGGTGTGTCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTATCCCAAAGGGTTTAACAATGAGATCAACACAACGGTGTGTCC  397

seq1  CTGCTCTCAAAACGTGGGAATCTCCCCGCAGTGGGCTGCTGTCTTCACTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCAAAACGTGGGAATCTCCCCGCAGTGGGCTGCTGTCTTCACTG  447

seq1  GCTTGCTTGCTTGCTTGCTTTTTTCTTTTCTTTTCGGCTTGTGACTTTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTGCTTGCTTGCTTTTTTCTTTTCTTTTCGGCTTGTGACTTTCC  497

seq1  AGAGAGTAGTCACCAACTTTCACTCACCCTTTAGGCTAGCAGGCATCACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTAGTCACCAACTTTCACTCACCCTTTAGGCTAGCAGGCATCACA  547

seq1  CCCATCCGCTCATGGTTGACCGCAAGGCAGAGAAGGGAGCGCAGCCCTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCGCTCATGGTTGACCGCAAGGCAGAGAAGGGAGCGCAGCCCTCA  597

seq1  CCATGGCCGAAAGGGTTCCCTCGGAAACCAGGAGAGTCAGCAGAAGCTCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCCGAAAGGGTTCCCTCGGAAACCAGGAGAGTCAGCAGAAGCTCC  647

seq1  TGGGACGCTGCAACACAAGAATATTTTTTACACATAACTAAGATGTAACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACGCTGCAACACAAGAATATTTTTTACACATAACTAAGATGTAACT  697

seq1  TCTAAAACCACTACTTCCTTAAACTTGCAAACAACAACATAGACACCCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAACCACTACTTCCTTAAACTTGCAAACAACAACATAGACACCCCT  747

seq1  CTAGAGATGGAGGAAACGCCATTCTGACGGTGTGGCTACAGCAAGCGTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGATGGAGGAAACGCCATTCTGACGGTGTGGCTACAGCAAGCGTAA  797

seq1  GGCTCACAAGCAGGGGTTAGAAACTGGCTTTCAAAGCTTTCAAAGCTTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAAGCAGGGGTTAGAAACTGGCTTTCAAAGCTTTCAAAGCTTTA  847

seq1  CATAGGTCATTATTTTTTTTTTATCTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTCCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGTCATTATTTTTTTTTTATCTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTCCTG  897

seq1  AGACAGGGTTTCTCTATGTAACCTTCGCTGTCCTGGAATTC  939
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGTTTCTCTATGTAACCTTCGCTGTCCTGGAATTC  938