BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008G17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,420,813 - 83,606,982
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f
Upstream geneTacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2, EG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik
Downstream geneCd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114, 4930504D19Rik, Cyp26b1, Exoc6b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008G17.bB6Ng01-008G17.g
ACCDH844682DH844683
length1,010812
definitionDH844682|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G17, 5' end.DH844683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,420,813 - 83,421,814)(83,606,169 - 83,606,982)
sequence
gaattctatccctggaacctctgtgaaggtggaaggagaggaccaactct
tcaatgttgtcctccggcctccacatttactcccaccctctacatcttac
acacacagagtcataaatcaagaagaaggtgggtatgatggtacatgtct
ttgatcctagactggggcgggggacaggacagaggcaggcagatctttga
gttaagtccaccctggtttatatggagagttctaggccagacagagctat
atgtctcaaaagctaaatgaatagaacaaaacaaaacaactaaagtggag
tgtgactgaggtcatctgatattgacctctggcttctatacacatgtaca
tgggagtacacatgtgtatatatatgcatgtgaatacatgaacatgcaca
tataccacatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacaata
aagagtagaacatcaatgtctttcaatagttcctcaaaaaaggaagaagc
aaattcttatttgcctaacagagtgactgagtattcatacatggaactca
ggagaacctcagtgtacagtccccgcccccagattctagtcaaaaggaca
gaatgctccaacccatggtgtccttggtcacatccagccatatttctgag
cttaggggacagtctctcatgtcagccaggctagaaaccaggagcagctg
ccagttggagtgggcatgtaggcccctttctttggtctgctgttttccag
ctcaaccagacatggtttgtctctggctcctttaaatgagctgcctaact
gagccttcatccgtggtgtctacacaattgggagggtctaatgactgctt
atgaaagctgtgattcagggacagcataaaccagataaagtattaattgt
cacagagagcatttagattttccttgtagagtctggaaatctgggtgtca
gcggttctcttgatcaccggaatatccttgacaactgggaacgcagccaa
catgattttc
gaattcattatgataaccaaggattatcgtcactcaggagttaggcttgc
aggaactttgacctaggacacagccaacaatcacatataaagtctgtcag
ggcctttctggtgacctgtctgtaaagttctgaggtttggactggccagg
ctcccggtctttgcctccccctacaaattctcccacctcgtgcactgttt
ttgtttgtttggtttttgagacagggtctcactatgtggctctgactggc
ctagaactcactatgtacaccagcttggcctcaaactcagagagatcaac
ctgcctctgcctcccaggtgctgggattaaagctgtgtgctacctcaagc
ctgatgaaaatcagaggccagtgctgggcatcttcccttatctcttccca
cctttattaaaaaagagctaattgattcagtgaggcagcctggctagaaa
gctgtaaggatcttcctacctccacctcccaacactgtgactacaggcac
atgctgctgtgcccagtttttgatgtgggtggtgctggggagccaaactc
tggtcttcatgcttagcgcttcatgcttcaagcgcttcactgtctgagcc
atctcctcagcctctcaagaatgtttcccctgtaaagttgacagtcccct
tcttaggggcagattgcagaccctgctgaaggggggttgggtggtgtgtg
gctctgaggcagaggctggcatggagccaggggcagaggggggaagggct
gttggctcttgtctctgttactcccaagaggaagaggggccagtggtaca
tggatttctgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_83420813_83421814
seq2: B6Ng01-008G17.b_43_1046

seq1  GAATTCTATCCCTGGAACCTCTGTGAAGGTGGAAGGAGAGGACCAACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCCCTGGAACCTCTGTGAAGGTGGAAGGAGAGGACCAACTCT  50

seq1  TCAATGTTGTCCTCCGGCCTCCACATTTACTCCCACCCTCTACATCTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTTGTCCTCCGGCCTCCACATTTACTCCCACCCTCTACATCTTAC  100

seq1  ACACACAGAGTCATAAATCAAGAAGAAGGTGGGTATGATGGTACATGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAGTCATAAATCAAGAAGAAGGTGGGTATGATGGTACATGTCT  150

seq1  TTGATCCTAGACTGGGGCGGGGGACAGGACAGAGGCAGGCAGATCTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCTAGACTGGGGCGGGGGACAGGACAGAGGCAGGCAGATCTTTGA  200

seq1  GTTAAGTCCACCCTGGTTTATATGGAGAGTTCTAGGCCAGACAGAGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTCCACCCTGGTTTATATGGAGAGTTCTAGGCCAGACAGAGCTAT  250

seq1  ATGTCTCAAAAGCTAAATGAATAGAACAAAACAAAACAACTAAAGTGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAAAGCTAAATGAATAGAACAAAACAAAACAACTAAAGTGGAG  300

seq1  TGTGACTGAGGTCATCTGATATTGACCTCTGGCTTCTATACACATGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTGAGGTCATCTGATATTGACCTCTGGCTTCTATACACATGTACA  350

seq1  TGGGAGTACACATGTGTATATATATGCATGTGAATACATGAACATGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTACACATGTGTATATATATGCATGTGAATACATGAACATGCACA  400

seq1  TATACCACATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCACATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACAATA  450

seq1  AAGAGTAGAACATCAATGTCTTTCAATAGTTCCTCAAAAAAGGAAGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAGAACATCAATGTCTTTCAATAGTTCCTCAAAAAAGGAAGAAGC  500

seq1  AAATTCTTATTTGCCTAACAGAGTGACTGAGTATTCATACATGGAACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTATTTGCCTAACAGAGTGACTGAGTATTCATACATGGAACTCA  550

seq1  GGAGAACCTCAGTGTACAGTCCCCGCCCCCAGATTCTAGTCAAAAGGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACCTCAGTGTACAGTCCCCGCCCCCAGATTCTAGTCAAAAGGACA  600

seq1  GAATGCTCCAACCCATGGTGTCCTTGGTCACATCCAGCCATA-TTCTGAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAATGCTCCAACCCATGGTGTCCTTGGTCACATCCAGCCATATTTCTGAG  650

seq1  CTTAGGGGACAGTCTCTCATGTCAGCCAGGCTAGAAACCAGGAGCAGCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGGACAGTCTCTCATGTCAGCCAGGCTAGAAACCAGGAGCAGCTG  700

seq1  CCAGTTGGAGTGGGCATGTAGGCCCC-TTCTTTGGTCTGCTGTTTTCCAG  748
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGGAGTGGGCATGTAGGCCCCTTTCTTTGGTCTGCTGTTTTCCAG  750

seq1  CTCAACCAGACATGG-TTGTCTCTGGCTCCTTTAAAATGAGCTGCCTAAC  797
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCAACCAGACATGGTTTGTCTCTGGCTCCTTT-AAATGAGCTGCCTAAC  799

seq1  TGAGCCTTCATCCGT-GTGTCTACACAA-TGGGAGGGTCTAATGACTGC-  844
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TGAGCCTTCATCCGTGGTGTCTACACAATTGGGAGGGTCTAATGACTGCT  849

seq1  TATGAGAGCTGTGATTCAAGGACAGCATAAACCAGATAAAGTATTAA-TG  893
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATGAAAGCTGTGATTCAGGGACAGCATAAACCAGATAAAGTATTAATTG  899

seq1  TCACAGAGAGCATTTAGAATATCCTTGTTAGAGTCTGGAAATCTGGGTGT  943
      |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGAGCATTTAGATTTTCCTTG-TAGAGTCTGGAAATCTGGGTGT  948

seq1  CAGCGGTTCTCTCTGATCGACGGAATATCCTTGACAACATGGGAACGCAT  993
      |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CAGCGGTTCTCT-TGATCACCGGAATATCCTTGACAAC-TGGGAACGCA-  995

seq1  GCTAACATG  1002
      || ||||||
seq2  GCCAACATG  1004

seq1: chr6_83606169_83606982
seq2: B6Ng01-008G17.g_67_878 (reverse)

seq1  TGCAGAAATCCAATGTTACCACTGGCCCCTCCTCCTCTT-GGAGTTACAG  49
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  TGCAGAAATCC-ATG-TACCACTGGCCCCTCTTCCTCTTGGGAGTAACAG  48

seq1  AGGCCAAGAGCCCAACAGCCCTTTCCCCCTCTGCCCCTGGCTCCATGCCA  99
      | | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GACAAGAG-CCAACAGCCCTTCCCCCCTCTGCCCCTGGCTCCATGCCA  96

seq1  GCCTCTGCCTCAGAGCCACACACCACCCAA-CCCCCTTCAGCAGGGTCTG  148
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCAGAGCCACACACCACCCAACCCCCCTTCAGCAGGGTCTG  146

seq1  CAATCTGCCCCTAAGAAGGGGACTGTCAACTTTACAGGGGAAACATTCTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGCCCCTAAGAAGGGGACTGTCAACTTTACAGGGGAAACATTCTT  196

seq1  GAGAGGCTGAGGAGATGGCTCAGACAGTGAAGCGCTTGAAGCATGAAGCG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTGAGGAGATGGCTCAGACAGTGAAGCGCTTGAAGCATGAAGCG  246

seq1  CTAAGCATGAAGACCAGAGTTTGGCTCCCCAGCACCACCCACATCAAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATGAAGACCAGAGTTTGGCTCCCCAGCACCACCCACATCAAAAA  296

seq1  CTGGGCACAGCAGCATGTGCCTGTAGTCACAGTGTTGGGAGGTGGAGGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACAGCAGCATGTGCCTGTAGTCACAGTGTTGGGAGGTGGAGGTA  346

seq1  GGAAGATCCTTACAGCTTTCTAGCCAGGCTGCCTCACTGAATCAATTAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCCTTACAGCTTTCTAGCCAGGCTGCCTCACTGAATCAATTAGC  396

seq1  TCTTTTTTAATAAAGGTGGGAAGAGATAAGGGAAGATGCCCAGCACTGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTAATAAAGGTGGGAAGAGATAAGGGAAGATGCCCAGCACTGGC  446

seq1  CTCTGATTTTCATCAGGCTTGAGGTAGCACACAGCTTTAATCCCAGCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATTTTCATCAGGCTTGAGGTAGCACACAGCTTTAATCCCAGCACC  496

seq1  TGGGAGGCAGAGGCAGGTTGATCTCTCTGAGTTTGAGGCCAAGCTGGTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGCAGAGGCAGGTTGATCTCTCTGAGTTTGAGGCCAAGCTGGTGT  546

seq1  ACATAGTGAGTTCTAGGCCAGTCAGAGCCACATAGTGAGACCCTGTCTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGAGTTCTAGGCCAGTCAGAGCCACATAGTGAGACCCTGTCTCA  596

seq1  AAAACCAAACAAACAAAAACAGTGCACGAGGTGGGAGAATTTGTAGGGGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAACAAACAAAAACAGTGCACGAGGTGGGAGAATTTGTAGGGGG  646

seq1  AGGCAAAGACCGGGAGCCTGGCCAGTCCAAACCTCAGAACTTTACAGACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGACCGGGAGCCTGGCCAGTCCAAACCTCAGAACTTTACAGACA  696

seq1  GGTCACCAGAAAGGCCCTGACAGACTTTATATGTGATTGTTGGCTGTGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACCAGAAAGGCCCTGACAGACTTTATATGTGATTGTTGGCTGTGTC  746

seq1  CTAGGTCAAAGTTCCTGCAAGCCTAACTCCTGAGTGACGATAATCCTTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCAAAGTTCCTGCAAGCCTAACTCCTGAGTGACGATAATCCTTGG  796

seq1  TTATCATAATGAATTC  814
      ||||||||||||||||
seq2  TTATCATAATGAATTC  812