BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013A05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 37,792,568 - 37,918,994
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665102, Trim24
Upstream geneDgki, EG665024, Creb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636
Downstream geneSvopl, Atp6v0a4, LOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26, D130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013A05.bB6Ng01-013A05.g
ACCDH847941DH847942
length1,061995
definitionDH847941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013A05, 5' end.DH847942|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,917,930 - 37,918,994)(37,792,568 - 37,793,561)
sequence
gaattcaaagcacaaagggaccataatgccagattctgatgtaaggtgtc
atttgccttttgtctgctcagtccatctatgcttctgtgagtgtccctac
tgccagagagatctcaggtgcttaacacaagggaaagcttttgacttgga
gttaagcaaaagcaaatcctacccccagcttggactgcatatctagaatc
atctttcaaaggcaatgatcacgttcagggagagcagtgtgtgtgacagg
ggttttacactttaagaccatacatcctggagctttgatccagggctctg
aaaaccaaacttcctaagttactgtcagaggtaaatgccggaataagtgt
aggtcaagactgctaaatcataatgaacatttttttccttgtagtttggg
tggtggtggtctcaaaatcaatatgggatagagtttgatttttgtttttg
tttttttctttaagcttctattacacgtaaagcccatttagcttggaccc
acctgaacacattggttcttgtcaatgattatgtcaggatagcagtgtta
cttgtagaaaaaactcaagacatttacttttaatatattattaaatatca
ttacaggaaacatggtactcaactgtctttcattcagcaaaaactgttaa
tggtgaaatgtaacattcttttgaaaggttactgcgccatagaatataat
agtgactgggatagatcagtagacattctggctaaaatacataaaaatta
tatttaccttatttaagccctacctcccccttagtgataattctcaaaat
aatttacataagtactgttttaactcaggtgacagttatggaagacaatc
taccagagaacagtattctaagatagcaaaaagaaagtattgctcagagt
tccacagccggagcttgagatggctcagtggttaagagcatttattgctc
ttgcagaggactcagtttggttcccagcacccatacggtcggtgtctgac
catcctctctacgtcacttccaggtatccaatgccctcttctagcctagg
tgggtgggcac
gaattcacctttccttgggactgcgggaatagaggctattggaagttatg
gacagcatatcagacagacaggcaacagagccattgcaaacttcagtggt
cttcctttctgatgcttgggctgttggtatctatagaacactagaaagtc
tgggttccttaaatataaagaaaagttactgactaccaagtcttagggca
ggcaagtcttctcagtcttttttaaagtaataattaattctggagttaat
tattaagatacaaagggtttctttcctctggggactgtgtaaagacctca
aatgagcgattctgaagggcaggggagctggagcaaagcaacttccctgt
ggagggcaggaggaagtaacatttttgcataagcattttttgacctactg
gatgacctcagtctggggtactctctatagcagagccggtttgagtcaac
tgaaaataagcagagctacagagtatatttaggtcttcccttggtgagca
cctgctatggtaaatgttgagtctgttgttagctctgagggagattgacc
aacagattccagaaaatagggcataaagggcaatgagtgggtcagctgga
gtccctgaaacaaggggtaaagatgacagtgattggctggtggccaagat
acatctgtggggttgattccagctgtgccagctccaagacccctaaacag
atatgaggcagtgcgtgatagtggtccatgctaagtcagatcagagcaac
ttcaagacttcctctctgtgcaagcatgcgtggagagttgttcctctagt
aaactcacctttgtgggtagttaaaccgctgtgtatattttttgcataat
atacatctacttataacagactgggtttgggggtaaagtaggccttcaag
aacttcaagaacatgactttttctggaagtgctcattctttctcccctcc
ctctccctctctttttttttttttatcctttttgggtttcgagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_37917930_37918994
seq2: B6Ng01-013A05.b_46_1106 (reverse)

seq1  GTGCCCACCCACCTAGGCTAGAAGAGGGCATTGGATACCCTGGAAGTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGCCCACCCACCTAGGCTAGAAGAGGGCATTGGATA-CCTGGAAGTGAC  49

seq1  GTTAGAGAGGATGGTCAGACACCGACCGTATGGGTGCTGGGAACCAAACC  100
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  G-TAGAGAGGATGGTCAGACACCGACCGTATGGGTGCTGGGAACCAAA-C  97

seq1  TGAGTCCTCTGCAAGAGCAATAAATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTCTGCAAGAGCAATAAATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCAA  147

seq1  GCTCCGGCTGTGGAACTCTGAGCAATACCTTTCTTTTTGCTATCTTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGGCTGTGGAACTCTGAGCAATA-CTTTCTTTTTGCTATCTTAGAA  196

seq1  TACTGTTCTCTGGTAGATTGTCTTCCATAACTGTCACCTGAGTTAAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTCTCTGGTAGATTGTCTTCCATAACTGTCACCTGAGTTAAAACA  246

seq1  GTACTTATGTAAATTATTTTGAGAATTATCACTAAGGGGGAGGTAGGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTATGTAAATTATTTTGAGAATTATCACTAAGGGGGAGGTAGGGCT  296

seq1  TAAATAAGGTAAATATAATTTTTATGTATTTTAGCCAGAATGTCTACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGGTAAATATAATTTTTATGTATTTTAGCCAGAATGTCTACTGA  346

seq1  TCTATCCCAGTCACTATTATATTCTATGGCGCAGTAACCTTTCAAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCCAGTCACTATTATATTCTATGGCGCAGTAACCTTTCAAAAGAA  396

seq1  TGTTACATTTCACCATTAACAGTTTTTGCTGAATGAAAGACAGTTGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATTTCACCATTAACAGTTTTTGCTGAATGAAAGACAGTTGAGTA  446

seq1  CCATGTTTCCTGTAATGATATTTAATAATATATTAAAAGTAAATGTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTCCTGTAATGATATTTAATAATATATTAAAAGTAAATGTCTTG  496

seq1  AGTTTTTTCTACAAGTAACACTGCTATCCTGACATAATCATTGACAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTCTACAAGTAACACTGCTATCCTGACATAATCATTGACAAGAA  546

seq1  CCAATGTGTTCAGGTGGGTCCAAGCTAAATGGGCTTTACGTGTAATAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGTTCAGGTGGGTCCAAGCTAAATGGGCTTTACGTGTAATAGAA  596

seq1  GCTTAAAGAAAAAAACAAAAACAAAAATCAAACTCTATCCCATATTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGAAAAAAACAAAAACAAAAATCAAACTCTATCCCATATTGATT  646

seq1  TTGAGACCACCACCACCCAAACTACAAGGAAAAAAATGTTCATTATGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACCACCACCACCCAAACTACAAGGAAAAAAATGTTCATTATGATT  696

seq1  TAGCAGTCTTGACCTACACTTATTCCGGCATTTACCTCTGACAGTAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTCTTGACCTACACTTATTCCGGCATTTACCTCTGACAGTAACTT  746

seq1  AGGAAGTTTGGTTTTCAGAGCCCTGGATCAAAGCTCCAGGATGTATGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTTTGGTTTTCAGAGCCCTGGATCAAAGCTCCAGGATGTATGGTC  796

seq1  TTAAAGTGTAAAACCCCTGTCACACACACTGCTCTCCCTGAACGTGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGTAAAACCCCTGTCACACACACTGCTCTCCCTGAACGTGATCA  846

seq1  TTGCCTTTGAAAGATGATTCTAGATATGCAGTCCAAGCTGGGGGTAGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTGAAAGATGATTCTAGATATGCAGTCCAAGCTGGGGGTAGGAT  896

seq1  TTGCTTTTGCTTAACTCCAAGTCAAAAGCTTTCCCTTGTGTTAAGCACCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTGCTTAACTCCAAGTCAAAAGCTTTCCCTTGTGTTAAGCACCT  946

seq1  GAGATCTCTCTGGCAGTAGGGACACTCACAGAAGCATAGATGGACTGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTCTCTGGCAGTAGGGACACTCACAGAAGCATAGATGGACTGAGC  996

seq1  AGACAAAAGGCAAATGACACCTTACATCAGAATCTGGCATTATGGTCCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAAGGCAAATGACACCTTACATCAGAATCTGGCATTATGGTCCCT  1046

seq1  TTGTGCTTTGAATTC  1065
      |||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTTGAATTC  1061

seq1: chr6_37792568_37793561
seq2: B6Ng01-013A05.g_67_1061

seq1  GAATTCACCTTTCCTTGGGACTGCGGGAATAGAGGCTATTGGAAGTTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTTCCTTGGGACTGCGGGAATAGAGGCTATTGGAAGTTATG  50

seq1  GACAGCATATCAGACAGACAGGCAACAGAGCCATTGCAAACTTCAGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCATATCAGACAGACAGGCAACAGAGCCATTGCAAACTTCAGTGGT  100

seq1  CTTCCTTTCTGATGCTTGGGCTGTTGGTATCTATAGAACACTAGAAAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTCTGATGCTTGGGCTGTTGGTATCTATAGAACACTAGAAAGTC  150

seq1  TGGGTTCCTTAAATATAAAGAAAAGTTACTGACTACCAAGTCTTAGGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCCTTAAATATAAAGAAAAGTTACTGACTACCAAGTCTTAGGGCA  200

seq1  GGCAAGTCTTCTCAGTCTTTTTTAAAGTAATAATTAATTCTGGAGTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTCTTCTCAGTCTTTTTTAAAGTAATAATTAATTCTGGAGTTAAT  250

seq1  TATTAAGATACAAAGGGTTTCTTTCCTCTGGGGACTGTGTAAAGACCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGATACAAAGGGTTTCTTTCCTCTGGGGACTGTGTAAAGACCTCA  300

seq1  AATGAGCGATTCTGAAGGGCAGGGGAGCTGGAGCAAAGCAACTTCCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCGATTCTGAAGGGCAGGGGAGCTGGAGCAAAGCAACTTCCCTGT  350

seq1  GGAGGGCAGGAGGAAGTAACATTTTTGCATAAGCATTTTTTGACCTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCAGGAGGAAGTAACATTTTTGCATAAGCATTTTTTGACCTACTG  400

seq1  GATGACCTCAGTCTGGGGTACTCTCTATAGCAGAGCCGGTTTGAGTCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTCAGTCTGGGGTACTCTCTATAGCAGAGCCGGTTTGAGTCAAC  450

seq1  TGAAAATAAGCAGAGCTACAGAGTATATTTAGGTCTTCCCTTGGTGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAGCAGAGCTACAGAGTATATTTAGGTCTTCCCTTGGTGAGCA  500

seq1  CCTGCTATGGTAAATGTTGAGTCTGTTGTTAGCTCTGAGGGAGATTGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTATGGTAAATGTTGAGTCTGTTGTTAGCTCTGAGGGAGATTGACC  550

seq1  AACAGATTCCAGAAAATAGGGCATAAAGGGCAATGAGTGGGTCAGCTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTCCAGAAAATAGGGCATAAAGGGCAATGAGTGGGTCAGCTGGA  600

seq1  GTCCCTGAAACAAGGGGTAAAGATGACAGTGATTGGCTGGTGGCCAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGAAACAAGGGGTAAAGATGACAGTGATTGGCTGGTGGCCAAGAT  650

seq1  ACATCTGTGGGGTTGATTCCAGCTGTGCCAGCTCCAAGACCCCTAAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTGGGGTTGATTCCAGCTGTGCCAGCTCCAAGACCCCTAAACAG  700

seq1  ATATGAGGCAGTGGGTGATAGTGGTCCATGCTAAGTCAGATCAGAGCAAC  750
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGGCAGTGCGTGATAGTGGTCCATGCTAAGTCAGATCAGAGCAAC  750

seq1  TTCAAGACTTCCTCTCTGTGCAAGCATGCGTGGAGAGTTGTTCCCCTAGT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCAAGACTTCCTCTCTGTGCAAGCATGCGTGGAGAGTTGTTCCTCTAGT  800

seq1  AAACTCACCTTTGTGGGTAGTTAAACCGCTGTGTATA-TTTTTGCATAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAACTCACCTTTGTGGGTAGTTAAACCGCTGTGTATATTTTTTGCATAAT  850

seq1  ATACATCTACTTATAACAGACTGGGTTT-GGGGTAAAGTAGGCCTTCAAG  898
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTACTTATAACAGACTGGGTTTGGGGGTAAAGTAGGCCTTCAAG  900

seq1  AACTTCAAGAACATGACCTTTTCCTGGAAGTGCTCATTCTTTCTCTCTCT  948
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | ||
seq2  AACTTCAAGAACATGA-CTTTTTCTGGAAGTGCTCATTCTTTCTC-CCCT  948

seq1  CTCTCTCTCTCT-TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTCGAGAC  994
      | ||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| |||||||||
seq2  CCCTCTCCCTCTCTTTTTTTTTTTTTATCCTTTTTGGGTTTCGAGAC  995