BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015G04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 142,824,085 - 142,987,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik
Upstream geneSlco1a1, EG625716, Slco1a6, Slco1a5, Iapp, BC027061, Recql, Golt1b, B230216G23Rik, Gys2, Ldhb, Kcnj8, Abcc9, 5330439B14Rik, Cmas, Gm766, EG665037
Downstream geneEtnk1, D6Ertd474e, Sox5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015G04.bB6Ng01-015G04.g
ACCDH849656DH849657
length1,0261,020
definitionDH849656|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015G04, 5' end.DH849657|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,824,085 - 142,825,125)(142,986,374 - 142,987,386)
sequence
gaattcctggttatagcatccctgggttcctggctcatagttattcccac
gtctttgaaacttcggggttcatctcaaagattctcccaacctctcaatg
ttcctttgcttcctcaacaagacatgttttccttttccacactatgtccc
agataagctgaacactgtactgaggggccatgcttagccttcagctcatt
cattattctacatttccctcacccccgactccacaactccaccctgagtg
gccctgtcccttgctcctcctttaactccatctgcacctctcgctgcaga
gcccactctagcctgactaggtttcatgatgtgtctcctcacagggtttc
tctctagagccttcccttgtgacactccacctttcttcctccttagctag
gcaaactctgccccaaggcagtcacttgctgtgccctcgaagtgtctgct
cagacacagccagcacagggtggccgtctacagcctgaaggtgtcttacc
ttgggtcaagctcaacaatttttgtcactgtccttcaccaaagctcactc
cctgtgctgctcactccttaaccaagcttccttcttatgtcaagttctct
ccctcaccctccgtgccagtttcagtcacacacagacaaatcccctgact
ttaaattgcactggctctttcaaatacttctgtggaaaactaagaagaaa
agagtacactcgcaatgactaaacagagttagtcccaaaggaaagagcag
ttttcaaggtcttaatcacccaactgtataatttccgggaagatctgagc
cctcatgtgtaggtccccccccccatgccccattagcaacaaagcagtac
ctctgctaaaggagcctgctgagctttgaactttcttgggggaaagttcc
ctatcccccccaccccttagtgcactcctaacctctcttgtataccagtt
tgagagaagctaagataagcgacagaaattaatgcaagccactagtttga
aaggcccggctatgaaggtagggaaa
gaattcagatcacagtgggcgagaccatgctgatgggcttagcggtgagt
ggggaggcttttgtcaactccgaggcaggaagtgttgtgtgggactcaga
gggttagttaagagaggataaacagatgtggtagtgcatcctcagcgtcc
tgcaccaggctctgaagcagtgatcggagatcaaggcctgcctgggctat
acagcaagaccctgtctcaagagagtaagttaacaaaagtagacgactaa
gctaaagaaacagacatcaagactttaacagttggagaagttttaggaaa
taagtccagtggtttgcttttatatagttttaacgaatcagtccatcatt
cctagagttgaaaccactgatctggactctattattatatattgggctgt
tgacagttacaggattttcatttgtgtgttgacagatttcaaattgtatt
tcttatgtcatcttttcatcacctaaggagatatttaatttataaaatct
atggacattgtagtctttttttctctataaatttatagttaaaatgcaaa
attgttttctgtttcatctcttttttttttaattaggctaagtatgtaaa
ttttatttagttttttaggttttgaggcaaggctgttcctaatgagtgca
tgccttgaagtcatgatccttctgcctccgcctgctgcggactggatttg
caggctgcacccctatgctcagctgtatggttttgtatgtaggaggtgac
agtggtgagctgctttagttcatggcatttgatgtaacctcaggcctgct
cccatgttttcatgctcccgtaggatgccatttactgggccactgctctg
tgaacaccagaatttcatggatcggaaggctagctttctgtgatagctga
cgggacagtcccttgctagatgtcacttaagaaggagaagacagtgctgc
atggggttattccaaagagacgggctgataattgctgagagtggtttcaa
atctgggtccatcttggttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_142824085_142825125
seq2: B6Ng01-015G04.b_47_1072

seq1  GAATTCCTGGTTATAGCATCCCTGGGTTCCTGGCTCATAGTTATTCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTTATAGCATCCCTGGGTTCCTGGCTCATAGTTATTCCCAC  50

seq1  GTCTTTGAAACTTCGGGGTTCATCTCAAAGATTCTCCCAACCTCTCAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGAAACTTCGGGGTTCATCTCAAAGATTCTCCCAACCTCTCAATG  100

seq1  TTCCTTTGCTTCCTCAACAAGACATGTTTTCCTTTTCCACACTATGTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGCTTCCTCAACAAGACATGTTTTCCTTTTCCACACTATGTCCC  150

seq1  AGATAAGCTGAACACTGTACTGAGGGGCCATGCTTAGCCTTCAGCTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGCTGAACACTGTACTGAGGGGCCATGCTTAGCCTTCAGCTCATT  200

seq1  CATTATTCTACATTTCCCTCACCCCCGACTCCACAACTCCACCCTGAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTCTACATTTCCCTCACCCCCGACTCCACAACTCCACCCTGAGTG  250

seq1  GCCCTGTCCCTTGCTCCTCCTTTAACTCCATCTGCACCTCTCGCTGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTCCCTTGCTCCTCCTTTAACTCCATCTGCACCTCTCGCTGCAGA  300

seq1  GCCCACTCTAGCCTGACTAGGTTTCATGATGTGTCTCCTCACAGGGTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTCTAGCCTGACTAGGTTTCATGATGTGTCTCCTCACAGGGTTTC  350

seq1  TCTCTAGAGCCTTCCCTTGTGACACTCCACCTTTCTTCCTCCTTAGCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAGCCTTCCCTTGTGACACTCCACCTTTCTTCCTCCTTAGCTAG  400

seq1  GCAAACTCTGCCCCAAGGCAGTCACTTGCTGTGCCCTCGAAGTGTCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTCTGCCCCAAGGCAGTCACTTGCTGTGCCCTCGAAGTGTCTGCT  450

seq1  CAGACACAGCCAGCACAGGGTGGCCGTCTACAGCCTGAAGGTGTCTTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAGCCAGCACAGGGTGGCCGTCTACAGCCTGAAGGTGTCTTACC  500

seq1  TTGGGTCAAGCTCAACAATTTTTGTCACTGTCCTTCACCAAAGCTCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCAAGCTCAACAATTTTTGTCACTGTCCTTCACCAAAGCTCACTC  550

seq1  CCTGTGCTGCTCACTCCTTAACCAAGCTTCCTTCTTATGTCAAGTTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCTGCTCACTCCTTAACCAAGCTTCCTTCTTATGTCAAGTTCTCT  600

seq1  CCCTCACCCTCCGTGCCAGTTTCAGTCACACACAGACAAATCCCCTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACCCTCCGTGCCAGTTTCAGTCACACACAGACAAATCCCCTGACT  650

seq1  TTAAATTGCACTGGCTCTTTCAAATACTTCTGTGGAAAACTAAGAAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTGCACTGGCTCTTTCAAATACTTCTGTGGAAAACTAAGAAGAAA  700

seq1  AGAGTACACTCGCAATGACTAAACAGAGTTAGTCCC-AAGGAAAGAGCAG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGTACACTCGCAATGACTAAACAGAGTTAGTCCCAAAGGAAAGAGCAG  750

seq1  TTTTCAAGGTCTTAATCACCCAACTGTATAATTTCCGGGAAGATCTGAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGGTCTTAATCACCCAACTGTATAATTTCCGGGAAGATCTGAGC  800

seq1  CCTCATGTGTAGGTCCCCCCCCCCCATGCCCCCATTAGCAACAAAGCAGT  849
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGTGTAGGT-CCCCCCCCCCATG-CCCCATTAGCAACAAAGCAGT  848

seq1  ACCTCTGCTAAGGGAGCCTGCTGAGCTTTGAACTTTCTTGGGGGAAAGTT  899
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGCTAAAGGAGCCTGCTGAGCTTTGAACTTTCTTGGGGGAAAGTT  898

seq1  CCCTATCCCCCCCCCACCCCCTTAGTGCACTCCTAACCTCTCTTGTATAC  949
      |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATCCCCCCC---ACCCCTTAGTGCACTCCTAACCTCTCTTGTATAC  945

seq1  CAGTTTGAAGAGAAGCTAAAGATAAGCGACAAGAAATTAATTGCAAGCCA  999
      ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CAGTTTG-AGAGAAGCT-AAGATAAGCGAC-AGAAATTAA-TGCAAGCCA  991

seq1  CTAAGTTTGAAAGGCCCGGGGCTTATGGAAGGGTTAGGGAAA  1041
      || ||||||||||||||||    ||| |||||  ||||||||
seq2  CT-AGTTTGAAAGGCCCGG---CTAT-GAAGG--TAGGGAAA  1026

seq1: chr6_142986374_142987386
seq2: B6Ng01-015G04.g_69_1088 (reverse)

seq1  GAACC-AGATGGACCTGGATTTGAAACCACTCTCAGCATTTATCAGCCCG  49
      ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAACCAAGATGGACCCAGATTTGAAACCACTCTCAGCAATTATCAGCCCG  50

seq1  TCTCTCTGGAATTACCCCATGGCAGCACTGTCTTCTCC-TCTTAAGTGAC  98
      ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTCTTTGGAATAACCCCAT-GCAGCACTGTCTTCTCCTTCTTAAGTGAC  99

seq1  ATCTAGCAAGGGACTGTCCTGTCAGCTATCACAG-AAGCTAGCCTTCCGA  147
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATCTAGCAAGGGACTGTCCCGTCAGCTATCACAGAAAGCTAGCCTTCCGA  149

seq1  TCC-TGAAATTCTGGTGTTCACAGAGCAGTGGCCCAGATAATGGCATCCT  196
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  TCCATGAAATTCTGGTGTTCACAGAGCAGTGGCCCAGTAAATGGCATCCT  199

seq1  ACGGGAGCATG-AAACAT-GGAGCAGGCCTGAGGTTACATC-AATGCCAT  243
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACGGGAGCATGAAAACATGGGAGCAGGCCTGAGGTTACATCAAATGCCAT  249

seq1  GAACT-AAGCAGCTCACCACTGTCACCTCCTACATACAAAACCATACAGC  292
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAAGCAGCTCACCACTGTCACCTCCTACATACAAAACCATACAGC  299

seq1  TGAGCATAGGGGTGCAGCCTGCAAATCCAGTCCGCAGCAGGCGGAGGCAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATAGGGGTGCAGCCTGCAAATCCAGTCCGCAGCAGGCGGAGGCAG  349

seq1  AAGGATCATGACTTCAAGGCATGCACTCATTAGGAACAGCCTTGCCTCAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCATGACTTCAAGGCATGCACTCATTAGGAACAGCCTTGCCTCAA  399

seq1  AACCTAAAAAACTAAATAAAATTTACATACTTAGCCTAATTAAAAAAAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAAAAACTAAATAAAATTTACATACTTAGCCTAATTAAAAAAAAA  449

seq1  AGAGATGAAACAGAAAACAATTTTGCATTTTAACTATAAATTTATAGAGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGAAACAGAAAACAATTTTGCATTTTAACTATAAATTTATAGAGA  499

seq1  AAAAAAGACTACAATGTCCATAGATTTTATAAATTAAATATCTCCTTAGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGACTACAATGTCCATAGATTTTATAAATTAAATATCTCCTTAGG  549

seq1  TGATGAAAAGATGACATAAGAAATACAATTTGAAATCTGTCAACACACAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAAGATGACATAAGAAATACAATTTGAAATCTGTCAACACACAA  599

seq1  ATGAAAATCCTGTAACTGTCAACAGCCCAATATATAATAATAGAGTCCAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCCTGTAACTGTCAACAGCCCAATATATAATAATAGAGTCCAG  649

seq1  ATCAGTGGTTTCAACTCTAGGAATGATGGACTGATTCGTTAAAACTATAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGGTTTCAACTCTAGGAATGATGGACTGATTCGTTAAAACTATAT  699

seq1  AAAAGCAAACCACTGGACTTATTTCCTAAAACTTCTCCAACTGTTAAAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAACCACTGGACTTATTTCCTAAAACTTCTCCAACTGTTAAAGT  749

seq1  CTTGATGTCTGTTTCTTTAGCTTAGTCGTCTACTTTTGTTAACTTACTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGTCTGTTTCTTTAGCTTAGTCGTCTACTTTTGTTAACTTACTCT  799

seq1  CTTGAGACAGGGTCTTGCTGTATAGCCCAGGCAGGCCTTGATCTCCGATC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGACAGGGTCTTGCTGTATAGCCCAGGCAGGCCTTGATCTCCGATC  849

seq1  ACTGCTTCAGAGCCTGGTGCAGGACGCTGAGGATGCACTACCACATCTGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCAGAGCCTGGTGCAGGACGCTGAGGATGCACTACCACATCTGT  899

seq1  TTATCCTCTCTTAACTAACCCTCTGAGTCCCACACAACACTTCCTGCCTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTCTCTTAACTAACCCTCTGAGTCCCACACAACACTTCCTGCCTC  949

seq1  GGAGTTGACAAAAGCCTCCCCACTCACCGCTAAGCCCATCAGCATGGTCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGACAAAAGCCTCCCCACTCACCGCTAAGCCCATCAGCATGGTCT  999

seq1  CGCCCACTGTGATCTGAATTC  1013
      |||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCACTGTGATCTGAATTC  1020