BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019M12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 146,456,558 - 146,606,029
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175
Upstream geneLOC100042879, Tuba3b, Rassf8, Bhlhb3, Sspn, Itpr2
Downstream geneStk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91, LOC100039712
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019M12.bB6Ng01-019M12.g
ACCDH852770DH852771
length8281,064
definitionDH852770|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019M12, 5' end.DH852771|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,456,558 - 146,457,385)(146,604,955 - 146,606,029)
sequence
gaattctatccaatttttcattggttattttatttatttacattttaaaa
tgttgtcccccttcccagtttcctttccacaagccccttattccaccccc
ctccccctgcttctatgagggtgctctcccatcctcccacccactcccat
ctcagtgccctagcatttccctatgctggagtatcgagcctctcctccca
ctgatgccagataaggccgtcctctgctacatatgcagctggagccatgt
gtactctttggttggttagcccctaggagctctgggggggtctggttggt
tgatattgctgttcttcggccccttcagctcctaattatatccaatttta
aagaagatggatccaggggaatggatgagagtaccatgataagggaaata
aaccaaactcggacaaatgctacgtgttttctctacatgcatgacctaga
tttaacaacttattgattgtgtatatgtccgtgtatatgcaggtgtctat
gcctactcatgatgcaaaggacagaatagtgtgaccggtttcctccttga
ccaccctctacttgatccttttaggcagggtctctccttgagcctggggc
tctcatgttctcagctagactagaatgcagcaagctccagccatcttcct
gtctccatccttcatccctgaagctgggattgcaggaaacctgtcctatt
atgtaagtgctaggtcacaaactctggtcctcaaaactgtacataagtgt
tcttaaccactaatccatcccccagaagagagtgaaaagtatacatatgt
gtgtatgtatgtatgtatgtatgtgtat
gaattccagtttctattacattctcattggcctgagtgcgtatgcttcct
agggctaccagagttctcagagtcagagcacaggccctcattgagttgag
gaacaaataatgaggaccagtgacccgcaccccttagctccattttcctg
accatcactgacccagcactgtctaggttcctccattttctcctgcaagc
ttctgacatgcgctcagggccatgaaatctcttcctgggagaccattgct
agtctggtactgttatcattctggcaggagtgaagatattgtacagggag
acactgtgttcctccctatagttatcagactatgcaaacaatggtctcca
aggagttggagttccaccaaggaatcatggtgggcagaggaatagcctaa
tgcctagcatccaaacacaaggttgtatttgtctccctagctgctacttg
acccagacccacttgaactcagcagattgagctgatccaacaagtagaca
aaggcttccctcctcttcccaggtctgcatacaatcccaacagaggctta
gagtcttcggtcctttaggaacaaagctggtgagccctattttggaatga
gtgaaagagaagtgccaagggaaataggacgctgactcccactgtctgcc
gccctgcttctgtactgagagcctagtccacctgtgtctacagctctgag
agcagagacaaggggtgcaccctgggtctcttggacctacttggcaccat
gacaacacctttttcaggatccactctttttttttttttggttttttgag
acagggtttctctgtgtagtcctggctgtcctggaactcactctgtagac
caggctggcctcgaactcagaaattcgcctgcctctgcctcccgagtgct
gggataaaggcgtgcgccaccaccgcccggcaggatcactcttacatgct
gcatttcctgcctgaactgtactagaaccattttcacagagcgaacaggg
gattttctagggatgaagggttgacactccttttctattaagactttatc
ataaaggtgctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_146456558_146457385
seq2: B6Ng01-019M12.b_46_873

seq1  GAATTCTATCCAATTTTTCATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCCAATTTTTCATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTTAAAA  50

seq1  TGTTGTCCCCCTTCCCAGTTTCCTTTCCACAAGCCCCTTATTCCACCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCCCCCTTCCCAGTTTCCTTTCCACAAGCCCCTTATTCCACCCCC  100

seq1  CTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCTCCCATCCTCCCACCCACTCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCTCCCATCCTCCCACCCACTCCCAT  150

seq1  CTCAGTGCCCTAGCATTTCCCTATGCTGGAGTATCGAGCCTCTCCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCCCTAGCATTTCCCTATGCTGGAGTATCGAGCCTCTCCTCCCA  200

seq1  CTGATGCCAGATAAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCAGATAAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGT  250

seq1  GTACTCTTTGGTTGGTTAGCCCCTAGGAGCTCTGGGGGGGTCTGGTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTTTGGTTGGTTAGCCCCTAGGAGCTCTGGGGGGGTCTGGTTGGT  300

seq1  TGATATTGCTGTTCTTCGGCCCCTTCAGCTCCTAATTATATCCAATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTGCTGTTCTTCGGCCCCTTCAGCTCCTAATTATATCCAATTTTA  350

seq1  AAGAAGATGGATCCAGGGGAATGGATGAGAGTACCATGATAAGGGAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATGGATCCAGGGGAATGGATGAGAGTACCATGATAAGGGAAATA  400

seq1  AACCAAACTCGGACAAATGCTACGTGTTTTCTCTACATGCATGACCTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACTCGGACAAATGCTACGTGTTTTCTCTACATGCATGACCTAGA  450

seq1  TTTAACAACTTATTGATTGTGTATATGTCCGTGTATATGCAGGTGTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAACTTATTGATTGTGTATATGTCCGTGTATATGCAGGTGTCTAT  500

seq1  GCCTACTCATGATGCAAAGGACAGAATAGTGTGACCGGTTTCCTCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTCATGATGCAAAGGACAGAATAGTGTGACCGGTTTCCTCCTTGA  550

seq1  CCACCCTCTACTTGATCCTTTTAGGCAGGGTCTCTCCTTGAGCCTGGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCTACTTGATCCTTTTAGGCAGGGTCTCTCCTTGAGCCTGGGGC  600

seq1  TCTCATGTTCTCAGCTAGACTAGAATGCAGCAAGCTCCAGCCATCTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTTCTCAGCTAGACTAGAATGCAGCAAGCTCCAGCCATCTTCCT  650

seq1  GTCTCCATCCTTCATCCCTGAAGCTGGGATTGCAGGAAACCTGTCCTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATCCTTCATCCCTGAAGCTGGGATTGCAGGAAACCTGTCCTATT  700

seq1  ATGTAAGTGCTAGGTCACAAACTCTGGTCCTCAAAACTGTACATAAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGTGCTAGGTCACAAACTCTGGTCCTCAAAACTGTACATAAGTGT  750

seq1  TCTTAACCACTAATCCATCCCCCAGAAGAGAGTGAAAAGTATACATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCACTAATCCATCCCCCAGAAGAGAGTGAAAAGTATACATATGT  800

seq1  GTGTATGTATGTATGTATGTATGTGTAT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTATGTATGTATGTATGTGTAT  828

seq1: chr6_146604955_146606029
seq2: B6Ng01-019M12.g_68_1131 (reverse)

seq1  CAAAGCAACCTTTATGATAAAGATCTAAATAGGAAAAAGGAGTGGTCAAC  50
      |||||| ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||
seq2  CAAAGC-ACCTTTATGATAAAG-TCTTAATAG--AAAAGGAGT-GTCAAC  45

seq1  CCTCTATCCCTAGAAAACTCCCTGGTCGCTCCTGTTGAAAATGGTTCTAG  100
      |||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||||||||||||||
seq2  CCTTCATCCCTAGAAAATCCCCTGTTCGCT-CTG-TGAAAATGGTTCTAG  93

seq1  TAACAGTTCAGGCAGGAAATGCAGCATGTAAGAGTGGATCCTGGCCGGGC  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  T-ACAGTTCAGGCAGGAAATGCAGCATGTAAGAGT-GATCCT-GCCGGGC  140

seq1  GGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCG  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGCGCACGCCTTT-ATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCG  189

seq1  AATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  239

seq1  CCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAG  289

seq1  AGTGGATCCTGAAAAAGGTGTTGTCATGGTGCCAAGTAGGTCCAAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATCCTGAAAAAGGTGTTGTCATGGTGCCAAGTAGGTCCAAGAGAC  339

seq1  CCAGGGTGCACCCCTTGTCTCTGCTCTCAGAGCTGTAGACACAGGTGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGCACCCCTTGTCTCTGCTCTCAGAGCTGTAGACACAGGTGGAC  389

seq1  TAGGCTCTCAGTACAGAAGCAGGGCGGCAGACAGTGGGAGTCAGCGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCTCAGTACAGAAGCAGGGCGGCAGACAGTGGGAGTCAGCGTCCT  439

seq1  ATTTCCCTTGGCACTTCTCTTTCACTCATTCCAAAATAGGGCTCACCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTTGGCACTTCTCTTTCACTCATTCCAAAATAGGGCTCACCAGC  489

seq1  TTTGTTCCTAAAGGACCGAAGACTCTAAGCCTCTGTTGGGATTGTATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCTAAAGGACCGAAGACTCTAAGCCTCTGTTGGGATTGTATGCA  539

seq1  GACCTGGGAAGAGGAGGGAAGCCTTTGTCTACTTGTTGGATCAGCTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGAAGAGGAGGGAAGCCTTTGTCTACTTGTTGGATCAGCTCAAT  589

seq1  CTGCTGAGTTCAAGTGGGTCTGGGTCAAGTAGCAGCTAGGGAGACAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGTTCAAGTGGGTCTGGGTCAAGTAGCAGCTAGGGAGACAAATA  639

seq1  CAACCTTGTGTTTGGATGCTAGGCATTAGGCTATTCCTCTGCCCACCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGTGTTTGGATGCTAGGCATTAGGCTATTCCTCTGCCCACCATG  689

seq1  ATTCCTTGGTGGAACTCCAACTCCTTGGAGACCATTGTTTGCATAGTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTGGTGGAACTCCAACTCCTTGGAGACCATTGTTTGCATAGTCTG  739

seq1  ATAACTATAGGGAGGAACACAGTGTCTCCCTGTACAATATCTTCACTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTATAGGGAGGAACACAGTGTCTCCCTGTACAATATCTTCACTCCT  789

seq1  GCCAGAATGATAACAGTACCAGACTAGCAATGGTCTCCCAGGAAGAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATGATAACAGTACCAGACTAGCAATGGTCTCCCAGGAAGAGATT  839

seq1  TCATGGCCCTGAGCGCATGTCAGAAGCTTGCAGGAGAAAATGGAGGAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCCCTGAGCGCATGTCAGAAGCTTGCAGGAGAAAATGGAGGAACC  889

seq1  TAGACAGTGCTGGGTCAGTGATGGTCAGGAAAATGGAGCTAAGGGGTGCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGTGCTGGGTCAGTGATGGTCAGGAAAATGGAGCTAAGGGGTGCG  939

seq1  GGTCACTGGTCCTCATTATTTGTTCCTCAACTCAATGAGGGCCTGTGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTGGTCCTCATTATTTGTTCCTCAACTCAATGAGGGCCTGTGCTC  989

seq1  TGACTCTGAGAACTCTGGTAGCCCTAGGAAGCATACGCACTCAGGCCAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGAGAACTCTGGTAGCCCTAGGAAGCATACGCACTCAGGCCAAT  1039

seq1  GAGAATGTAATAGAAACTGGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTAATAGAAACTGGAATTC  1064