BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007O02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,120,860 - 110,258,623
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC639110, LOC100043720
Downstream geneGrm7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007O02.bB6Ng01-007O02.g
ACCDH844319DH844320
length948863
definitionDH844319|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007O02, 5' end.DH844320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,257,673 - 110,258,623)(110,120,860 - 110,121,718)
sequence
gaattcaacgcagcaagaaatgcccatgtattgctctttgaccattgtaa
gcaactggccataaaaaccactttaaatcagacaaaagagtgagggaaga
tagtgattagcatagatgtgagaactgtttacatgtcatctgagcagcaa
gcaggagagctagtttaaatgtaccacttaaccctggccccagcctttaa
aaagccaaatgtctataattaattttttattagcatcattactaccaaac
tatcattgtttacaaagaaagcaaagtttttgtccttgcagacaccttaa
aacaccatgaaagtagatggaaaatttttctcatgaactctgctatgctt
tgtaaaattaaatctgtactattgagcctgcatggatgcttcatgttttg
atattctctaattggagacacatcaaatattaatgacttcattatcattc
atttctgatagactctgccttgtggtaacaattgagttttctcaactcag
aaattgtcacaggaatctgtctctgaatttccagggatttggcaaatgca
tttgcatgacaaattcaacaatgtagtggcccaacaaatttcaagcttcc
cttcaattaatgtttaaaataatctacatgctccaatccaaaggacttat
tttcctatccctaacaaaattgaccattttacgattttaaagtgctaaca
attggtttatggcaaaagtgggaaatctatgaattcttccttgtcaaatg
caatgtgtgtgaaatttgggtgggtaaaataatgggtgatgatggtcatg
attcagtgattctgcctcacacaggtaagagcaagatgtggggagactga
cctggtagatatatacatgcacacatatataaacacattcgcacatgcac
gtggtgttggcatgtgtgtgtgtgtaagtcaacggtgcacagacacac
gaattcagagtgataggttattcaaagactcagagctcttggcatctttg
acacatggctttctggactcagtggtacacccaggagaacctcattattc
cacttgagaatgggctgtgctttacctttcactttgccaaaggtagaaga
gattccttgcaattctggcgacaagagacttttcacacactgtttaacat
gcctgtccttagttttgtgaccaggacacattgcatattgagcttattga
aacttcttccctaaggatgctttactggtcactatcattttaacaaacta
cctataaaacaactatttttccataattcctttaaatcatttgaaggttt
attttcatcttaaagtcattatttattttgatttcctctttctaccttag
ttagctgccaccaaatacacatcaaagattctaagatttactaagcattg
tttaatgggctttaaacaatctaaaccatgggtgaataaagagacaagga
tttctctgacctgaaatctctgaagagaatgaaaactagttttctagtgg
tgtgggataggaggggttacatacagcatggggaggaggagttacaaaca
tcaggttgttattagttgacttctcaggatagatttttatgtaggacatt
ttataattgtaaaattattttcatattatgtgcaaaaagtggttgtttgt
cattgtccctatctaaaagcatattaaatatatgttaagagcaaaaaaat
ttattgtccatcagtcttgtaaaaaagcacacacatttaaaagttttaaa
aaagaaaaacatattaaaaaatataaaattttttaggctggtacagcaag
atagactcctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110257673_110258623
seq2: B6Ng01-007O02.b_42_989 (reverse)

seq1  GTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTACTTACACACACACACATGCCAACA-CA  49
      |||||||||||   |   ||  ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGTCTGTG---CACCGTTGACTTACACACACACACATGCCAACACCA  47

seq1  CGTGCATGTGCGAATGTGTTTATATATGTGTGCATGTATATATCTACCAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATGTGCGAATGTGTTTATATATGTGTGCATGTATATATCTACCAG  97

seq1  GTCAGTTCTCCCCACCTCTTGCTCTTACCTGTGTGAGGCAGAATCACTGA  149
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAG-TCTCCCCACATCTTGCTCTTACCTGTGTGAGGCAGAATCACTGA  146

seq1  ATCATGACCATCATCACCCATTATTTTACCCACCCAAATTTCACACACAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGACCATCATCACCCATTATTTTACCCACCCAAATTTCACACACAT  196

seq1  TGCATTTGACAAGGAAGAATTCATAGATTTCCCACTTTTGCCATAAACCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTGACAAGGAAGAATTCATAGATTTCCCACTTTTGCCATAAACCA  246

seq1  ATTGTTAGCACTTTAAAATCGTAAAATGGTCAATTTTGTTAGGGATAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAGCACTTTAAAATCGTAAAATGGTCAATTTTGTTAGGGATAGGA  296

seq1  AAATAAGTCCTTTGGATTGGAGCATGTAGATTATTTTAAACATTAATTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTCCTTTGGATTGGAGCATGTAGATTATTTTAAACATTAATTGA  346

seq1  AGGGAAGCTTGAAATTTGTTGGGCCACTACATTGTTGAATTTGTCATGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGCTTGAAATTTGTTGGGCCACTACATTGTTGAATTTGTCATGCA  396

seq1  AATGCATTTGCCAAATCCCTGGAAATTCAGAGACAGATTCCTGTGACAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATTTGCCAAATCCCTGGAAATTCAGAGACAGATTCCTGTGACAAT  446

seq1  TTCTGAGTTGAGAAAACTCAATTGTTACCACAAGGCAGAGTCTATCAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTTGAGAAAACTCAATTGTTACCACAAGGCAGAGTCTATCAGAA  496

seq1  ATGAATGATAATGAAGTCATTAATATTTGATGTGTCTCCAATTAGAGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGATAATGAAGTCATTAATATTTGATGTGTCTCCAATTAGAGAAT  546

seq1  ATCAAAACATGAAGCATCCATGCAGGCTCAATAGTACAGATTTAATTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACATGAAGCATCCATGCAGGCTCAATAGTACAGATTTAATTTTA  596

seq1  CAAAGCATAGCAGAGTTCATGAGAAAAATTTTCCATCTACTTTCATGGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCATAGCAGAGTTCATGAGAAAAATTTTCCATCTACTTTCATGGTG  646

seq1  TTTTAAGGTGTCTGCAAGGACAAAAACTTTGCTTTCTTTGTAAACAATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGTGTCTGCAAGGACAAAAACTTTGCTTTCTTTGTAAACAATGA  696

seq1  TAGTTTGGTAGTAATGATGCTAATAAAAAATTAATTATAGACATTTGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGGTAGTAATGATGCTAATAAAAAATTAATTATAGACATTTGGCT  746

seq1  TTTTAAAGGCTGGGGCCAGGGTTAAGTGGTACATTTAAACTAGCTCTCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGGCTGGGGCCAGGGTTAAGTGGTACATTTAAACTAGCTCTCCT  796

seq1  GCTTGCTGCTCAGATGACATGTAAACAGTTCTCACATCTATGCTAATCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTGCTCAGATGACATGTAAACAGTTCTCACATCTATGCTAATCAC  846

seq1  TATCTTCCCTCACTCTTTTGTCTGATTTAAAGTGGTTTTTATGGCCAGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCCCTCACTCTTTTGTCTGATTTAAAGTGGTTTTTATGGCCAGTT  896

seq1  GCTTACAATGGTCAAAGAGCAATACATGGGCATTTCTTGCTGCGTTGAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAATGGTCAAAGAGCAATACATGGGCATTTCTTGCTGCGTTGAAT  946

seq1  TC  951
      ||
seq2  TC  948

seq1: chr6_110120860_110121718
seq2: B6Ng01-007O02.g_65_927

seq1  GAATTCAGAGTGATAGGTTATTCAAAGACTCAGAGCTCTTGGCATCTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTGATAGGTTATTCAAAGACTCAGAGCTCTTGGCATCTTTG  50

seq1  ACACATGGCTTTCTGGACTCAGTGGTACACCCAGGAGAACCTCATTATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGGCTTTCTGGACTCAGTGGTACACCCAGGAGAACCTCATTATTC  100

seq1  CACTTGAGAATGGGCTGTGCTTTACCTTTCACTTTGCCAAAGGTAGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGAATGGGCTGTGCTTTACCTTTCACTTTGCCAAAGGTAGAAGA  150

seq1  GATTCCTTGCAATTCTGGCGACAAGAGACTTTTCACACACTGTTTAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTGCAATTCTGGCGACAAGAGACTTTTCACACACTGTTTAACAT  200

seq1  GCCTGTCCTTAGTTTTGTGACCAGGACACATTGCATATTGAGCTTATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCCTTAGTTTTGTGACCAGGACACATTGCATATTGAGCTTATTGA  250

seq1  AACTTCTTCCCTAAGGATGCTTTACTGGTCACTATCATTTTAACAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTCCCTAAGGATGCTTTACTGGTCACTATCATTTTAACAAACTA  300

seq1  CCTATAAAACAACTATTTTTCCATAATTCCTTTAAATCATTTGAAGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAAACAACTATTTTTCCATAATTCCTTTAAATCATTTGAAGGTTT  350

seq1  ATTTTCATCTTAAAGTCATTATTTATTTTGATTTCCTCTTTCTACCTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATCTTAAAGTCATTATTTATTTTGATTTCCTCTTTCTACCTTAG  400

seq1  TTAGCTGCCACCAAATACACATCAAAGATTCTAAGATTTACTAAGCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGCCACCAAATACACATCAAAGATTCTAAGATTTACTAAGCATTG  450

seq1  TTTAATGGGCTTTAAACAATCTAAACCATGGGTGAATAAAGAGACAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGGGCTTTAAACAATCTAAACCATGGGTGAATAAAGAGACAAGGA  500

seq1  TTTCTCTGACCTGAAATCTCTGAAGAGAATGAAAACTAGTTTTCTAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGACCTGAAATCTCTGAAGAGAATGAAAACTAGTTTTCTAGTGG  550

seq1  TGTGGGATAGGAGGGGTTACATACAGCATGGGGAGGAGGAGTTACAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATAGGAGGGGTTACATACAGCATGGGGAGGAGGAGTTACAAACA  600

seq1  TCAGGTTGTTATTAGTTGACTTCTCAGGAAAGATTTTTATGTAGGACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGTTATTAGTTGACTTCTCAGGATAGATTTTTATGTAGGACATT  650

seq1  TTATAATTGT-AAATTATTTTCATATTATGTGCAAAAAGTGGTTGTTTGT  699
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTGTAAAATTATTTTCATATTATGTGCAAAAAGTGGTTGTTTGT  700

seq1  CATTGT-CCTATCTAAAAGCATATTAAATATATGTTAGGAGC-AAAAAAT  747
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CATTGTCCCTATCTAAAAGCATATTAAATATATGTTAAGAGCAAAAAAAT  750

seq1  TTATTGTCCATCAGTCATGTAAAAAAGCACACACATTTAAAAGTTATAAA  797
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTATTGTCCATCAGTCTTGTAAAAAAGCACACACATTTAAAAGTTTTAAA  800

seq1  AAAGAAAAACATATT-AAAAATATAAAA-TTTTTAGGCATGTCACAGCAA  845
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||
seq2  AAAGAAAAACATATTAAAAAATATAAAATTTTTTAGGC-TGGTACAGCAA  849

seq1  GATAGACTCCTGGT  859
      ||||||||||||||
seq2  GATAGACTCCTGGT  863