BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015O01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,470,734 - 93,669,037
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665831, Magi1
Upstream genePrickle2, LOC545866, A730049H05Rik, LOC384461, LOC100043253
Downstream geneLOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015O01.bB6Ng01-015O01.g
ACCDH850015DH850016
length478940
definitionDH850015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015O01, 5' end.DH850016|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015O01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,668,560 - 93,669,037)(93,470,734 - 93,471,678)
sequence
gaattcaaccaggacagaggctctcaaagattttgtgttatttagttgcc
ttaatcttaaaaagccagccttgctgctttttcattcattcattcatttc
atttattaatgcagacactgagttgcaaaagactccaaagtgacctgccc
gcatttgcctcacttgcaacagtaacactccttctgctccgtcataagtt
tttaaaattacgagactgttatcttggcttcagaaacactgagaaattgt
gttagtgctgcaggtctctgcccccctgaggtgggtagggggacactggg
actgcacttgtattttttaatgaggtcttatctgagagctactccgtcag
accagggtagcctcagtttggtgataggaggagccttgccagacagtgcc
cccaacttctcagaggacctgtgactctagccatgcctcaccagcagtgt
gtatgttagcactgctcatctgagcggc
gaattcctgttactacctgggtataaaacttccagatcttttccccaagt
ttattatatgcacagacccacacagaggtatgtatagtcacactaaatgc
atacaaattaaggatacattttattacactaaatcaatgtgagatcatgc
tgtatataacatttataatctttgtttcttgttctacatgggaatatctt
cctatataaaaaatgttcatatgctggattattttaataggcaacttgaa
ttcttttatataggtctaccatgactccttcaaccaatctttcttacagg
acatttagatttctccccattaatggtttgttgctatataaaaaaacaca
atgatgaatatcaagaaaataaaatattttccccagtactgcttaaattc
tctgggtaaatttcttgatgtggaatttatgtccacgtgtgcatataatg
ccaagcagtctctaatggtccccacgtcgatccagaatgatctgcctgag
ttctttggaggaaataaatctcctctaaatatgtctcctgagataccaca
agtgagaatgctaaaccaatcattgagccaaagaccttcttacatcccag
aaagggcccaagttcaaagacagagcgagagagcagacatggctgggcac
agcctgctcattcaccctataagcaaaggatgagcacatactatgtgcca
ggcatcatgtgaccaatcaatgttccctgtctttgcgtttttgaccttaa
agttggtcttcagggagtggcagttgctgtatgagaatcatgttcaggta
ccacaaaaacacaaagaataatggtgacagctctgtgcaaactgctagca
gcctggatccaggtacatatcctctttagcctaaatgataacaagctgtc
cagtgaacagctacatgagaaaaatgctgctgtgagaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93668560_93669037
seq2: B6Ng01-015O01.b_40_517 (reverse)

seq1  GCCGCTCAGATGAGCAGTGCTAACATACACACTGCTGGTGAGGCATGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCTCAGATGAGCAGTGCTAACATACACACTGCTGGTGAGGCATGGCT  50

seq1  AGAGTCACAGGTCCTCTGAGAAGTTGGGGGCACTGTCTGGCAAGGCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCACAGGTCCTCTGAGAAGTTGGGGGCACTGTCTGGCAAGGCTCCT  100

seq1  CCTATCACCAAACTGAGGCTACCCTGGTCTGACGGAGTAGCTCTCAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCACCAAACTGAGGCTACCCTGGTCTGACGGAGTAGCTCTCAGATA  150

seq1  AGACCTCATTAAAAAATACAAGTGCAGTCCCAGTGTCCCCCTACCCACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCATTAAAAAATACAAGTGCAGTCCCAGTGTCCCCCTACCCACCT  200

seq1  CAGGGGGGCAGAGACCTGCAGCACTAACACAATTTCTCAGTGTTTCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGGGCAGAGACCTGCAGCACTAACACAATTTCTCAGTGTTTCTGAA  250

seq1  GCCAAGATAACAGTCTCGTAATTTTAAAAACTTATGACGGAGCAGAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGATAACAGTCTCGTAATTTTAAAAACTTATGACGGAGCAGAAGGA  300

seq1  GTGTTACTGTTGCAAGTGAGGCAAATGCGGGCAGGTCACTTTGGAGTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTACTGTTGCAAGTGAGGCAAATGCGGGCAGGTCACTTTGGAGTCTT  350

seq1  TTGCAACTCAGTGTCTGCATTAATAAATGAAATGAATGAATGAATGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACTCAGTGTCTGCATTAATAAATGAAATGAATGAATGAATGAAAA  400

seq1  AGCAGCAAGGCTGGCTTTTTAAGATTAAGGCAACTAAATAACACAAAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAAGGCTGGCTTTTTAAGATTAAGGCAACTAAATAACACAAAATC  450

seq1  TTTGAGAGCCTCTGTCCTGGTTGAATTC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAGCCTCTGTCCTGGTTGAATTC  478

seq1: chr6_93470734_93471678
seq2: B6Ng01-015O01.g_70_1009

seq1  GAATTCCTGTTACTACCTGGGTATAAAACTTCCAGATCTTTTCCCCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTACTACCTGGGTATAAAACTTCCAGATCTTTTCCCCAAGT  50

seq1  TTATTATATGCACAGACCCACACAGAGGTATGTATAGTCACACTAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATGCACAGACCCACACAGAGGTATGTATAGTCACACTAAATGC  100

seq1  ATACAAATTAAGGATACATTTTATTACACTAAATCAATGTGAGATCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATTAAGGATACATTTTATTACACTAAATCAATGTGAGATCATGC  150

seq1  TGTATATAACATTTATAATCTTTGTTTCTTGTTCTACATGGGAATATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAACATTTATAATCTTTGTTTCTTGTTCTACATGGGAATATCTT  200

seq1  CCTATATAAAAAATGTTCATATGCTGGATTATTTTAATAGGCAACTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATAAAAAATGTTCATATGCTGGATTATTTTAATAGGCAACTTGAA  250

seq1  TTCTTTTATATAGGTCTACCATGACTCCTTCAACCAATCTTTCTTACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTATATAGGTCTACCATGACTCCTTCAACCAATCTTTCTTACAGG  300

seq1  ACATTTAGATTTCTCCCCATTAATGGTTTGTTGCTATATAAAAAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGATTTCTCCCCATTAATGGTTTGTTGCTATATAAAAAAACACA  350

seq1  ATGATGAATATCAAGAAAATAAAATATTTTCCCCAGTACTGCTTAAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAATATCAAGAAAATAAAATATTTTCCCCAGTACTGCTTAAATTC  400

seq1  TCTGGGTAAATTTCTTGATGTGGAATTTATGTCCACGTGTGCATATAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTAAATTTCTTGATGTGGAATTTATGTCCACGTGTGCATATAATG  450

seq1  CCAAGCAGTCTCTAATGGTCCCCACGTCGATCCAGAATGATCTGCCTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAGTCTCTAATGGTCCCCACGTCGATCCAGAATGATCTGCCTGAG  500

seq1  TTCTTTGGAGGAAATAAATCTCCTCTAAATATGTCTCCTGAGATACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGAGGAAATAAATCTCCTCTAAATATGTCTCCTGAGATACCACA  550

seq1  AGTGAGAATGCTAAACCAATCATTGAGCCAAAGACCTTCTTACATCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAATGCTAAACCAATCATTGAGCCAAAGACCTTCTTACATCCCAG  600

seq1  AAAGGGCCCAAGTTCAAAGACAGAGCGAGAGAGCAGACATGGCTGGGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCCCAAGTTCAAAGACAGAGCGAGAGAGCAGACATGGCTGGGCAC  650

seq1  AGCCTGCTCATTCACCCTATAAGCAAAGGATGAGCACATACTATGTGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTCATTCACCCTATAAGCAAAGGATGAGCACATACTATGTGCCA  700

seq1  GGCATCATGTGACCAATCAATGTTCCCTGTC-TTGCG-TTTTGACCTTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GGCATCATGTGACCAATCAATGTTCCCTGTCTTTGCGTTTTTGACCTTAA  750

seq1  AGTTGGTCTTCAGGGAGTGGCAGTTGCTGTATGAGAATCATGTTCAGGGT  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTTGGTCTTCAGGGAGTGGCAGTTGCTGTATGAGAATCATGTTCA-GGT  799

seq1  ACCAC-AAAACACAAAGAATAA-GGTGACAAGCTCTGTGCAAACTGCTAG  846
      ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAAAACACAAAGAATAATGGTGAC-AGCTCTGTGCAAACTGCTAG  848

seq1  CAGCCTGGATCCCAGGGTAACATATCCATCTTTAGCCTAAATGAATACAA  896
      |||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||  ||||
seq2  CAGCCTGGAT-CCAGG--TACATATCC-TCTTTAGCCTAAATGATAACAA  894

seq1  GCTGTCCAGGTGAACAAGCAGACAGGAGAGAGATGCTGCTGTGAGAGGG  945
      |||||||| |||||| |||  ||| |||| | |||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCA-GTGAAC-AGC-TACATGAGAAAAATGCTGCTGTGAGAGGG  940