BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019J20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 28,435,380 - 28,579,238
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnd1
Upstream geneGrm8, 6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350
Downstream geneLrrc4, LOC100041367, Lep, Rbm28, D330027H18Rik, Impdh1, 2310016C08Rik, AI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210, Crim2, Irf5, Tnpo3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019J20.bB6Ng01-019J20.g
ACCDH852653DH852654
length7881,078
definitionDH852653|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J20, 5' end.DH852654|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,435,380 - 28,436,167)(28,578,161 - 28,579,238)
sequence
gaattcacatagtgggccagaacagagtggtggggagcaagagaggattg
attccttaaatagtgtgtttaggacagaattctctcagttggcgtttgca
ctgagatgtggacatcatagagccaaccagagggaagtgtttccagtagg
gggaacgacaagtgcagagcccgtggggtttccactgatcattgttctcc
agtgttttgacagtagttcttcagtgtctttaagttcagtacccacacag
atggtgtggatttaacatgagttactgcataacgcgtgtttaaggatgat
aaaaggaacagtcagtaggggtagtcattgctctctggtatcctggtgag
atcagtaacttgataggctactgaataaatgtatggaatgagtggctggc
agaaaatatctttgtcttagttatgtgtttgtttcttttaggaccaagag
tcaggcttttctgacgtcttatgatttagtcctgtatttccaagtcttcc
tgtggtgggtatatggatggaaataaaagccaacgcagactcaattaaga
cttaaacggtgtctgtaactgtcggtgtatgtattctaagcaggttcagc
aagagtttagtagtgtctgtcactgctgttttgttagcgttggtttttcg
tggtgttgaatgctgctaagggttgctttcatgactctttaacctagtaa
gctttagctgttaatgtcagcaaagaacacagtagcatgcctcagctcaa
actaatggtgggggccaggtggtggtggtggtggtgtg
gaattctttggttgtctatatgcaactgtttatgagacagagaatgactg
atgtgatatcaagtgggccagaaatcaatctaaaagagcagggctccacc
agattcttaacaaaaataagtcttattaagcaaaaccaaaccttgcacac
acattcctgacatctggaccaacgtgcaagactttatcaccttgcattgt
tcatagcacagcactaggaaaggagaggcaaatacaatgccagtgtacaa
atgatgaaagcaagagttaggagcagtatccttactgcagctgcatggcc
cacatccaaagggaaagcgatgtgaatggatttaaatcaatgtagatgcc
cacaatggaagaggggccatcaaaaccaataaaacacttcagcatttcac
cttccatcttaattctccacattctagacatctcttaaagatgccattag
tgctgactctctgagaaggaggcaggcaagaggattttacagccctatct
tccttaacctgtgacaggctgccctaatcagctttcatgcacacaggcac
acatgctccttacagtacctcctaatcaccatgtaccatgatgaacagct
gcagaggtctgcagggaattggcagaagtgtgcaatgatgtgctagccac
ccctgaggcagctactgccctgcctgctcccagacgccagcactcatgga
tgttgactgctgtaactgacaggcctagaagacaggcaagtggtttcagg
tggtgagtcaggaaagtggtttgcatcaggaatgctccagcctagcagag
ctgagatgcatccagctctctatgagaggataaagtattcatcatttata
caatgtcactgtgggggacaaagcttggtctaagcacaaacagaatctaa
tcaactctgttgcacaggaaccagtaaatgaggcttctccactagaggag
cctattgcttaagaactgacatcagatctgacacttgaggtcagtctttc
tgtcctatgataaaggactttacagtggcctgccataacagttcttgaag
aacatagcctggcgctagcagggtctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_28435380_28436167
seq2: B6Ng01-019J20.b_43_830

seq1  GAATTCACATAGTGGGCCAGAACAGAGTGGTGGGGAGCAAGAGAGGATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATAGTGGGCCAGAACAGAGTGGTGGGGAGCAAGAGAGGATTG  50

seq1  ATTCCTTAAATAGTGTGTTTAGGACAGAATTCTCTCAGTTGGCGTTTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTAAATAGTGTGTTTAGGACAGAATTCTCTCAGTTGGCGTTTGCA  100

seq1  CTGAGATGTGGACATCATAGAGCCAACCAGAGGGAAGTGTTTCCAGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGTGGACATCATAGAGCCAACCAGAGGGAAGTGTTTCCAGTAGG  150

seq1  GGGAACGACAAGTGCAGAGCCCGTGGGGTTTCCACTGATCATTGTTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACGACAAGTGCAGAGCCCGTGGGGTTTCCACTGATCATTGTTCTCC  200

seq1  AGTGTTTTGACAGTAGTTCTTCAGTGTCTTTAAGTTCAGTACCCACACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTGACAGTAGTTCTTCAGTGTCTTTAAGTTCAGTACCCACACAG  250

seq1  ATGGTGTGGATTTAACATGAGTTACTGCATAACGCGTGTTTAAGGATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGGATTTAACATGAGTTACTGCATAACGCGTGTTTAAGGATGAT  300

seq1  AAAAGGAACAGTCAGTAGGGGTAGTCATTGCTCTCTGGTATCCTGGTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAACAGTCAGTAGGGGTAGTCATTGCTCTCTGGTATCCTGGTGAG  350

seq1  ATCAGTAACTTGATAGGCTACTGAATAAATGTATGGAATGAGTGGCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAACTTGATAGGCTACTGAATAAATGTATGGAATGAGTGGCTGGC  400

seq1  AGAAAATATCTTTGTCTTAGTTATGTGTTTGTTTCTTTTAGGACCAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATCTTTGTCTTAGTTATGTGTTTGTTTCTTTTAGGACCAAGAG  450

seq1  TCAGGCTTTTCTGACGTCTTATGATTTAGTCCTGTATTTCCAAGTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTTTCTGACGTCTTATGATTTAGTCCTGTATTTCCAAGTCTTCC  500

seq1  TGTGGTGGGTATATGGATGGAAATAAAAGCCAACGCAGACTCAATTAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGGTATATGGATGGAAATAAAAGCCAACGCAGACTCAATTAAGA  550

seq1  CTTAAACGGTGTCTGTAACTGTCGGTGTATGTATTCTAAGCAGGTTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACGGTGTCTGTAACTGTCGGTGTATGTATTCTAAGCAGGTTCAGC  600

seq1  AAGAGTTTAGTAGTGTCTGTCACTGCTGTTTTGTTAGCGTTGGTTTTTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTAGTAGTGTCTGTCACTGCTGTTTTGTTAGCGTTGGTTTTTCG  650

seq1  TGGTGTTGAATGCTGCTAAGGGTTGCTTTCATGACTCTTTAACCTAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTGAATGCTGCTAAGGGTTGCTTTCATGACTCTTTAACCTAGTAA  700

seq1  GCTTTAGCTGTTAATGTCAGCAAAGAACACAGTAGCATGCCTCAGCTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGCTGTTAATGTCAGCAAAGAACACAGTAGCATGCCTCAGCTCAA  750

seq1  ACTAATGGTGGGGGCCAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGGTGGGGGCCAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTG  788

seq1: chr6_28578161_28579238
seq2: B6Ng01-019J20.g_67_1143 (reverse)

seq1  GAGACCCTGCTAGC-CAGGGCTATGTTC-TCAAGAACTG-TATGGCAGGC  47
      |||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GAGACCCTGCTAGCGCCAGGCTATGTTCTTCAAGAACTGTTATGGCAGGC  50

seq1  CACTGTAAAGTCCTCTATCATAGGACAGAAGGACTGACCTCAAGTGTCAG  97
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAAAGTCCTTTATCATAGGACAGAAAGACTGACCTCAAGTGTCAG  100

seq1  ATCTGATGTCAGTTCTTAAGCAATTAGGCTCCTTCTTAGTTGGAGAAGCC  147
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| ||||||||||
seq2  ATCTGATGTCAGTTCTTAAGCAA-TAGGCTCCT--CTAG-TGGAGAAGCC  146

seq1  TCATTTACTGGTTCCTGTGCAACAGAGTTGATTAGATTCTGTTTGTGCTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACTGGTTCCTGTGCAACAGAGTTGATTAGATTCTGTTTGTGCTT  196

seq1  AGACCAAGCTTTGTCCCCCACAGTGACATTGTATAAATGATGAATACTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGCTTTGTCCCCCACAGTGACATTGTATAAATGATGAATACTTT  246

seq1  ATCCTCTCATAGAGAGCTGGATGCATCTCAGCTCTGCTAGGCTGGAGCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCATAGAGAGCTGGATGCATCTCAGCTCTGCTAGGCTGGAGCAT  296

seq1  TCCTGATGCAAACCACTTTCCTGACTCACCACCTGAAACCACTTGCCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGCAAACCACTTTCCTGACTCACCACCTGAAACCACTTGCCTGT  346

seq1  CTTCTAGGCCTGTCAGTTACAGCAGTCAACATCCATGAGTGCTGGCGTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGGCCTGTCAGTTACAGCAGTCAACATCCATGAGTGCTGGCGTCT  396

seq1  GGGAGCAGGCAGGGCAGTAGCTGCCTCAGGGGTGGCTAGCACATCATTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGGCAGGGCAGTAGCTGCCTCAGGGGTGGCTAGCACATCATTGC  446

seq1  ACACTTCTGCCAATTCCCTGCAGACCTCTGCAGCTGTTCATCATGGTACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTGCCAATTCCCTGCAGACCTCTGCAGCTGTTCATCATGGTACA  496

seq1  TGGTGATTAGGAGGTACTGTAAGGAGCATGTGTGCCTGTGTGCATGAAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATTAGGAGGTACTGTAAGGAGCATGTGTGCCTGTGTGCATGAAAG  546

seq1  CTGATTAGGGCAGCCTGTCACAGGTTAAGGAAGATAGGGCTGTAAAATCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTAGGGCAGCCTGTCACAGGTTAAGGAAGATAGGGCTGTAAAATCC  596

seq1  TCTTGCCTGCCTCCTTCTCAGAGAGTCAGCACTAATGGCATCTTTAAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTGCCTCCTTCTCAGAGAGTCAGCACTAATGGCATCTTTAAGAG  646

seq1  ATGTCTAGAATGTGGAGAATTAAGATGGAAGGTGAAATGCTGAAGTGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAGAATGTGGAGAATTAAGATGGAAGGTGAAATGCTGAAGTGTTT  696

seq1  TATTGGTTTTGATGGCCCCTCTTCCATTGTGGGCATCTACATTGATTTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTTTTGATGGCCCCTCTTCCATTGTGGGCATCTACATTGATTTAA  746

seq1  ATCCATTCACATCGCTTTCCCTTTGGATGTGGGCCATGCAGCTGCAGTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCACATCGCTTTCCCTTTGGATGTGGGCCATGCAGCTGCAGTAA  796

seq1  GGATACTGCTCCTAACTCTTGCTTTCATCATTTGTACACTGGCATTGTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTGCTCCTAACTCTTGCTTTCATCATTTGTACACTGGCATTGTAT  846

seq1  TTGCCTCTCCTTTCCTAGTGCTGTGCTATGAACAATGCAAGGTGATAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTCCTTTCCTAGTGCTGTGCTATGAACAATGCAAGGTGATAAAG  896

seq1  TCTTGCACGTTGGTCCAGATGTCAGGAATGTGTGTGCAAGGTTTGGTTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCACGTTGGTCCAGATGTCAGGAATGTGTGTGCAAGGTTTGGTTTT  946

seq1  GCTTAATAAGACTTATTTTTGTTAAGAATCTGGTGGAGCCCTGCTCTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATAAGACTTATTTTTGTTAAGAATCTGGTGGAGCCCTGCTCTTTT  996

seq1  AGATTGATTTCTGGCCCACTTGATATCACATCAGTCATTCTCTGTCTCAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGATTTCTGGCCCACTTGATATCACATCAGTCATTCTCTGTCTCAT  1046

seq1  AAACAGTTGCATATAGACAACCAAAGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGCATATAGACAACCAAAGAATTC  1077