BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008E01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 20,390,185 - 20,463,608
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040838
Upstream genenone
Downstream geneKcnd2, LOC100041343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008E01.bB6Ng01-008E01.g
ACCDH844568DH844569
length5061,014
definitionDH844568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E01, 5' end.DH844569|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,463,097 - 20,463,608)(20,390,185 - 20,391,204)
sequence
ctcccaaatctaactgcacttccttaaatcatgtgtgatgcacctggaac
cacacccttaaatggaattgagtctttctccccagaagcatccaagtgtc
catagattctcttttagggagagggactcaagaatccttttccctccatg
ctataccattggctgattcgaccttctgcatatcctgtacaaacagccag
ggtgtaaggtagttcatgggttcactcctatcctactgtaagacaccatt
ccacttctgtcctccttgacctctggttcttactgtttctcagtttcctc
ttccacaacagtcactgagccttgaggtgagagagtataaaatctgactt
gtttgtggatacacatttactgacagttactctatgcactttgacttact
gtcaagacatcatcaactaaacaaagaaacttttctaatactgtctaata
gctgtagaaatgaggggaacgccagggccaaagggggggagtgggtgggt
agggga
gaattcccatacttcagcgggtgccacactcatgcacacatggggaataa
cagctagccttagagagttacctaagaaataagatagctatgagccgatg
agtgggacaagtttggagatactgtggaaattggatgcagggaacttagg
ttagatatcatgatattccattgcataggtacgtgaaatgctcgagaata
atgaaaaattgaagtatcttgaaaataaattaataaaaatgcaaatagta
tcaaaacattaaatattttcttggagtagaaaataaatgggatagcaaat
aaaacattaaactagcagctgagcagaaatgtcacaaaatgcgatgtaac
attactaggtattatggacacaaccatgaaaagaaaaggatatgaatgac
tggatagaggaagttgatttccatgcagttccaatatgctcattactcat
ggaaatcacttcagtaaatattgacaataacgctctcacatatattgcta
aaagtgcaaggcttttttatttttaatctctaaatattgaatatatttaa
tggcatggatttgagcaagatcactttgaagatgaggaagcatcttaaga
gaatggcaagagacttgtaggttctctgttgcattcatagaggtagtaca
agttctttgctaaaagcaacttgagctatgaatctttatcctttttgtac
tcagtttcctctatgaaacagtttgcacaagagttgaagtaggtaaagag
gacataacacaaactgacaaaagtaaacccagaaagacatatatgtggaa
tgtaaaacactgttcagtgtatgtgctgaggtataggcaggggtactcag
tggcaaggagataatagagatataaatattgaacaatggtcagaatttca
gttagaatggagaagtgtgcttttaagtctatacatagaataaggtgatt
atataatatgggacttcatgaaactgaaaagcttttgtagcaaagacact
gtcattatgacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_20463097_20463608
seq2: B6Ng01-008E01.b_43_554 (reverse)

seq1  TCCCCTACCCACCCACTCCCCCCCTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTCATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACCCACCCACTCCCCCCCTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTCATTTC  50

seq1  TACAGCTATTAGACAGTATTAGAAAAGTTTCTTTGTTTAGTTGATGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTATTAGACAGTATTAGAAAAGTTTCTTTGTTTAGTTGATGATGT  100

seq1  CTTGACAGTAAGTCAAAGTGCATAGAGTAACTGTCAGTAAATGTGTATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGTAAGTCAAAGTGCATAGAGTAACTGTCAGTAAATGTGTATCC  150

seq1  ACAAACAAGTCAGATTTTATACTCTCTCACCTCAAGGCTCAGTGACTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGTCAGATTTTATACTCTCTCACCTCAAGGCTCAGTGACTGTT  200

seq1  GTGGAAGAGGAAACTGAGAAACAGTAAGAACCAGAGGTCAAGGAGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGAGGAAACTGAGAAACAGTAAGAACCAGAGGTCAAGGAGGACAG  250

seq1  AAGTGGAATGGTGTCTTACAGTAGGATAGGAGTGAACCCATGAACTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAATGGTGTCTTACAGTAGGATAGGAGTGAACCCATGAACTACCT  300

seq1  TACACCCTGGCTGTTTGTACAGGATATGCAGAAGGTCGAATCAGCCAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCTGGCTGTTTGTACAGGATATGCAGAAGGTCGAATCAGCCAATG  350

seq1  GTATAGCATGGAGGGAAAAGGATTCTTGAGTCCCTCTCCCTAAAAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCATGGAGGGAAAAGGATTCTTGAGTCCCTCTCCCTAAAAGAGAA  400

seq1  TCTATGGACACTTGGATGCTTCTGGGGAGAAAGACTCAATTCCATTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGACACTTGGATGCTTCTGGGGAGAAAGACTCAATTCCATTTAAG  450

seq1  GGTGTGGTTCCAGGTGCATCACACATGATTTAAGGAAGTGCAGTTAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGTTCCAGGTGCATCACACATGATTTAAGGAAGTGCAGTTAGATT  500

seq1  TGGGAGGAATTC  512
      ||||||||||||
seq2  TGGGAGGAATTC  512

seq1: chr6_20390185_20391204
seq2: B6Ng01-008E01.g_65_1078

seq1  GAATTCCCATACTTCAGCGGGTGCCACACTCATGCACACATGGGGAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATACTTCAGCGGGTGCCACACTCATGCACACATGGGGAATAA  50

seq1  CAGCTAGCCTTAGAGAGTTACCTAAGAAATAAGATAGCTATGAGCCGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGCCTTAGAGAGTTACCTAAGAAATAAGATAGCTATGAGCCGATG  100

seq1  AGTGGGACAAGTTTGGAGATACTGTGGAAATTGGATGCAGGGAACTTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGACAAGTTTGGAGATACTGTGGAAATTGGATGCAGGGAACTTAGG  150

seq1  TTAGATATCATGATATTCCATTGCATAGGTACGTGAAATGCTCGAGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCATGATATTCCATTGCATAGGTACGTGAAATGCTCGAGAATA  200

seq1  ATGAAAAATTGAAGTATCTTGAAAATAAATTAATAAAAATGCAAATAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAATTGAAGTATCTTGAAAATAAATTAATAAAAATGCAAATAGTA  250

seq1  TCAAAACATTAAATATTTTCTTGGAGTAGAAAATAAATGGGATAGCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACATTAAATATTTTCTTGGAGTAGAAAATAAATGGGATAGCAAAT  300

seq1  AAAACATTAAACTAGCAGCTGAGCAGAAATGTCACAAAATGCGATGTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTAAACTAGCAGCTGAGCAGAAATGTCACAAAATGCGATGTAAC  350

seq1  ATTACTAGGTATTATGGACACAACCATGAAAAGAAAAGGATATGAATGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGGTATTATGGACACAACCATGAAAAGAAAAGGATATGAATGAC  400

seq1  TGGATAGAGGAAGTTGATTTCCATGCAGTTCCAATATGCTCATTACTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGAGGAAGTTGATTTCCATGCAGTTCCAATATGCTCATTACTCAT  450

seq1  GGAAATCACTTCAGTAAATATTGACAATAACGCTCTCACATATATTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCACTTCAGTAAATATTGACAATAACGCTCTCACATATATTGCTA  500

seq1  AAAGTGCAAGGCTTTTTTATTTTTAATCTCTAAATATTGAATATATTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCAAGGCTTTTTTATTTTTAATCTCTAAATATTGAATATATTTAA  550

seq1  TGGCATGGATTTGAGCAAGATCACTTTGAAGATGAGGAAGCATCTTAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGGATTTGAGCAAGATCACTTTGAAGATGAGGAAGCATCTTAAGA  600

seq1  GAATGGCAAGAGACTTGTAGGTTCTCTGTTGCATTCATAGAGGTAGTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCAAGAGACTTGTAGGTTCTCTGTTGCATTCATAGAGGTAGTACA  650

seq1  AGTTCTTTGCTAAAAGCAACTTGAGCTATGAATCTTTATCCTTTTTGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTGCTAAAAGCAACTTGAGCTATGAATCTTTATCCTTTTTGTAC  700

seq1  TCAGTTTCCTCTATGAAACAGTTTGCACAAGAGTTGAAGTAGGTAAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCCTCTATGAAACAGTTTGCACAAGAGTTGAAGTAGGTAAAGAG  750

seq1  GACATAACACAAACTGACAAAAGTAAACCCAGAAAGACATATATGTGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAACACAAACTGACAAAAGTAAACCCAGAAAGACATATATGTGGAA  800

seq1  TGTAAAACACTGTTCAGTGTATGTGCTGAGGTATAGGCAGGGGTACTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAACACTGTTCAGTGTATGTGCTGAGGTATAGGCAGGGGTACTCAG  850

seq1  TGGCAAGGAGATAATAGAGATATAAATATTGAACAATGGTCAGAATTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGGAGATAATAGAGATATAAATATTGAACAATGGTCAGAATTTCA  900

seq1  GTTAGAATGGAGAAGTGTGCTTTTAAGTCTATTACATAGAATAAGGTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAATGGAGAAGTGTGCTTTTAAGTCTA-TACATAGAATAAGGTGAT  949

seq1  TAATAATAATATGGGACTTCATGAAACTGAAAAGCTTCTGTAAGGCAAAG  1000
      ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| 
seq2  TA--TATAATATGGGACTTCATGAAACTGAAAAGCTTTTGTA--GCAAA-  994

seq1  GACACTGTCAATATGACAAA  1020
      |||||||||| |||||||||
seq2  GACACTGTCATTATGACAAA  1014