BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019B13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,557,812 - 48,686,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7
Upstream geneRn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746, LOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1
Downstream geneLOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019B13.bB6Ng01-019B13.g
ACCDH852288DH852289
length1,0481,056
definitionDH852288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019B13, 5' end.DH852289|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019B13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,557,812 - 48,558,871)(48,685,287 - 48,686,348)
sequence
gaattctcaactctacctgtgccatgcctgcctggatactgccatgctcc
caccttgatgataacagactgaacctctgaacctgaaagccagccccaag
taaatgttgttttttataagacttgccttggtcatggtgtctgttcacag
caataaaaacctaactaagacacacacttggcaaatgggctgttgtgcag
tgtggcaggtatcccctcggctctcccttctgtgtctttgaacttctgtt
tccttagctggtttggataggaggcattgcttctgtgtgcgtttgcttgt
gttttctcaggttcctggttgtctttggtcatgtttaaatgaaatctttt
ccaaggcacagtaaatttgttgttagtgacaaaggcctggggccagagga
gtgacagcttttaagtcttcagtttaattggccagtcatttcagtgcgtg
tggaggctcttgtgtgtcagggttccagcagggcagggctctgccttcct
agagctcctggaagacaggagtggccttggccgttagtcacagtgggatg
accacacttggcctttgactctcacatgaccaatgtcattgagagatgag
ttctaaagttaatttatttgaatttaagaattttttgttgtactttaaaa
gtgattttgcttatttttattttatttgtattaatgttttgcttgcatgt
gtgtctgtgtgagggtgtcagattccctgaaactggagttagaggcggtt
gttagctgccatgggggtgctgggaattgaacctctggagggctgagtca
tctccaggttatttgaatttaaagaacacatttgggcatagacatcaaac
tcctgaagatgagggactgggagtttagggttgtcctccaagtcttatgc
cttatattgggggctacacagttacagagagtactccgtaggggcaaggc
tgccccagcccattcagtaccagcatatcctggaacttgagcatgactga
gctctagagcaggattccttgctaggatgatgtgggggttcgcttgct
gaattcccccttttcacactgggaagtaaaatggtttcctaggaacacat
ggggacagcatgtagctggctgtcaaaattccacagagcagacaagggca
aagtcaagctctcctcaaggcaattgtgagaccagagtgacattcctggg
aggtgggtgctgtcagcacacacagcacagagatgtgtctcctgtgagtt
tcccatctgtggtgtcaagtgtaagtctctgtctttttctggagggtcaa
gtgcgggatataaaggcagtggccacttccttggatcaaatcatggactg
tatagtgccatgtcaagctccaatgtgtccccctcatactccacagacac
cccctccttctcaccccaaacctcttttaaatgcacgctaaagtgtagat
aaatgaatcttaagtggtcctttttaaagttgtggattaggagctggagt
gatggcccatcaattcagagcacttgctattcttgcagaagagctgggtt
caattcccagcacccacatgatggctcagaaccccatcaattcacaactc
caattccaggggatccagtgccctcttctggcctccaagggtaccaggca
tgcatgtggtatgcatacatacatgtatacatgtatgctaactgctcatg
cataaaaactcttcattggtgaattaatgtgatgccatcgtcatatgaac
ccactcttgtgatgaattttattttcttttctctctctctcttttttttt
gtttttgtttttgtttttgtctttgttttcgagacagggtttctctgtat
agccttggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcttcgaact
cagaaatctgcctgcctctgctcccaagtgctcaagtgctgggataaatg
cgtgcgccatcacgcccagcttttgatcttttttcttgatgttacagaga
cgtagagggaaagatggaaggcactcatgacatacctacttacaaattta
gtgtccatctaatgaaagttagtggtaaactgttagatgacctttaactt
tatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48557812_48558871
seq2: B6Ng01-019B13.b_46_1093

seq1  GAATTCTCAACTCTACCTGTGCCATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACTCTACCTGTGCCATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCC  50

seq1  CACCTTGATGATAACAGACTGAACCTCTGAACCTGAAAGCCAGCCCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGATGATAACAGACTGAACCTCTGAACCTGAAAGCCAGCCCCAAG  100

seq1  TAAATGTTGTTTTTTATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTGTTTTTTATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAG  150

seq1  CAATAAAAACCTAACTAAGACACACACTTGGCAAATGGGCTGTTGTGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAACCTAACTAAGACACACACTTGGCAAATGGGCTGTTGTGCAG  200

seq1  TGTGGCAGGTATCCCCTCGGCTCTCCCTTCTGTGTCTTTGAACTTCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGGTATCCCCTCGGCTCTCCCTTCTGTGTCTTTGAACTTCTGTT  250

seq1  TCCTTAGCTGGTTTGGATAGGAGGCATTGCTTCTGTGTGCGTTTGCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTGGTTTGGATAGGAGGCATTGCTTCTGTGTGCGTTTGCTTGT  300

seq1  GTTTTCTCAGGTTCCTGGTTGTCTTTGGTCATGTTTAAATGAAATCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTCAGGTTCCTGGTTGTCTTTGGTCATGTTTAAATGAAATCTTTT  350

seq1  CCAAGGCACAGTAAATTTGTTGTTAGTGACAAAGGCCTGGGGCCAGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCACAGTAAATTTGTTGTTAGTGACAAAGGCCTGGGGCCAGAGGA  400

seq1  GTGACAGCTTTTAAGTCTTCAGTTTAATTGGCCAGTCATTTCAGTGCGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCTTTTAAGTCTTCAGTTTAATTGGCCAGTCATTTCAGTGCGTG  450

seq1  TGGAGGCTCTTGTGTGTCAGGGTTCCAGCAGGGCAGGGCTCTGCCTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCTCTTGTGTGTCAGGGTTCCAGCAGGGCAGGGCTCTGCCTTCCT  500

seq1  AGAGCTCCTGGAAGACAGGAGTGGCCTTGGCCGTTAGTCACAGTGGGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCCTGGAAGACAGGAGTGGCCTTGGCCGTTAGTCACAGTGGGATG  550

seq1  ACCACACTTGGCCTTTGACTCTCACATGACCAATGTCATTGAGAGATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTTGGCCTTTGACTCTCACATGACCAATGTCATTGAGAGATGAG  600

seq1  TTCTAAAGTTAATTTATTTGAATTTAAGAATTTTTTGTTGTACTTTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGTTAATTTATTTGAATTTAAGAATTTTTTGTTGTACTTTAAAA  650

seq1  GTGATTTTGCTTATTTTTATTTTATTTGTATTAATGTTTTGCTTGCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTTGCTTATTTTTATTTTATTTGTATTAATGTTTTGCTTGCATGT  700

seq1  GTGTCTGTGTGAGGGTGTCAGATTCCCTGAAACTGGAGTTAGAGGCGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGTGAGGGTGTCAGATTCCCTGAAACTGGAGTTAGAGGCGGTT  750

seq1  GTTAGCTGCCATGGGGGTGCTGGGAATTGAACCTCTGGAGGGCTGAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTGCCATGGGGGTGCTGGGAATTGAACCTCTGGAGGGCTGAGTCA  800

seq1  TCTCCAGGTTATTTGAATTTAAAGAACACATTTGGGCATAGACATCAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGTTATTTGAATTTAAAGAACACATTTGGGCATAGACATCAAAC  850

seq1  TCCTGAAGATGAGGGACTGGGAGTTTAGGGTTGTCCTCCAAGTCTTATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGATGAGGGACTGGGAGTTTAGGGTTGTCCTCCAAGTCTTATGC  900

seq1  CTTATATTGGGGGCTACACAGTTACAGAGAGTACTCCGTTAGGGGCAAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTTATATTGGGGGCTACACAGTTACAGAGAGTACTCCG-TAGGGGCAAGG  949

seq1  CTGCCCCAGCCCATTCAGGTACCAGCATATCCTGGACCTTGAGCAATGAC  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTGCCCCAGCCCATTCA-GTACCAGCATATCCTGGAACTTGAGC-ATGAC  997

seq1  TGAGCCTCTTAGAGGCAGGATTTCCTTTGCTAAGTGATGATGTGGTGGGT  1050
      |||| ||| |||| ||||||||  | ||||||   |||||||||  ||| 
seq2  TGAG-CTC-TAGA-GCAGGATT--CCTTGCTA--GGATGATGTG--GGGG  1038

seq1  TTCGCTTGCT  1060
      ||||||||||
seq2  TTCGCTTGCT  1048

seq1: chr6_48685287_48686348
seq2: B6Ng01-019B13.g_69_1124 (reverse)

seq1  AAGATAAAGTTAAATGTCAATCTAACAGTTTACCACTAACCTTCATTAGA  50
      |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGATAAAGTTAAAGGTC-ATCTAACAGTTTACCACTAACTTTCATTAGA  49

seq1  TGGACACTAAATTTGTAAGTAGGTAATGTCATGAGTGCCTTCCATCTTTC  100
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACTAAATTTGTAAGTAGGT-ATGTCATGAGTGCCTTCCATCTTTC  98

seq1  CTACTACGTCTCTGTGAACATTCAGAAAATAGATTCAAAAGCTGGGCGTG  150
      |  |||||||||||| |||||  |||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CCTCTACGTCTCTGT-AACATCAAGAAAAAAGA-TCAAAAGCTGGGCGTG  146

seq1  ATGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGAGCACTTGGGAAGCAGAGGCA  200
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGGCGCACGCATTT-ATCCCAGCACTTGAGCACTTGGG-AGCAGAGGCA  194

seq1  GGCAGATTTCTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTTCTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGG  244

seq1  ACAGCCAAGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAGACAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCG-AAAACAAAGACAAAAA  293

seq1  CAAAAACAAAAACAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAAAAGAAAAT-AAATTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAAAAACAAAAACAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAAAAGAAAATAAAATTC  343

seq1  ATCACAAGAGTGGGTTCATATGACGATGGCATCACATTAATTCACCAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAGAGTGGGTTCATATGACGATGGCATCACATTAATTCACCAATG  393

seq1  AAGAGTTTTTATGCATGAGCAGTTAGCATACATGTATACATGTATGTATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTTTATGCATGAGCAGTTAGCATACATGTATACATGTATGTATG  443

seq1  CATACCACATGCATGCCTGGTACCCTTGGAGGCCAGAAGAGGGCACTGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCACATGCATGCCTGGTACCCTTGGAGGCCAGAAGAGGGCACTGGA  493

seq1  TCCCCTGGAATTGGAGTTGTGAATTGATGGGGTTCTGAGCCATCATGTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGGAATTGGAGTTGTGAATTGATGGGGTTCTGAGCCATCATGTGG  543

seq1  GTGCTGGGAATTGAACCCAGCTCTTCTGCAAGAATAGCAAGTGCTCTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGAATTGAACCCAGCTCTTCTGCAAGAATAGCAAGTGCTCTGAA  593

seq1  TTGATGGGCCATCACTCCAGCTCCTAATCCACAACTTTAAAAAGGACCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGGCCATCACTCCAGCTCCTAATCCACAACTTTAAAAAGGACCAC  643

seq1  TTAAGATTCATTTATCTACACTTTAGCGTGCATTTAAAAGAGGTTTGGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATTCATTTATCTACACTTTAGCGTGCATTTAAAAGAGGTTTGGGG  693

seq1  TGAGAAGGAGGGGGTGTCTGTGGAGTATGAGGGGGACACATTGGAGCTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGAGGGGGTGTCTGTGGAGTATGAGGGGGACACATTGGAGCTTG  743

seq1  ACATGGCACTATACAGTCCATGATTTGATCCAAGGAAGTGGCCACTGCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCACTATACAGTCCATGATTTGATCCAAGGAAGTGGCCACTGCCT  793

seq1  TTATATCCCGCACTTGACCCTCCAGAAAAAGACAGAGACTTACACTTGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCCCGCACTTGACCCTCCAGAAAAAGACAGAGACTTACACTTGAC  843

seq1  ACCACAGATGGGAAACTCACAGGAGACACATCTCTGTGCTGTGTGTGCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGATGGGAAACTCACAGGAGACACATCTCTGTGCTGTGTGTGCTG  893

seq1  ACAGCACCCACCTCCCAGGAATGTCACTCTGGTCTCACAATTGCCTTGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCCACCTCCCAGGAATGTCACTCTGGTCTCACAATTGCCTTGAG  943

seq1  GAGAGCTTGACTTTGCCCTTGTCTGCTCTGTGGAATTTTGACAGCCAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTGACTTTGCCCTTGTCTGCTCTGTGGAATTTTGACAGCCAGCT  993

seq1  ACATGCTGTCCCCATGTGTTCCTAGGAAACCATTTTACTTCCCAGTGTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGTCCCCATGTGTTCCTAGGAAACCATTTTACTTCCCAGTGTGA  1043

seq1  AAAGGGGGAATTC  1062
      |||||||||||||
seq2  AAAGGGGGAATTC  1056