BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009N19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,419,989 - 77,548,072
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneLOC668153, EG668155, LOC100042956, Lrrtm1
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d, Reg3a, Reg2, Reg1, Reg3g, LOC621716, Ppia-ps6_789.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009N19.bB6Ng01-009N19.g
ACCDH845691DH845692
length1,1531,098
definitionDH845691|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009N19, 5' end.DH845692|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,546,920 - 77,548,072)(77,419,989 - 77,421,100)
sequence
gaattcctctccaatctcttgaatgcacagatagatatccagaagtgcaa
ggagactggtgtacaagaaattatgagtgataaactggacatggacctgt
gccgttgttttagctgatgcccaggtttcaaatggggcattcaggcaaag
aataggacacgaagtctgggggccctgctggatgggtctaacccaggcca
ttattagaaggaagtctgggatctcaggtagaaacagcattggagcatga
cctaacaaaataaaatttaatttaaaaaaaagtgaaaagaagaagagata
gtgtcttatctattaaagagaatgatagaaaatatcactccttgaagaac
ttaacacaaatcactggccatttattccagagcccaaaactgaataatca
cagcatgccaagttttagccagaatttactttgaggctcttctgctttac
taatcaggataccttggagaagacaataccgttgtggccagaggcccttg
tctcattttttcatactgtacttttagaaagttcaggttcattttaattt
tttgttctttgataatctcatacttgtatacaatgaaatatgtaacatat
acaatccccgttccctacccccaagccccaatatattcactacatcatct
ctttctcataatttcatgtaatcttttttaatatcctactaattccagta
gtactgcatatacgtaaataagagtggagccgtccactagagtagagtta
ccctaccaatggctacgtcctcaaagaagaatgctgttctctccctcagt
agccatcaattgccaatagaaatctgtctcaaagtattcgtaaaattgaa
gttacagcaaaattagtttagattctagaaccattagaactcaattcaag
gaagctatcataacataaaattgacctaaatgactattaataagttaaac
ctcctgtgattctaattactaattgtgatcataagtattttaaagaaagt
tgaagggacatttgggaatatgttggaagggtcaaagattgtcaggcttc
aaggcagacattggaatgcgagaattatgagtggtgaatcatggagaggg
atgatgttatgcaggaggctctttggtgacaataaacctgttcccataaa
gag
gaattcttgagttagctggacatgaagagccaaaggcaactcatatgtca
ctacttgtccctttcctgccagaattggcatgggctgtggtcttcaaact
gcctctatatcttctcaactccctctaactttcttttggtaaactcaacc
agttctagttaatccagcacattccacccttaatgtgttcccatgaggag
caaatacatccatccttgaaatttatgttaactttaaaggtctgcagttc
ttattcatgagatttcaaagtgcatgttcatactgcatgaaaaagttcat
gaggcagaccctggctagggactgctttctatctgcatagatttgtagaa
caaataagatatttcacaagttgactttttttttttttgacgtctctaaa
taaactgaagacatgattatcttttccccaaggctacttgctagttaaaa
gtctttatgtctgtattcccctatggaactatcgatgatgattgaattat
ttcatccttctgtccatgatgaaaatcttataggtaagttgttaacaata
cttagagagacacatttaattttagtcaaaatgtaataaacttaaattta
aagctacatgtagatacaggccattttattgggcaatatagagctgtcta
catcacaaaattatctattagaatggaaagccctttattttgaagacagg
gaatgctctaaggtcatgggcaaagtctaggacaaatttcttaaccaaga
tagattttggccccaggaaacatttggcaatgcctcagatattctcagtt
atcatacttagcatgtgtgcaatggtgctgaaattgctactggcctttta
agatgtccagatgcttatagatatcctacagttgacagggacactctata
aaaatatgcacatggatatgtagtagactatacagagtaaactgtgagtg
aggtcagtcatgaatgaggagaaagtggtctgtggggcttcttgacagtg
caatcttccctggagacttgcatttctctatcttctgattcatctgacat
ttcctacaactttattatttattctaacaaagtacttaacctaatgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77546920_77548072
seq2: B6Ng01-009N19.b_48_1200 (reverse)

seq1  CTCTTTATTGGTACAGGTTTAATGTCA-CAAAGAACCTCCTGCAT-ACAT  48
      |||||||| || ||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||
seq2  CTCTTTATGGGAACAGGTTTATTGTCACCAAAGAGCCTCCTGCATAACAT  50

seq1  CATACCCTCTCCATGA-TCACAACTCATAA-TCTCGCATTCC-ATGTCTG  95
      ||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CAT-CCCTCTCCATGATTCACCACTCATAATTCTCGCATTCCAATGTCTG  99

seq1  CCTTTGAAAGCCTGACAATCTTTTGACCCTT-CAACATATTCCCAAATGT  144
      ||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  CCTT--GAAGCCTGACAATC-TTTGACCCTTCCAACATATTCCCAAATG-  145

seq1  TCCCTTC-ACTTTCTTTAAAATACTTTATGATCACAATTTAGTAATTAGA  193
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCCTTCAACTTTCTTTAAAATAC-TTATGATCACAA-TTAGTAATTAGA  193

seq1  ATCACAGGAGGTTTAACTTATAATTAGTCATTTAGGTCAATTTTATGTTA  243
      ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGGAGGTTTAACTTATTAATAGTCATTTAGGTCAATTTTATGTTA  243

seq1  TGATAGCTTCCTTGAATTGAGTTCTAATGGTTCTAGAATCTAAACTAATT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTTCCTTGAATTGAGTTCTAATGGTTCTAGAATCTAAACTAATT  293

seq1  TTGCTGTAACTTCAATTTTACGAATACTTTGAGACAGATTTCTATTGGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTAACTTCAATTTTACGAATACTTTGAGACAGATTTCTATTGGCA  343

seq1  ATTGATGGCTACTGAGGGAGAGAACAGCATTCTTCTTTGAGGACGTAGCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGGCTACTGAGGGAGAGAACAGCATTCTTCTTTGAGGACGTAGCC  393

seq1  ATTGGTAGGGTAACTCTACTCTAGTGGACGGCTCCACTCTTATTTACGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAGGGTAACTCTACTCTAGTGGACGGCTCCACTCTTATTTACGTA  443

seq1  TATGCAGTACTACTGGAATTAGTAGGATATTAAAAAAGATTACATGAAAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGTACTACTGGAATTAGTAGGATATTAAAAAAGATTACATGAAAT  493

seq1  TATGAGAAAGAGATGATGTAGTGAATATATTGGGGCTTGGGGGTAGGGAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAAGAGATGATGTAGTGAATATATTGGGGCTTGGGGGTAGGGAA  543

seq1  CGGGGATTGTATATGTTACATATTTCATTGTATACAAGTATGAGATTATC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGATTGTATATGTTACATATTTCATTGTATACAAGTATGAGATTATC  593

seq1  AAAGAACAAAAAATTAAAATGAACCTGAACTTTCTAAAAGTACAGTATGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACAAAAAATTAAAATGAACCTGAACTTTCTAAAAGTACAGTATGA  643

seq1  AAAAATGAGACAAGGGCCTCTGGCCACAACGGTATTGTCTTCTCCAAGGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAGACAAGGGCCTCTGGCCACAACGGTATTGTCTTCTCCAAGGT  693

seq1  ATCCTGATTAGTAAAGCAGAAGAGCCTCAAAGTAAATTCTGGCTAAAACT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATTAGTAAAGCAGAAGAGCCTCAAAGTAAATTCTGGCTAAAACT  743

seq1  TGGCATGCTGTGATTATTCAGTTTTGGGCTCTGGAATAAATGGCCAGTGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGCTGTGATTATTCAGTTTTGGGCTCTGGAATAAATGGCCAGTGA  793

seq1  TTTGTGTTAAGTTCTTCAAGGAGTGATATTTTCTATCATTCTCTTTAATA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTAAGTTCTTCAAGGAGTGATATTTTCTATCATTCTCTTTAATA  843

seq1  GATAAGACACTATCTCTTCTTCTTTTCACTTTTTTTTAAATTAAATTTTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGACACTATCTCTTCTTCTTTTCACTTTTTTTTAAATTAAATTTTA  893

seq1  TTTTGTTAGGTCATGCTCCAATGCTGTTTCTACCTGAGATCCCAGACTTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGGTCATGCTCCAATGCTGTTTCTACCTGAGATCCCAGACTTC  943

seq1  CTTCTAATAATGGCCTGGGTTAGACCCATCCAGCAGGGCCCCCAGACTTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAATAATGGCCTGGGTTAGACCCATCCAGCAGGGCCCCCAGACTTC  993

seq1  GTGTCCTATTCTTTGCCTGAATGCCCCATTTGAAACCTGGGCATCAGCTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTATTCTTTGCCTGAATGCCCCATTTGAAACCTGGGCATCAGCTA  1043

seq1  AAACAACGGCACAGGTCCATGTCCAGTTTATCACTCATAATTTCTTGTAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACGGCACAGGTCCATGTCCAGTTTATCACTCATAATTTCTTGTAC  1093

seq1  ACCAGTCTCCTTGCACTTCTGGATATCTATCTGTGCATTCAAGAGATTGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCTCCTTGCACTTCTGGATATCTATCTGTGCATTCAAGAGATTGG  1143

seq1  AGAGGAATTC  1153
      ||||||||||
seq2  AGAGGAATTC  1153

seq1: chr6_77419989_77421100
seq2: B6Ng01-009N19.g_68_1165

seq1  GAATTCTTGAGTTAGCTGGACATGAAGAGCCAAAGGCAACTCATATGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGTTAGCTGGACATGAAGAGCCAAAGGCAACTCATATGTCA  50

seq1  CTACTTGTCCCTTTCCTGCCAGAATTGGCATGGGCTGTGGTCTTCAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGTCCCTTTCCTGCCAGAATTGGCATGGGCTGTGGTCTTCAAACT  100

seq1  GCCTCTATATCTTCTCAACTCCCTCTAACTTTCTTTTGGTAAACTCAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTATATCTTCTCAACTCCCTCTAACTTTCTTTTGGTAAACTCAACC  150

seq1  AGTTCTAGTTAATCCAGCACATTCCACCCTTAATGTGTTCCCATGAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAGTTAATCCAGCACATTCCACCCTTAATGTGTTCCCATGAGGAG  200

seq1  CAAATACATCCATCCTTGAAATTTATGTTAACTTTAAAGGTCTGCAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACATCCATCCTTGAAATTTATGTTAACTTTAAAGGTCTGCAGTTC  250

seq1  TTATTCATGAGATTTCAAAGTGCATGTTCATACTGCATGAAAAAGTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATGAGATTTCAAAGTGCATGTTCATACTGCATGAAAAAGTTCAT  300

seq1  GAGGCAGACCCTGGCTAGGGACTGCTTTCTATCTGCATAGATTTGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGACCCTGGCTAGGGACTGCTTTCTATCTGCATAGATTTGTAGAA  350

seq1  CAAATAAGATATTTCACAAGTTGACTTTTTTTTTTTTTGACGTCTCTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGATATTTCACAAGTTGACTTTTTTTTTTTTTGACGTCTCTAAA  400

seq1  TAAACTGAAGACATGATTATCTTTTCCCCAAGGCTACTTGCTAGTTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGAAGACATGATTATCTTTTCCCCAAGGCTACTTGCTAGTTAAAA  450

seq1  GTCTTTATGTCTGTATTCCCCTATGGAACTATCGATGATGATTGAATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATGTCTGTATTCCCCTATGGAACTATCGATGATGATTGAATTAT  500

seq1  TTCATCCTTCTGTCCATGATGAAAATCTTATAGGTAAGTTGTTAACAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCTTCTGTCCATGATGAAAATCTTATAGGTAAGTTGTTAACAATA  550

seq1  CTTAGAGAGACACATTTAATTTTAGTCAAAATGTAATAAACTTAAATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAGACACATTTAATTTTAGTCAAAATGTAATAAACTTAAATTTA  600

seq1  AAGCTACATGTAGATACAGGCCATTTTATTGGGCAATATAGAGCTGTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACATGTAGATACAGGCCATTTTATTGGGCAATATAGAGCTGTCTA  650

seq1  CATCACAAAATTATCTATTAGAATGGAAAGCCCTTTATTTTGAAGACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAAAATTATCTATTAGAATGGAAAGCCCTTTATTTTGAAGACAGG  700

seq1  GAATGCTCTAAGGTCATGGGCAAAGTCTAGGACAAATTTCTTAACCAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTCTAAGGTCATGGGCAAAGTCTAGGACAAATTTCTTAACCAAGA  750

seq1  TAGATTTTGGCCCCAGGAAACATTTGGCAATGCCTCAGATATTCTCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTGGCCCCAGGAAACATTTGGCAATGCCTCAGATATTCTCAGTT  800

seq1  ATCATACTTAGCATGTGTGCAATGGTGCTGAAATTGCTACTGGCCTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACTTAGCATGTGTGCAATGGTGCTGAAATTGCTACTGGCCTTTTA  850

seq1  AGATGTCCAGATGCTTATAGATATCCTACAGTTGACAGGGACACTCTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCCAGATGCTTATAGATATCCTACAGTTGACAGGGACACTCTATA  900

seq1  AAAAATAATGCACATGGATATGTAGTAGAACTAATACAGAGTAAACTGTG  950
      ||||   ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  AAAA--TATGCACATGGATATGTAGTAG-ACT-ATACAGAGTAAACTGTG  946

seq1  AGTGAGGTCAGTCAATGAATGAGGAGACAGTGGTCTGTGGGGCTTCCTTG  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTGAGGTCAGTC-ATGAATGAGGAGAAAGTGGTCTGTGGGGCTT-CTTG  994

seq1  ACAGTGCCAATCTTCCCCTGAGACTTGCATTTCTTCTAATCTTCTGATTT  1050
      |||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| ||
seq2  ACAGTG-CAATCTTCCCTGGAGACTTGCATTTC-TCT-ATCTTCTGA-TT  1040

seq1  CATCTGACATTTCCTACAAACCTTTATTATTTATTCTAACAATAGTTACC  1100
      |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||| 
seq2  CATCTGACATTTCCTACAA--CTTTATTATTTATTCTAACAA-AG-TACT  1086

seq1  TTAACTAATGAC  1112
      | | ||||||||
seq2  TAACCTAATGAC  1098