BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009N06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 136,324,814 - 136,492,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545887, E330021D16Rik, EG627022, LOC100043893, Atf7ip
Upstream geneEmp1, Grin2b, EG668137
Downstream gene1100001H23Rik, LOC100043894, Gucy2c, Hist4h4, H2afj, Wbp11, BC049715, C030030A07Rik, Art4, Mgp, Erp27, Arhgdib, Pde6h, Rerg, Ptpro, Eps8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009N06.bB6Ng01-009N06.g
ACCDH845665DH845666
length4541,169
definitionDH845665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009N06, 5' end.DH845666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009N06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,324,814 - 136,325,273)(136,491,794 - 136,492,960)
sequence
tcatgagcaaaaatcttgctttttaaaaattcttgctggacaaccccaat
tcaaaattaatctgtccccctttttttctccctcttccctccctgaagct
tcctccttcctcctcctttcccctcctcctttcccctcctcctttcccct
ctccctcctttctctcctcctccctctctcacacctgactctctcacact
cttcccaattctatgtcccctccaatggtctcacacagaacaggctggcc
tcttactccatcagtagctaaagaagaccttgaactcctggtcttccagc
tgccatgcaatcccccacatgctggaagattacaggcacgcagcactatg
cctggctccaacccctcatctctctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctccctc
tctc
gaattcttaaataatacatattaaaattgtgataaatttaaatatttgga
aattaatttattatgtggagtgaaaacgatactatcaactctgtataaac
atctattgtttaacatgtcagtcaaatgtgaatgcataagcagtctgatc
taaatgctgacctctgttaaatgcacactaaaactttgcagtgagttagt
tatggtaagaatgccatttctcctcatacaccagttggtgctgatataac
tgaggacatggtaacaggctatagtggctgattcatatgtaatataaatt
agtaatatccacatgaagctcacttcatttattaattagttcatttcact
tcaaatgtgaatttacaatgacatctctttaaaagactaaatccaaataa
ggctctcaaaatctcctgaatattaacactaataatctaccaatcctgtc
attactatagctgggggaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacacccaaa
ggcagagagacagctggagcacctatgatgaggagctgtcccagagaggg
gacctgaatctcttccctgggggcagctttgtacttcacttaaggcagtg
caaactttaaaatctaatgagacttcttgagtttaagtttcttatttgat
tcatattcatttttaaaaactcaggaacacaatacaatagttggctaagt
gttgtgattccctttgttgtttcacatttgttgagtagtttgcgtagcaa
acatcccattaatatcccattaaccacgaagccaaaaagctgttattcaa
tgtatcagtgatgctcacggggcacaagagctcttatctttaaaaggacc
gtttgcagtgaagatgcctagaatctggattctctgtgccactctctatc
caggcaactatggggtctgcaccactgttcgaagttaagtgcctcctcac
ctattactaatggtgtcagtctctaagaagccgaacttaagcttaaaaca
cacagttgcctctcgtatcaccggcactgccagtgcctggagtcctctta
cgggaacactaagtgcttcatcctttcactgtcagcccaccattcaaaga
aggaattccagggcacggttatcctgctgcccactgccaggacgaactgc
agtttcacctagctggcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_136324814_136325273
seq2: B6Ng01-009N06.b_44_503

seq1  GAATTCTCATGAGCAAAAATCTTGCTTTTTAAAAATTCTTGCTGGACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGAGCAAAAATCTTGCTTTTTAAAAATTCTTGCTGGACAAC  50

seq1  CCCAATTCAAAATTAATCTGTCCCCCTTTTTTTCTCCCTCTTCCCTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTCAAAATTAATCTGTCCCCCTTTTTTTCTCCCTCTTCCCTCCCT  100

seq1  GAAGCTTCCTCCTTCCTCCTCCTTTCCCCTCCTCCTTTCCCCTCCTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTCCTCCTTCCTCCTCCTTTCCCCTCCTCCTTTCCCCTCCTCCTT  150

seq1  TCCCCTCTCCCTCCTTTCTCTCCTCCTCCCTCTCTCACACCTGACTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTCCCTCCTTTCTCTCCTCCTCCCTCTCTCACACCTGACTCTCT  200

seq1  CACACTCTTCCCAATTCTATGTCCCCTCCAATGGTCTCACACAGAACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTTCCCAATTCTATGTCCCCTCCAATGGTCTCACACAGAACAGG  250

seq1  CTGGCCTCTTACTCCATCAGTAGCTAAAGAAGACCTTGAACTCCTGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCTTACTCCATCAGTAGCTAAAGAAGACCTTGAACTCCTGGTCT  300

seq1  TCCAGCTGCCATGCAATCCCCCACATGCTGGAAGATTACAGGCACGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGCCATGCAATCCCCCACATGCTGGAAGATTACAGGCACGCAGC  350

seq1  ACTATGCCTGGCTCCAACCCCTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCTGGCTCCAACCCCTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  400

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  450

seq1  TCTCTCTCTC  460
      || |||||||
seq2  TCCCTCTCTC  460

seq1: chr6_136491794_136492960
seq2: B6Ng01-009N06.g_68_1236 (reverse)

seq1  GCGCCAGCTAGCTGGAACTGCAG-TCTGCCTGTGCAGT-GGCAGCA-GAT  47
      ||||||||||| || |||||||| ||  |||| ||||| ||||||| |||
seq2  GCGCCAGCTAGGTGAAACTGCAGTTCGTCCTG-GCAGTGGGCAGCAGGAT  49

seq1  AACACGTGTCCTGGACTTCCTCTTTGGAATGTGTGGGCTGACAGTGAAGG  97
      ||| |||| |||||| |||||  || ||||| |||||||||||||||| |
seq2  AAC-CGTGCCCTGGAATTCCTTCTTTGAATG-GTGGGCTGACAGTGAAAG  97

seq1  GTTGAAGC-CTTAGTGTCCCAGTAATGAGACTCCA-GCACTGGCAGTGCC  145
      | |||||| |||||||| || ||||   ||||||| ||||||||||||||
seq2  GATGAAGCACTTAGTGTTCCCGTAAGAGGACTCCAGGCACTGGCAGTGCC  147

seq1  GTGGATGACGAGA-GCAACTGTGTGTTTTAAGCTTTAAGTTCGGC-TCTT  193
      |  ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GGTGAT-ACGAGAGGCAACTGTGTGTTTTAAGC-TTAAGTTCGGCTTCTT  195

seq1  AGAGACTGACACCATTAGTAATAGGTG-GGAGGCACTTAACTTCGAACAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGACACCATTAGTAATAGGTGAGGAGGCACTTAACTTCGAACAG  245

seq1  TTGCTGCAGACCCCATAGTTGCCTGGATAGAGAGTGGCACAGAGAATCCA  292
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGGTGCAGACCCCATAGTTGCCTGGATAGAGAGTGGCACAGAGAATCCA  294

seq1  GATTCTAGGCATCTTCACTGCAAACGGTCCTTTTGAAGATAAGAGCTCTT  342
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATTCTAGGCATCTTCACTGCAAACGGTCCTTTTAAAGATAAGAGCTCTT  344

seq1  GTGCCCCGTGAGCATCACTGATACATTGAATAACAGCTTTTTGGCTTCGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCGTGAGCATCACTGATACATTGAATAACAGCTTTTTGGCTTCGT  394

seq1  GGTTAATGGGATATTAATGGGATGTTTGCTACGCAAACTACTCAACAAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATGGGATATTAATGGGATGTTTGCTACGCAAACTACTCAACAAAT  444

seq1  GTGAAACAACAAAGGGAATCACAACACTTAGCCAACTATTGTATTGTGTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACAACAAAGGGAATCACAACACTTAGCCAACTATTGTATTGTGTT  494

seq1  CCTGAGTTTTTAAAAATGAATATGAATCAAATAAGAAACTTAAACTCAAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTTTTAAAAATGAATATGAATCAAATAAGAAACTTAAACTCAAG  544

seq1  AAGTCTCATTAGATTTTAAAGTTTGCACTGCCTTAAGTGAAGTACAAAGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCATTAGATTTTAAAGTTTGCACTGCCTTAAGTGAAGTACAAAGC  594

seq1  TGCCCCCAGGGAAGAGATTCAGGTCCCCTCTCTGGGACAGCTCCTCATCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCAGGGAAGAGATTCAGGTCCCCTCTCTGGGACAGCTCCTCATCA  644

seq1  TAGGTGCTCCAGCTGTCTCTCTGCCTTTGGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCTCCAGCTGTCTCTCTGCCTTTGGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  694

seq1  TTGTTTTTCCCCCAGCTATAGTAATGACAGGATTGGTAGATTATTAGTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTCCCCCAGCTATAGTAATGACAGGATTGGTAGATTATTAGTGT  744

seq1  TAATATTCAGGAGATTTTGAGAGCCTTATTTGGATTTAGTCTTTTAAAGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTCAGGAGATTTTGAGAGCCTTATTTGGATTTAGTCTTTTAAAGA  794

seq1  GATGTCATTGTAAATTCACATTTGAAGTGAAATGAACTAATTAATAAATG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCATTGTAAATTCACATTTGAAGTGAAATGAACTAATTAATAAATG  844

seq1  AAGTGAGCTTCATGTGGATATTACTAATTTATATTACATATGAATCAGCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCTTCATGTGGATATTACTAATTTATATTACATATGAATCAGCC  894

seq1  ACTATAGCCTGTTACCATGTCCTCAGTTATATCAGCACCAACTGGTGTAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGCCTGTTACCATGTCCTCAGTTATATCAGCACCAACTGGTGTAT  944

seq1  GAGGAGAAATGGCATTCTTACCATAACTAACTCACTGCAAAGTTTTAGTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAATGGCATTCTTACCATAACTAACTCACTGCAAAGTTTTAGTG  994

seq1  TGCATTTAACAGAGGTCAGCATTTAGATCAGACTGCTTATGCATTCACAT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTAACAGAGGTCAGCATTTAGATCAGACTGCTTATGCATTCACAT  1044

seq1  TTGACTGACATGTTAAACAATAGATGTTTATACAGAGTTGATAGTATCGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGACATGTTAAACAATAGATGTTTATACAGAGTTGATAGTATCGT  1094

seq1  TTTCACTCCACATAATAAATTAATTTCCAAATATTTAAATTTATCACAAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCCACATAATAAATTAATTTCCAAATATTTAAATTTATCACAAT  1144

seq1  TTTAATATGTATTAATTAAGAATTC  1167
      |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTAATATGTATTATTTAAGAATTC  1169