BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015H14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 85,673,646 - 85,788,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504
Upstream geneExoc6b, LOC665129, Npm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497
Downstream geneLOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11, Figla, Add2, Tgfa, LOC665233, LOC100043094, LOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015H14.bB6Ng01-015H14.g
ACCDH849722DH849723
length1,017843
definitionDH849722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015H14, 5' end.DH849723|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015H14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,673,646 - 85,674,671)(85,787,648 - 85,788,490)
sequence
gaattccttcataggcctaaccctttgggtacagaatttaagcattacaa
cacatagttacagaccaaacctcagcaaaatgtaaaatggtatagttgtt
ctggagaacaatgtattctctctctctcaaaacaaaataattaaacaatt
accatacaaatgtagcaatcccactttggggcatatattcaaaagaattt
aaagccagatctgaaacatcacacatgtttattatagttatttattacaa
taagagttaggagtgacccagttgtccatcagataattggataaggaaaa
agtgaattcttggtcaatgaagagctttcatagtgtgctatatgcatgta
atacaagcactctgaaagcagagcaggaggattacaaattagaggccact
gtaatctacatagtcaattcaaggtcattatacaatacataactagacct
tgcctcaaacaaaacaacaataaaaatgtgacttatatttaaaaatggtt
attatgccttcttcatgaggaaattgtcagtgtgctataacatggataaa
ctttgtaaggagatacactaagccaaatagcccagccattaaggttgatt
taatgctttgatcctcttgttagtaccaaactgtcttgattacctttgat
tcatggtaaagtttgatctaagatgtgttggactttcagctttattttat
ggtatatatacacacatgtatatggtgtgtgtgtgtgtatacttatgtat
attatatatgtattacattatataaattgcttttctgtttgatgtagtaa
gcagtcatactgatagttaaaaccactttattttagtttctttctattgt
tgtgaaaaaacacgatcaaggcaacttaaagaagggtttatttgggctat
gttccagagggataggaggccgtcatgatcatggtagggaagggtgtcac
tggtgggggaaggcaggtatgccccagaacaccaactagagatgtgatcc
taagtgtgcaaatagga
gaattcaaacagagagagtttgtaggacaaagagtaagtgagagacaaac
accacttaattgccatttggcagcaggcaaatgtcacttagcacaaagct
aactcagtgctttgtgtgaagcttgacaaacctgctagattaatttaacc
tttcattttaaaactgtggtctttttatttttaattataatgttctttat
tcttgagaatttcaaacatgtatacaatgaaaaatgatcctctgcaccct
atttccttcctcagaatctacacacagcccctcaatgtgtcctccctcga
acatcatcttttacaaaactcataccaggagtgatggaggagcaggaaaa
taaagctgaatgcagaaagtgatggagacagagagccacaacaggaacac
atttaaatatcaaggccactgtgtttcccattgtcctcagaaacttaaac
aagtaaactactggggtggtttctatgtggatggaagcctcacacacatg
ctcccaccagtgcaaaagaagaaagaagggagaaagttttttccacatct
ggcacaagacaaaaatccaccacctccatagtcaaggtgaaatgcacatt
tgcctggcttttgtttcgcactattaacgacagaaaattccatggctgca
caaaacaaaatggccaatttaacatttttcaagtgaatgtggcaagcatg
taacgcacctaatcacatgggtagatgaacatatgtatgcagatgcttaa
gcatgtgtgtgtctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
ctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_85673646_85674671
seq2: B6Ng01-015H14.b_44_1060

seq1  GAATTCCTTCATAGGCCTAACCCTTTGGGTACAGAATTTAAGCATTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATAGGCCTAACCCTTTGGGTACAGAATTTAAGCATTACAA  50

seq1  CACATAGTTACAGACCAAACCTCAGCAAAATGTAAAATGGTATAGTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTTACAGACCAAACCTCAGCAAAATGTAAAATGGTATAGTTGTT  100

seq1  CTGGAGAACAATGTATTCTCTCTCTCTCAAAACAAAATAATTAAACAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAACAATGTATTCTCTCTCTCTCAAAACAAAATAATTAAACAATT  150

seq1  ACCATACAAATGTAGCAATCCCACTTTGGGGCATATATTCAAAAGAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAAATGTAGCAATCCCACTTTGGGGCATATATTCAAAAGAATTT  200

seq1  AAAGCCAGATCTGAAACATCACACATGTTTATTATAGTTATTTATTACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGATCTGAAACATCACACATGTTTATTATAGTTATTTATTACAA  250

seq1  TAAGAGTTAGGAGTGACCCAGTTGTCCATCAGATAATTGGATAAGGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTAGGAGTGACCCAGTTGTCCATCAGATAATTGGATAAGGAAAA  300

seq1  AGTGAATTCTTGGTCAATGAAGAGCTTTCATAGTGTGCTATATGCATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTCTTGGTCAATGAAGAGCTTTCATAGTGTGCTATATGCATGTA  350

seq1  ATACAAGCACTCTGAAAGCAGAGCAGGAGGATTACAAATTAGAGGCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGCACTCTGAAAGCAGAGCAGGAGGATTACAAATTAGAGGCCACT  400

seq1  GTAATCTACATAGTCAATTCAAGGTCATTATACAATACATAACTAGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTACATAGTCAATTCAAGGTCATTATACAATACATAACTAGACCT  450

seq1  TGCCTCAAACAAAACAACAATAAAAATGTGACTTATATTTAAAAATGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAAACAAAACAACAATAAAAATGTGACTTATATTTAAAAATGGTT  500

seq1  ATTATGCCTTCTTCATGAGGAAATTGTCAGTGTGCTATAACATGGATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCCTTCTTCATGAGGAAATTGTCAGTGTGCTATAACATGGATAAA  550

seq1  CTTTGTAAGGAGATACACTAAGCCAAATAGCCCAGCCATTAAGGTTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAAGGAGATACACTAAGCCAAATAGCCCAGCCATTAAGGTTGATT  600

seq1  TAATGCTTTGATCCTCTTGTTAGTACCAAACTGTCTTGATTACCTTTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTTGATCCTCTTGTTAGTACCAAACTGTCTTGATTACCTTTGAT  650

seq1  TCATGGTAAAGTTTGATCTAAGATGTGTTGGACTTTCAGCTTTATTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTAAAGTTTGATCTAAGATGTGTTGGACTTTCAGCTTTATTTTAT  700

seq1  GGTATATATACACACATGTATATGGTGTGTGTGTGTGTATACTTATGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATATACACACATGTATATGGTGTGTGTGTGTGTATACTTATGTAT  750

seq1  ATTATATATGTATTACATTATATAAATTGCTTTTCTGTTTGATGTAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATGTATTACATTATATAAATTGCTTTTCTGTTTGATGTAGTAA  800

seq1  GCAGTCATACTGATAGTTAAAACCACTTTTATTTTAGTTTCTTTTCTATT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAGTCATACTGATAGTTAAAACCAC-TTTATTTTAGTTTC-TTTCTATT  848

seq1  GTTGTGATAAAACACGATCAAGGCAACTTAAAGAAGGGTTTATTTGGGCT  900
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTGTGAAAAAACACGATCAAGGCAACTTAAAGAAGGGTTTATTTGGGC-  897

seq1  TATGTTCCAGAGGGATAGGAGGCCGTCATGATCATGGTAGGGAAGTGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TATGTTCCAGAGGGATAGGAGGCCGTCATGATCATGGTAGGGAAGGGT-G  946

seq1  CCACTTGGTGGGGAAGGCAGGTATAGCCACGAGAACAGCAAACTA-AGAT  999
       |||| |  ||||||||||||||| ||| | |||||| | ||||| ||||
seq2  TCACTGGTGGGGGAAGGCAGGTAT-GCC-CCAGAACA-CCAACTAGAGAT  993

seq1  GTGAATCTTAAAAGTGTGCAAATAGGA  1026
      ||||  ||   ||||||||||||||||
seq2  GTGATCCT---AAGTGTGCAAATAGGA  1017

seq1: chr6_85787648_85788490
seq2: B6Ng01-015H14.g_68_910 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGA  50

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACACACACATGCTTAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACACACACATGCTTAAGCA  100

seq1  TCTGCATACATATGTTCATCTACCCATGTGATTAGGTGCGTTACATGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATACATATGTTCATCTACCCATGTGATTAGGTGCGTTACATGCTT  150

seq1  GCCACATTCACTTGAAAAATGTTAAATTGGCCATTTTGTTTTGTGCAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATTCACTTGAAAAATGTTAAATTGGCCATTTTGTTTTGTGCAGCC  200

seq1  ATGGAATTTTCTGTCGTTAATAGTGCGAAACAAAAGCCAGGCAAATGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTTTCTGTCGTTAATAGTGCGAAACAAAAGCCAGGCAAATGTGC  250

seq1  ATTTCACCTTGACTATGGAGGTGGTGGATTTTTGTCTTGTGCCAGATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACCTTGACTATGGAGGTGGTGGATTTTTGTCTTGTGCCAGATGTG  300

seq1  GAAAAAACTTTCTCCCTTCTTTCTTCTTTTGCACTGGTGGGAGCATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAACTTTCTCCCTTCTTTCTTCTTTTGCACTGGTGGGAGCATGTGT  350

seq1  GTGAGGCTTCCATCCACATAGAAACCACCCCAGTAGTTTACTTGTTTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTTCCATCCACATAGAAACCACCCCAGTAGTTTACTTGTTTAAG  400

seq1  TTTCTGAGGACAATGGGAAACACAGTGGCCTTGATATTTAAATGTGTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGGACAATGGGAAACACAGTGGCCTTGATATTTAAATGTGTTCC  450

seq1  TGTTGTGGCTCTCTGTCTCCATCACTTTCTGCATTCAGCTTTATTTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGCTCTCTGTCTCCATCACTTTCTGCATTCAGCTTTATTTTCCT  500

seq1  GCTCCTCCATCACTCCTGGTATGAGTTTTGTAAAAGATGATGTTCGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCATCACTCCTGGTATGAGTTTTGTAAAAGATGATGTTCGAGGG  550

seq1  AGGACACATTGAGGGGCTGTGTGTAGATTCTGAGGAAGGAAATAGGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACATTGAGGGGCTGTGTGTAGATTCTGAGGAAGGAAATAGGGTGC  600

seq1  AGAGGATCATTTTTCATTGTATACATGTTTGAAATTCTCAAGAATAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATCATTTTTCATTGTATACATGTTTGAAATTCTCAAGAATAAAGA  650

seq1  ACATTATAATTAAAAATAAAAAGACCACAGTTTTAAAATGAAAGGTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATAATTAAAAATAAAAAGACCACAGTTTTAAAATGAAAGGTTAAA  700

seq1  TTAATCTAGCAGGTTTGTCAAGCTTCACACAAAGCACTGAGTTAGCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGCAGGTTTGTCAAGCTTCACACAAAGCACTGAGTTAGCTTTG  750

seq1  TGCTAAGTGACATTTGCCTGCTGCCAAATGGCAATTAAGTGGTGTTTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTGACATTTGCCTGCTGCCAAATGGCAATTAAGTGGTGTTTGTC  800

seq1  TCTCACTTACTCTTTGTCCTACAAACTCTCTCTGTTTGAATTC  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTACTCTTTGTCCTACAAACTCTCTCTGTTTGAATTC  843