BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007J10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,737,190 - 143,780,630
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm766, EG665037, St8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream geneSox5, 4933425H06Rik, EG665149
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007J10.bB6Ng01-007J10.g
ACCDH844111DH844112
length730889
definitionDH844111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007J10, 5' end.DH844112|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007J10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,737,190 - 143,737,917)(143,779,741 - 143,780,630)
sequence
gaattccaggcaggcttgggccacatatagaaacactttcccataaaact
gcacaaagtaaatactgaaataaaaagcttatttttagcaaagaacagat
actcacaaagctagaactggtaagtagaattaaggcataggaaataatat
ttatggtagaattctatagcaaaataatctcttaggcctatttgtcagtg
tgactgtaagactccagggagccttagcttactggggaccccctgagtga
accacgtggagccaggatcgatgcaaaaagcaagaggaatttattgttcc
agtgcactggggtcctcctagacccaaaggagaggcagtgacccccagga
cccgttcagtgagttttttatatggtttccaggggcagaacagaacatca
gcaactaggcacaatatgattggcagaacagtgcaccctttaaactgatt
ggtctttagggaatgaggtgacaaggacttcccttgtctgaaagtgagca
atggtcagccctgggggatgtgttcccacccacaggtctgttcctgccct
gtggtctgagaaatgctaattagtctctcccttctggagaggttagtgtt
tcatgaccttcccaaagttcctatgctgaccttttcattaccctctcaga
tatgtaaaaataatcttctttttaagttcaacttcacttttgttactgac
tgaaataagtgagcatgtgtgtgtgtgtgt
gaattccacccctcccgagcaagtgggcttagaagcaatctcaaccttga
ctttgcacttccaggggcaacgggaccaagtgtagagctcagaaattcta
tttttcaatttctagtatgctcattgtcgggtggacctggcggccctgtg
tcccgggcacgtgcatggcaggcatggaagttaccagcttctggaggctc
ctcctccctggacaatttgctttttctaatgtttgctacttagtgacccg
tgtgtgcgtgtgtgcgtgtgtgtttttcctgttgaaactttgagcaaagc
aatcatgattttgactgaatctatttgccattttccagaaatacagaatt
agcttatgtctccgatgttccatcctttcctgacgaggaaacataattga
tggttttataagattttcttttcgtctctccatgcaacgaggttagagac
tgtttgcatttcacaagtgtgggccatgtgtatttgataccccaaggacc
aggatttggttaaacttcactgcagcaccacaaagtggagcctagatgca
cagagagaccccttaaccagtataatggtccttcactgtaatttgagctt
gctagagatcaattgctggtgctggcagagtgcaggctcagagcaataag
caagtatgagtggaccaatgactccaatcgacaaccaaaaggtcaaggca
gtggtaggcagacaactgcagccacttcgggactctcccaactgtgttta
tacggagagagcacctcagccaggggcgtagttgtgttcctgtgttccag
tcctctcatgttgccaaatgccaccctcaagtttgtttttcatacataaa
taagtaaagaggagaaggaggaggaggaataggaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143737190_143737917
seq2: B6Ng01-007J10.b_45_774

seq1  GAATTCCAGGCAGGCTTGGGCCACATATAGAAACACTTTCCCATAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCAGGCTTGGGCCACATATAGAAACACTTTCCCATAAAACT  50

seq1  GCACAAAGTAAATACTGAAATAAAAAGCTTATTTTTAGCAAAGAACAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGTAAATACTGAAATAAAAAGCTTATTTTTAGCAAAGAACAGAT  100

seq1  ACTCACAAAGCTAGAACTGGTAAGTAGAATTAAGGCATAGGAAATAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAAAGCTAGAACTGGTAAGTAGAATTAAGGCATAGGAAATAATAT  150

seq1  TTATGGTAGAATTCTATAGCAAAATAATCTCTTAGGCCTATTTGTCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTAGAATTCTATAGCAAAATAATCTCTTAGGCCTATTTGTCAGTG  200

seq1  TGACTGTAAGACTCCAGGGAGCCTTAGCTTACTGGGGACCCCCTGAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTAAGACTCCAGGGAGCCTTAGCTTACTGGGGACCCCCTGAGTGA  250

seq1  ACCACGTGGAGCCAGGATCGATGCAAAAAGCAAGAGGAATTTATTGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGTGGAGCCAGGATCGATGCAAAAAGCAAGAGGAATTTATTGTTCC  300

seq1  AGTGCACTGGGGTCCTCCTAGACCCAAAGGAGAGGCAGTGACCCCCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACTGGGGTCCTCCTAGACCCAAAGGAGAGGCAGTGACCCCCAGGA  350

seq1  CCCGTTCAGTGAGTTTTTTATATGGTTTCCAGGGGCAGAACAGAACATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTCAGTGAGTTTTTTATATGGTTTCCAGGGGCAGAACAGAACATCA  400

seq1  GCAACTAGGCACAATATGATTGGCAGAACAGTGCACCCTTTAAACTGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTAGGCACAATATGATTGGCAGAACAGTGCACCCTTTAAACTGATT  450

seq1  GGTCTTTAGGGAATGAGGTGACAAGGACTTCCCTTGTCTGAAAGTGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTAGGGAATGAGGTGACAAGGACTTCCCTTGTCTGAAAGTGAGCA  500

seq1  ATGGTCAGCCCTGGGGGATGTGTTCCCACCCACAGGTCTGTTCCTGCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCAGCCCTGGGGGATGTGTTCCCACCCACAGGTCTGTTCCTGCCCT  550

seq1  GTGGTCTGAGAAATGCTAATTAGTCTCTCCCTTCTGGAGAGGTTAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTGAGAAATGCTAATTAGTCTCTCCCTTCTGGAGAGGTTAGTGTT  600

seq1  TCATGACCTTCCCAAAGTTCCTATGCTGACCTTTTCATTACCCTCTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTTCCCAAAGTTCCTATGCTGACCTTTTCATTACCCTCTCAGA  650

seq1  TATGTAAAAATAATCTTC-TTTTAAGTTCAACTTCACTTTT-TTACTGAC  698
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATGTAAAAATAATCTTCTTTTTAAGTTCAACTTCACTTTTGTTACTGAC  700

seq1  TGAAATAAGTGAGCATGTGTGTGTGTGTGT  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAGTGAGCATGTGTGTGTGTGTGT  730

seq1: chr6_143779741_143780630
seq2: B6Ng01-007J10.g_65_953 (reverse)

seq1  CCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCTTTTACTTATTTATGTATG  50
      |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCTATTCCTCCTCCTCCTTCTCCTC-TTTACTTATTTATGTATG  49

seq1  GAAAACAAACTTGAGGGTGGCATTTGGCAACATGAGAGGACTGGAACACA  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAACTTGAGGGTGGCATTTGGCAACATGAGAGGACTGGAACACA  99

seq1  GGAACACAACTACGCCCCTGGCTGAGGTGCTCTCTCCGTTTAAACACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGAACACAACTACGCCCCTGGCTGAGGTGCTCTCTCCGTATAAACACAGT  149

seq1  TGGGAGGGTCCCGAAGTGGCTGCAGTTGTCTGCCTACCACTGCCTTGACC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGTCCCGAAGTGGCTGCAGTTGTCTGCCTACCACTGCCTTGACC  199

seq1  TTTTGGTTGTCGATTGGAGTCATTGGTCCACTCATACTTGCTTATTGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTGTCGATTGGAGTCATTGGTCCACTCATACTTGCTTATTGCTC  249

seq1  TGAGCCTGCACTCTGCCAGCACCAGCAATTGATCTCTAGCAAGCTCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGCACTCTGCCAGCACCAGCAATTGATCTCTAGCAAGCTCAAAT  299

seq1  TACAGTGAAGGACCATTATACTGGTTAAGGGGTCTCTCTGTGCATCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGAAGGACCATTATACTGGTTAAGGGGTCTCTCTGTGCATCTAGG  349

seq1  CTCCACTTTGTGGTGCTGCAGTGAAGTTTAACCAAATCCTGGTCCTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTTTGTGGTGCTGCAGTGAAGTTTAACCAAATCCTGGTCCTTGGG  399

seq1  GTATCAAATACACATGGCCCACACTTGTGAAATGCAAACAGTCTCTAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAATACACATGGCCCACACTTGTGAAATGCAAACAGTCTCTAACC  449

seq1  TCGTTGCATGGAGAGACGAAAAGAAAATCTTATAAAACCATCAATTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGCATGGAGAGACGAAAAGAAAATCTTATAAAACCATCAATTATGT  499

seq1  TTCCTCGTCAGGAAAGGATGGAACATCGGAGACATAAGCTAATTCTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGTCAGGAAAGGATGGAACATCGGAGACATAAGCTAATTCTGTAT  549

seq1  TTCTGGAAAATGGCAAATAGATTCAGTCAAAATCATGATTGCTTTGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAAAATGGCAAATAGATTCAGTCAAAATCATGATTGCTTTGCTCA  599

seq1  AAGTTTCAACAGGAAAAACACACACGCACACACGCACACACGGGTCACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAACAGGAAAAACACACACGCACACACGCACACACGGGTCACTA  649

seq1  AGTAGCAAACATTAGAAAAAGCAAATTGTCCAGGGAGGAGGAGCCTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAAACATTAGAAAAAGCAAATTGTCCAGGGAGGAGGAGCCTCCAG  699

seq1  AAGCTGGTAACTTCCATGCCTGCCATGCACGTGCCCGGGACACAGGGCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGTAACTTCCATGCCTGCCATGCACGTGCCCGGGACACAGGGCCG  749

seq1  CCAGGTCCACCCGACAATGAGCATACTAGAAATTGAAAAATAGAATTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCCACCCGACAATGAGCATACTAGAAATTGAAAAATAGAATTTCT  799

seq1  GAGCTCTACACTTGGTCCCGTTGCCCCTGGAAGTGCAAAGTCAAGGTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTACACTTGGTCCCGTTGCCCCTGGAAGTGCAAAGTCAAGGTTGA  849

seq1  GATTGCTTCTAAGCCCACTTGCTCGGGAGGGGTGGAATTC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTTCTAAGCCCACTTGCTCGGGAGGGGTGGAATTC  889