BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006I03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 64,696,115 - 64,899,114
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrid2, Atoh1
Downstream geneLOC100041833, LOC667115, Smarcad1, Ptgds2, LOC100042741, LOC100041858, LOC634745, EG667141, C130060K24Rik, 9030611K07Rik, A930038C07Rik, LOC667160, Prdm5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006I03.bB6Ng01-006I03.g
ACCDH843347DH843348
length1,053655
definitionDH843347|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006I03, 5' end.DH843348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,898,055 - 64,899,114)(64,696,115 - 64,696,769)
sequence
gaattccactcgggccagagatgagcctatgtgtataaaacagcatagcg
acccctgcaggtaaaccgaacacagccagagtaatctggggaacagtgct
cagtgcacagtccatgctgaactccaaagtggcttgactaggaaaaggtt
gttgggtacagaactcatgtgatcctgaacctttcatggattaaactaaa
gaaatgcaaataaataattgttcttattctttaaaaaatgtcaattatat
cttggtaaaagaatcagcattgaacgcccttcatactagccggcacccag
taggtttcatgttagctggcacccagtagctctaagttctgttcagagaa
ggttctgattagaagtgcaggtcatctatctatctatctattatctatct
atttatctatctatcatctatcacctataatctgtctattatctgtctat
ttatctatacctatctgtatatccatcatctattatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatctacctacctacctacctacctacctac
ctacctttctatcatctattatctataatctattatctgtatatatatct
atatctatctatatatccattatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatgatctacctacctatctataatcaa
ttatctgtttatatatctatatctatctatatatccatcatcttttatct
atccatccatctatttacctatctttaattatctatcaccaggtagggac
cttattaaacccaagtctctctaaaatggcaaataagaactggagcagtt
agattgagagggataaaagcagattcccaggacatagtactaccggagga
tctgcatacctctcctggcatatatccagagatgtcccatcggtagaaag
gacacattgctctactatgttcatagcagccttattttatatagacagaa
gcctggaaagaccaaaatgcccctcttacatggaatgaatacggaaaatt
ggt
gaattctattagaccttcaaagaagacctaataccaatactcttcaaact
attccataaaatagaaacagaagaacactatgcaattcattctatgaagc
caaaattatgctgagtattctcccttagatatggaatagtttctgtctaa
tcaggaacttctcaaaatttcctttcatagaggacttcatatagattttt
tttctacttctatcatgtttaatgttccaaatagattttaaaaaactggt
ggagtgcatattacttttaacttcagaagatatcatgtatatttaagagg
tatttaactattataaattatttttgatgacataaaaatgtcaatactga
gttgtatatttttaaaaaattattagcttaataaaaaataaaaataaact
aaaaaatttagattaataaaatttagctatagcatgttggttttctcctg
tcaataagccttcaaaatgaataaccaaagtcctctaaaaaggtgttctt
tatcacagcaatgtttgatgtatttgcatagagaatcacttgcgaccttt
gggaaaatgttgaatgcctcatctcttaccaaaagaaaacgagagagaga
gagagagagagagagagagatagagagagagagagagagagaagaagaag
aagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_64898055_64899114
seq2: B6Ng01-006I03.b_42_1094 (reverse)

seq1  ACCATATTTTCTGTATCCATTCCACTGT-AGAGGGGCATCTGGGTTCTTT  49
      |||| |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||| | || |||||
seq2  ACCA-ATTTTCCGTATTCATTCCA-TGTAAGAGGGGCATTTTGG-TCTTT  47

seq1  CCA-GCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGC-A  97
      ||| ||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  CCAGGCTTCTGTCTATATAAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTAGAGCAA  97

seq1  TGTGTCCTTCTTACCGGTTGGAACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAG  147
      |||||||||  |||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGTCCTTTCTACC-GATGGGACATC-TCTGGATATATG-CCAGGAGAG  144

seq1  GTATTGCAGGATCCTCCGGTAGTACTATGTCCTGGGAATCTTGCTTTTAT  197
      ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTA-TGCA-GATCCTCCGGTAGTACTATGTCCTGGGAATC-TGCTTTTAT  191

seq1  CCCTCTCAATCTAACTGCTCCTGTTCTTTATTTGCCATTTTAGAGAGACT  247
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCAATCTAACTGCTCCAGTTC-TTATTTGCCATTTTAGAGAGACT  240

seq1  TGGGTTTAATAAGGTCCCTACCTGGTGATAGATAATTTAAGATAGGTAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGTTTAATAAGGTCCCTACCTGGTGATAGATAATTAAAGATAGGTAAA  290

seq1  TAGATGGATGGATAGATAAAAGATGATGGATATATAGATAGATATAGATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGATGGATAGATAAAAGATGATGGATATATAGATAGATATAGATA  340

seq1  TATAAACAGATAATTGATTATAGATAGGTAGGTAGATCATAGATAGATAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACAGATAATTGATTATAGATAGGTAGGTAGATCATAGATAGATAG  390

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATGGATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATGGATA  440

seq1  TATAGATAGATATAGATATATATACAGATAATAGATTATAGATAATAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATAGATATAGATATATATACAGATAATAGATTATAGATAATAGAT  490

seq1  GATAGAAAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGA  540

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGATGATGGATATACAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGATGATGGATATACAGA  590

seq1  TAGGTATAGATAAATAGACAGATAATAGACAGATTATAGGTGATAGATGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATAGATAAATAGACAGATAATAGACAGATTATAGGTGATAGATGA  640

seq1  TAGATAGATAAATAGATAGATAATAGATAGATAGATAGATGACCTGCACT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAAATAGATAGATAATAGATAGATAGATAGATGACCTGCACT  690

seq1  TCTAATCAGAACCTTCTCTGAACAGAACTTAGAGCTACTGGGTGCCAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCAGAACCTTCTCTGAACAGAACTTAGAGCTACTGGGTGCCAGCT  740

seq1  AACATGAAACCTACTGGGTGCCGGCTAGTATGAAGGGCGTTCAATGCTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAAACCTACTGGGTGCCGGCTAGTATGAAGGGCGTTCAATGCTGA  790

seq1  TTCTTTTACCAAGATATAATTGACATTTTTTAAAGAATAAGAACAATTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTACCAAGATATAATTGACATTTTTTAAAGAATAAGAACAATTAT  840

seq1  TTATTTGCATTTCTTTAGTTTAATCCATGAAAGGTTCAGGATCACATGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGCATTTCTTTAGTTTAATCCATGAAAGGTTCAGGATCACATGAG  890

seq1  TTCTGTACCCAACAACCTTTTCCTAGTCAAGCCACTTTGGAGTTCAGCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACCCAACAACCTTTTCCTAGTCAAGCCACTTTGGAGTTCAGCAT  940

seq1  GGACTGTGCACTGAGCACTGTTCCCCAGATTACTCTGGCTGTGTTCGGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTGCACTGAGCACTGTTCCCCAGATTACTCTGGCTGTGTTCGGTT  990

seq1  TACCTGCAGGGGTCGCTATGCTGTTTTATACACATAGGCTCATCTCTGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCAGGGGTCGCTATGCTGTTTTATACACATAGGCTCATCTCTGGC  1040

seq1  CCGAGTGGAATTC  1060
      |||||||||||||
seq2  CCGAGTGGAATTC  1053

seq1: chr6_64696115_64696769
seq2: B6Ng01-006I03.g_70_724

seq1  GAATTCTATTAGACCTTCAAAGAAGACCTAATACCAATACTCTTCAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTAGACCTTCAAAGAAGACCTAATACCAATACTCTTCAAACT  50

seq1  ATTCCATAAAATAGAAACAGAAGAACACTATGCAATTCATTCTATGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATAAAATAGAAACAGAAGAACACTATGCAATTCATTCTATGAAGC  100

seq1  CAAAATTATGCTGAGTATTCTCCCTTAGATATGGAATAGTTTCTGTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTATGCTGAGTATTCTCCCTTAGATATGGAATAGTTTCTGTCTAA  150

seq1  TCAGGAACTTCTCAAAATTTCCTTTCATAGAGGACTTCATATAGATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACTTCTCAAAATTTCCTTTCATAGAGGACTTCATATAGATTTTT  200

seq1  TTTCTACTTCTATCATGTTTAATGTTCCAAATAGATTTTAAAAAACTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTTCTATCATGTTTAATGTTCCAAATAGATTTTAAAAAACTGGT  250

seq1  GGAGTGCATATTACTTTTAACTTCAGAAGATATCATGTATATTTAAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCATATTACTTTTAACTTCAGAAGATATCATGTATATTTAAGAGG  300

seq1  TATTTAACTATTATAAATTATTTTTGATGACATAAAAATGTCAATACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAACTATTATAAATTATTTTTGATGACATAAAAATGTCAATACTGA  350

seq1  GTTGTATATTTTTAAAAAATTATTAGCTTAATAAAAAATAAAAATAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATATTTTTAAAAAATTATTAGCTTAATAAAAAATAAAAATAAACT  400

seq1  AAAAAATTTAGATTAATAAAATTTAGCTATAGCATGTTGGTTTTCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTTAGATTAATAAAATTTAGCTATAGCATGTTGGTTTTCTCCTG  450

seq1  TCAATAAGCCTTCAAAATGAATAACCAAAGTCCTCTAAAAAGGTGTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAGCCTTCAAAATGAATAACCAAAGTCCTCTAAAAAGGTGTTCTT  500

seq1  TATCACAGCAATGTTTGATGTATTTGCATAGAGAATCACTTGCGACCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGCAATGTTTGATGTATTTGCATAGAGAATCACTTGCGACCTTT  550

seq1  GGGAAAATGTTGAATGCCTCATCTCTTACCAAAAGAAAACGAGAGAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAATGTTGAATGCCTCATCTCTTACCAAAAGAAAACGAGAGAGAGA  600

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAGAAG  650
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAGAAG  650

seq1  AAGAA  655
      |||||
seq2  AAGAA  655