BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009L13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,385,456 - 93,476,561
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrickle2, LOC545866, A730049H05Rik, LOC384461, LOC100043253
Downstream geneLOC665831, Magi1, LOC100043262, LOC665856, Slc25a26
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009L13.bB6Ng01-009L13.g
ACCDH845589DH845590
length8181,160
definitionDH845589|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009L13, 5' end.DH845590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,475,746 - 93,476,561)(93,385,456 - 93,386,620)
sequence
gaattcaccactgtctgagttctgcagggctgccagaacaaatagcttag
cataatacacgttatggcttgtggaagtcacaagtctgaaatagacagat
gtagctcggggtaaatattctggagtgtaaccttggacatcaatcacagt
tagatatgacactttctgcacaagtagcagtttcatactcacctttgaga
gtggaagcatgcataggtccatgagctgataggaaccccagacaaggtat
ttgaaagggtatctataaaaagggaataatagtaactgttgacatggcaa
gttgtttcgccaatttaattgactaatacacttaaaggtgttcttttcga
ttttcaaggattttgtagtgtgcctaacacataatggaccagtgggtaac
attattattagagattgacgaggatgaagtggtgggtggttgctagggtc
cctagttctccatccttcaaataccagctactggagccccctttgccgca
cagaactagccccaaagcaaactcacaaaaaacaaacaaacaaacaaaca
aacaaacaccagtgctttgccccaaggaggatgaatgcggtggggtctct
ctcttagaattttgttcctgtaactcctgttgggtcacaatccttaaacc
agcatctcctttaaaaataatttaatttgaaaaaaaattattttggtgta
tttcctattgtgtgaatgtgtgatttatgtgtgcatgtaggtgcaagggg
tacatgtggggttcttattcatatgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgt
gcatgttttgtgtgtgtg
gaattcccactcactgaggagtgtgtgtgtgcgtgtgtgttaaagaaaag
caaaatctaaacttcaaaaacttaaattccaagttctttgtgattagggc
ctgatttttacttaggttttatttcaaagacatgggaactgatgatttgt
gtggctttctttctgagcagttaatatggggactagtctgtgcgagaaaa
aacatacaagattgtctcacacaagtcacagtatagagtcacacccagtc
ctcattctagagagccatgctcattgtgaaagtctgttaatttctcagtg
agcggttctgtgaaaacaagaacattagaaaacttaagcctttatacaaa
attctcatatgttttaaaatgcatcaatatatccaattagttgtaaaatt
cttctaccatttaccctgaagtcctgccacttgggtatctacatattgct
gtctatacacaattgtattgttgtaaaggacagtcactggaaacatgagt
gtactagaacagcacttgtgtagttagctagattacgtctaatactattt
cctggataaggtaagcctattttatcctttttaaatactatatagaatta
cactacaccagcggttctcaaccagggttctgacccctttggaatggaaa
tgttttcccatttcccataattaatttgaaaattgtgctgtcttcatgtc
aacttacctaaggagacatatatattatccataatgatgaatgctggcag
taaatactgagtgaccataattctgaaatacattgtagtaggtcaagtct
tgtatatttatgtgcatgtgagagagaatgaagcaagaaaggaaagatag
caatcaggggaggacagacaggtcagtggctgtgcttgccagcatcttta
gttttgttgaccatcttgagtgctgggttttctttgttctttagacaagt
acaagtgaaatgagaaattaggaagccctcaccacacaggcagtagagag
tatggtgagccactggcatagctgtcatggagctgtggagcctaggcagt
gtactaaggtggctggacactatacctttatgtttctgagggaatatcct
gctccctccgggagagttgctttttaatgcactcactgtaaaaagccagt
tcccattcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93475746_93476561
seq2: B6Ng01-009L13.b_44_861 (reverse)

seq1  CACACACAC-ACACATGCACACACACACACATGCACACACACACATATGA  49
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAAAACATGCACACACACACACATGCACACACACACATATGA  50

seq1  ATAAGAA-CCCACATGTACCCCTTGCACCTACATGCACACATAAATCACA  98
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAACCCCACATGTACCCCTTGCACCTACATGCACACATAAATCACA  100

seq1  CATTCACACAATAGGAAATACACCAAAATAATTTTTTTTCAAATTAAATT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACACAATAGGAAATACACCAAAATAATTTTTTTTCAAATTAAATT  150

seq1  ATTTTTAAAGGAGATGCTGGTTTAAGGATTGTGACCCAACAGGAGTTACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAAGGAGATGCTGGTTTAAGGATTGTGACCCAACAGGAGTTACA  200

seq1  GGAACAAAATTCTAAGAGAGAGACCCCACCGCATTCATCCTCCTTGGGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAATTCTAAGAGAGAGACCCCACCGCATTCATCCTCCTTGGGGC  250

seq1  AAAGCACTGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTGAGTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTGAGTTT  300

seq1  GCTTTGGGGCTAGTTCTGTGCGGCAAAGGGGGCTCCAGTAGCTGGTATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGGGCTAGTTCTGTGCGGCAAAGGGGGCTCCAGTAGCTGGTATTT  350

seq1  GAAGGATGGAGAACTAGGGACCCTAGCAACCACCCACCACTTCATCCTCG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATGGAGAACTAGGGACCCTAGCAACCACCCACCACTTCATCCTCG  400

seq1  TCAATCTCTAATAATAATGTTACCCACTGGTCCATTATGTGTTAGGCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTCTAATAATAATGTTACCCACTGGTCCATTATGTGTTAGGCACA  450

seq1  CTACAAAATCCTTGAAAATCGAAAAGAACACCTTTAAGTGTATTAGTCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAATCCTTGAAAATCGAAAAGAACACCTTTAAGTGTATTAGTCAA  500

seq1  TTAAATTGGCGAAACAACTTGCCATGTCAACAGTTACTATTATTCCCTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTGGCGAAACAACTTGCCATGTCAACAGTTACTATTATTCCCTTT  550

seq1  TTATAGATACCCTTTCAAATACCTTGTCTGGGGTTCCTATCAGCTCATGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATACCCTTTCAAATACCTTGTCTGGGGTTCCTATCAGCTCATGG  600

seq1  ACCTATGCATGCTTCCACTCTCAAAGGTGAGTATGAAACTGCTACTTGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGCATGCTTCCACTCTCAAAGGTGAGTATGAAACTGCTACTTGTG  650

seq1  CAGAAAGTGTCATATCTAACTGTGATTGATGTCCAAGGTTACACTCCAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTGTCATATCTAACTGTGATTGATGTCCAAGGTTACACTCCAGA  700

seq1  ATATTTACCCCGAGCTACATCTGTCTATTTCAGACTTGTGACTTCCACAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACCCCGAGCTACATCTGTCTATTTCAGACTTGTGACTTCCACAA  750

seq1  GCCATAACGTGTATTATGCTAAGCTATTTGTTCTGGCAGCCCTGCAGAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAACGTGTATTATGCTAAGCTATTTGTTCTGGCAGCCCTGCAGAAC  800

seq1  TCAGACAGTGGTGAATTC  816
      ||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAGTGGTGAATTC  818

seq1: chr6_93385456_93386620
seq2: B6Ng01-009L13.g_66_1225

seq1  GAATTCCCACTCACTGAGGAGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTTAAAGAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACTCACTGAGGAGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTTAAAGAAAAG  50

seq1  CAAAATCTAAACTTCAAAAACTTAAATTCCAAGTTCTTTGTGATTAGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTAAACTTCAAAAACTTAAATTCCAAGTTCTTTGTGATTAGGGC  100

seq1  CTGATTTTTACTTAGGTTTTATTTCAAAGACATGGGAACTGATGATTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTTACTTAGGTTTTATTTCAAAGACATGGGAACTGATGATTTGT  150

seq1  GTGGCTTTCTTTCTGAGCAGTTAATATGGGGACTAGTCTGTGCGAGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTTCTTTCTGAGCAGTTAATATGGGGACTAGTCTGTGCGAGAAAA  200

seq1  AACATACAAGATTGTCTCACACAAGTCACAGTATAGAGTCACACCCAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACAAGATTGTCTCACACAAGTCACAGTATAGAGTCACACCCAGTC  250

seq1  CTCATTCTAGAGAGCCATGCTCATTGTGAAAGTCTGTTAATTTCTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCTAGAGAGCCATGCTCATTGTGAAAGTCTGTTAATTTCTCAGTG  300

seq1  AGCGGTTCTGTGAAAACAAGAACATTAGAAAACTTAAGCCTTTATACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTTCTGTGAAAACAAGAACATTAGAAAACTTAAGCCTTTATACAAA  350

seq1  ATTCTCATATGTTTTAAAATGCATCAATATATCCAATTAGTTGTAAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATATGTTTTAAAATGCATCAATATATCCAATTAGTTGTAAAATT  400

seq1  CTTCTACCATTTACCCTGAAGTCCTGCCACTTGGGTATCTACATATTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACCATTTACCCTGAAGTCCTGCCACTTGGGTATCTACATATTGCT  450

seq1  GTCTATACACAATTGTATTGTTGTAAAGGACAGTCACTGGAAACATGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATACACAATTGTATTGTTGTAAAGGACAGTCACTGGAAACATGAGT  500

seq1  GTACTAGAACAGCACTTGTGTAGTTAGCTAGATTACGTCTAATACTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAGAACAGCACTTGTGTAGTTAGCTAGATTACGTCTAATACTATTT  550

seq1  CCTGGATAAGGTAAGCCTATTTTATCCTTTTTAAATACTATATAGAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATAAGGTAAGCCTATTTTATCCTTTTTAAATACTATATAGAATTA  600

seq1  CACTACACCAGCGGTTCTCAACCAGGGTTCTGACCCCTTTGGAATGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACACCAGCGGTTCTCAACCAGGGTTCTGACCCCTTTGGAATGGAAA  650

seq1  TGTTTTCCCATTTCCCATAATTAATTTGAAAATTGTGCTGTCTTCATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCCATTTCCCATAATTAATTTGAAAATTGTGCTGTCTTCATGTC  700

seq1  AACTTACCTAAGGAGACATATATATTATCCATAATGATGAATGCTGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACCTAAGGAGACATATATATTATCCATAATGATGAATGCTGGCAG  750

seq1  TAAATACTGAGTGACCATAATTCTGAAATACATTGTAGTAGGTCAAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTGAGTGACCATAATTCTGAAATACATTGTAGTAGGTCAAGTCT  800

seq1  TGTATATTTATGTGCATGTGAGAGAGAATGAAGCAAGAAAGGAAAGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTTATGTGCATGTGAGAGAGAATGAAGCAAGAAAGGAAAGATAG  850

seq1  CAACCA-GGGAGGACAGACAGGTCAGTGGCTGTGCTTGCCAGCATCTTTA  899
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGGGGAGGACAGACAGGTCAGTGGCTGTGCTTGCCAGCATCTTTA  900

seq1  GTTTTGTTGACCATCTTGAGTGCT-GGTTTTCTTTGTTCTTTAGACAAGT  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTGACCATCTTGAGTGCTGGGTTTTCTTTGTTCTTTAGACAAGT  950

seq1  ACAAGTGAAATGAGACATTAGGAAGCCCTCACCACACAGGCAGTAGAAGA  998
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAAGTGAAATGAGAAATTAGGAAGCCCTCACCACACAGGCAGTAG-AGA  999

seq1  GTATGGTGAGCCACTGGCATAGCTGTCATGGAGCTGTGGAGCCTAGGGCA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  GTATGGTGAGCCACTGGCATAGCTGTCATGGAGCTGTGGAGCCTAGG--C  1047

seq1  AGTGTACTAAGGTGGCTGGACACTTATACCTTTAATGTTTCTGAGGG-AC  1097
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | 
seq2  AGTGTACTAAGGTGGCTGGACAC-TATACCTTT-ATGTTTCTGAGGGAAT  1095

seq1  ATTCTGCTCACTCCGGGAGAGTTTGCTTTTTAATCGACTCACTGTAAAAA  1147
      || |||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  ATCCTGCTCCCTCCGGGAGAG-TTGCTTTTTAATGCACTCACTGTAAAAA  1144

seq1  GCCAGTTTCCACATTCGC  1165
      |||||||  | |||||||
seq2  GCCAGTT--CCCATTCGC  1160