BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017E19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,686,116 - 77,840,321
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneLOC100042956, Lrrtm1
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d, Reg3a, Reg2, Reg1, Reg3g, LOC621716, Ppia-ps6_789.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017E19.bB6Ng01-017E19.g
ACCDH851024DH851025
length1,0281,049
definitionDH851024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E19, 5' end.DH851025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,839,297 - 77,840,321)(77,686,116 - 77,687,163)
sequence
gaattcctcatacctggtaaatatcaatatatatgtagaatgcagtggag
agaatattcaagcaataggtgaaagggctgaccaaacatacagaaataca
actgtatacattaaacttgactaattgaaataaatgtaaataacaattat
atgctatttaagacttttaattaaatctgaacagactataggtatatgta
ttaaatgaactgcattaatttgactgttgtaacaggatgccataaattat
atgctttcatcaacacagaatgatttgactcaggccaggaaggtggaaag
tccacgacacgactaagacatgagaggattcagtatccgccaagaacatt
ccctgacattccaatgggcatttcccccattgatctccatgggagagatg
agaaaaataatacagatgatttctttgtttttttttttcttataaagctg
ccaatcatatttccgagtgctgcagtgtatgatatttacctacaatggtc
ctgcctcacatttaaattagaatttttaaagtgatccattcagtcagttt
caatgtgtaagcatgtatgcctatatacaattatgtccaacctcccaatc
ggtgttagaggataaggatccagtagttcacatagcttcatagaaatgta
aatttacaaattatcatgggaagaatttagataaatatgttaaaattggc
ttttttatcacaaggtgataggcagcatttatcaataagacactttgtga
aggttgtcttcccagtagcagtctttaagatgaagacttgacaagcatgt
gactcattaaagtcatggataagaaacagagggctgtgagatggccagat
tagtgtgacagaaagcaaagtcctccaggagggtgaattctggaacacag
gtgtccctcagaattttatggcttctgagcctggagatctggcttacata
cattcccactgtcatcactacctaagggaccaaggacccccaaatgtcaa
catcctccagtgtaaggaaaggatgtcc
gaattcaacctatgtacttgcatatcttagaatcctctgtacacacctac
tgttaatagaaatacatagtgtattacatgaatgatatttgactactaat
atattgtttgaggctcaaatcttctgaaataggaaataaactgttaacgc
aagaaaatcaaactactgtattattgttaaatttggaagataatatcctt
taaaaggaatcttgattactaaattaaaggtaatttccagatattgttaa
ctcaaattggctctatgttgttccactagtttttctaatttctaaaatca
tctctgagccttcctttccatgtagaaatgtgggctttcctggacacgga
aaagagctaagacacggggtccttgctctcctacatggctcctattagac
atcatgagatgtaatatgcacaatatgtctcttctgccattggtccatta
gtccttgatcctattttctgtttccattcttcaccaggatcttgaaggga
aatagtgcaccattgccctaaccccagtcctaatgagctgcatgcatcac
acaactgttccaaactttaaaacatggcctatatggatttgatatacaga
gcgaataataacaatggtgggctgttacagtgtatccctgttttccatga
atgagttacaaaacctagtgagccatttccaggcagcacatccctcaggc
tgagaaccttagcacacaggacagccttccaattacttttctgatgaaaa
tcatatgattcgtggccatgactttagcacaaagcagatggattgaattt
ctataagacagtaagtgtaaagatgagtgagtacgacagagataagagta
atctttactacctagagatcttgggaaacgatatgaaaataaaaagaaat
ttttttcatacctactccatctttccctttcattgccctcctgaaataaa
gagagagatggaatgcaaacagaccatattgatagtcgggtttaaaagaa
atcacactagtcacaagcatcccgactgttattttttgtgatggaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77839297_77840321
seq2: B6Ng01-017E19.b_44_1071 (reverse)

seq1  GGACATCCCTTTCCTTACACTGGAGGATGTTGAACATTTGGGGGTCCTT-  49
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GGACAT-CCTTTCCTTACACTGGAGGATGTTG-ACATTTGGGGGTCCTTG  48

seq1  GTTCCTTAGGTAGTGATGACAGTGGGAATGTATGTAAGCCAGATCTCCAG  99
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTAGGTAGTGATGACAGTGGGAATGTATGTAAGCCAGATCTCCAG  98

seq1  GCTCAG-AGCCATAAAATTCTGAGGGACACCTGTGTTCCAG-ATTCACCC  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTCAGAAGCCATAAAATTCTGAGGGACACCTGTGTTCCAGAATTCACCC  148

seq1  TCCTGGAGGACTTTGCTTTCTGTCACACTAATCTGGCCATCTCACAGCCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGGACTTTGCTTTCTGTCACACTAATCTGGCCATCTCACAGCCC  198

seq1  TCTGTTTCTTATCCATGACTTTAATGAGTCACATGCTTGTCAAGTCTTCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCTTATCCATGACTTTAATGAGTCACATGCTTGTCAAGTCTTCA  248

seq1  TCTTAAAGACTGCTACTGGGAAGACAACCTTCAC-AAGTGTCTTATTGAT  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGACTGCTACTGGGAAGACAACCTTCACAAAGTGTCTTATTGAT  298

seq1  AAATGCTGCCTATCACCTTGTGAT-AAAAAGCCAATTTTAACATATTTAT  345
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGCCTATCACCTTGTGATAAAAAAGCCAATTTTAACATATTTAT  348

seq1  CTAAATTCTTCCCATGATAATTTGTAAATTTACATTTCTATGAAGCTATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTCTTCCCATGATAATTTGTAAATTTACATTTCTATGAAGCTATG  398

seq1  TGAACTACTGGATCCTTATCCTCTAACACCGATTGGGAGGTTGGACATAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACTGGATCCTTATCCTCTAACACCGATTGGGAGGTTGGACATAA  448

seq1  TTGTATATAGGCATACATGCTTACACATTGAAACTGACTGAATGGATCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATAGGCATACATGCTTACACATTGAAACTGACTGAATGGATCAC  498

seq1  TTTAAAAATTCTAATTTAAATGTGAGGCAGGACCATTGTAGGTAAATATC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATTCTAATTTAAATGTGAGGCAGGACCATTGTAGGTAAATATC  548

seq1  ATACACTGCAGCACTCGGAAATATGATTGGCAGCTTTATAAGAAAAAAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTGCAGCACTCGGAAATATGATTGGCAGCTTTATAAGAAAAAAAA  598

seq1  AAACAAAGAAATCATCTGTATTATTTTTCTCATCTCTCCCATGGAGATCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGAAATCATCTGTATTATTTTTCTCATCTCTCCCATGGAGATCA  648

seq1  ATGGGGGAAATGCCCATTGGAATGTCAGGGAATGTTCTTGGCGGATACTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGAAATGCCCATTGGAATGTCAGGGAATGTTCTTGGCGGATACTG  698

seq1  AATCCTCTCATGTCTTAGTCGTGTCGTGGACTTTCCACCTTCCTGGCCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCTCATGTCTTAGTCGTGTCGTGGACTTTCCACCTTCCTGGCCTG  748

seq1  AGTCAAATCATTCTGTGTTGATGAAAGCATATAATTTATGGCATCCTGTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAATCATTCTGTGTTGATGAAAGCATATAATTTATGGCATCCTGTT  798

seq1  ACAACAGTCAAATTAATGCAGTTCATTTAATACATATACCTATAGTCTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTCAAATTAATGCAGTTCATTTAATACATATACCTATAGTCTGT  848

seq1  TCAGATTTAATTAAAAGTCTTAAATAGCATATAATTGTTATTTACATTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTAATTAAAAGTCTTAAATAGCATATAATTGTTATTTACATTTA  898

seq1  TTTCAATTAGTCAAGTTTAATGTATACAGTTGTATTTCTGTATGTTTGGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATTAGTCAAGTTTAATGTATACAGTTGTATTTCTGTATGTTTGGT  948

seq1  CAGCCCTTTCACCTATTGCTTGAATATTCTCTCCACTGCATTCTACATAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTTCACCTATTGCTTGAATATTCTCTCCACTGCATTCTACATAT  998

seq1  ATATTGATATTTACCAGGTATGAGGAATTC  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGATATTTACCAGGTATGAGGAATTC  1028

seq1: chr6_77686116_77687163
seq2: B6Ng01-017E19.g_71_1119

seq1  GAATTCAACCTATGTACTTGCATATCTTAGAATCCTCTGTACACACCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTATGTACTTGCATATCTTAGAATCCTCTGTACACACCTAC  50

seq1  TGTTAATAGAAATACATAGTGTATTACATGAATGATATTTGACTACTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATAGAAATACATAGTGTATTACATGAATGATATTTGACTACTAAT  100

seq1  ATATTGTTTGAGGCTCAAATCTTCTGAAATAGGAAATAAACTGTTAACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTTGAGGCTCAAATCTTCTGAAATAGGAAATAAACTGTTAACGC  150

seq1  AAGAAAATCAAACTACTGTATTATTGTTAAATTTGGAAGATAATATCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATCAAACTACTGTATTATTGTTAAATTTGGAAGATAATATCCTT  200

seq1  TAAAAGGAATCTTGATTACTAAATTAAAGGTAATTTCCAGATATTGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGAATCTTGATTACTAAATTAAAGGTAATTTCCAGATATTGTTAA  250

seq1  CTCAAATTGGCTCTATGTTGTTCCACTAGTTTTTCTAATTTCTAAAATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTGGCTCTATGTTGTTCCACTAGTTTTTCTAATTTCTAAAATCA  300

seq1  TCTCTGAGCCTTCCTTTCCATGTAGAAATGTGGGCTTTCCTGGACACGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGCCTTCCTTTCCATGTAGAAATGTGGGCTTTCCTGGACACGGA  350

seq1  AAAGAGCTAAGACACGGGGTCCTTGCTCTCCTACATGGCTCCTATTAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCTAAGACACGGGGTCCTTGCTCTCCTACATGGCTCCTATTAGAC  400

seq1  ATCATGAGATGTAATATGCACAATATGTCTCTTCTGCCATTGGTCCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAGATGTAATATGCACAATATGTCTCTTCTGCCATTGGTCCATTA  450

seq1  GTCCTTGATCCTATTTTCTGTTTCCATTCTTCACCAGGATCTTGAAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGATCCTATTTTCTGTTTCCATTCTTCACCAGGATCTTGAAGGGA  500

seq1  AATAGTGCACCATTGCCCTAACCCCAGTCCTAATGAGCTGCATGCATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGCACCATTGCCCTAACCCCAGTCCTAATGAGCTGCATGCATCAC  550

seq1  ACAACTGTTCCAAACTTTAAAACATGGCCTATATGGATTTGATATACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTTCCAAACTTTAAAACATGGCCTATATGGATTTGATATACAGA  600

seq1  GCGAATAATAACAATGGTGGGCTGTTACAGTGTATCCCTGTTTTCCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAATAATAACAATGGTGGGCTGTTACAGTGTATCCCTGTTTTCCATGA  650

seq1  ATGAGTTACAAAACCTAGTGAGCCATTTCCAGGCAGCACATCCCTCAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTACAAAACCTAGTGAGCCATTTCCAGGCAGCACATCCCTCAGGC  700

seq1  TGAGAACCTTAGCACACAGGACAGCCTTCCAATTACTTTTCTGATGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACCTTAGCACACAGGACAGCCTTCCAATTACTTTTCTGATGAAAA  750

seq1  TCATATGATTCGTGGCCATGACTTTAGCACAAAGCAGATGGATTGAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGATTCGTGGCCATGACTTTAGCACAAAGCAGATGGATTGAATTT  800

seq1  CTATAAGACAGTAAGTGTAAAGATGAGTGAGTACGACAGAGATAAGAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGACAGTAAGTGTAAAGATGAGTGAGTACGACAGAGATAAGAGTA  850

seq1  ATC-TTACTACCTAGAGATCTTGGAAAACGATATGAAAATAAAAAGAAAT  899
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACTACCTAGAGATCTTGGGAAACGATATGAAAATAAAAAGAAAT  900

seq1  ATTTTTCATACCTACTCCAATCTTTCCCTTTCAATGCCCT-CTGAAATAA  948
       ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |
seq2  TTTTTTCATACCTACTCC-ATCTTTCCCTTTCATTGCCCTCCTGAAAT-A  948

seq1  AAGAGAGAGATGGAATGCAAACAGACAATATTGATAGTCAGGGTTAAAAG  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||
seq2  AAGAGAGAGATGGAATGCAAACAGACCATATTGATAGTCGGGTTTAAAAG  998

seq1  AAATCACACTAGTCATAAGCATCCAGACTGTTATTTTCTG-GATGGAAAA  1047
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||
seq2  AAATCACACTAGTCACAAGCATCCCGACTGTTATTTTTTGTGATGGAAAA  1048

seq1  T  1048
      |
seq2  T  1049